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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.219 - (view) (download)

1 : redwards 1.94 # -*- perl -*-
2 : olson 1.170 #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :    
19 : olson 1.56 my $sproutAvail = eval {
20 :     require SproutFIG;
21 :     require PageBuilder;
22 :     };
23 :    
24 : paczian 1.218 use warnings;
25 :     use strict;
26 : olson 1.56
27 : paczian 1.218 use CGI qw(:standard);
28 :     use HTML::Template;
29 : olson 1.48 use Data::Dumper;
30 :    
31 : paczian 1.218 use FIG;
32 :     use FIG_Config;
33 :     use FIG_CGI;
34 :     use UserData;
35 :     use FigWebServices::SeedComponents;
36 : golsen 1.175
37 : paczian 1.218 eval {
38 :     &main();
39 :     };
40 : overbeek 1.184
41 : paczian 1.218 if($@) {
42 :     print header(),start_html();
43 :     print STDERR "EXCEPTION: $@\n";
44 :     print "EXCEPTION: $@\n",end_html();
45 :     }
46 :    
47 :     1;
48 :    
49 :     sub main {
50 :     # initialize fig object
51 :     my ($fig, $cgi, $user) = FIG_CGI::init(debug_save => 0,
52 :     debug_load => 0,
53 :     print_params => 0);
54 :    
55 :    
56 :     # check if an external page is to be displayed, called with data from seed
57 :     if ($cgi->param('tool')) {
58 :    
59 :     my $user = $cgi->param('user');
60 :    
61 :     my $html = "";
62 :     $html .= $cgi->header();
63 :    
64 :     my $parameters = { fig_object => $fig,
65 :     peg_id => $cgi->param('prot'),
66 :     table_style => 'plain',
67 :     fig_disk => $FIG_Config::fig_disk . "/",
68 :     form_target => 'protein.cgi'
69 :     };
70 :    
71 :     # write the seed header
72 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Framework::get_plain_header($parameters);
73 :     $html .= "<br/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link() . "<br/><hr/>";
74 :    
75 :     # call the tool page
76 :     $html .= & FigWebServices::SeedComponents::Basic::call_tool($fig, $cgi->param('prot'));
77 :    
78 :     $html .= "<hr/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link();
79 :    
80 :     $html .= $cgi->end_html();
81 :    
82 :     print $html;
83 :    
84 :     # check for the new framework
85 :     } elsif ($cgi->param('new_framework')) {
86 :    
87 :     # display the new version
88 :     my @out = `./frame.cgi`;
89 :     print @out;
90 :     exit;
91 :    
92 :     } else {
93 :    
94 :     # display the old version
95 :    
96 :     my $user = $cgi->param('user');
97 :    
98 :     my $html = "";
99 :     $html .= $cgi->header();
100 :    
101 :     my $parameters = { fig_object => $fig,
102 :     peg_id => $cgi->param('prot'),
103 :     table_style => 'plain',
104 :     fig_disk => $FIG_Config::fig_disk . "/",
105 :     form_target => 'protein.cgi'
106 :     };
107 :    
108 :     my ($min, $max, $features) = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_region_data($parameters);
109 :     $parameters->{min} = $min;
110 :     $parameters->{max} = $max;
111 :     $parameters->{features} = $features;
112 :    
113 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Framework::get_plain_header($parameters);
114 :     $html .= "<br/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link() . "<br/>";
115 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Framework::get_js_css_links();
116 :    
117 :     # check for request parameter
118 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
119 :    
120 :     # check for quick assign
121 :     if ($request eq "fast_assign") {
122 :     &FigWebServices::SeedComponents::Protein::make_assignment($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));
123 :     $request = "";
124 :     }
125 :    
126 :     if ($request eq "view_annotations") {
127 :     $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::view_annotations($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));
128 :     } elsif ($request eq "view_all_annotations") {
129 :     $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::view_all_annotations($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));
130 :     } elsif ($request eq "show_coupling_evidence") {
131 :     $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_coupling_evidence($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));
132 :     } elsif ($request eq "abstract_coupling") {
133 :     $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_abstract_coupling_evidence($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));
134 :     } elsif ($request eq "ec_to_maps") {
135 :     $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_ec_to_maps($fig,$cgi);
136 :     } elsif ($request eq "link_to_map") {
137 :     $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::link_to_map($fig,$cgi);
138 :     } elsif ($request eq "fusions") {
139 :     $html = &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_fusions($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));
140 :     }
141 :    
142 :     # otherwise show normal page
143 :     else {
144 :    
145 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_title($parameters);
146 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_current_assignment($parameters);
147 :     $html .= "<hr/>";
148 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_translation_link();
149 :     $html .= "<hr/>";
150 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_peg_view($parameters);
151 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_chromosome_context($parameters);
152 :     $parameters->{initial_value} = 'expanded';
153 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_subsystem_connections($parameters);
154 :     $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
155 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_aa_sequence($parameters);
156 :     $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
157 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence($parameters);
158 :     $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
159 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence_adjacent($parameters);
160 :     $parameters->{initial_value} = 'expanded';
161 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_assignments_for_identical_proteins($parameters);
162 :     $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
163 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_links($parameters);
164 :     $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
165 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_functional_coupling($parameters);
166 :     $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
167 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_attributes($parameters);
168 :     $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
169 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_protein_families($parameters);
170 :     $html .= "<br/><hr/>";
171 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_compared_regions($parameters);
172 :     $html .= "<br/><hr/>";
173 : hwang 1.219 $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_pubmed_url($parameters);
174 : paczian 1.218 $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_similarities($parameters);
175 :     $html .= "<br/><hr/>";
176 :     $parameters->{noheadline} = 1;
177 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_tools($parameters);
178 :     $parameters->{noheadline} = undef;
179 :     }
180 :    
181 :     $html .= "<br/><hr/>";
182 :     $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link();
183 :    
184 :     print $html;
185 :     print end_html();
186 : overbeek 1.2 }
187 : redwards 1.160 }
188 :    
189 : paczian 1.218 sub show_standard {
190 : overbeek 1.141
191 :     }

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