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ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.14 - (view) (download)

1 : efrank 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     use HTML;
5 :     use strict;
6 :     use GenoGraphics;
7 :     use CGI;
8 :     my $cgi = new CGI;
9 :    
10 :     if (0)
11 :     {
12 :     print $cgi->header;
13 :     my @params = $cgi->param;
14 :     print "<pre>\n";
15 :     foreach $_ (@params)
16 :     {
17 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
18 :     }
19 :     exit;
20 :     }
21 :    
22 :     my $html = [];
23 :    
24 :     my $prot = $cgi->param('prot');
25 :     if (! $prot)
26 :     {
27 :     push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
28 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
29 :     exit;
30 :     }
31 :     my $request = $cgi->param("request");
32 :     $request = defined($request) ? $request : "";
33 :    
34 : overbeek 1.11 if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig,$cgi,$prot); }
35 :     elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig,$cgi,$html,$prot); }
36 :     elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
37 :     elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
38 :     elsif ($request eq "fast_assign") { &make_assignment($fig,$cgi,$html,$prot); }
39 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig,$cgi,$html,$prot); }
40 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig,$cgi,$html); }
41 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig,$cgi,$html); }
42 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig,$cgi,$html,$prot); }
43 :     else { &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot); }
44 : efrank 1.1
45 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
46 : overbeek 1.11 exit;
47 :    
48 :     #==============================================================================
49 :     # use_protein_tool
50 :     #==============================================================================
51 : efrank 1.1
52 :     sub use_protein_tool {
53 :     my($fig,$cgi,$prot) = @_;
54 :     my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
55 :    
56 :     my $seq = $fig->get_translation($prot);
57 :     if (! $seq)
58 :     {
59 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
60 :     return;
61 :     }
62 :     my $protQ = quotemeta $prot;
63 :    
64 :     my $tool = $cgi->param('tool');
65 :     $/ = "\n//\n";
66 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
67 :     if (@tools == 1)
68 :     {
69 :     chomp $tools[0];
70 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
71 :     my $args = [];
72 :     foreach $line (@args)
73 :     {
74 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
75 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
76 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
77 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
78 :     push(@$args,[$name,$val]);
79 :     }
80 :     push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
81 :     }
82 :     }
83 :    
84 : overbeek 1.11 #==============================================================================
85 :     # make_assignment
86 :     #==============================================================================
87 :    
88 : efrank 1.1 sub make_assignment {
89 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
90 :     my($userR);
91 :    
92 :     my $function = $cgi->param('func');
93 :     my $user = $cgi->param('user');
94 :    
95 :     if ($function && $user && $prot)
96 :     {
97 :     if ($user =~ /master:(.*)/)
98 :     {
99 :     $userR = $1;
100 :     $fig->assign_function($prot,"master",$function,"");
101 :     $fig->add_annotation($prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
102 :     }
103 :     else
104 :     {
105 :     $fig->assign_function($prot,$user,$function,"");
106 :     $fig->add_annotation($prot,$user,"Set function to\n$function\n");
107 :     }
108 :     }
109 :     $cgi->delete("request");
110 :     $cgi->delete("func");
111 :     &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot);
112 :     }
113 :    
114 : overbeek 1.11 #==============================================================================
115 :     # view_annotations
116 :     #==============================================================================
117 :    
118 : efrank 1.1 sub view_annotations {
119 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
120 :    
121 :     my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
122 : overbeek 1.9 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } $fig->feature_annotations($prot) ];
123 : efrank 1.1 if (@$tab > 0)
124 :     {
125 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
126 :     }
127 :     else
128 :     {
129 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
130 :     }
131 :     }
132 :    
133 : overbeek 1.11 #==============================================================================
134 :     # show_coupling_evidence
135 :     #==============================================================================
136 :    
137 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
138 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
139 :     my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
140 :    
141 :     my $user = $cgi->param('user');
142 :     my $to = $cgi->param('to');
143 :     my @coup = grep { $_->[1] eq $to } $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-20,0.1,"keep");
144 :    
145 :     if (@coup != 1)
146 :     {
147 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
148 :     }
149 :     else
150 :     {
151 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
152 :     my $tab = [];
153 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]})
154 :     {
155 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
156 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
157 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
158 : overbeek 1.11 push( @$tab, [ $link1,
159 :     $fig->org_of($peg1),
160 :     scalar $fig->function_of($peg1,$user),
161 :     $link2,
162 :     $fig->org_of($peg2),
163 :     scalar $fig->function_of($peg2,$user)
164 :     ]
165 :     );
166 : efrank 1.1 }
167 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
168 :     }
169 :     }
170 :    
171 : overbeek 1.11 #==============================================================================
172 :     # psi_blast_prot_sequence
173 :     #==============================================================================
174 :    
175 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
176 :     my($fig,$cgi,$prot_id) = @_;
177 :     }
178 :    
179 : overbeek 1.11 #==============================================================================
180 :     # show_initial
181 :     #==============================================================================
182 :    
183 : efrank 1.1 sub show_initial {
184 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
185 :    
186 :     my $gs = $fig->org_of($prot);
187 :     push(@$html,"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
188 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/)
189 :     {
190 :     my $msg;
191 : overbeek 1.11 my $url = $cgi->self_url();
192 :     if ($cgi->param('translate')) {
193 :     $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
194 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
195 :     }
196 :     else
197 :     {
198 :     $url .= ";translate=1";
199 :     $msg = "Translate Function Assignments";
200 :     }
201 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
202 : efrank 1.1
203 :     &display_peg($fig,$cgi,$html,$prot);
204 :     }
205 :     else
206 :     {
207 :     # &display_external($fig,$cgi,$html,$prot);
208 :     }
209 :     }
210 :    
211 : overbeek 1.11 #==============================================================================
212 :     # display_peg
213 :     #==============================================================================
214 :    
215 : efrank 1.1 sub display_peg {
216 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
217 :     my $loc;
218 :    
219 :     my $half_sz = 5000;
220 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
221 :     my @fc_data;
222 :     if ($fc)
223 :     {
224 :     @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-20,0.5,"keep");
225 :     }
226 :     else
227 :     {
228 :     @fc_data = ();
229 :     }
230 : efrank 1.1
231 :     if ($loc = $fig->feature_location($peg))
232 :     {
233 :     my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
234 :     my $min = &FIG::max(0,&FIG::min($beg,$end) - $half_sz);
235 :     my $max = &FIG::max($beg,$end) + $half_sz;
236 :     my($feat,$min,$max) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
237 :    
238 :     &print_context($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$min,$max);
239 :     }
240 :    
241 :     &print_assignments($fig,$cgi,$html,$peg);
242 :    
243 :     push(@$html,$cgi->hr);
244 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
245 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To View Annotations</a>\n");
246 :    
247 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
248 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
249 :    
250 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
251 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
252 :    
253 :     $link = $cgi->url();
254 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
255 :     my $user = $cgi->param('user');
256 :     if (! $user)
257 :     {
258 :     $user = "";
259 :     }
260 :     else
261 :     {
262 :     $link = $link . "?fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
263 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
264 :     }
265 :    
266 :     if ((! $fc) && ($fig->feature_location($peg)))
267 :     {
268 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
269 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
270 :     }
271 :     elsif ($fc)
272 :     {
273 : overbeek 1.10 &print_fc($fig,$cgi,$html,$peg,\@fc_data);
274 : efrank 1.1 }
275 :    
276 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
277 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
278 :    
279 :     my $has_translation = $fig->translatable($peg);
280 : overbeek 1.2 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation)
281 :     {
282 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
283 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
284 :     }
285 :     elsif ($cgi->param('compare_region'))
286 :     {
287 :     &print_compared_regions($fig,$cgi,$html,$peg);
288 :     }
289 :    
290 : overbeek 1.11 my $sims = $cgi->param('sims');
291 : efrank 1.1 if ((! $sims) && $has_translation)
292 :     {
293 : overbeek 1.11 my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 5;
294 :     my $maxN = $cgi->param('maxN') || 50; # Default 50, not 5 (GJO)
295 :     my $maxP = $cgi->param('maxP') || 1.0e-5;
296 :     my $ex_raw = $cgi->param('expand_raw') || 0; # Default 0, not 1 (GJO)
297 : overbeek 1.12
298 :     push( @$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi"));
299 :     if ($cgi->param('translate'))
300 :     {
301 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
302 :     }
303 :     push( @$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
304 : overbeek 1.11 $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
305 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
306 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
307 :     $cgi->submit('Similarities'),
308 :     "MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
309 :     "Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
310 :     "MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
311 : overbeek 1.14 "Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => 0, -override => 1, -label => ""),
312 : overbeek 1.11 $cgi->end_form
313 :     );
314 : efrank 1.1 }
315 :     elsif ($sims)
316 :     {
317 :     &print_similarities($fig,$cgi,$html,$peg);
318 :     }
319 :    
320 :     if ($has_translation)
321 :     {
322 :     &show_tools($fig,$cgi,$html,$peg);
323 :     }
324 :     }
325 :    
326 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
327 :    
328 :     sub show_tools {
329 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
330 :    
331 :     $cgi->param(-name => "request",
332 :     -value => "use_protein_tool");
333 :     my $url = $cgi->self_url();
334 :    
335 :     if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools"))
336 :     {
337 :     push(@$html,$cgi->hr);
338 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
339 :     my $tab = [];
340 :    
341 :     $/ = "\n//\n";
342 :     while (defined($_ = <TMP>))
343 :     {
344 :     my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
345 :     push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc]);
346 :     }
347 :     close(TMP);
348 :     $/ = "\n";
349 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
350 :     }
351 :     $cgi->delete('request');
352 :     }
353 :    
354 :     ################# Functional Coupling ############################
355 :    
356 :     sub print_fc {
357 : overbeek 1.10 my($fig,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
358 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
359 :    
360 :     my $user = $cgi->param('user');
361 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
362 :     [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar $fig->function_of($neigh,$user)]
363 :     }
364 : overbeek 1.10 @$fc_data;
365 : efrank 1.1 if (@tab > 0)
366 :     {
367 :     push(@$html,"<hr>\n");
368 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
369 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
370 :     }
371 :     }
372 :    
373 :     sub ev_link {
374 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
375 :    
376 :     my $prot = $cgi->param('prot');
377 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
378 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
379 :     }
380 :    
381 :     ################# Assignments ############################
382 :    
383 :     sub trans_function_of {
384 :     my($cgi,$fig,$peg,$user) = @_;
385 :    
386 :     if (wantarray())
387 :     {
388 :     my $x;
389 :     my @funcs = $fig->function_of($peg);
390 :     if ($cgi->param('translate'))
391 :     {
392 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = $fig->translate_function($x->[1]); $x } @funcs;
393 :     }
394 :     return @funcs;
395 :     }
396 :     else
397 :     {
398 :     my $func = $fig->function_of($peg,$user);
399 :     if ($cgi->param('translate'))
400 :     {
401 :     $func = $fig->translate_function($func);
402 :     }
403 :     return $func;
404 :     }
405 :     }
406 :    
407 :     sub print_assignments {
408 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
409 :     my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
410 :    
411 :     my $user = $cgi->param('user');
412 :     my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig,$peg);
413 :    
414 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne "master"); $i++) {}
415 :     if ($i < @funcs)
416 :     {
417 :     $master_func = $funcs[$i]->[2];
418 :     }
419 :     else
420 :     {
421 :     $master_func = "";
422 :     }
423 :    
424 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne $user); $i++) {}
425 :     if ($i < @funcs)
426 :     {
427 :     $user_func = $funcs[$i]->[2];
428 :     }
429 :     else
430 :     {
431 :     $user_func = $master_func;
432 :     }
433 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
434 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
435 :     @funcs = ();
436 :     foreach $id (@maps_to)
437 :     {
438 :     if (($id ne $peg) && (@tmp = &trans_function_of($cgi,$fig,$id)) && (@tmp > 0))
439 :     {
440 :     push(@funcs, map { $x = $_; [$id,@$_] } @tmp);
441 :     }
442 :     }
443 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
444 :     push(@$html,"<hr>\n");
445 :    
446 :     if ((@funcs == 0) && (! $user_func))
447 :     {
448 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
449 :     }
450 :     elsif (@funcs > 0)
451 :     {
452 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
453 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
454 :     my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_; [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),$fig->org_of($id),$who,($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : ""), &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
455 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
456 :     }
457 :    
458 :     # $_ = join("",map { $_->[1] } @funcs);
459 :     # @ecs = ($_ =~ /\d\.\d+\.\d+\.\d+/g);
460 :     # foreach $ec (@ecs)
461 :     # {
462 :     # my $kegg_link = &HTML::kegg_link($ec);
463 :     # push(@$html,"<br>$kegg_link<br>\n");
464 :     # }
465 :     }
466 :    
467 :    
468 :    
469 :     ################# Similarities ############################
470 :    
471 :    
472 :     sub print_similarities {
473 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
474 :     my($maxN,$maxP,$expand_groups,$ex_checked);
475 :    
476 :     my $user = $cgi->param('user');
477 :     $user = $user ? $user : "";
478 :     my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
479 :    
480 :     if (! ($maxN = $cgi->param('maxN')))
481 :     {
482 :     $maxN = 5;
483 :     }
484 :    
485 :     if (! ($maxP = $cgi->param('maxP')))
486 :     {
487 :     $maxP = 1.0e-5;
488 :     }
489 :    
490 : overbeek 1.11 if ($expand_groups = $cgi->param('expand_groups'))
491 : efrank 1.1 {
492 :     $ex_checked = "checked";
493 :     }
494 :     else
495 :     {
496 :     $ex_checked = "";
497 :     }
498 :    
499 :    
500 : overbeek 1.11 my $max_expand = $cgi->param('max_expand');
501 :     if (! defined($max_expand)) { $max_expand = 0 }
502 : efrank 1.1
503 :     push(@$html,"<hr>\n");
504 :    
505 :     push(@$html, $cgi->h1('Similarities'),
506 :     $cgi->start_form(-action => "protein.cgi"),
507 :     $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
508 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
509 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
510 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
511 :     $cgi->submit('more similarities'),
512 :     "MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => 2 * $maxN, -override => 1),
513 : overbeek 1.11 "Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
514 : efrank 1.1 "MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
515 : overbeek 1.7 # "Expand Groups: ", $cgi->checkbox(-name => 'expand_groups', -value => 1, -checked => $ex_checked, -override => 1),
516 : overbeek 1.14 "Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => 0, -override => 1, -label => ""),
517 : efrank 1.1 $cgi->end_form,
518 :    
519 :     $cgi->hr
520 :     );
521 :    
522 :     my(@sims);
523 : overbeek 1.14 my $select = $cgi->param('just_fig') ? "fig" : "all";
524 :     @sims = $fig->sims($peg,$maxN,$maxP,$select,$max_expand);
525 : efrank 1.1
526 :     if (@sims)
527 :     {
528 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
529 :     -nolabels => 1,
530 : efrank 1.8 -override => 1,
531 : efrank 1.1 -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
532 :    
533 :     my $target = "window$$";
534 :     push(@$html,
535 :     $cgi->start_form(-method => 'post',
536 :     -target => $target,
537 :     -action => 'fid_checked.cgi'
538 :     ),
539 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
540 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
541 :     $cgi->br,
542 :     "CHECKED: ", $cgi->submit('align'),
543 :     $cgi->submit('view annotations'),$cgi->submit('show regions'));
544 : overbeek 1.11
545 :     if ($user)
546 :     { # Changed by GJO to derive help url from current url, not that in config
547 :     my $help_url = $cgi->url;
548 :     $help_url =~ s/protein.cgi/Html\/help_for_assignments_and_rules.html/;
549 :     push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
550 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
551 :     $cgi->br, $cgi->br,
552 :     $cgi->submit('assign/annotate')
553 :     );
554 :    
555 : efrank 1.1 if ($cgi->param('translate'))
556 :     {
557 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
558 :     $cgi->submit('check rules'),
559 :     $cgi->br
560 :     );
561 : efrank 1.1 }
562 :     }
563 :    
564 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->br,
565 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
566 :     -value => $peg,
567 :     -override => 1,
568 :     -checked => 1,
569 :     -label => ""
570 :     )
571 :     );
572 :    
573 :     my $col_hdrs;
574 :     if ($user && $cgi->param('translate'))
575 :     {
576 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
577 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
578 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
579 :     );
580 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<br>--------<br>Translate from",
581 :     "family",
582 :     "size",
583 :     "Similar sequence",
584 :     "sc",
585 :     "region in similar sequence",
586 :     "region in $peg",
587 :     "ASSIGN from<br>----------<br>Translate to",
588 :     "Function",
589 :     "Organism",
590 :     "Aliases"
591 :     ];
592 :     }
593 :     elsif ($user)
594 :     {
595 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
596 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
597 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
598 :     );
599 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<br>--------<br>SELECT",
600 :     "family",
601 :     "size",
602 :     "Similar sequence",
603 :     "sc",
604 :     "region in similar sequence",
605 :     "region in $peg",
606 :     "ASSIGN from",
607 :     "Function",
608 :     "Organism",
609 :     "Aliases"
610 :     ];
611 :     }
612 :     else
613 : efrank 1.1 {
614 : overbeek 1.11 push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
615 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
616 :     "family",
617 :     "size",
618 :     "Similar sequence",
619 :     "sc",
620 :     "region in similar sequence",
621 :     "region in $peg",
622 :     "Function",
623 :     "Organism",
624 :     "Aliases"
625 :     ];
626 : efrank 1.1 }
627 :    
628 : overbeek 1.11 my $tab = [];
629 :     my $title = "Similarities";
630 :    
631 :     my $sim;
632 :     foreach $sim ( @sims )
633 : efrank 1.1 {
634 : overbeek 1.11 my($psc,$family,$sz,$funcF,$id2);
635 :     $psc = $sim->psc;
636 : efrank 1.1 if ($expand_groups)
637 :     {
638 :     $id2 = $sim->id2;
639 :     if (($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = $fig->in_family($id2)))
640 :     {
641 :     $sz = $fig->sz_family($family);
642 :     $funcF = $fig->family_function($family);
643 :     }
644 :     else
645 :     {
646 :     $sz = $funcF = "";
647 :     }
648 :     }
649 :     else
650 :     {
651 : overbeek 1.11 ($family,$sz,$funcF) = ("","","");
652 : efrank 1.1 }
653 : overbeek 1.11
654 : efrank 1.1 my $ln1 = $sim->ln1;
655 :     $id2 = $sim->id2;
656 :     my $ln2 = $sim->ln2;
657 :     my $b1 = $sim->b1;
658 :     my $e1 = $sim->e1;
659 :     my $b2 = $sim->b2;
660 :     my $e2 = $sim->e2;
661 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
662 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
663 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
664 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
665 : overbeek 1.11 my $func2 = &trans_function_of( $cgi, $fig, $id2, $user );
666 :    
667 :     if ( defined( $family ) )
668 : efrank 1.1 {
669 : overbeek 1.11 # Add $funcF test to get rid of blank line -- GJO
670 :     if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
671 : efrank 1.1 }
672 :     else
673 :     {
674 :     $sz = "";
675 :     $family = "";
676 :     }
677 :    
678 : overbeek 1.11 my $cbox = $fig->translatable($id2) ?
679 :     qq(<input type="checkbox" name="checked" value="$id2">) : "";
680 : efrank 1.1
681 :     my $assign_link = &assign_link($cgi,$func2,$current_func);
682 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
683 :    
684 : overbeek 1.11 # Modifed by GJO to get rid of empty column when user is not defined
685 :     push( @$tab, [ $cbox,
686 :     scalar &HTML::family_link( $family, $user ),
687 :     $sz,
688 :     $id2_link,
689 :     $psc,
690 :     $reg2,
691 :     $reg1,
692 :     ( $user ? shift @from : () ),
693 :     $func2,
694 :     $fig->org_of($id2),
695 :     join( ",", $fig->feature_aliases($id2) )
696 :     ]
697 :     );
698 : efrank 1.1 }
699 : overbeek 1.11
700 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title,["nowrap"]));
701 :     push(@$html,$cgi->end_form);
702 :     }
703 :     }
704 :    
705 :     ################# Context on the Chromosome ############################
706 :    
707 :     sub print_context {
708 :     my($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
709 :     my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
710 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
711 :    
712 :     $why_related = "";
713 :     my %in_cluster = map { $_ => 1 } $fig->in_cluster_with($peg);;
714 :    
715 :     my $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
716 :     my($tab) = [];
717 :     my $genes = [];
718 :    
719 :     my $user = $cgi->param('user');
720 :     my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
721 :    
722 :     my($role,$role1,%related_roles);
723 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($peg_function))
724 :     {
725 :     foreach $role1 ($fig->neighborhood_of_role($role))
726 :     {
727 :     $related_roles{$role1} = 1;
728 :     }
729 :     }
730 :    
731 :     foreach $fid1 (@$feat)
732 :     {
733 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
734 :     $aliases = $fig->feature_aliases($fid1);
735 : overbeek 1.6 ($contig1,$beg1,$end1) = $fig->boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid1));;
736 : efrank 1.1 $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
737 :    
738 :     if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
739 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
740 :     else { $color = "red" }
741 :    
742 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/)
743 :     {
744 :     $n = $1;
745 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user";
746 :     }
747 :     elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/)
748 :     {
749 :     $n = uc $1;
750 :     $link = "";
751 :     }
752 :     else
753 :     {
754 :     $n ="";
755 :     $link = "";
756 :     }
757 :    
758 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),&FIG::max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link]);
759 :     if ($max_so_far)
760 :     {
761 :     $gap = (&FIG::min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
762 :     }
763 :     else
764 :     {
765 :     $gap = "";
766 :     }
767 :     $max_so_far = &FIG::max($beg1,$end1);
768 :    
769 :    
770 :     $in_neighborhood = "";
771 :     if (&FIG::ftype($fid1) eq "peg")
772 :     {
773 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig,$fid1,$user);
774 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($comment))
775 :     {
776 :     if ($related_roles{$role})
777 :     {
778 :     $in_neighborhood = "*";
779 :     }
780 :     }
781 :     }
782 :     else
783 :     {
784 :     $comment = "";
785 :     }
786 :     $comment = &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($fid1),$comment);
787 :     $sz = abs($end1-$beg1)+1;
788 :    
789 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,$fc,$in_neighborhood,
790 :     $comment,$aliases,$why_related]);
791 :     }
792 :     $map = ["",$beg,$end,$genes];
793 :     $gg = [$map];
794 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on the Chromosome"));
795 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
796 : efrank 1.1 return;
797 :     }
798 :    
799 :     sub assign_link {
800 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
801 :     my($assign_url,$assign_link);
802 :    
803 :     if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func)))
804 :     {
805 :     $cgi->delete('request');
806 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
807 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
808 :     }
809 :     else
810 :     {
811 :     $assign_link = "";
812 :     }
813 :     return $assign_link;
814 :     }
815 :    
816 :     sub pin_link {
817 :     my($cgi,$peg) = @_;
818 :     my $user = $cgi->param('user');
819 :     $user = defined($user) ? $user : "";
820 :    
821 :     my $cluster_url = &FIG::cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user";
822 :     my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
823 :     return $cluster_link;
824 :     }
825 :    
826 :     sub set_map_links {
827 :     my($fig,$org,$func) = @_;
828 :    
829 :     if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/)
830 :     {
831 :     my $before = $1;
832 :     my $ec = $2;
833 :     my $after = $3;
834 :     return &set_map_links($fig,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig,$org,$ec) . &set_map_links($fig,$org,$after);
835 :     }
836 :     return $func;
837 :     }
838 :    
839 :     sub set_ec_to_maps {
840 :     my($fig,$org,$ec) = @_;
841 :    
842 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
843 :     if (@maps > 0)
844 :     {
845 :     $cgi->delete('request');
846 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
847 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
848 :     return $link;
849 :     }
850 :     return $ec;
851 :     }
852 :    
853 :     sub show_ec_to_maps {
854 :     my($fig,$cgi,$html,$ec) = @_;
855 :    
856 :     my $ec = $cgi->param('ec');
857 :     if (! $ec)
858 :     {
859 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
860 :     return;
861 :     }
862 :    
863 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
864 :     if (@maps > 0)
865 :     {
866 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
867 :     my $map;
868 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),$fig->map_name($map)] } @maps];
869 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . $fig->ec_name($ec)));
870 :     }
871 :     }
872 :    
873 :     sub map_link {
874 :     my($cgi,$map) = @_;
875 :    
876 :     $cgi->delete('request');
877 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
878 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
879 :     return $link;
880 :     }
881 :    
882 :     sub link_to_map {
883 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
884 :    
885 :     my $map = $cgi->param('map');
886 :     if (! $map)
887 :     {
888 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
889 :     return;
890 :     }
891 :    
892 :     my $org = $cgi->param('org');
893 :     if (! $org)
894 :     {
895 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
896 :     return;
897 :     }
898 :     my$user = $cgi->param('user');
899 :     $user = $user ? $user : "";
900 :    
901 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
902 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
903 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
904 :     &HTML::trim_output(\@out);
905 :     push(@$html,@out);
906 :     }
907 :    
908 :     sub aa_sequence {
909 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
910 :     my($seq,$func,$i);
911 :    
912 :     if ($seq = $fig->get_translation($prot))
913 :     {
914 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
915 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
916 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
917 :     {
918 :     if ($i > (length($seq) - 60))
919 :     {
920 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
921 :     }
922 :     else
923 :     {
924 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
925 :     }
926 :     }
927 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
928 :     }
929 :     else
930 :     {
931 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
932 :     }
933 :     }
934 :    
935 :     sub dna_sequence {
936 :     my($fig,$cgi,$html,$fid) = @_;
937 :     my($seq,$func,$i);
938 :    
939 :     if ($seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($fid),scalar $fig->feature_location($fid)))
940 :     {
941 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
942 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
943 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
944 :     {
945 :     if ($i > (length($seq) - 60))
946 :     {
947 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
948 :     }
949 :     else
950 :     {
951 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
952 :     }
953 :     }
954 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
955 :     }
956 :     else
957 :     {
958 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
959 :     }
960 :     }
961 :    
962 :     sub show_fusions {
963 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
964 :    
965 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
966 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot";
967 :     my @out = `./fusions.cgi`;
968 :     print join("",@out);
969 :     exit;
970 : overbeek 1.2 }
971 :    
972 :     sub print_compared_regions {
973 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
974 :    
975 :     my @closest_pegs = &closest_pegs($fig,$peg,5);
976 :     if (@closest_pegs > 0)
977 :     {
978 :     if ($fig->possibly_truncated($peg))
979 :     {
980 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
981 :     }
982 : overbeek 1.13 @closest_pegs = $fig->sort_fids_by_taxonomy(@closest_pegs);
983 : overbeek 1.2 unshift(@closest_pegs,$peg);
984 :     my @all_pegs = ();
985 :     my $gg = &build_maps($fig,\@closest_pegs,\@all_pegs);
986 :     my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);
987 :     &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
988 :     push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
989 :     }
990 :     }
991 :    
992 :     sub closest_pegs {
993 :     my($fig,$peg,$n) = @_;
994 :     my($id2,$d,$peg2,$i);
995 :    
996 :     my @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } $fig->sims($peg,5,1.0e-20,"all");
997 :    
998 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
999 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
1000 : overbeek 1.3 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} $fig->in_pch_pin_with($peg);
1001 : overbeek 1.2 my $g1 = &FIG::genome_of($peg);
1002 :     @pinned_to =
1003 :     map {$_->[1] }
1004 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
1005 :     map { $peg2 = $_; $d = $fig->crude_estimate_of_distance($g1,&FIG::genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
1006 :     @pinned_to;
1007 :    
1008 :     for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++)
1009 :     {
1010 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
1011 :     }
1012 :     return return keys(%closest);
1013 :     }
1014 :    
1015 :     sub build_maps {
1016 :     my($fig,$pinned_pegs,$all_pegs) = @_;
1017 :     my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
1018 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
1019 :    
1020 :     $gg = [];
1021 :     foreach $peg (@$pinned_pegs)
1022 :     {
1023 :     $loc = $fig->feature_location($peg);
1024 :     ($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
1025 :     if ($contig && $beg && $end)
1026 :     {
1027 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
1028 :     $min = $mid - 8000;
1029 :     $max = $mid + 8000;
1030 :     $genes = [];
1031 :     ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
1032 :     foreach $fid (@$feat)
1033 :     {
1034 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &FIG::boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid));
1035 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
1036 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
1037 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),
1038 :     &FIG::max($beg1,$end1),
1039 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
1040 :     "grey",
1041 :     "",
1042 :     $fid]);
1043 :    
1044 :     if ($fid =~ /peg/)
1045 :     {
1046 :     push(@$all_pegs,$fid);
1047 :     }
1048 :     }
1049 :     $map = [&FIG::abbrev($fig->org_of($peg)),0,$max+1-$min,
1050 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
1051 :     push(@$gg,$map);
1052 :     }
1053 :     }
1054 :     return $gg;
1055 :     }
1056 :    
1057 :     sub in {
1058 :     my($x,$xL) = @_;
1059 :     my($i);
1060 :    
1061 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
1062 :     return ($i < @$xL);
1063 :     }
1064 :    
1065 :     sub in_bounds {
1066 :     my($min,$max,$x) = @_;
1067 :    
1068 :     if ($x < $min) { return $min }
1069 :     elsif ($x > $max) { return $max }
1070 :     else { return $x }
1071 :     }
1072 :    
1073 :     sub decr_coords {
1074 :     my($genes,$min) = @_;
1075 :     my($gene);
1076 :    
1077 :     foreach $gene (@$genes)
1078 :     {
1079 :     $gene->[0] -= $min;
1080 :     $gene->[1] -= $min;
1081 :     }
1082 :     return $genes;
1083 :     }
1084 :    
1085 :     sub flip_map {
1086 :     my($genes,$min,$max) = @_;
1087 :     my($gene);
1088 :    
1089 :     foreach $gene (@$genes)
1090 :     {
1091 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
1092 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
1093 :     }
1094 :     return $genes;
1095 :     }
1096 :    
1097 :     sub cluster_genes {
1098 :     my($all_pegs,$peg) = @_;
1099 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1100 :    
1101 :     my @color_sets = ();
1102 :    
1103 :     $conn = &get_connections_by_similarity($all_pegs);
1104 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1105 :     {
1106 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1107 :     if (! $seen{$i})
1108 :     {
1109 :     $cluster = [$i];
1110 :     $seen{$i} = 1;
1111 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++)
1112 :     {
1113 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1114 :     foreach $k (@$x)
1115 :     {
1116 :     if (! $seen{$k})
1117 :     {
1118 :     push(@$cluster,$k);
1119 :     $seen{$k} = 1;
1120 :     }
1121 :     }
1122 :     }
1123 :    
1124 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI))
1125 :     {
1126 :     push(@color_sets,$cluster);
1127 :     }
1128 :     }
1129 :     }
1130 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1131 :     $red_set = $color_sets[$i];
1132 :     splice(@color_sets,$i,1);
1133 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1134 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1135 :    
1136 :     my $color_sets = {};
1137 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++)
1138 :     {
1139 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]})
1140 :     {
1141 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1142 :     }
1143 :     }
1144 :     return $color_sets;
1145 :     }
1146 :    
1147 :     sub get_connections_by_similarity {
1148 :     my($all_pegs) = @_;
1149 : overbeek 1.5 my($i,$tmp,$peg1,%peg2i,%pos_of);
1150 : overbeek 1.2
1151 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1152 :     {
1153 : overbeek 1.5 $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
1154 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
1155 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i])
1156 : overbeek 1.2 {
1157 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
1158 :     }
1159 :     }
1160 :    
1161 :     my($sim,%conn,$x,$y);
1162 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1163 :     {
1164 :     foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw"))
1165 :     {
1166 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2}))
1167 :     {
1168 :     foreach $y (@$x)
1169 :     {
1170 :     push(@{$conn{$i}},$y);
1171 :     }
1172 :     }
1173 :     }
1174 :     }
1175 :     return \%conn;
1176 :     }
1177 :    
1178 :     sub set_colors_text_and_links {
1179 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
1180 :     my($map,$gene,$peg,$color);
1181 :    
1182 :     foreach $map (@$gg)
1183 :     {
1184 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1185 :     {
1186 :     $peg = $gene->[5];
1187 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg}))
1188 :     {
1189 :     $gene->[3] = "color$color";
1190 :     $gene->[4] = $color + 1;
1191 :     }
1192 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
1193 :     }
1194 :     }
1195 :     }
1196 :    
1197 :     sub peg_url {
1198 :     my($cgi,$peg) = @_;
1199 :    
1200 :     my $prot = $cgi->param('prot');
1201 :     $cgi->delete('prot');
1202 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
1203 :     $cgi->delete('prot');
1204 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
1205 :    
1206 :     return $url;
1207 :     }
1208 :    
1209 :     sub possible_extensions {
1210 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
1211 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
1212 :    
1213 :     $g = &FIG::genome_of($peg);
1214 :    
1215 :     foreach $peg1 (@$closest_pegs)
1216 :     {
1217 :     if ($g ne &FIG::genome_of($peg1))
1218 :     {
1219 :     foreach $sim ($fig->sims($peg1,500,1.0e-5,"all"))
1220 :     {
1221 :     $id2 = $sim->id2;
1222 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && $fig->possibly_truncated($id2))
1223 :     {
1224 :     $poss{$id2} = 1;
1225 :     }
1226 :     }
1227 :     }
1228 :     }
1229 :     return keys(%poss);
1230 : efrank 1.1 }

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