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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.106 - (view) (download)

1 : redwards 1.94 # -*- perl -*-
2 : efrank 1.1 use FIG;
3 : olson 1.56
4 :     my $sproutAvail = eval {
5 :     require SproutFIG;
6 :     require PageBuilder;
7 :     };
8 :    
9 : olson 1.92 #if (!$sproutAvail) {
10 :     # warn "Sprout library not available: $@\n";
11 :     #}
12 : olson 1.56
13 : heiko 1.45 use FIGGenDB;
14 : olson 1.48 use FIGjs;
15 : efrank 1.1
16 :     use HTML;
17 : olson 1.48 use Data::Dumper;
18 :    
19 : efrank 1.1 use strict;
20 :     use GenoGraphics;
21 :     use CGI;
22 : parrello 1.60 use Tracer;
23 :    
24 : efrank 1.1 my $cgi = new CGI;
25 :    
26 : olson 1.57 use Carp 'cluck';
27 : parrello 1.60 my $traceData = $cgi->param('trace');
28 :     if ($traceData) {
29 :     TSetup($cgi, "QUEUE");
30 :     $traceData = 1;
31 :     } else {
32 :     TSetup(0, "NONE");
33 :     $traceData = 0;
34 :     }
35 : olson 1.57
36 : overbeek 1.66 if (0) {
37 : overbeek 1.40 my $VAR1;
38 :     eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));
39 :     $cgi = $VAR1;
40 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
41 :     }
42 :    
43 : parrello 1.60 if (0) {
44 : efrank 1.1 print $cgi->header;
45 :     my @params = $cgi->param;
46 :     print "<pre>\n";
47 : parrello 1.60 foreach $_ (@params) {
48 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
49 : efrank 1.1 }
50 : overbeek 1.40
51 : parrello 1.60 if (0) {
52 :     if (open(TMP,">/tmp/protein_parms")) {
53 :     print TMP &Dumper($cgi);
54 :     close(TMP);
55 :     }
56 : overbeek 1.40 }
57 : efrank 1.1 exit;
58 :     }
59 :    
60 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout);
61 : olson 1.83
62 :     my $is_sprout;
63 :    
64 :     my $html = [];
65 :    
66 : parrello 1.60 if ($cgi->param('SPROUT')) {
67 : olson 1.83 $is_sprout = 1;
68 : olson 1.56 $fig_or_sprout = new SproutFIG($FIG_Config::sproutDB, $FIG_Config::sproutData);
69 : olson 1.83 unshift @$html, "<TITLE>The NMPDR Protein Page</TITLE>\n";
70 : parrello 1.60 } else {
71 : olson 1.83 $is_sprout = 0;
72 : overbeek 1.53 $fig_or_sprout = new FIG;
73 : olson 1.83 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
74 : overbeek 1.53 }
75 :    
76 : efrank 1.1
77 :     my $prot = $cgi->param('prot');
78 : parrello 1.60 if (! $prot) {
79 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
80 : efrank 1.1 push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
81 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
82 : efrank 1.1 exit;
83 :     }
84 : golsen 1.34
85 : parrello 1.60 if ($prot !~ /^fig\|/) {
86 : overbeek 1.53 my @poss = &by_alias($fig_or_sprout,$prot);
87 :    
88 : parrello 1.60 if (@poss > 0) {
89 :     $prot = $poss[0];
90 :     } else {
91 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
92 :     push(@$html,"<h1>Sorry, $prot appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
93 :     &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
94 :     exit;
95 : overbeek 1.16 }
96 :     }
97 : efrank 1.1
98 : overbeek 1.53
99 : golsen 1.34 #
100 :     # Allow previous and next actions in calls to the script -- GJO
101 :     #
102 :    
103 :     my $adjust = $cgi->param('previous PEG') ? -1 : $cgi->param('next PEG') ? 1 : 0;
104 :     if ( $adjust ) {
105 :     my ( $prefix, $protnum ) = $prot =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
106 :     if ( $prefix && $protnum ) {
107 :     my $prot2 = $prefix . ($protnum + $adjust);
108 : overbeek 1.53 if ( &translatable($fig_or_sprout, $prot2 ) ) {
109 : golsen 1.34 $prot = $prot2;
110 :     $cgi->delete('prot');
111 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
112 :     }
113 :     }
114 :     ( $adjust < 0 ) && $cgi->delete('previous PEG');
115 :     ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
116 :     }
117 :    
118 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
119 : overbeek 1.63 #my $compute_ok = eval {
120 :    
121 : olson 1.58
122 : overbeek 1.68 if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
123 : parrello 1.60 elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
124 :     elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
125 : overbeek 1.68 elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
126 : parrello 1.60 elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
127 :     elsif ($request eq "fast_assign") { $html = &make_assignment($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
128 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
129 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
130 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
131 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
132 :     else {
133 :     $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
134 :     }
135 : overbeek 1.68
136 :     if ($cgi->param('SPROUT') && (ref($html) eq "ARRAY"))
137 :     {
138 :     $_ = {};
139 :     $_->{kv_pairs} = $html;
140 :     $html = $_;
141 :     }
142 : overbeek 1.63 #};
143 : olson 1.58
144 : overbeek 1.63 #if (!$compute_ok) {
145 :     # Trace($@);
146 :     #}
147 : overbeek 1.68
148 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
149 : overbeek 1.11 exit;
150 :    
151 :     #==============================================================================
152 :     # use_protein_tool
153 :     #==============================================================================
154 : efrank 1.1
155 :     sub use_protein_tool {
156 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
157 : efrank 1.1 my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
158 :    
159 : overbeek 1.53 my $seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot);
160 : parrello 1.60 if (! $seq) {
161 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
162 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
163 :     return;
164 : efrank 1.1 }
165 :     my $protQ = quotemeta $prot;
166 :    
167 :     my $tool = $cgi->param('tool');
168 :     $/ = "\n//\n";
169 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
170 : parrello 1.60 if (@tools == 1) {
171 :     chomp $tools[0];
172 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
173 :     my $args = [];
174 :     foreach $line (@args) {
175 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
176 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
177 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
178 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
179 :     push(@$args,[$name,$val]);
180 :     }
181 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
182 : overbeek 1.72 #$url='http://localhost/cgi-bin/extract_params.cgi'; in case I forget to delete this, it is just a script that grabs params from cgis RAE
183 : parrello 1.60 push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
184 : efrank 1.1 }
185 :     }
186 :    
187 : overbeek 1.11 #==============================================================================
188 :     # make_assignment
189 :     #==============================================================================
190 :    
191 : efrank 1.1 sub make_assignment {
192 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
193 : efrank 1.1 my($userR);
194 :    
195 :     my $function = $cgi->param('func');
196 :     my $user = $cgi->param('user');
197 :    
198 : parrello 1.60 if ($function && $user && $prot) {
199 :     if ($user =~ /master:(.*)/) {
200 :     $userR = $1;
201 :     &assign_function($fig_or_sprout,$prot,"master",$function,"");
202 : overbeek 1.68 &add_annotation($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
203 : parrello 1.60 } else {
204 : overbeek 1.68 &assign_function($fig_or_sprout,$prot,$user,$function,"");
205 :     &add_annotation($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$user,"Set function to\n$function\n");
206 :     }
207 : efrank 1.1 }
208 :     $cgi->delete("request");
209 :     $cgi->delete("func");
210 : overbeek 1.53 $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
211 :     return $html;
212 : efrank 1.1 }
213 :    
214 : overbeek 1.11 #==============================================================================
215 :     # view_annotations
216 :     #==============================================================================
217 :    
218 : efrank 1.1 sub view_annotations {
219 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
220 : efrank 1.1
221 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
222 : efrank 1.1 my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
223 : overbeek 1.69
224 : overbeek 1.68 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } &feature_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$prot) ];
225 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
226 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
227 :     } else {
228 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
229 : efrank 1.1 }
230 :     }
231 :    
232 : overbeek 1.15 sub view_all_annotations {
233 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
234 : overbeek 1.15 my($ann);
235 :    
236 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
237 : parrello 1.60 if (&is_real_feature($fig_or_sprout,$peg)) {
238 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
239 : overbeek 1.68 my @related = &related_by_func_sim($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$cgi->param('user'));
240 : parrello 1.60 push(@related,$peg);
241 :    
242 :     my @annotations = &merged_related_annotations($fig_or_sprout,\@related);
243 :    
244 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
245 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
246 :     &genus_species($fig_or_sprout,&genome_of($ann->[0])),
247 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
248 :     ] } @annotations];
249 :     if (@$tab > 0) {
250 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
251 :     } else {
252 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
253 :     }
254 : overbeek 1.15 }
255 :     }
256 :    
257 : overbeek 1.11 #==============================================================================
258 :     # show_coupling_evidence
259 :     #==============================================================================
260 :    
261 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
262 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
263 : efrank 1.1 my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
264 :    
265 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
266 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
267 :     my $to = $cgi->param('to');
268 : overbeek 1.53 my @coup = grep { $_->[1] eq $to } &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,5000,1.0e-10,4);
269 : efrank 1.1
270 : parrello 1.60 if (@coup != 1) {
271 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
272 :     } else {
273 : overbeek 1.91 my $col_hdrs = ["Peg1","Function1","Peg2","Function2","Organism"];
274 : parrello 1.60 my $tab = [];
275 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
276 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
277 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
278 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
279 :     push( @$tab, [ $link1,
280 : overbeek 1.91 scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg1,$user),
281 :     $link2,
282 :     scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg2,$user),
283 :     &org_of($fig_or_sprout,$peg1)
284 : parrello 1.60 ]
285 : overbeek 1.11 );
286 : parrello 1.60 }
287 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
288 : efrank 1.1 }
289 :     }
290 :    
291 : overbeek 1.11 #==============================================================================
292 :     # psi_blast_prot_sequence
293 :     #==============================================================================
294 :    
295 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
296 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot_id) = @_;
297 : efrank 1.1 }
298 :    
299 : overbeek 1.11 #==============================================================================
300 :     # show_initial
301 :     #==============================================================================
302 :    
303 : efrank 1.1 sub show_initial {
304 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
305 :    
306 :     unshift @{$html->{general}}, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
307 : efrank 1.1
308 : overbeek 1.53 my $gs = &org_of($fig_or_sprout,$prot);
309 : parrello 1.60 Trace("got gs=$gs prot=$prot $fig_or_sprout\n") if T(2);
310 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/) {
311 :     if (! &is_real_feature($fig_or_sprout,$prot)) {
312 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Sorry, $prot is an unknown identifier</h1>\n");
313 :     } else {
314 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
315 :     &translation_piece($fig_or_sprout,$cgi,$html->{translate_status});
316 :     &display_peg($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
317 :     }
318 :     } else {
319 :     # &display_external($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
320 : efrank 1.1 }
321 :     }
322 :    
323 : overbeek 1.11 #==============================================================================
324 :     # display_peg
325 :     #==============================================================================
326 :    
327 : efrank 1.1 sub display_peg {
328 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
329 : efrank 1.1 my $loc;
330 : overbeek 1.104
331 : overbeek 1.53 my $user = $cgi->param('user');
332 : overbeek 1.104 my $org = &genome_of($peg);
333 :     my $domain = $fig_or_sprout->genome_domain($org);
334 :    
335 :     #...set default minimum size for euk or non-euk display region...
336 :     my $half_sz = ($domain =~ m/^euk/i) ? 50000 : 5000;
337 :    
338 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
339 :     my @fc_data;
340 : parrello 1.60 if ($fc) {
341 : redwards 1.49 # RAE Added the following lines so that you can define this in the URL
342 : parrello 1.60 # but the default behavior remains unchanged. I doubt anyone will ever
343 :     # see this, but I use it sometimes to see what happens
344 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff)=(5000, 1.0e-10, 4);
345 :     if ($cgi->param('fcbound')) {$bound=$cgi->param('fcbound')}
346 :     if ($cgi->param('fcsim')) {$sim_cutoff=$cgi->param('fcsim')}
347 :     if ($cgi->param('fccoup')) {$coupling_cutoff=$cgi->param('fccoup')}
348 : overbeek 1.104
349 : parrello 1.60 @fc_data = &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff);
350 :     } else {
351 :     @fc_data = ();
352 :     }
353 : overbeek 1.104
354 : parrello 1.60 if ($loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg)) {
355 :     my($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
356 : overbeek 1.104
357 :     my $len = abs($end-$beg) + 1;
358 :     $half_sz = $half_sz * (1 + 3*int($len/$half_sz)); #...set scale of region...
359 :     # print STDERR "half_sz = $half_sz\n";
360 :    
361 :     my $min = &max(0,&min($beg,$end) - $half_sz);
362 :     my $max = &max($beg,$end) + $half_sz;
363 : parrello 1.60 Trace("display_peg: min=$min max=$max beg=$beg end=$end") if T(2);
364 : overbeek 1.104
365 : overbeek 1.81 my($feat,$min,$max) = &genes_in_region($fig_or_sprout,$cgi,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
366 : parrello 1.60 Trace("beg=$beg end=$end New min = $min, max = $max, features = " . join(", ", @{$feat})) if T(3);
367 :    
368 :     my ($beg,$end,$genes) = &print_context($fig_or_sprout,$cgi,$html->{contig_context},$peg,$feat,$min,$max);
369 :     Trace("Print context returned: beg=$beg, end=$end, genes = " . join(", ", @{$genes})) if T(3);
370 :     &print_graphics_context($beg,$end,$genes,$html->{context_graphic});
371 :    
372 : overbeek 1.68 &print_assignments($fig_or_sprout,$cgi,$html->{assign_for_equiv_prots},$peg);
373 : redwards 1.99 &print_kv_pairs($is_sprout, $fig_or_sprout,$cgi,$html->{kv_pairs},$peg);
374 : parrello 1.60 &print_subsys_connections($fig_or_sprout,$cgi,$html->{subsys_connections},$peg,$user);
375 :     &print_links($fig_or_sprout,$cgi,$html->{links},$peg);
376 :    
377 :     push @{$html->{javascript}}, "\n", &FIGjs::toolTipScript();
378 :    
379 :     my $has_translation = &translatable($fig_or_sprout,$peg);
380 :     &print_services($fig_or_sprout,$cgi,$html->{services},$peg,$has_translation,\@fc_data);
381 : overbeek 1.63
382 : parrello 1.60 &print_sims_block($fig_or_sprout,$cgi,$html->{similarities},$peg,$user,$has_translation);
383 :    
384 :     if ($has_translation) {
385 :     &show_tools($fig_or_sprout,$cgi,$html->{tools},$peg);
386 :     }
387 : efrank 1.1 }
388 :     }
389 :    
390 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
391 :    
392 :     sub show_tools {
393 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
394 : efrank 1.1
395 : redwards 1.80 # generate the link to turn tools on or off
396 :     my $toollink=$cgi->self_url;
397 :     $toollink =~ s/[\&\;]fulltools.*[^\;\&]/\&/;
398 :     my $fulltoolbutton = $cgi->a({href=> $toollink . "&fulltools='1'"}, "Show tool descriptions"); # define this here before we mess with ourself!
399 :     my $brieftoolbutton = $cgi->a({href=> $toollink}, "Hide tool descriptions");
400 :    
401 : efrank 1.1 $cgi->param(-name => "request",
402 :     -value => "use_protein_tool");
403 :     my $url = $cgi->self_url();
404 :    
405 : parrello 1.60 if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools")) {
406 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
407 :     my $tab = [];
408 :    
409 :     $/ = "\n//\n";
410 : redwards 1.80 my $brieftools; # in case we don't want descriptions and whatnot
411 : parrello 1.60 while (defined($_ = <TMP>)) {
412 : overbeek 1.72 # allow comment lines in the file
413 :     next if (/^#/);
414 : parrello 1.60 my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
415 : overbeek 1.72 # RAE modified this so we can include column headers.
416 :     undef($desc) if ($desc eq "//"); # it is a separator
417 : redwards 1.80 # RAE modified again so that we only get a short tool list instead of the big table if that is what we want.
418 :     if ($cgi->param('fulltools')) {
419 :     if ($desc) {push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc])}
420 :     else {push(@$tab, [["<strong>$tool</strong>", "td colspan=2 align=center"]])}
421 :     }
422 :     else {
423 :     # Why doesn't this work $brieftools .= "<span class=\"tool\" style=\"border: 0 1px solid gray\"><a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a></span>";
424 :     if ($desc) {$brieftools .= " &nbsp; <a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a> &nbsp;|"}
425 :     }
426 : parrello 1.60 }
427 :     close(TMP);
428 :     $/ = "\n";
429 : redwards 1.80 if ($brieftools) {push(@$html, $cgi->p("|" . $brieftools), $fulltoolbutton)}
430 :     else {push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"), $brieftoolbutton)}
431 : efrank 1.1 }
432 :     $cgi->delete('request');
433 :     }
434 :    
435 :     ################# Functional Coupling ############################
436 :    
437 :     sub print_fc {
438 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
439 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
440 : parrello 1.60
441 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
442 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
443 : parrello 1.60 [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$neigh,$user)]
444 :     } @$fc_data;
445 :     if (@tab > 0) {
446 :     push(@$html,"<hr>\n");
447 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
448 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
449 : efrank 1.1 }
450 :     }
451 :    
452 :     sub ev_link {
453 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
454 :    
455 :     my $prot = $cgi->param('prot');
456 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
457 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
458 :     }
459 :    
460 :     ################# Assignments ############################
461 :    
462 :     sub trans_function_of {
463 : overbeek 1.53 my($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
464 : efrank 1.1
465 : parrello 1.60 if (wantarray()) {
466 :     my $x;
467 : overbeek 1.68 my @funcs = &function_ofL($fig_or_sprout,$peg,$user);
468 :    
469 : parrello 1.60 if ($cgi->param('translate')) {
470 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = &translate_function($fig_or_sprout,$x->[1]); $x } @funcs;
471 :     }
472 :     return @funcs;
473 :     } else {
474 :     my $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$peg,$user);
475 :     if ($cgi->param('translate')) {
476 :     $func = &translate_function($fig_or_sprout,$func);
477 :     }
478 :     return $func;
479 : efrank 1.1 }
480 :     }
481 :    
482 : overbeek 1.53 ########################## Routines that build pieces of HTML ######################
483 :    
484 :    
485 :     sub print_sims_block {
486 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user,$has_translation) = @_;
487 :    
488 :     my $sims = $cgi->param('sims');
489 : golsen 1.76 if ( (! $sims ) && $has_translation && ( ! $cgi->param('SPROUT') ) )
490 :     {
491 :     my $short_form = 1;
492 :     sims_request_form( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form );
493 :     }
494 : overbeek 1.53
495 : golsen 1.76 # Added test $has_translation && (...) -- GJO
496 :     elsif ( $has_translation && ( $sims || $cgi->param('SPROUT') ) )
497 :     {
498 : golsen 1.100 print_similarities( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
499 : overbeek 1.53 }
500 :     }
501 :    
502 :    
503 :     sub print_services {
504 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$has_translation,$fc_data) = @_;
505 :    
506 :     my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
507 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
508 : golsen 1.100 push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a> / <a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
509 : parrello 1.60
510 : overbeek 1.63 if ((! $cgi->param('SPROUT')) && $fig_or_sprout->peg_in_gendb($peg))
511 :     {
512 :     push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::linkPEGGenDB($peg));
513 :     push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::importOrganismGenDB($peg));
514 :     }
515 : overbeek 1.53
516 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
517 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
518 :    
519 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
520 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
521 :    
522 :     $link = $cgi->url();
523 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
524 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
525 :     my $user = $cgi->param('user');
526 : parrello 1.60 if (! $user) {
527 :     $user = "";
528 :     } else {
529 :     $link = $link . "?SPROUT=$sprout&fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
530 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
531 : overbeek 1.53 }
532 :    
533 : golsen 1.76 # Isn't this redundant? Look up about 9 lines. -- GJO
534 :    
535 : overbeek 1.63 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
536 :     if (! $sprout)
537 :     {
538 :     my $fc = $cgi->param('fc');
539 :     if ((! $fc) && (&feature_locationS($fig_or_sprout,$peg))) {
540 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
541 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
542 :     } elsif ($fc) {
543 :     &print_fc($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data);
544 :     }
545 : overbeek 1.53
546 : overbeek 1.63 my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
547 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
548 : overbeek 1.53
549 : overbeek 1.63 my $link = &cgi_url . "/homologs_in_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user\n";
550 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Find Homologs in Clusters</a>\n");
551 :     }
552 : overbeek 1.53
553 : parrello 1.60 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation) {
554 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
555 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
556 :     } elsif ($cgi->param('compare_region')) {
557 :     &print_compared_regions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg);
558 : overbeek 1.53 }
559 :     }
560 :    
561 : efrank 1.1 sub print_assignments {
562 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
563 : efrank 1.1 my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
564 :    
565 :     my $user = $cgi->param('user');
566 : overbeek 1.68 $user = defined($user) ? $user : "";
567 :    
568 : overbeek 1.53 my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg);
569 : overbeek 1.68 $user_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg);
570 :    
571 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
572 :    
573 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } &mapped_prot_ids($fig_or_sprout,$cgi,$peg);
574 : efrank 1.1
575 : parrello 1.60 foreach $id (@maps_to) {
576 : overbeek 1.68 my $tmp;
577 :     if (($id ne $peg) && ($tmp = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$id)))
578 :     {
579 :     push(@funcs, [$id,&who($id),$tmp]);
580 : parrello 1.60 }
581 : efrank 1.1 }
582 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
583 : overbeek 1.68
584 :    
585 : efrank 1.1 push(@$html,"<hr>\n");
586 :    
587 : parrello 1.60 if ((@funcs == 0) && (! $user_func)) {
588 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
589 : efrank 1.1 }
590 : overbeek 1.25
591 : overbeek 1.68 my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_;
592 :     [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),
593 :     &org_of($fig_or_sprout,$id),
594 : overbeek 1.75 $who ? $who : "&nbsp;",
595 :     ($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : "&nbsp;"),
596 : overbeek 1.84 &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
597 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
598 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
599 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
600 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
601 :     }
602 : overbeek 1.53 }
603 : parrello 1.60
604 : overbeek 1.53 sub print_kv_pairs {
605 : redwards 1.99 my($is_sprout, $fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
606 :    
607 :     # we don't want to do this for SPROUT
608 :     return if ($is_sprout);
609 :    
610 : redwards 1.94 # RAE: modified this to allow the users to edit the key/value pairs.
611 :     # there will be two choices: when the "Edit Attributes" button is pressed
612 :     # we will redraw the table with input fields and what not.
613 :    
614 :     # If the Add Changes button is pressed we will save the changes
615 :     # we will do this first before displaying the results
616 : overbeek 1.96
617 : redwards 1.99 my @attr=&get_attributes($fig_or_sprout,$peg);
618 : redwards 1.94 if ($cgi->param('Add Changes')) {
619 :     my ($deleted, $added, $changed)=(undef, undef, undef);
620 :    
621 :     foreach my $key (@attr) {
622 : redwards 1.105 unless ($cgi->param("key.".$key->[1])) {
623 :     if (&delete_attribute($fig_or_sprout, $peg, $key->[1])) {
624 : redwards 1.99 push @$deleted, [@$key, ["deleted", "td colspan=2 style=\"text-align: center\""]];
625 :     }
626 : redwards 1.94 }
627 : redwards 1.105 if (($cgi->param("value.".$key->[1]) ne $key->[2]) || ($cgi->param("url.".$key->[1]) ne $key->[3])) {
628 :     if (&change_attribute($fig_or_sprout,$peg, $key->[1], $cgi->param("value.".$key->[1]), $cgi->param("url.".$key->[1]))) {
629 :     push @$changed, [@$key, $cgi->param("value.".$key->[1]), $cgi->param("url.".$key->[1])];
630 : redwards 1.99 }
631 : redwards 1.94 }
632 :     }
633 :     for (my $i=0; $i<=5; $i++) {
634 :     if ($cgi->param("key.$i")) {
635 : redwards 1.99 if (&add_attribute($fig_or_sprout,$peg, $cgi->param("key.$i"), $cgi->param("value.$i"), $cgi->param("url.$i"))) {
636 :     push @$added, [$cgi->param("key.$i"), ["added", "td colspan=2 style=\"text-align: center\""], $cgi->param("value.$i"), $cgi->param("url.$i")];
637 :     }
638 :     else {
639 :     print STDERR $peg, " and ", $cgi->param("key.$i"), " not added\n";
640 :     }
641 : redwards 1.94 }
642 :     }
643 :    
644 :     my $tab = [];
645 :     my $col_hdrs=["Attribute", "Original Value", "Original URL", "New Value", "New URL"];
646 :     if ($changed) {push @$tab, [["<strong>Changed Attributes", "td colspan=5 bgcolor=gray style=\"text-align: center\""]], @$changed}
647 :     if ($deleted) {push @$tab, [["<strong>Deleted Attributes", "td colspan=5 bgcolor=gray style=\"text-align: center\""]], @$deleted}
648 :     if ($added) {push @$tab, [["<strong>Added Attributes", "td colspan=5 bgcolor=gray style=\"text-align: center\""]], @$added}
649 :    
650 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Changed Data"));
651 :     }
652 :    
653 : redwards 1.99 my @attr=&get_attributes($fig_or_sprout, $peg);
654 : redwards 1.94 my $col_hdrs=["Key","Value"];
655 :    
656 : redwards 1.95 my $tab = [];
657 :     if ($cgi->param('Edit Attributes') && $cgi->param('user')) {
658 :     push @$col_hdrs, "URL";
659 : redwards 1.105 foreach my $key (sort {$a->[1] cmp $b->[1]} @attr) {
660 : redwards 1.95 push @$tab,
661 :     [
662 : redwards 1.105 $cgi->textfield(-name=>"key.".$key->[1], -default=>$key->[1], -size=>30),
663 :     $cgi->textfield(-name=>"value.".$key->[1], -default=>$key->[2], -size=>30),
664 :     $cgi->textfield(-name=>"url.".$key->[1], -default=>$key->[3], -size=>30),
665 : redwards 1.95 ];
666 :     }
667 :     for (my $i=0; $i<=5; $i++) {
668 :     push @$tab,
669 :     [
670 :     $cgi->textfield(-name=>"key.$i", -size=>30),
671 :     $cgi->textfield(-name=>"value.$i", -size=>30),
672 :     $cgi->textfield(-name=>"url.$i", -size=>30),
673 :     ];
674 :     }
675 :     }
676 : redwards 1.99 #RAE we need to check that this is a scalar
677 :     elsif (ref($attr[0]) eq "ARRAY") {
678 : redwards 1.95 foreach $_ (sort {$a->[0] cmp $b->[0]} @attr) {
679 : redwards 1.105 my($peg,$tag,$val,$url) = @$_;
680 : redwards 1.95 next unless ($url =~ /^http/);
681 :     push(@$tab,[$tag,$url ? "<a href=\"$url\">$val</a>" : $val]);
682 :     }
683 :     }
684 : redwards 1.94
685 : redwards 1.95 # Add the appropriate submit button to the table
686 :     if ($cgi->param('user') && $cgi->param('Edit Attributes')) {
687 :     # we want a Add button
688 :     push @$tab, [[$cgi->submit('Add Changes'), "td colspan=3 style=\"text-align: center\""]];
689 :     }
690 :     elsif ($cgi->param('user')) {
691 :     push @$tab, [[$cgi->submit('Edit Attributes'), "td colspan=2 style=\"text-align: center\""]];
692 : overbeek 1.38 }
693 : redwards 1.95 push(@$html,$cgi->start_form(-action=>"protein.cgi"), $cgi->hidden("prot"), $cgi->hidden("user"));
694 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->hr,&HTML::make_table($col_hdrs, $tab,"Attributes"),$cgi->hr);
695 : golsen 1.100 # Add end of form -- GJO
696 : redwards 1.105 # RAE: sorry about that Gary.
697 : golsen 1.100 push( @$html, $cgi->end_form );
698 : overbeek 1.53 }
699 :    
700 : overbeek 1.68 sub who {
701 :     my($id) = @_;
702 :    
703 :     if ($id =~ /^fig\|/) { return "FIG" }
704 :     if ($id =~ /^gi\|/) { return "" }
705 :     if ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { return "RefSeq" }
706 :     if ($id =~ /^sp\|/) { return "SwissProt" }
707 :     if ($id =~ /^uni\|/) { return "UniProt" }
708 :     if ($id =~ /^pir\|/) { return "PIR" }
709 :     if ($id =~ /^kegg\|/) { return "KEGG" }
710 :     }
711 :    
712 : overbeek 1.53 sub print_subsys_connections {
713 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user) = @_;
714 : overbeek 1.38
715 : olson 1.28 #
716 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
717 :     #
718 :    
719 : parrello 1.60 if (my @subsystems = &subsystems_for_peg($fig_or_sprout,$peg)) {
720 :     push(@$html,
721 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
722 :    
723 :     my(@hdrs);
724 :     my(@table);
725 :    
726 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
727 :    
728 : overbeek 1.65 my $sprout = ""; # $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
729 : parrello 1.60
730 :     for my $ent (@subsystems) {
731 :     my($sub, $role) = @$ent;
732 : overbeek 1.89 my $can_alter = (($user = $cgi->param('user')) && ($user eq $fig_or_sprout->subsystem_curator($sub)));
733 :     my $url = $cgi->a({href => "subsys.cgi?can_alter=$can_alter&SPROUT=$sprout&user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
734 :    
735 : parrello 1.60 push(@table, [$url, $role]);
736 :     }
737 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
738 : olson 1.28 }
739 : overbeek 1.53 }
740 :    
741 :     sub print_links {
742 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
743 : overbeek 1.31
744 : parrello 1.60 my @links = &peg_links($fig_or_sprout,$peg);
745 :     if (@links > 0) {
746 :     my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
747 :     my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
748 :     my $tab = [];
749 :     my ($n,$i);
750 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5) {
751 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
752 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
753 :     }
754 : overbeek 1.26 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
755 : overbeek 1.25 }
756 :    
757 : parrello 1.60 if (! $cgi->param('SPROUT')) {
758 :     my $url = &cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
759 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
760 : overbeek 1.53 }
761 : efrank 1.1 }
762 :    
763 :    
764 :    
765 :     ################# Similarities ############################
766 :    
767 :    
768 :     sub print_similarities {
769 : overbeek 1.53 my( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
770 : overbeek 1.63
771 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
772 :     {
773 :     &print_similarities_SPROUT($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
774 :     }
775 :     else
776 :     {
777 :     &print_similarities_SEED($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
778 :     }
779 :     }
780 :    
781 : golsen 1.76
782 : overbeek 1.63 sub print_similarities_SPROUT {
783 :     my($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
784 :    
785 :     my $user = $cgi->param('user') || "";
786 :     my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
787 :    
788 :     push( @$html, $cgi->hr,
789 :     "<a name=Similarities>",
790 : overbeek 1.68 $cgi->h1(''),
791 : overbeek 1.63 "</a>\n"
792 :     );
793 :    
794 : overbeek 1.65 my @sims = sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
795 : overbeek 1.63
796 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
797 :     -nolabels => 1,
798 :     -override => 1,
799 : overbeek 1.65 -values => ["",$peg,map { $_->[0] } @sims]);
800 : overbeek 1.63
801 :     my $target = "window$$";
802 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
803 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
804 :     -target => $target,
805 :     -action => 'fid_checked.cgi',
806 :     -name => 'fid_checked'
807 :     ),
808 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => 1),
809 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
810 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
811 :     $cgi->br,
812 :     "For Selected (checked) sequences: ",
813 :     $cgi->submit('align'),
814 :     );
815 :    
816 :     if ($user) {
817 :     my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
818 : golsen 1.100 push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
819 :     "<a href=$help_url target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
820 : overbeek 1.63 $cgi->br, $cgi->br,
821 :     $cgi->submit('assign/annotate')
822 :     );
823 :    
824 :     if ($cgi->param('translate')) {
825 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
826 :     $cgi->submit('check rules'),
827 :     $cgi->br
828 :     );
829 :     }
830 :     }
831 :    
832 :     push( @$html, $cgi->br,
833 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
834 :     -value => $peg,
835 :     -override => 1,
836 :     -checked => 1,
837 :     -label => ""
838 :     )
839 :     );
840 :    
841 :     my $col_hdrs;
842 :     if ($user && $cgi->param('translate')) {
843 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
844 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
845 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
846 :     );
847 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
848 :     "Similar sequence",
849 :     "E-val",
850 : overbeek 1.65 "In Sub",
851 : overbeek 1.63 "ASSIGN from<hr>Translate to",
852 :     "Function",
853 :     "Organism",
854 :     "Aliases"
855 :     ];
856 :     } elsif ($user) {
857 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
858 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
859 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
860 :     );
861 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
862 :     "Similar sequence",
863 :     "E-val",
864 : overbeek 1.65 "In Sub",
865 : overbeek 1.63 "ASSIGN from",
866 :     "Function",
867 :     "Organism",
868 :     "Aliases"
869 :     ];
870 :     } else {
871 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
872 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
873 :     "Similar sequence",
874 :     "E-val",
875 :     "In Sub",
876 :     "Function",
877 :     "Organism",
878 :     "Aliases"
879 :     ];
880 :     }
881 :    
882 :     my $ncol = @$col_hdrs;
883 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
884 : overbeek 1.68 "\t<Caption><h2>Bidirectional Best Hits</h2></Caption>\n",
885 : overbeek 1.63 "\t<TR>\n\t\t<TH>",
886 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
887 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
888 :     );
889 :    
890 :     # Add the table data, row-by-row
891 :    
892 :     my $sim;
893 :     foreach $sim ( @sims ) {
894 :     my($id2,$psc) = @$sim;
895 :     my $cbox = &translatable($fig_or_sprout,$id2) ?
896 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
897 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
898 :     chomp $id2_link;
899 :    
900 :     my @in_sub = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
901 :     my $in_sub;
902 :     if (@in_sub > 0) {
903 :     $in_sub = @in_sub;
904 :     } else {
905 : overbeek 1.74 $in_sub = "&nbsp;";
906 : overbeek 1.63 }
907 :    
908 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
909 :     my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $id2, $user ) );
910 :     ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
911 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
912 :     my $color3="#FFFFFF";
913 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
914 :    
915 :     #
916 :     # Colorize organisms:
917 :     #
918 :     # my $org = html_enc( &org_of($fig_or_sprout, $id2 ) );
919 :     my ($org,$oc) = &org_and_color_of($fig_or_sprout, $id2 );
920 :     $org = html_enc( $org );
921 :    
922 :     my $aliases = html_enc( join( ", ", &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$id2) ) );
923 : overbeek 1.68
924 : overbeek 1.64 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases);
925 : overbeek 1.63
926 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
927 :    
928 : overbeek 1.74 $func2 = $func2 ? $func2 : "&nbsp;";
929 :     $aliases = $aliases ? $aliases : "&nbsp;";
930 :    
931 : overbeek 1.63 push( @$html, "\t<TR>\n",
932 :     #
933 :     # Colorize check box by Domain
934 :     #
935 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
936 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
937 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc</TD>\n",
938 : overbeek 1.65 "\t\t<TD>$in_sub</TD>",
939 : overbeek 1.63 $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
940 :     "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
941 :     #
942 :     # Colorize organism by Domain
943 :     #
944 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
945 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
946 :     "\t\t<TD>$aliases</TD>\n",
947 :     "\t</TR>\n"
948 :     );
949 :     }
950 :     push( @$html, "</TABLE>\n" );
951 :     push( @$html, $cgi->end_form );
952 :     }
953 :    
954 :    
955 :     sub print_similarities_SEED {
956 :     my( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
957 : efrank 1.1
958 : golsen 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
959 : golsen 1.76 my $current_func = &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $peg, $user );
960 : efrank 1.1
961 : golsen 1.100 push @$html, $cgi->hr,
962 :     "<a name=Similarities>", # Put an anchor on the heading
963 :     $cgi->h2('Similarities'),
964 :     "</a>\n";
965 : golsen 1.34
966 : golsen 1.76 # Generate the request form, and return current option values in hash
967 : efrank 1.1
968 : golsen 1.76 my $short_form = 0;
969 : golsen 1.98 my $SimParams = sims_request_form( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form );
970 : overbeek 1.51
971 : golsen 1.76 my $maxN = $SimParams->{ maxN };
972 :     my $maxP = $SimParams->{ maxP };
973 :     my $max_expand = $SimParams->{ max_expand };
974 : golsen 1.98 my $select = $SimParams->{ select };
975 : golsen 1.76 my $show_env = $SimParams->{ show_env };
976 :     my $hide_alias = $SimParams->{ hide_alias };
977 : overbeek 1.90 my $group_by_genome = $SimParams->{ group_by_genome };
978 : golsen 1.98
979 :     # These are active, but the values are only used in sims()
980 :     # my $extra_opt = $SimParams->{ extra_opt };
981 :     # my $min_q_cov = $SimParams->{ min_q_cov };
982 :     # my $min_s_cov = $SimParams->{ min_s_cov };
983 :     # my $min_sim = $SimParams->{ min_sim };
984 :     # my $sim_meas = $SimParams->{ sim_meas };
985 :     # my $sort_by = $SimParams->{ sort_by };
986 :    
987 : golsen 1.76 # None of these are currently active: -- GJO
988 : golsen 1.98 # my $show_rep = $SimParams->{ show_rep };
989 :     # my $max_sim = $SimParams->{ max_sim };
990 :     # my $dyn_thrsh = $SimParams->{ dyn_thrsh };
991 :     # my $save_dist = $SimParams->{ save_dist };
992 :     # my $chk_which = $SimParams->{ chk_which };
993 : efrank 1.1
994 : golsen 1.76 # There is currently no control to turn this on! -- GJO
995 :     my $expand_groups = $SimParams->{ expand_groups };
996 : efrank 1.1
997 : golsen 1.76 # Move filtering of sims list out of display loop. Avoids many problems,
998 :     # including display of table with no entries. Anticipate more filters.
999 :     # -- GJO
1000 : golsen 1.97 #
1001 : golsen 1.98 # All the filtering is now done in get_raw_sims and expand_raw_sims. -- GJO
1002 : golsen 1.76
1003 : golsen 1.98 my @sims = sims( $fig_or_sprout,
1004 :     $peg,
1005 :     $maxN,
1006 :     $maxP,
1007 :     $select,
1008 :     $max_expand,
1009 :     $group_by_genome,
1010 :     $SimParams
1011 :     );
1012 : golsen 1.77
1013 : golsen 1.76 if ( @sims ) {
1014 :     push( @$html, $cgi->hr );
1015 :     my @from = $cgi->radio_group( -name => 'from',
1016 :     -nolabels => 1,
1017 :     -override => 1,
1018 :     -values => [ "", $peg, map { $_->id2 } @sims ]
1019 :     );
1020 : parrello 1.60
1021 :     my $target = "window$$";
1022 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
1023 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
1024 : golsen 1.76 -target => $target,
1025 :     -action => 'fid_checked.cgi',
1026 :     -name => 'fid_checked'
1027 : parrello 1.60 ),
1028 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
1029 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
1030 :     $cgi->br,
1031 :     "For Selected (checked) sequences: ",
1032 :     $cgi->submit('align'),
1033 :     $cgi->submit('view annotations'),
1034 : golsen 1.106 $cgi->submit('get sequences'),
1035 : parrello 1.60 $cgi->submit('show regions')
1036 :     );
1037 :    
1038 :     if ($user) {
1039 :     my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
1040 :     push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
1041 : golsen 1.100 "<a href=$help_url target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
1042 : parrello 1.60 $cgi->br, $cgi->br,
1043 :     $cgi->submit('assign/annotate')
1044 :     );
1045 :    
1046 :     if ($cgi->param('translate')) {
1047 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
1048 :     $cgi->submit('check rules'),
1049 :     $cgi->br
1050 :     );
1051 :     }
1052 :     }
1053 : efrank 1.1
1054 : parrello 1.60 push( @$html, $cgi->br,
1055 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
1056 :     -value => $peg,
1057 :     -override => 1,
1058 :     -checked => 1,
1059 :     -label => ""
1060 :     )
1061 :     );
1062 :    
1063 :     my $col_hdrs;
1064 : golsen 1.100 my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">colors explained</A>)";
1065 : golsen 1.102 my $func_clr_help = "(<A href=\"Html/function_colors.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">function colors explained</A>)";
1066 : golsen 1.97
1067 : parrello 1.60 if ($user && $cgi->param('translate')) {
1068 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
1069 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
1070 : golsen 1.97 "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
1071 : parrello 1.60 );
1072 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
1073 :     $expand_groups ? "family" : (),
1074 :     $expand_groups ? "size" : (),
1075 :     "Similar sequence",
1076 :     "E-val<br>% iden",
1077 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
1078 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
1079 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
1080 : overbeek 1.90 "In Sub",
1081 : golsen 1.97 "Function<br>$func_clr_help",
1082 : parrello 1.60 "Organism",
1083 : overbeek 1.90 (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
1084 : parrello 1.60 ];
1085 :     } elsif ($user) {
1086 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
1087 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
1088 : golsen 1.97 "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
1089 : parrello 1.60 );
1090 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
1091 :     $expand_groups ? "family" : (),
1092 :     $expand_groups ? "size" : (),
1093 :     "Similar sequence",
1094 :     "E-val<br>% iden",
1095 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
1096 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
1097 :     "ASSIGN from",
1098 :     "In Sub",
1099 : golsen 1.97 "Function<br>$func_clr_help",
1100 : parrello 1.60 "Organism",
1101 : overbeek 1.90 (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
1102 : parrello 1.60 ];
1103 :     } else {
1104 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
1105 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
1106 :     $expand_groups ? "family" : (),
1107 :     $expand_groups ? "size" : (),
1108 :     "Similar sequence",
1109 :     "E-val<br>% iden",
1110 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
1111 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
1112 : golsen 1.97 "In Sub",
1113 :     "Function<br>$func_clr_help",
1114 : parrello 1.60 "Organism",
1115 : overbeek 1.90 (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
1116 : parrello 1.60 ];
1117 :     }
1118 : efrank 1.1
1119 : redwards 1.37 # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
1120 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("fid_checked", "checked"), $cgi->br);
1121 :    
1122 : parrello 1.60 #
1123 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
1124 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
1125 :     #
1126 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
1127 :    
1128 :     my $ncol = @$col_hdrs;
1129 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
1130 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
1131 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
1132 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
1133 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
1134 :     );
1135 :    
1136 : golsen 1.97 #
1137 : golsen 1.93 # Grouping by genome is hard to see. This is an attempt to make it more obvious
1138 :     # by consolidating the "Organism" for all rows in which it is repeated. -- GJO
1139 : golsen 1.97 #
1140 :     # Let's figure out the function here too. This will allow color to be
1141 :     # specific for more than one function. For example, we can color:
1142 :     #
1143 :     # Identical function white
1144 :     # Most common alternative brown
1145 :     # Next most common alternatives red, orange, yellow, green, blue, and violet
1146 :     # Any additional alternatives gray
1147 :     #
1148 : golsen 1.93
1149 :     my $sim;
1150 : golsen 1.97 my ( $id2, $func, $genome, $org, $color, $info, $prev_genome, $prev_sim );
1151 :     my %func_cnt = ();
1152 :    
1153 : golsen 1.93 foreach $sim ( @sims ) {
1154 :     $id2 = $sim->id2;
1155 : golsen 1.97
1156 :     $func = html_enc( scalar trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $id2, $user ) );
1157 :     $func && $func_cnt{ $func }++;
1158 :    
1159 : golsen 1.93 if ( $group_by_genome && ( ( $genome ) = $id2 =~ /fig\|(\d+\.\d+)\./ )
1160 :     && ( $genome eq $prev_genome ) )
1161 :     {
1162 : golsen 1.97 $prev_sim->[-1]->[3]++; # Increase row span of org
1163 :     push @$sim, [ $func, "", $color, 0 ]; # No org name, prev_color, no row span
1164 : golsen 1.93 }
1165 :     else
1166 :     {
1167 :     ( $org, $color ) = org_and_color_of( $fig_or_sprout, $id2 );
1168 : golsen 1.97 push @$sim, [ $func, html_enc( $org ), $color, 1 ];
1169 : golsen 1.93 $prev_genome = $genome || "";
1170 :     $prev_sim = $sim;
1171 :     }
1172 :     }
1173 :    
1174 : golsen 1.97 # Build a function to color translation table based on frequence of function.
1175 :     # Reserve white for the current function.
1176 :    
1177 :     my %func_color;
1178 :     $func_cnt{ $current_func } && delete $func_cnt{ $current_func };
1179 :     $func_color{ $current_func } = "#FFFFFF";
1180 :    
1181 :     # Assign other colors until we run out:
1182 :    
1183 :     my @colors = qw( #EECCAA #FFAAAA #FFCC66 #FFFF00 #AAFFAA #BBBBFF #FFAAFF );
1184 :     for ( sort { $func_cnt{ $b } <=> $func_cnt{ $a } } keys %func_cnt )
1185 :     {
1186 :     $func_color{ $_ } = ( shift @colors ) || "#DDDDDD";
1187 :     }
1188 :    
1189 : parrello 1.60 # Add the table data, row-by-row
1190 :    
1191 : overbeek 1.90 my $alia = (! $hide_alias);
1192 : parrello 1.60 foreach $sim ( @sims ) {
1193 :     my $id2 = $sim->id2;
1194 : golsen 1.76
1195 : parrello 1.60 my $cbox = &translatable($fig_or_sprout,$id2) ?
1196 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
1197 :    
1198 :     my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
1199 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = &in_family($fig_or_sprout,$id2))) {
1200 :     $sz = &sz_family($fig_or_sprout,$family);
1201 :     $funcF = html_enc( &family_function($fig_or_sprout,$family) );
1202 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
1203 :     } else {
1204 :     $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
1205 :     }
1206 :    
1207 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
1208 :     chomp $id2_link;
1209 :    
1210 :     my @in_sub = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
1211 :     my $in_sub;
1212 :     if (@in_sub > 0) {
1213 :     $in_sub = @in_sub;
1214 :     } else {
1215 : overbeek 1.74 $in_sub = "&nbsp;";
1216 : parrello 1.60 }
1217 :    
1218 :     my $psc = $sim->psc;
1219 :     my $iden = $sim->iden;
1220 :     my $ln1 = $sim->ln1;
1221 :     my $ln2 = $sim->ln2;
1222 :     my $b1 = $sim->b1;
1223 :     my $e1 = $sim->e1;
1224 :     my $b2 = $sim->b2;
1225 :     my $e2 = $sim->e2;
1226 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1227 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1228 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1229 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
1230 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1231 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
1232 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
1233 : golsen 1.97
1234 :     # Retrieve the Function and Organism data that was pushed on the end of the sim:
1235 :    
1236 :     my ( $func2, $org, $oc, $rowspan ) = @{$sim->[-1]};
1237 : golsen 1.93
1238 :     ## RAE Added color3. This will color function cells that do not match the original
1239 : parrello 1.60 ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
1240 : golsen 1.97
1241 :     my $color3 = $func2 && $func_color{ $func2 } || "#DDDDDD";
1242 : parrello 1.60
1243 : golsen 1.93 if ( $funcF && ( $funcF ne $func2 ) ) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
1244 : golsen 1.97 $func2 ||= "&nbsp;";
1245 : parrello 1.60
1246 : golsen 1.97 my $aliases = undef;
1247 :     if ( $alia )
1248 :     {
1249 :     $aliases = html_enc( join( ", ", &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$id2) ) );
1250 :     $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );
1251 :     $aliases ||= "&nbsp;";
1252 :     }
1253 : parrello 1.60
1254 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
1255 :    
1256 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
1257 :     #
1258 :     # Colorize check box by Domain
1259 :     #
1260 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
1261 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
1262 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
1263 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
1264 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
1265 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
1266 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
1267 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
1268 : golsen 1.100 "\t\t<TD Align=center>$in_sub</TD>",
1269 : parrello 1.60 "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
1270 :     #
1271 :     # Colorize organism by Domain
1272 :     #
1273 : golsen 1.93 $rowspan ? "\t\t<TD Rowspan=$rowspan Bgcolor=$oc>$org</TD>\n" : (),
1274 : parrello 1.60 $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
1275 :     "\t</TR>\n"
1276 :     );
1277 :     }
1278 : overbeek 1.11
1279 : parrello 1.60 push( @$html, "</TABLE>\n" );
1280 :     push( @$html, $cgi->end_form );
1281 : efrank 1.1 }
1282 :     }
1283 :    
1284 : golsen 1.18 #
1285 :     # Support functions for writing the similarities
1286 :     #
1287 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
1288 :     #
1289 :    
1290 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1291 :    
1292 :     #
1293 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
1294 :     # matching region.
1295 :     #
1296 :     # Left side is red; right side is blue.
1297 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
1298 :     #
1299 :    
1300 :     sub match_color {
1301 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
1302 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
1303 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
1304 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
1305 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
1306 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
1307 :     my $br = 1;
1308 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
1309 :     }
1310 :    
1311 :     #
1312 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
1313 :     #
1314 :    
1315 :     sub hsb2rgb {
1316 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
1317 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
1318 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
1319 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
1320 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
1321 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
1322 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
1323 :     )
1324 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
1325 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
1326 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
1327 :     );
1328 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
1329 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
1330 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
1331 :     )
1332 :     }
1333 :    
1334 :     #
1335 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
1336 :     #
1337 :    
1338 :     sub rgb2html {
1339 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
1340 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
1341 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
1342 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
1343 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
1344 :     }
1345 :    
1346 :     #
1347 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
1348 :     #
1349 :    
1350 :     sub floor {
1351 :     my $x = $_[0];
1352 :     defined( $x ) || return undef;
1353 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
1354 :     }
1355 :    
1356 :    
1357 : golsen 1.76 #------------------------------------------------------------------------
1358 :     # Generate similarity query forms for the SEED. Consolidates things like
1359 :     # style and defaults in one place.
1360 :     #
1361 :     # my $user = $cgi->param('user') || "";
1362 :     # my $short_form = 0;
1363 :     # my $SimParam = sims_request_form( $fig, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form );
1364 :     #------------------------------------------------------------------------
1365 :    
1366 :     sub sims_request_form {
1367 :     my ( $fig, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form ) = @_;
1368 :    
1369 :     # Read available parameters, and fill in defaults:
1370 :    
1371 :     my $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 50;
1372 :     my $max_expand = defined( $cgi->param('max_expand') ) ? $cgi->param('max_expand') : 5;
1373 :     my $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
1374 : golsen 1.98 my $select = $cgi->param('select') || 'all';
1375 :     my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
1376 :     my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
1377 : golsen 1.100 my $sort_by = $cgi->param('sort_by') || 'bits';
1378 : golsen 1.98 my $group_by_genome = $cgi->param('group_by_genome') || 0;
1379 :     my $trans_role = $cgi->param('translate') || 0;
1380 :     my $expand_groups = $cgi->param('expand_groups') || 0;
1381 : golsen 1.76
1382 : golsen 1.77 # New similarity options
1383 :    
1384 :     # Act on request for more or fewer sim options
1385 : golsen 1.76
1386 :     my $extra_opt = defined( $cgi->param('extra_opt') ) ? $cgi->param('extra_opt') : 0;
1387 : golsen 1.77 if ( $cgi->param('more sim options') ) {
1388 :     $extra_opt = 1;
1389 :     $cgi->delete('more sim options');
1390 :     }
1391 :     if ( $cgi->param('fewer sim options') ) {
1392 :     $extra_opt = 0;
1393 :     $cgi->delete('fewer sim options');
1394 :     }
1395 :    
1396 :     # Make defaults completely open (match original behavior)
1397 :    
1398 :     my $min_sim = $extra_opt && defined( $cgi->param('min_sim') ) ? $cgi->param('min_sim') : 0;
1399 : golsen 1.100 my $sim_meas = $extra_opt && defined( $cgi->param('sim_meas') ) ? $cgi->param('sim_meas') : 'id';
1400 : golsen 1.77 my $min_q_cov = $extra_opt && defined( $cgi->param('min_q_cov') ) ? $cgi->param('min_q_cov') : 0;
1401 :     my $min_s_cov = $extra_opt && defined( $cgi->param('min_s_cov') ) ? $cgi->param('min_s_cov') : 0;
1402 : golsen 1.76
1403 : golsen 1.77 # New parameters. Not yet implimented.
1404 : golsen 1.76 # The defaults for representative sequences might be tuned:
1405 :    
1406 : golsen 1.77 my $show_rep = $extra_opt && defined( $cgi->param('show_rep') ) ? $cgi->param('show_rep') : 0;
1407 :     my $max_sim = $extra_opt && defined( $cgi->param('max_sim') ) ? $cgi->param('max_sim') : 0.70;
1408 :     my $dyn_thrsh = $extra_opt && defined( $cgi->param('dyn_thrsh') ) ? $cgi->param('dyn_thrsh') : 0;
1409 :     my $save_dist = $extra_opt && defined( $cgi->param('save_dist') ) ? $cgi->param('save_dist') : 0.80;
1410 : golsen 1.76
1411 :     # Mark some of the sequences automatically?
1412 :    
1413 : golsen 1.77 my $chk_which = $extra_opt && defined( $cgi->param('chk_which') ) ? $cgi->param('chk_which') : 'none';
1414 :    
1415 : golsen 1.76 # Use $cgi->param('more similarities') to drive increase in maxN and max_expand
1416 :    
1417 :     if ( $cgi->param('more similarities') ) {
1418 :     $maxN *= 2;
1419 :     $max_expand *= 2;
1420 :     $cgi->delete('more similarities');
1421 :     }
1422 :    
1423 : golsen 1.100 # Sanity checks on fixed vocabulary parameter values:
1424 : golsen 1.76
1425 : golsen 1.102 my %select_opts = map { ( $_, 1 ) } qw( all fig figx fig_pref figx_pref );
1426 :     my %sort_opts = map { ( $_, 1 ) } qw( bits id id2 bpp bpp2 );
1427 :     my %sim_meas_opts = map { ( $_, 1 ) } qw( id bpp );
1428 :     my %chk_which_opts = map { ( $_, 1 ) } qw( none all rep );
1429 :    
1430 :     $select = 'all' unless $select_opts{ $select };
1431 :     $sort_by = 'bits' unless $sort_opts{ $sort_by };
1432 :     $sim_meas = 'id' unless $sim_meas_opts{ $sim_meas };
1433 :     $chk_which = 'none' unless $chk_which_opts{ $chk_which };
1434 : golsen 1.76
1435 : golsen 1.100 # We have processed all options. Use them to build forms.
1436 : golsen 1.76
1437 :     # Checkmarks for input tags
1438 :    
1439 : golsen 1.102 my $chk_select_all = select_if( $select eq 'all' );
1440 :     my $chk_select_figp = select_if( $select eq 'fig_pref' );
1441 :     my $chk_select_figxp = select_if( $select eq 'figx_pref' );
1442 :     my $chk_select_fig = select_if( $select eq 'fig' );
1443 :     my $chk_select_figx = select_if( $select eq 'figx' );
1444 :     my $chk_show_env = chked_if( $show_env );
1445 :     my $chk_hide_alias = chked_if( $hide_alias );
1446 : overbeek 1.90 my $chk_group_by_genome = chked_if( $group_by_genome );
1447 : golsen 1.102 my $chk_sort_by_id = select_if( $sort_by eq 'id' );
1448 :     my $chk_sort_by_id2 = select_if( $sort_by eq 'id2' );
1449 :     my $chk_sort_by_bits = select_if( $sort_by eq 'bits' );
1450 :     my $chk_sort_by_bpp = select_if( $sort_by eq 'bpp' );
1451 :     my $chk_sort_by_bpp2 = select_if( $sort_by eq 'bpp2' );
1452 : golsen 1.76
1453 :     # Features unique to the long form:
1454 :    
1455 :     if ( $short_form )
1456 :     {
1457 :     # Use a here document to push the short version of the similarities form
1458 :     # on @$html (many values are passed as hidden inputs).
1459 :    
1460 :     push @$html, <<"End_Short_Form";
1461 :    
1462 :     <FORM Action=\"protein.cgi#Similarities\">
1463 :     <input type=hidden name=prot value=\"$peg\">
1464 :     <input type=hidden name=sims value=1>
1465 :     <input type=hidden name=fid value=\"$peg\">
1466 :     <input type=hidden name=user value=\"$user\">
1467 :     <input type=hidden name=translate value=$trans_role>
1468 :    
1469 : golsen 1.103 &nbsp;&nbsp;&nbsp; Max sims:<input type=text name=maxN size=5 value=$maxN> &nbsp;&nbsp;
1470 : golsen 1.100 Max expand:<input type=text name=max_expand size=5 value=$max_expand> &nbsp;&nbsp;
1471 :     Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP> &nbsp;&nbsp;
1472 : golsen 1.98 <select name=select>
1473 : golsen 1.102 <option value=all $chk_select_all>Show all databases</option>
1474 :     <option value=fig_pref $chk_select_figp>Prefer FIG IDs (to max exp)</option>
1475 :     <option value=figx_pref $chk_select_figxp>Prefer FIG IDs (all)</option>
1476 :     <option value=fig $chk_select_fig>Just FIG IDs (to max exp)</option>
1477 :     <option value=figx $chk_select_figx>Just FIG IDs (all)</option>
1478 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1479 :     Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env> &nbsp;&nbsp;
1480 : golsen 1.98 Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias><br />
1481 :    
1482 : golsen 1.103 <input type=submit name=Similarities value=Similarities> &nbsp;&nbsp;
1483 : golsen 1.98 Sort by
1484 :     <select name=sort_by>
1485 : golsen 1.101 <option value=bits $chk_sort_by_bits>score</option>
1486 :     <option value=id2 $chk_sort_by_id2>percent identity*</option>
1487 :     <option value=bpp2 $chk_sort_by_bpp2>score per position*</option>
1488 : golsen 1.98 <option value=id $chk_sort_by_id>percent identity</option>
1489 :     <option value=bpp $chk_sort_by_bpp>score per position</option>
1490 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1491 :     Group by genome:<input type=checkbox name=group_by_genome value=1 $chk_group_by_genome>
1492 :     &nbsp;&nbsp;&nbsp;
1493 :     <A href=\"Html/similarities_options.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Help with SEED similarities options</A><BR />
1494 : golsen 1.76 </FORM>
1495 : golsen 1.100
1496 : golsen 1.76 End_Short_Form
1497 :    
1498 :     }
1499 :     else
1500 :     {
1501 :     # Navigation buttons
1502 :    
1503 :     my ( $prev_peg_btn, $next_peg_btn ) = ( "", "" );
1504 :     my ( $prefix, $protnum ) = $peg =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
1505 :     if ( $prefix && $protnum ) {
1506 :     if ( ( $protnum > 1 ) && &translatable( $fig_or_sprout, $prefix . ($protnum-1) ) )
1507 :     {
1508 :     $prev_peg_btn = $cgi->submit('previous PEG');
1509 :     }
1510 :     if ( &translatable( $fig_or_sprout, $prefix . ($protnum+1) ) )
1511 :     {
1512 :     $next_peg_btn = $cgi->submit('next PEG');
1513 :     }
1514 :     }
1515 :    
1516 :     # Add/remove extra options button
1517 :    
1518 :     my $extra_opt_btn = $extra_opt ? $cgi->submit('fewer sim options')
1519 :     : $cgi->submit('more sim options');
1520 :    
1521 :     # Checkmarks for input tags
1522 :    
1523 :     my $chk_sim_meas_id = select_if( $sim_meas eq 'id' );
1524 :     my $chk_sim_meas_bpp = select_if( $sim_meas eq 'bpp' );
1525 :     my $chk_show_rep = chked_if( $show_rep );
1526 :     my $chk_dyn_thrsh = chked_if( $dyn_thrsh );
1527 :     my $chk_chk_none = select_if( $chk_which eq 'none' );
1528 :     my $chk_chk_all = select_if( $chk_which eq 'all' );
1529 :     my $chk_chk_rep = select_if( $chk_which eq 'rep' );
1530 :    
1531 : golsen 1.77 # Finally time to write some HTML
1532 :     #
1533 : golsen 1.76 # Default options
1534 :    
1535 :     push @$html, <<"End_Default_Options";
1536 : golsen 1.98
1537 : golsen 1.76 <FORM Action=\"protein.cgi#Similarities\">
1538 :     <input type=hidden name=prot value=\"$peg\">
1539 :     <input type=hidden name=sims value=1>
1540 :     <input type=hidden name=fid value=\"$peg\">
1541 :     <input type=hidden name=user value=\"$user\">
1542 :     <input type=hidden name=translate value=$trans_role>
1543 :    
1544 : golsen 1.100 Max sims:<input type=text name=maxN size=5 value=$maxN> &nbsp;&nbsp;
1545 :     Max expand:<input type=text name=max_expand size=5 value=$max_expand> &nbsp;&nbsp;
1546 :     Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP> &nbsp;&nbsp;
1547 : golsen 1.98 <select name=select>
1548 : golsen 1.102 <option value=all $chk_select_all>Show all databases</option>
1549 :     <option value=fig_pref $chk_select_figp>Prefer FIG IDs (to max exp)</option>
1550 :     <option value=figx_pref $chk_select_figxp>Prefer FIG IDs (all)</option>
1551 :     <option value=fig $chk_select_fig>Just FIG IDs (to max exp)</option>
1552 :     <option value=figx $chk_select_figx>Just FIG IDs (all)</option>
1553 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1554 :     Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env> &nbsp;&nbsp;
1555 : golsen 1.98 Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias><br />
1556 :    
1557 :     Sort by
1558 :     <select name=sort_by>
1559 : golsen 1.101 <option value=bits $chk_sort_by_bits>score</option>
1560 :     <option value=id2 $chk_sort_by_id2>percent identity*</option>
1561 :     <option value=bpp2 $chk_sort_by_bpp2>score per position*</option>
1562 : golsen 1.98 <option value=id $chk_sort_by_id>percent identity</option>
1563 :     <option value=bpp $chk_sort_by_bpp>score per position</option>
1564 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1565 :     Group by genome:<input type=checkbox name=group_by_genome value=1 $chk_group_by_genome> &nbsp;&nbsp;&nbsp;
1566 :     <A href=\"Html/similarities_options.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Help with SEED similarities options</A><br />
1567 : golsen 1.76 End_Default_Options
1568 :    
1569 :     # Extra options
1570 :    
1571 :     push @$html, <<"End_Extra_Options" if $extra_opt;
1572 : golsen 1.77 <input type=hidden name=extra_opt value=\"$extra_opt\">
1573 :    
1574 : golsen 1.76 Min similarity:<input type=text name=min_sim size=5 value=$min_sim>
1575 : golsen 1.98 defined by
1576 : golsen 1.76 <select name=sim_meas>
1577 : golsen 1.98 <option value=id $chk_sim_meas_id>identities (0-100%)</option>
1578 :     <option value=bpp $chk_sim_meas_bpp>score per position (0-2 bits)</option>
1579 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1580 :     Min query cover (%):<input type=text name=min_q_cov size=5 value=$min_q_cov> &nbsp;&nbsp;
1581 : golsen 1.98 Min subject cover (%):<input type=text name=min_s_cov size=5 value=$min_s_cov><br />
1582 : golsen 1.76
1583 : golsen 1.77 <!-- Hide unimplimented options
1584 : golsen 1.76 <TABLE Cols=2>
1585 :     <TR>
1586 :     <TD Valign=top><input type=checkbox name=show_rep $chk_show_rep></TD>
1587 :     <TD> Show only representative sequences whose similarities to one another
1588 :     are less than <input type=text size=5 name=max_sim value=$max_sim>
1589 :     <br />
1590 :     <input type=checkbox name=dyn_thrsh value=1 $chk_dyn_thrsh> But keep sequences
1591 :     that are at least <input type=text size=5 name=save_dist value=$save_dist>
1592 :     times as distant from one another as from the query</TD>
1593 :     </TR>
1594 :     </TABLE>
1595 :    
1596 : golsen 1.77 <input type=hidden name=chk_which value=\"$chk_which\">
1597 :    
1598 : golsen 1.76 Automatically Select (check) which sequences:<select name=chk_which>
1599 :     <option value=none $chk_chk_none>none</option>
1600 :     <option value=all $chk_chk_all>all shown</option>
1601 :     <option value=rep $chk_chk_rep>representative set</option>
1602 :     </select><br />
1603 : golsen 1.77 -->
1604 : golsen 1.76 End_Extra_Options
1605 :    
1606 :     # Submit buttons
1607 :    
1608 :     push @$html, <<"End_of_Buttons";
1609 :     <input type=submit name='resubmit' value='resubmit'>
1610 :     <input type=submit name='more similarities' value='more similarities'>
1611 :     $prev_peg_btn
1612 :     $next_peg_btn
1613 : golsen 1.77 $extra_opt_btn
1614 : golsen 1.76 </FORM>
1615 : golsen 1.100
1616 : golsen 1.76 End_of_Buttons
1617 :    
1618 :     }
1619 :    
1620 :     # Return the current parameter values in a hash
1621 :    
1622 :     { maxN => $maxN,
1623 :     maxP => $maxP,
1624 :     max_expand => $max_expand,
1625 : golsen 1.98 select => $select,
1626 : golsen 1.76 show_env => $show_env,
1627 :     hide_alias => $hide_alias,
1628 : overbeek 1.90 group_by_genome => $group_by_genome,
1629 : golsen 1.76 trans_role => $trans_role,
1630 :     extra_opt => $extra_opt,
1631 :     min_sim => $min_sim,
1632 :     min_q_cov => $min_q_cov,
1633 :     min_s_cov => $min_s_cov,
1634 :     sim_meas => $sim_meas,
1635 : golsen 1.98 sort_by => $sort_by,
1636 : golsen 1.76 show_rep => $show_rep,
1637 :     max_sim => $max_sim,
1638 :     dyn_thrsh => $dyn_thrsh,
1639 :     save_dist => $save_dist,
1640 :     chk_which => $chk_which,
1641 :     expand_groups => $expand_groups
1642 :     }
1643 :     }
1644 :    
1645 :    
1646 :     #------------------------------------------------------------------------
1647 :     # Auxilliary function to acivate checkmark for input fields
1648 :     #------------------------------------------------------------------------
1649 :     sub chked_if { $_[0] ? 'checked ' : '' }
1650 :    
1651 :     sub select_if { $_[0] ? 'selected ' : '' }
1652 :    
1653 :    
1654 :    
1655 : efrank 1.1 ################# Context on the Chromosome ############################
1656 :    
1657 :     sub print_context {
1658 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
1659 : olson 1.56
1660 : olson 1.57 if ($beg eq $end) { cluck "Have zero len"; }
1661 : efrank 1.1 my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
1662 : overbeek 1.81 my($fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
1663 : efrank 1.1
1664 : overbeek 1.41
1665 :     my $user = $cgi->param('user');
1666 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1667 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"),
1668 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
1669 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg),
1670 : overbeek 1.44 $cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1),
1671 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1672 :    
1673 : overbeek 1.53 my %in_cluster = map { $_ => 1 } &in_cluster_with($fig_or_sprout,$peg);
1674 : efrank 1.1
1675 : overbeek 1.73 my $col_hdrs;
1676 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
1677 :     {
1678 : overbeek 1.81 $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","","","aliases"];
1679 : overbeek 1.73 }
1680 :     else
1681 :     {
1682 : overbeek 1.81 $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","aliases"];
1683 : overbeek 1.73 }
1684 :    
1685 : efrank 1.1 my($tab) = [];
1686 :     my $genes = [];
1687 : parrello 1.60
1688 : overbeek 1.53 my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
1689 : efrank 1.1
1690 :     my($role,$role1,%related_roles);
1691 : parrello 1.60 foreach $role (&roles_of_function($peg_function)) {
1692 :     foreach $role1 (&neighborhood_of_role($fig_or_sprout,$role)) {
1693 :     $related_roles{$role1} = 1;
1694 :     }
1695 : efrank 1.1 }
1696 : parrello 1.60 foreach $fid1 (@$feat) {
1697 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
1698 : efrank 1.1
1699 : parrello 1.60 my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid1) );
1700 : olson 1.48 my $uniprot;
1701 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
1702 :     # print STDERR "$1\n";
1703 :     $uniprot = $1;
1704 :     }
1705 : overbeek 1.68 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases),
1706 :     $aliases =~ s/SPROUT=1/SPROUT=0/g;
1707 :     $aliases =~ s/[&;]user=[^&;]+[;&]/;/g;
1708 : overbeek 1.74 $aliases = $aliases ? $aliases : "&nbsp;";
1709 : overbeek 1.68
1710 : overbeek 1.73 my($to_seed,$to_gbrowse);
1711 :     $to_seed = $to_gbrowse = "";
1712 :     if ($cgi->param('SPROUT') && ($fid1 =~ /peg/))
1713 :     {
1714 :     $to_seed = &cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid1";
1715 :     $to_gbrowse = &cgi_url . $fig_or_sprout->get_gbrowse_feature_link($fid1);
1716 :     }
1717 :    
1718 :    
1719 : overbeek 1.68 ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid1));;
1720 :     $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
1721 :    
1722 :     my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid1);
1723 : olson 1.48 my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid1, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
1724 :    
1725 : parrello 1.60 if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
1726 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
1727 :     else { $color = "red" }
1728 :    
1729 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/) {
1730 :     $n = $1;
1731 : overbeek 1.63 my $sprout = $cgi->param('SPROUT');
1732 :     $sprout = $sprout ? $sprout : "";
1733 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user&SPROUT=$sprout";
1734 : parrello 1.60 } elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/) {
1735 :     $n = uc $1;
1736 :     $link = "";
1737 :     } else {
1738 :     $n ="";
1739 :     $link = "";
1740 :     }
1741 :    
1742 :     push(@$genes,[&min($beg1,$end1),&max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link,$info]);
1743 :     if ($max_so_far) {
1744 :     $gap = (&min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
1745 :     } else {
1746 :     $gap = "";
1747 :     }
1748 :     $max_so_far = &max($beg1,$end1);
1749 : olson 1.48
1750 : efrank 1.1
1751 : overbeek 1.74 $in_neighborhood = "&nbsp;";
1752 : parrello 1.60 if (&ftype($fid1) eq "peg") {
1753 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$fid1,$user);
1754 :     foreach $role (&roles_of_function($comment)) {
1755 :     if ($related_roles{$role}) {
1756 :     $in_neighborhood = "*";
1757 :     }
1758 :     }
1759 :     } else {
1760 :     $comment = "";
1761 :     }
1762 : overbeek 1.84 $comment = &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,&genome_of($fid1),$comment);
1763 : parrello 1.60 if ($fid1 eq $peg) {
1764 :     $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
1765 :     }
1766 :     $sz = abs($end1-$beg1)+1;
1767 :    
1768 : overbeek 1.74 my $must_have = (($fid1 eq $peg) || (! $fc)) ? "&nbsp;" : $cgi->checkbox(-name => 'must_have',
1769 : parrello 1.60 -value => $fid1,
1770 :     -checked => 0,
1771 :     -override => 1,
1772 :     -label => "");
1773 : overbeek 1.74
1774 :     $comment = $comment ? $comment : "&nbsp;";
1775 : overbeek 1.73 if ($cgi->param('SPROUT'))
1776 :     {
1777 : olson 1.83 my($s_link, $g_link);
1778 :     if (0)
1779 :     {
1780 :     $s_link = "<a href=$to_seed>S</a>";
1781 :     $g_link = "<a href=$to_gbrowse>G</a>";
1782 :     }
1783 :     else
1784 :     {
1785 :     $s_link = "<a href=$to_seed><img src=\"Html/button-s.png\" border=\"0\"></a>";
1786 :     $g_link = "<a href=$to_gbrowse><img src=\"Html/button-g.png\" border=\"0\"></a>";
1787 :     }
1788 : overbeek 1.73 push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1789 :     $must_have,
1790 :     $fc,$in_neighborhood,
1791 :     $comment,
1792 : olson 1.83 $s_link,
1793 :     $g_link,
1794 : overbeek 1.81 $aliases]);
1795 : overbeek 1.73 }
1796 :     else
1797 :     {
1798 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1799 :     $must_have,
1800 :     $fc,$in_neighborhood,
1801 :     $comment,
1802 : overbeek 1.81 $aliases]);
1803 : overbeek 1.73 }
1804 : efrank 1.1 }
1805 : overbeek 1.104 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1 from base $beg to $end (".(abs($end-$beg)+1)." bp)"));
1806 : overbeek 1.41 push(@$html,$cgi->br,$cgi->submit('pin with checked genes'),$cgi->end_form,$cgi->br);
1807 : overbeek 1.53 return ($beg,$end,$genes);
1808 :     }
1809 :    
1810 :     sub print_graphics_context {
1811 :     my($beg,$end,$genes,$html) = @_;
1812 :    
1813 :     my $map = ["",$beg,$end,$genes];
1814 :     my $gg = [$map];
1815 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
1816 : efrank 1.1 return;
1817 :     }
1818 :    
1819 :     sub assign_link {
1820 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
1821 :     my($assign_url,$assign_link);
1822 :    
1823 : parrello 1.60 if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func))) {
1824 :     $cgi->delete('request');
1825 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
1826 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
1827 :     } else {
1828 :     $assign_link = "";
1829 : efrank 1.1 }
1830 :     return $assign_link;
1831 :     }
1832 :    
1833 :     sub pin_link {
1834 :     my($cgi,$peg) = @_;
1835 :     my $user = $cgi->param('user');
1836 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1837 :    
1838 : overbeek 1.63 # RAO disconnect SPROUT from pinning requests until chromosomal_clusters.cgi is rewritten
1839 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1840 : overbeek 1.63 my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user&uni=1"; # &SPROUT=$sprout";
1841 : olson 1.83
1842 :     my $cluster_img = 0 ? "*" : '<img src="Html/button-fc.png" border="0">';
1843 :     my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">$cluster_img</a>";
1844 : efrank 1.1 return $cluster_link;
1845 :     }
1846 :    
1847 : overbeek 1.84 sub set_ec_and_tc_links {
1848 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$func) = @_;
1849 : efrank 1.1
1850 : parrello 1.60 if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/) {
1851 :     my $before = $1;
1852 :     my $ec = $2;
1853 :     my $after = $3;
1854 : overbeek 1.84 return &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig_or_sprout,$org,$ec) . &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,$org,$after);
1855 :     }
1856 :     elsif ($func =~ /^(.*)(TC \d+(\.[0-9A-Z]+){3,6})(.*)$/) {
1857 :     my $before = $1;
1858 :     my $tc = $2;
1859 :     my $after = $4;
1860 :     return &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,$org,$before) . &set_tc_link($fig_or_sprout,$org,$tc) . &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,$org,$after);
1861 : efrank 1.1 }
1862 :     return $func;
1863 :     }
1864 :    
1865 : overbeek 1.84 sub set_tc_link {
1866 :     my($fig_or_sprout,$org,$tc) = @_;
1867 :    
1868 :     if ($tc =~ /^TC\s+(\S+)$/)
1869 :     {
1870 :     return "<a href=http://tcdb.ucsd.edu/tcdb/index.php?tc=$1&Submit=Lookup>$tc</a>";
1871 :     }
1872 :     return $tc;
1873 :     }
1874 :    
1875 :    
1876 : efrank 1.1 sub set_ec_to_maps {
1877 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$ec) = @_;
1878 : efrank 1.1
1879 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1880 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1881 :     $cgi->delete('request');
1882 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1883 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1884 :     return $link;
1885 : efrank 1.1 }
1886 :     return $ec;
1887 :     }
1888 :    
1889 :     sub show_ec_to_maps {
1890 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$ec) = @_;
1891 : efrank 1.1
1892 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1893 : parrello 1.60 if (! $ec) {
1894 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1895 :     return;
1896 : efrank 1.1 }
1897 :    
1898 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1899 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1900 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1901 :     my $map;
1902 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),&map_name($fig_or_sprout,$map)] } @maps];
1903 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . &ec_name($fig_or_sprout,$ec)));
1904 : efrank 1.1 }
1905 :     }
1906 :    
1907 :     sub map_link {
1908 :     my($cgi,$map) = @_;
1909 :    
1910 :     $cgi->delete('request');
1911 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1912 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1913 :     return $link;
1914 :     }
1915 :    
1916 :     sub link_to_map {
1917 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
1918 : efrank 1.1
1919 :     my $map = $cgi->param('map');
1920 : parrello 1.60 if (! $map) {
1921 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1922 :     return;
1923 : efrank 1.1 }
1924 :    
1925 :     my $org = $cgi->param('org');
1926 : parrello 1.60 if (! $org) {
1927 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1928 :     return;
1929 : efrank 1.1 }
1930 :     my$user = $cgi->param('user');
1931 :     $user = $user ? $user : "";
1932 :    
1933 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1934 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1935 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1936 :     &HTML::trim_output(\@out);
1937 :     push(@$html,@out);
1938 :     }
1939 : parrello 1.60
1940 : efrank 1.1 sub aa_sequence {
1941 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1942 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1943 :    
1944 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1945 : parrello 1.60 if ($seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot)) {
1946 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1947 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1948 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1949 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1950 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1951 :     } else {
1952 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1953 :     }
1954 :     }
1955 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1956 :     } else {
1957 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1958 : efrank 1.1 }
1959 :     }
1960 :    
1961 :     sub dna_sequence {
1962 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$fid) = @_;
1963 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1964 :    
1965 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1966 : parrello 1.60 if ($seq = &dna_seq($fig_or_sprout,&genome_of($fid),&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid))) {
1967 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1968 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1969 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1970 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1971 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1972 :     } else {
1973 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1974 :     }
1975 :     }
1976 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1977 :     } else {
1978 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1979 : efrank 1.1 }
1980 :     }
1981 : parrello 1.60
1982 : efrank 1.1 sub show_fusions {
1983 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1984 : efrank 1.1
1985 : overbeek 1.22 my $user = $cgi->param('user');
1986 :     $user = $user ? $user : "";
1987 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1988 :    
1989 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1990 : overbeek 1.53 $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user&SPROUT=$sprout";
1991 : efrank 1.1 my @out = `./fusions.cgi`;
1992 :     print join("",@out);
1993 :     exit;
1994 : overbeek 1.2 }
1995 :    
1996 : overbeek 1.53 ###########################################################################
1997 : overbeek 1.2 sub print_compared_regions {
1998 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
1999 :    
2000 :     my $sz_region = $cgi->param('sz_region');
2001 :     $sz_region = $sz_region ? $sz_region : 16000;
2002 :    
2003 :     my $num_close = $cgi->param('num_close');
2004 :     $num_close = $num_close ? $num_close : 5;
2005 : overbeek 1.2
2006 : overbeek 1.65 my @closest_pegs = &closest_pegs($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$num_close);
2007 : overbeek 1.40
2008 : parrello 1.60 if (@closest_pegs > 0) {
2009 :     if (&possibly_truncated($fig_or_sprout,$peg)) {
2010 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
2011 :     }
2012 :     @closest_pegs = &sort_fids_by_taxonomy($fig_or_sprout,@closest_pegs);
2013 :     unshift(@closest_pegs,$peg);
2014 :     my @all_pegs = ();
2015 :     my $gg = &build_maps($fig_or_sprout,\@closest_pegs,\@all_pegs,$sz_region);
2016 :     #warn Dumper($gg);
2017 : overbeek 1.68 my $color_sets = &cluster_genes($fig_or_sprout,$cgi,\@all_pegs,$peg);
2018 : parrello 1.60 &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
2019 :     ################################### add commentary capability
2020 : overbeek 1.35
2021 : parrello 1.60 my @parm_reset_form = ($cgi->hr);
2022 :     push(@parm_reset_form,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/protein.cgi" ));
2023 : overbeek 1.53 my $param;
2024 : parrello 1.60 foreach $param ($cgi->param()) {
2025 :     next if (($param eq "sz_region") || ($param eq "num_close"));
2026 :     push(@parm_reset_form,$cgi->hidden(-name => $param, -value => $cgi->param($param)));
2027 :     }
2028 :     push(@parm_reset_form,
2029 :     "size region: ",
2030 :     $cgi->textfield(-name => 'sz_region', -size => 10, -value => $sz_region, -override => 1),
2031 :     "&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ",
2032 :     "Number close genomes: ",
2033 :     $cgi->textfield(-name => 'num_close', -size => 4, -value => $num_close, -override => 1),
2034 :     $cgi->br,
2035 :     $cgi->submit('Reset Parameters')
2036 :     );
2037 :     push(@parm_reset_form,$cgi->end_form);
2038 :     push(@$html,@parm_reset_form);
2039 :     ####
2040 :     my @commentary_form = ();
2041 :     my $ctarget = "window$$";
2042 :     my $user = $cgi->param('user');
2043 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
2044 :    
2045 :     push(@commentary_form,$cgi->start_form(-target => $ctarget,
2046 :     -action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"
2047 :     ));
2048 :    
2049 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
2050 :     $cgi->hidden(-name => "request", -value => "show_commentary"));
2051 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg));
2052 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1));
2053 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
2054 :    
2055 :     my($gene,$n,%how_many,$val,@vals,$x);
2056 :     my($i,$map);
2057 :     @vals = ();
2058 :     for ($i=(@$gg - 1); ($i >= 0); $i--) {
2059 :     my @vals1 = ();
2060 :     $map = $gg->[$i];
2061 :     my $found = 0;
2062 :     my $got_red = 0;
2063 :     undef %how_many;
2064 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
2065 :     if (($x = $gene->[3]) ne "grey") {
2066 :     $n = $gene->[4];
2067 :     if ($n == 1) { $got_red = 1 }
2068 :     $how_many{$n}++;
2069 :     $gene->[5] =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/;
2070 :     $val = join("@",($n,$i,$1,$map->[0],$how_many{$n}));
2071 :     push(@vals1,$val);
2072 :     $found++;
2073 :     }
2074 :     }
2075 :    
2076 :     if (! $got_red) {
2077 :     splice(@$gg,$i,1);
2078 :     } else {
2079 :     push(@vals,@vals1);
2080 :     }
2081 :     }
2082 : overbeek 1.35
2083 : parrello 1.60 if (@$gg == 0) {
2084 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no pins worked out"));
2085 :     } else {
2086 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "show", -value => [@vals]));
2087 :     push(@commentary_form,$cgi->submit('commentary'));
2088 :     push(@commentary_form,$cgi->end_form());
2089 :     push(@$html,@commentary_form);
2090 :     }
2091 : overbeek 1.35 ################################################################end commentary
2092 : parrello 1.60 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
2093 : overbeek 1.85 if (! $cgi->param('SPROUT'))
2094 :     {
2095 :     push @$html, &FIGGenDB::linkClusterGenDB($peg);
2096 :     }
2097 : overbeek 1.2 }
2098 :     }
2099 :    
2100 :     sub closest_pegs {
2101 : overbeek 1.65 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$n) = @_;
2102 : overbeek 1.2 my($id2,$d,$peg2,$i);
2103 :    
2104 : overbeek 1.65 my @closest;
2105 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
2106 :     {
2107 :     @closest = map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
2108 :     }
2109 :     else
2110 :     {
2111 : overbeek 1.88 @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } &sims($fig_or_sprout,$peg,&FIG::max(20,$n*4),1.0e-20,"fig",&FIG::max(20,$n*4),1.0e-20);
2112 : overbeek 1.65 }
2113 : overbeek 1.2
2114 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
2115 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
2116 : overbeek 1.53 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} &in_pch_pin_with($fig_or_sprout,$peg);
2117 :     my $g1 = &genome_of($peg);
2118 : parrello 1.60 @pinned_to =
2119 : overbeek 1.2 map {$_->[1] }
2120 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
2121 : overbeek 1.53 map { $peg2 = $_; $d = &crude_estimate_of_distance($fig_or_sprout,$g1,&genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
2122 : overbeek 1.2 @pinned_to;
2123 :    
2124 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++) {
2125 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
2126 : overbeek 1.2 }
2127 : parrello 1.60 return keys(%closest);
2128 : overbeek 1.2 }
2129 :    
2130 :     sub build_maps {
2131 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$pinned_pegs,$all_pegs,$sz_region) = @_;
2132 : overbeek 1.2 my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
2133 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
2134 :    
2135 :     $gg = [];
2136 : parrello 1.60 foreach $peg (@$pinned_pegs) {
2137 :     $loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg);
2138 :     ($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
2139 :     if ($contig && $beg && $end) {
2140 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
2141 :     $min = int($mid - ($sz_region / 2));
2142 :     $max = int($mid + ($sz_region / 2));
2143 :     $genes = [];
2144 : overbeek 1.81 ($feat,undef,undef) = &genes_in_region($fig_or_sprout,$cgi,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
2145 : parrello 1.60 foreach $fid (@$feat) {
2146 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid));
2147 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
2148 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
2149 :     my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid) );
2150 :     my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid);
2151 :     my $uniprot;
2152 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
2153 :     $uniprot = $1;
2154 :     }
2155 :     my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
2156 :    
2157 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
2158 : overbeek 1.68 my $fmg;
2159 :     if ($sprout)
2160 :     {
2161 :     $fmg = "<a href=\&quot;protein.cgi?SPROUT=$sprout&compare_region=1\&prot=$fid\&user=\&quot>show</a>";
2162 :     }
2163 :     else
2164 :     {
2165 :     $fmg = join ('<br/>', "<a href=\&quot;protein.cgi?SPROUT=$sprout&compare_region=1\&prot=$fid\&user=\&quot>show</a>",
2166 : parrello 1.60 "<a onClick=\&quot;setValue('bound1', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 1</a>",
2167 :     "<a onClick=\&quot;setValue('bound2', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 2</a>",
2168 :     "<a onClick=\&quot;setValue('candidates', '$fid'); return false;\&quot;>set candidate</a>");
2169 : overbeek 1.68 }
2170 : parrello 1.60 push(@$genes,[&min($beg1,$end1),
2171 :     &max($beg1,$end1),
2172 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
2173 :     "grey",
2174 :     "",
2175 :     $fid,
2176 :     $info, $fmg]);
2177 :    
2178 :     if ($fid =~ /peg/) {
2179 :     push(@$all_pegs,$fid);
2180 :     }
2181 :     }
2182 :     $map = [&abbrev(&org_of($fig_or_sprout,$peg)),0,$max+1-$min,
2183 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
2184 :     push(@$gg,$map);
2185 :     }
2186 : overbeek 1.2 }
2187 : overbeek 1.55 &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
2188 : overbeek 1.2 return $gg;
2189 :     }
2190 :    
2191 :     sub in {
2192 :     my($x,$xL) = @_;
2193 :     my($i);
2194 :    
2195 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2196 :     return ($i < @$xL);
2197 :     }
2198 :    
2199 :     sub in_bounds {
2200 :     my($min,$max,$x) = @_;
2201 :    
2202 :     if ($x < $min) { return $min }
2203 :     elsif ($x > $max) { return $max }
2204 :     else { return $x }
2205 :     }
2206 :    
2207 :     sub decr_coords {
2208 :     my($genes,$min) = @_;
2209 :     my($gene);
2210 :    
2211 : parrello 1.60 foreach $gene (@$genes) {
2212 :     $gene->[0] -= $min;
2213 :     $gene->[1] -= $min;
2214 : overbeek 1.2 }
2215 :     return $genes;
2216 :     }
2217 :    
2218 :     sub flip_map {
2219 :     my($genes,$min,$max) = @_;
2220 :     my($gene);
2221 : parrello 1.60
2222 :     foreach $gene (@$genes) {
2223 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
2224 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
2225 : overbeek 1.2 }
2226 :     return $genes;
2227 :     }
2228 :    
2229 :     sub cluster_genes {
2230 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs,$peg) = @_;
2231 : overbeek 1.2 my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2232 :    
2233 :     my @color_sets = ();
2234 :    
2235 : overbeek 1.68 $conn = &get_connections_by_similarity($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs);
2236 :    
2237 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2238 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2239 :     if (! $seen{$i}) {
2240 :     $cluster = [$i];
2241 :     $seen{$i} = 1;
2242 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2243 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2244 :     foreach $k (@$x) {
2245 :     if (! $seen{$k}) {
2246 :     push(@$cluster,$k);
2247 :     $seen{$k} = 1;
2248 :     }
2249 :     }
2250 :     }
2251 :    
2252 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2253 :     push(@color_sets,$cluster);
2254 :     }
2255 :     }
2256 : overbeek 1.2 }
2257 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2258 :     $red_set = $color_sets[$i];
2259 :     splice(@color_sets,$i,1);
2260 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2261 :     unshift(@color_sets,$red_set);
2262 :    
2263 :     my $color_sets = {};
2264 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2265 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2266 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2267 :     }
2268 : overbeek 1.2 }
2269 :     return $color_sets;
2270 :     }
2271 :    
2272 :     sub get_connections_by_similarity {
2273 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs) = @_;
2274 :    
2275 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
2276 :     {
2277 :     return &get_connections_by_similarity_SPROUT($fig_or_sprout,$all_pegs);
2278 :     }
2279 :     else
2280 :     {
2281 :     return &get_connections_by_similarity_SEED($fig_or_sprout,$all_pegs);
2282 :     }
2283 :     }
2284 :    
2285 :     sub get_connections_by_similarity_SPROUT {
2286 :     my($fig_or_sprout,$all_pegs) = @_;
2287 :     my(%in,$i,$j,$peg1,$peg2);
2288 :    
2289 :     my $conn = {};
2290 :    
2291 :     for ($i=0; $i < @$all_pegs; $i++)
2292 :     {
2293 :     $in{$all_pegs->[$i]} = $i;
2294 :     }
2295 :    
2296 :     foreach $peg1 (@$all_pegs)
2297 :     {
2298 :     $i = $in{$peg1};
2299 :     foreach $peg2 (map { $_->[0] } $fig_or_sprout->bbhs($peg1, 1.0e-10, 0))
2300 :     {
2301 :     $j = $in{$peg2};
2302 :     if (defined($i) && defined($j))
2303 :     {
2304 :     push(@{$conn->{$i}},$j);
2305 :     }
2306 :     }
2307 :     }
2308 :     return $conn;
2309 :     }
2310 :    
2311 :     sub get_connections_by_similarity_SEED {
2312 :     my($fig_or_sprout,$all_pegs) = @_;
2313 : overbeek 1.40 my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2314 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2315 : overbeek 1.2
2316 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2317 :     $tmp = &maps_to_id($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i]);
2318 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
2319 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2320 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2321 :     }
2322 : overbeek 1.2 }
2323 :    
2324 : parrello 1.60 foreach $y (keys(%pos_of)) {
2325 :     $x = $pos_of{$y};
2326 :     for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2327 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2328 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2329 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2330 :     }
2331 :     }
2332 : overbeek 1.40 }
2333 :    
2334 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2335 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw")) {
2336 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2337 :     foreach $y (@$x) {
2338 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2339 :     }
2340 :     }
2341 :     }
2342 : overbeek 1.2 }
2343 :     return \%conn;
2344 :     }
2345 :    
2346 :     sub set_colors_text_and_links {
2347 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
2348 :     my($map,$gene,$peg,$color);
2349 :    
2350 : parrello 1.60 foreach $map (@$gg) {
2351 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
2352 :     $peg = $gene->[5];
2353 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg})) {
2354 :     $gene->[3] = ($color == 0) ? "red" : "color$color";
2355 :     $gene->[4] = $color + 1;
2356 :     }
2357 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
2358 :     }
2359 : overbeek 1.2 }
2360 :     }
2361 :    
2362 :     sub peg_url {
2363 :     my($cgi,$peg) = @_;
2364 :    
2365 :     my $prot = $cgi->param('prot');
2366 :     $cgi->delete('prot');
2367 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
2368 :     $cgi->delete('prot');
2369 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
2370 :    
2371 :     return $url;
2372 : parrello 1.60 }
2373 : overbeek 1.2
2374 :     sub possible_extensions {
2375 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
2376 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
2377 :    
2378 : overbeek 1.53 $g = &genome_of($peg);
2379 : overbeek 1.2
2380 : parrello 1.60 foreach $peg1 (@$closest_pegs) {
2381 :     if ($g ne &genome_of($peg1)) {
2382 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$peg1,500,1.0e-5,"all")) {
2383 :     $id2 = $sim->id2;
2384 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && &possibly_truncated($fig_or_sprout,$id2)) {
2385 :     $poss{$id2} = 1;
2386 :     }
2387 :     }
2388 :     }
2389 : overbeek 1.2 }
2390 :     return keys(%poss);
2391 : efrank 1.1 }
2392 : overbeek 1.53
2393 :     sub display_page {
2394 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
2395 :    
2396 : parrello 1.60 if (ref($html) eq "ARRAY") {
2397 :     if ($traceData) {
2398 :     push @$html, QTrace('html');
2399 :     }
2400 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
2401 :     } else {
2402 :     Trace(Dumper($html)) if T(2);
2403 :     if ($cgi->param('SPROUT')) {
2404 :     if ($traceData) {
2405 :     $html->{tracings} = "<h3>Trace Messages</h3>\n" . QTrace('html');
2406 :     } else {
2407 :     $html->{tracings} = "\n";
2408 :     }
2409 :     print "Content-Type: text/html\n";
2410 :     print "\n";
2411 :     my $templ = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/Protein_tmpl.html";
2412 : overbeek 1.63 print PageBuilder::Build(">$templ", $html,"Html");
2413 : parrello 1.60 } else {
2414 :     my $gathered = [];
2415 :    
2416 :     my $section;
2417 :     foreach $section (qw( javascript
2418 :     general
2419 :     translate_status
2420 :     contig_context
2421 :     context_graphic
2422 :     subsys_connections
2423 : overbeek 1.68 assign_for_equiv_prots
2424 : parrello 1.60 links
2425 :     services
2426 :     kv_pairs
2427 :     compare_region
2428 :     similarities
2429 :     tools
2430 :     ) ) {
2431 :     if (@{$html->{$section}} > 0) {
2432 :     push(@$gathered,@{$html->{$section}});
2433 :     push(@$gathered,$cgi->hr);
2434 :     }
2435 :     }
2436 :     pop @$gathered;
2437 :     &HTML::show_page($cgi,$gathered);
2438 :     }
2439 : overbeek 1.53 }
2440 :     }
2441 :    
2442 :     sub show_html_followed_by_initial {
2443 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
2444 :    
2445 :     my %html = ( general => [],
2446 :     contig_context => [],
2447 :     context_graphic => [],
2448 :     subsys_connections => [],
2449 :     links => [],
2450 :     services => [],
2451 :     translate_status => [],
2452 :     tools => [],
2453 :     kv_pairs => [],
2454 :     similarities => [],
2455 : overbeek 1.68 assign_for_equiv_prots => [],
2456 : overbeek 1.53 javascript => [],
2457 :     compare_region => []
2458 :     );
2459 :    
2460 :     push(@{$html{general}},@$html);
2461 :     $html = \%html;
2462 : parrello 1.60 &show_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
2463 : overbeek 1.53 return $html;
2464 :     }
2465 :    
2466 :     sub translation_piece {
2467 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
2468 :    
2469 :     my $msg;
2470 :     my $url = $cgi->self_url();
2471 :     if ($cgi->param('translate')) {
2472 : parrello 1.60 $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
2473 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
2474 :     } else {
2475 :     $url .= ";translate=1";
2476 :     $msg = "Translate Function Assignments";
2477 : overbeek 1.53 }
2478 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
2479 :     }
2480 :    
2481 :    
2482 :     #######################################################################################
2483 :    
2484 :     sub by_alias {
2485 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2486 :     return $fig_or_sprout->by_alias($prot);
2487 :     }
2488 :    
2489 :     sub org_of {
2490 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2491 :    
2492 :     return $fig_or_sprout->org_of($prot);
2493 :     }
2494 :    
2495 :     sub is_real_feature {
2496 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2497 :    
2498 :     return $fig_or_sprout->is_real_feature($prot);
2499 :     }
2500 :    
2501 :     sub coupling_and_evidence {
2502 :     my($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = @_;
2503 :    
2504 :     return $fig_or_sprout->coupling_and_evidence($peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,"keep");
2505 :     }
2506 :    
2507 :     sub feature_locationS {
2508 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2509 :    
2510 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_location($peg);
2511 :     }
2512 :    
2513 :     sub boundaries_of {
2514 :     my($fig_or_sprout,$loc) = @_;
2515 :    
2516 :     return $fig_or_sprout->boundaries_of($loc);
2517 :     }
2518 :    
2519 :    
2520 :     sub in_cluster_with {
2521 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2522 :    
2523 :     return $fig_or_sprout->in_cluster_with($peg);
2524 :     }
2525 :    
2526 :     sub neighborhood_of_role {
2527 :     my($fig_or_sprout,$role) = @_;
2528 :    
2529 :     return $fig_or_sprout->neighborhood_of_role($role);
2530 :     }
2531 :    
2532 :     sub feature_aliasesL {
2533 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
2534 :    
2535 :     my @tmp = $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
2536 :     return @tmp;
2537 :     }
2538 :    
2539 :     sub feature_aliasesS {
2540 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
2541 :    
2542 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
2543 :     }
2544 :    
2545 :     sub function_ofL {
2546 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2547 :    
2548 :     my @tmp = $fig_or_sprout->function_of($peg);
2549 :     return @tmp;
2550 :     }
2551 :    
2552 :     sub function_ofS {
2553 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
2554 : overbeek 1.53
2555 : overbeek 1.68 return scalar $fig_or_sprout->function_of($peg,$user);
2556 : overbeek 1.53 }
2557 :    
2558 :     sub mapped_prot_ids {
2559 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg) = @_;
2560 : overbeek 1.53
2561 : overbeek 1.68 if ($cgi->param('SPROUT'))
2562 :     {
2563 :     return map { [$_,0] } grep { $_ =~ /^(([NXYZA]P_[0-9\.]+)|(gi\|\d+)|(kegg\|\S+)|(uni\|[A-Z0-9]{6})|(sp\|[A-Z0-9]{6}))$/ } &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$peg);
2564 :     }
2565 :     else
2566 :     {
2567 :     return $fig_or_sprout->mapped_prot_ids($peg);
2568 :     }
2569 : overbeek 1.53 }
2570 :    
2571 :     sub peg_links {
2572 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2573 :    
2574 :     return $fig_or_sprout->peg_links($peg);
2575 :     }
2576 :    
2577 :     sub get_translation {
2578 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2579 :    
2580 :     return $fig_or_sprout->get_translation($prot);
2581 :     }
2582 :    
2583 :     sub assign_function {
2584 :     my($fig_or_sprout,$prot,$who,$function) = @_;
2585 :    
2586 :     $fig_or_sprout->assign_function($prot,$who,$function,"");
2587 :     }
2588 :    
2589 :     sub add_annotation {
2590 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$user,$annotation) = @_;
2591 : overbeek 1.53
2592 : overbeek 1.68 if ((! $cgi->param('SPROUT')) || ($annotation !~ /Set function/))
2593 :     {
2594 :     $fig_or_sprout->add_annotation($prot,$user,$annotation);
2595 :     }
2596 : overbeek 1.53 }
2597 :    
2598 :     sub feature_annotations {
2599 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot) = @_;
2600 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
2601 :     {
2602 : overbeek 1.69 return $fig_or_sprout->feature_annotations($prot);
2603 : overbeek 1.68 }
2604 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->feature_annotations($prot);
2605 :     }
2606 :    
2607 :     sub related_by_func_sim {
2608 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$user) = @_;
2609 : overbeek 1.53
2610 : overbeek 1.68 if ($cgi->param('SPROUT'))
2611 :     {
2612 :     return map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
2613 :     }
2614 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->related_by_func_sim($peg,$user);
2615 :     }
2616 :    
2617 :     sub merged_related_annotations {
2618 :     my($fig_or_sprout,$related) = @_;
2619 :    
2620 :     return $fig_or_sprout->merged_related_annotations($related);
2621 :     }
2622 :    
2623 :     sub genus_species {
2624 :     my($fig_or_sprout,$genome) = @_;
2625 :    
2626 :     return $fig_or_sprout->genus_species($genome);
2627 :     }
2628 :    
2629 :     sub genes_in_region {
2630 : overbeek 1.81 my($fig_or_sprout,$cgi,$genome,$contig,$min,$max) = @_;
2631 : overbeek 1.53
2632 : overbeek 1.81 if ($cgi->param('SPROUT'))
2633 :     {
2634 :     my($x,$feature_id);
2635 :     my($feat,$min,$max) = $fig_or_sprout->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
2636 :     my @tmp = sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or
2637 :     (($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]))
2638 :     }
2639 :     map { $feature_id = $_;
2640 :     $x = &feature_locationS($fig_or_sprout,$feature_id);
2641 :     $x ? [$feature_id,&boundaries_of($fig_or_sprout,$x)] : ()
2642 :     }
2643 :     @$feat;
2644 :     return ([map { $_->[0] } @tmp],$min,$max);
2645 :     }
2646 :     else
2647 :     {
2648 :     return $fig_or_sprout->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
2649 :     }
2650 : overbeek 1.53 }
2651 :    
2652 :     sub translate_function {
2653 :     my($fig_or_sprout,$func) = @_;
2654 :    
2655 :     return $fig_or_sprout->translate_function($func);
2656 :     }
2657 :    
2658 :     sub feature_attributes {
2659 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2660 :    
2661 :     return $fig_or_sprout->feature_attributes($peg);
2662 :     }
2663 :    
2664 :     sub subsystems_for_peg {
2665 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2666 :    
2667 :     return $fig_or_sprout->subsystems_for_peg($peg);
2668 :     }
2669 :    
2670 : golsen 1.98
2671 : overbeek 1.53 sub sims {
2672 : golsen 1.98 my( $fig_or_sprout, $peg, $max, $cutoff, $select, $expand, $group_by_genome, $filters ) = @_;
2673 :     my( @tmp, $id, $genome, @genomes, %sims, $sim );
2674 : overbeek 1.90
2675 : golsen 1.98 @tmp = $fig_or_sprout->sims( $peg, $max, $cutoff, $select, $expand, $filters );
2676 : overbeek 1.90 if (! $group_by_genome) { return @tmp };
2677 : overbeek 1.53
2678 : golsen 1.98 # Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
2679 :    
2680 :     foreach $sim ( @tmp )
2681 : overbeek 1.90 {
2682 :     $id = $sim->id2;
2683 : golsen 1.98 $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
2684 :     if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
2685 :     push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
2686 : overbeek 1.90 }
2687 : golsen 1.98 return map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
2688 : overbeek 1.53 }
2689 :    
2690 : golsen 1.98
2691 : overbeek 1.53 sub in_family {
2692 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2693 :    
2694 :     return $fig_or_sprout->in_family($id);
2695 :     }
2696 :    
2697 :     sub sz_family {
2698 :     my($fig_or_sprout,$family) = @_;
2699 :    
2700 :     return $fig_or_sprout->sz_family($family);
2701 :     }
2702 :    
2703 :     sub peg_to_subsystems {
2704 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2705 :    
2706 :     return $fig_or_sprout->peg_to_subsystems($id);
2707 :     }
2708 :    
2709 :     sub org_and_color_of {
2710 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2711 :    
2712 :     return $fig_or_sprout->org_and_color_of($id);
2713 :     }
2714 :    
2715 :     sub ec_to_maps {
2716 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
2717 :    
2718 :     return $fig_or_sprout->ec_to_maps($ec);
2719 :     }
2720 :    
2721 :     sub map_name {
2722 :     my($fig_or_sprout,$map) = @_;
2723 :    
2724 :     return $fig_or_sprout->map_name($map);
2725 :     }
2726 :    
2727 :     sub ec_name {
2728 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
2729 : parrello 1.60
2730 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->ec_name($ec);
2731 :     }
2732 :    
2733 :     sub dna_seq {
2734 :     my($fig_or_sprout,$genome,$loc) = @_;
2735 :    
2736 :     return $fig_or_sprout->dna_seq($genome,$loc);
2737 :     }
2738 :    
2739 :     sub possibly_truncated {
2740 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2741 :    
2742 :     return $fig_or_sprout->possibly_truncated($id);
2743 :     }
2744 :    
2745 :     sub sort_fids_by_taxonomy {
2746 :     my($fig_or_sprout,@fids) = @_;
2747 :    
2748 :     return $fig_or_sprout->sort_fids_by_taxonomy(@fids);
2749 :     }
2750 :    
2751 :     sub in_pch_pin_with {
2752 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2753 :    
2754 :     return $fig_or_sprout->in_pch_pin_with($peg);
2755 :     }
2756 :    
2757 :     sub crude_estimate_of_distance {
2758 :     my($fig_or_sprout,$genome1,$genome2) = @_;
2759 :    
2760 :     return $fig_or_sprout->crude_estimate_of_distance($genome1,$genome2);
2761 :     }
2762 :    
2763 :     sub maps_to_id {
2764 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2765 :    
2766 :     return $fig_or_sprout->maps_to_id($peg);
2767 :     }
2768 :    
2769 :     sub translatable {
2770 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2771 :    
2772 :     return $fig_or_sprout->translatable($peg);
2773 :     }
2774 :    
2775 :     sub cgi_url {
2776 :     return &FIG::plug_url($FIG_Config::cgi_url);
2777 :     }
2778 :    
2779 :    
2780 :    
2781 :     ###########################################################
2782 :    
2783 :     sub genome_of {
2784 : parrello 1.60 my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
2785 : overbeek 1.53
2786 :     if ($prot_id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) { return $1; }
2787 :     return undef;
2788 :     }
2789 :    
2790 :     sub min {
2791 :     my(@x) = @_;
2792 :     my($min,$i);
2793 :    
2794 :     (@x > 0) || return undef;
2795 :     $min = $x[0];
2796 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
2797 :     $min = ($min > $x[$i]) ? $x[$i] : $min;
2798 : overbeek 1.53 }
2799 :     return $min;
2800 :     }
2801 :    
2802 :     sub max {
2803 :     my(@x) = @_;
2804 :     my($max,$i);
2805 :    
2806 :     (@x > 0) || return undef;
2807 :     $max = $x[0];
2808 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
2809 :     $max = ($max < $x[$i]) ? $x[$i] : $max;
2810 : overbeek 1.53 }
2811 :     return $max;
2812 :     }
2813 :    
2814 :    
2815 :     sub roles_of_function {
2816 : parrello 1.60 my $func = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
2817 : overbeek 1.53
2818 :     return (split(/\s*[\/;]\s+/,$func),($func =~ /\d+\.\d+\.\d+\.\d+/g));
2819 :     }
2820 :    
2821 :     sub ftype {
2822 :     my($feature_id) = @_;
2823 :    
2824 : parrello 1.60 if ($feature_id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)/) {
2825 :     return $1;
2826 : overbeek 1.53 }
2827 :     return undef;
2828 :     }
2829 :    
2830 :     sub abbrev {
2831 :     my($genome_name) = @_;
2832 :    
2833 : overbeek 1.55 return &FIG::abbrev($genome_name);
2834 : overbeek 1.63 }
2835 : redwards 1.99
2836 :     sub change_attribute {
2837 :     my($fig_or_sprout, $prot, $tag, $value, $url)=@_;
2838 :    
2839 :     return $fig_or_sprout->change_attribute($prot, $tag, $value, $url);
2840 :    
2841 :     }
2842 :    
2843 :     sub add_attribute {
2844 :     my($fig_or_sprout, $prot, $tag, $value, $url)=@_;
2845 :    
2846 :     return $fig_or_sprout->add_attribute($prot, $tag, $value, $url);
2847 :     }
2848 :    
2849 :     sub delete_attribute {
2850 :     my($fig_or_sprout, $prot, $tag)=@_;
2851 :    
2852 :     return $fig_or_sprout->delete_attribute($prot, $tag);
2853 :     }
2854 :    
2855 :     sub get_attributes {
2856 :     my($fig_or_sprout, $prot)=@_;
2857 :    
2858 :     return $fig_or_sprout->get_attributes($prot);
2859 :     }

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