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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.103 - (view) (download)

1 : redwards 1.94 # -*- perl -*-
2 : efrank 1.1 use FIG;
3 : olson 1.56
4 :     my $sproutAvail = eval {
5 :     require SproutFIG;
6 :     require PageBuilder;
7 :     };
8 :    
9 : olson 1.92 #if (!$sproutAvail) {
10 :     # warn "Sprout library not available: $@\n";
11 :     #}
12 : olson 1.56
13 : heiko 1.45 use FIGGenDB;
14 : olson 1.48 use FIGjs;
15 : efrank 1.1
16 :     use HTML;
17 : olson 1.48 use Data::Dumper;
18 :    
19 : efrank 1.1 use strict;
20 :     use GenoGraphics;
21 :     use CGI;
22 : parrello 1.60 use Tracer;
23 :    
24 : efrank 1.1 my $cgi = new CGI;
25 :    
26 : olson 1.57 use Carp 'cluck';
27 : parrello 1.60 my $traceData = $cgi->param('trace');
28 :     if ($traceData) {
29 :     TSetup($cgi, "QUEUE");
30 :     $traceData = 1;
31 :     } else {
32 :     TSetup(0, "NONE");
33 :     $traceData = 0;
34 :     }
35 : olson 1.57
36 : overbeek 1.66 if (0) {
37 : overbeek 1.40 my $VAR1;
38 :     eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));
39 :     $cgi = $VAR1;
40 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
41 :     }
42 :    
43 : parrello 1.60 if (0) {
44 : efrank 1.1 print $cgi->header;
45 :     my @params = $cgi->param;
46 :     print "<pre>\n";
47 : parrello 1.60 foreach $_ (@params) {
48 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
49 : efrank 1.1 }
50 : overbeek 1.40
51 : parrello 1.60 if (0) {
52 :     if (open(TMP,">/tmp/protein_parms")) {
53 :     print TMP &Dumper($cgi);
54 :     close(TMP);
55 :     }
56 : overbeek 1.40 }
57 : efrank 1.1 exit;
58 :     }
59 :    
60 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout);
61 : olson 1.83
62 :     my $is_sprout;
63 :    
64 :     my $html = [];
65 :    
66 : parrello 1.60 if ($cgi->param('SPROUT')) {
67 : olson 1.83 $is_sprout = 1;
68 : olson 1.56 $fig_or_sprout = new SproutFIG($FIG_Config::sproutDB, $FIG_Config::sproutData);
69 : olson 1.83 unshift @$html, "<TITLE>The NMPDR Protein Page</TITLE>\n";
70 : parrello 1.60 } else {
71 : olson 1.83 $is_sprout = 0;
72 : overbeek 1.53 $fig_or_sprout = new FIG;
73 : olson 1.83 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
74 : overbeek 1.53 }
75 :    
76 : efrank 1.1
77 :     my $prot = $cgi->param('prot');
78 : parrello 1.60 if (! $prot) {
79 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
80 : efrank 1.1 push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
81 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
82 : efrank 1.1 exit;
83 :     }
84 : golsen 1.34
85 : parrello 1.60 if ($prot !~ /^fig\|/) {
86 : overbeek 1.53 my @poss = &by_alias($fig_or_sprout,$prot);
87 :    
88 : parrello 1.60 if (@poss > 0) {
89 :     $prot = $poss[0];
90 :     } else {
91 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
92 :     push(@$html,"<h1>Sorry, $prot appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
93 :     &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
94 :     exit;
95 : overbeek 1.16 }
96 :     }
97 : efrank 1.1
98 : overbeek 1.53
99 : golsen 1.34 #
100 :     # Allow previous and next actions in calls to the script -- GJO
101 :     #
102 :    
103 :     my $adjust = $cgi->param('previous PEG') ? -1 : $cgi->param('next PEG') ? 1 : 0;
104 :     if ( $adjust ) {
105 :     my ( $prefix, $protnum ) = $prot =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
106 :     if ( $prefix && $protnum ) {
107 :     my $prot2 = $prefix . ($protnum + $adjust);
108 : overbeek 1.53 if ( &translatable($fig_or_sprout, $prot2 ) ) {
109 : golsen 1.34 $prot = $prot2;
110 :     $cgi->delete('prot');
111 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
112 :     }
113 :     }
114 :     ( $adjust < 0 ) && $cgi->delete('previous PEG');
115 :     ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
116 :     }
117 :    
118 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
119 : overbeek 1.63 #my $compute_ok = eval {
120 :    
121 : olson 1.58
122 : overbeek 1.68 if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
123 : parrello 1.60 elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
124 :     elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
125 : overbeek 1.68 elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
126 : parrello 1.60 elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
127 :     elsif ($request eq "fast_assign") { $html = &make_assignment($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
128 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
129 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
130 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
131 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
132 :     else {
133 :     $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
134 :     }
135 : overbeek 1.68
136 :     if ($cgi->param('SPROUT') && (ref($html) eq "ARRAY"))
137 :     {
138 :     $_ = {};
139 :     $_->{kv_pairs} = $html;
140 :     $html = $_;
141 :     }
142 : overbeek 1.63 #};
143 : olson 1.58
144 : overbeek 1.63 #if (!$compute_ok) {
145 :     # Trace($@);
146 :     #}
147 : overbeek 1.68
148 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
149 : overbeek 1.11 exit;
150 :    
151 :     #==============================================================================
152 :     # use_protein_tool
153 :     #==============================================================================
154 : efrank 1.1
155 :     sub use_protein_tool {
156 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
157 : efrank 1.1 my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
158 :    
159 : overbeek 1.53 my $seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot);
160 : parrello 1.60 if (! $seq) {
161 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
162 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
163 :     return;
164 : efrank 1.1 }
165 :     my $protQ = quotemeta $prot;
166 :    
167 :     my $tool = $cgi->param('tool');
168 :     $/ = "\n//\n";
169 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
170 : parrello 1.60 if (@tools == 1) {
171 :     chomp $tools[0];
172 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
173 :     my $args = [];
174 :     foreach $line (@args) {
175 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
176 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
177 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
178 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
179 :     push(@$args,[$name,$val]);
180 :     }
181 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
182 : overbeek 1.72 #$url='http://localhost/cgi-bin/extract_params.cgi'; in case I forget to delete this, it is just a script that grabs params from cgis RAE
183 : parrello 1.60 push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
184 : efrank 1.1 }
185 :     }
186 :    
187 : overbeek 1.11 #==============================================================================
188 :     # make_assignment
189 :     #==============================================================================
190 :    
191 : efrank 1.1 sub make_assignment {
192 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
193 : efrank 1.1 my($userR);
194 :    
195 :     my $function = $cgi->param('func');
196 :     my $user = $cgi->param('user');
197 :    
198 : parrello 1.60 if ($function && $user && $prot) {
199 :     if ($user =~ /master:(.*)/) {
200 :     $userR = $1;
201 :     &assign_function($fig_or_sprout,$prot,"master",$function,"");
202 : overbeek 1.68 &add_annotation($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
203 : parrello 1.60 } else {
204 : overbeek 1.68 &assign_function($fig_or_sprout,$prot,$user,$function,"");
205 :     &add_annotation($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$user,"Set function to\n$function\n");
206 :     }
207 : efrank 1.1 }
208 :     $cgi->delete("request");
209 :     $cgi->delete("func");
210 : overbeek 1.53 $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
211 :     return $html;
212 : efrank 1.1 }
213 :    
214 : overbeek 1.11 #==============================================================================
215 :     # view_annotations
216 :     #==============================================================================
217 :    
218 : efrank 1.1 sub view_annotations {
219 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
220 : efrank 1.1
221 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
222 : efrank 1.1 my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
223 : overbeek 1.69
224 : overbeek 1.68 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } &feature_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$prot) ];
225 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
226 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
227 :     } else {
228 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
229 : efrank 1.1 }
230 :     }
231 :    
232 : overbeek 1.15 sub view_all_annotations {
233 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
234 : overbeek 1.15 my($ann);
235 :    
236 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
237 : parrello 1.60 if (&is_real_feature($fig_or_sprout,$peg)) {
238 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
239 : overbeek 1.68 my @related = &related_by_func_sim($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$cgi->param('user'));
240 : parrello 1.60 push(@related,$peg);
241 :    
242 :     my @annotations = &merged_related_annotations($fig_or_sprout,\@related);
243 :    
244 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
245 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
246 :     &genus_species($fig_or_sprout,&genome_of($ann->[0])),
247 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
248 :     ] } @annotations];
249 :     if (@$tab > 0) {
250 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
251 :     } else {
252 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
253 :     }
254 : overbeek 1.15 }
255 :     }
256 :    
257 : overbeek 1.11 #==============================================================================
258 :     # show_coupling_evidence
259 :     #==============================================================================
260 :    
261 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
262 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
263 : efrank 1.1 my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
264 :    
265 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
266 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
267 :     my $to = $cgi->param('to');
268 : overbeek 1.53 my @coup = grep { $_->[1] eq $to } &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,5000,1.0e-10,4);
269 : efrank 1.1
270 : parrello 1.60 if (@coup != 1) {
271 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
272 :     } else {
273 : overbeek 1.91 my $col_hdrs = ["Peg1","Function1","Peg2","Function2","Organism"];
274 : parrello 1.60 my $tab = [];
275 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
276 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
277 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
278 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
279 :     push( @$tab, [ $link1,
280 : overbeek 1.91 scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg1,$user),
281 :     $link2,
282 :     scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg2,$user),
283 :     &org_of($fig_or_sprout,$peg1)
284 : parrello 1.60 ]
285 : overbeek 1.11 );
286 : parrello 1.60 }
287 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
288 : efrank 1.1 }
289 :     }
290 :    
291 : overbeek 1.11 #==============================================================================
292 :     # psi_blast_prot_sequence
293 :     #==============================================================================
294 :    
295 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
296 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot_id) = @_;
297 : efrank 1.1 }
298 :    
299 : overbeek 1.11 #==============================================================================
300 :     # show_initial
301 :     #==============================================================================
302 :    
303 : efrank 1.1 sub show_initial {
304 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
305 :    
306 :     unshift @{$html->{general}}, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
307 : efrank 1.1
308 : overbeek 1.53 my $gs = &org_of($fig_or_sprout,$prot);
309 : parrello 1.60 Trace("got gs=$gs prot=$prot $fig_or_sprout\n") if T(2);
310 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/) {
311 :     if (! &is_real_feature($fig_or_sprout,$prot)) {
312 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Sorry, $prot is an unknown identifier</h1>\n");
313 :     } else {
314 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
315 :     &translation_piece($fig_or_sprout,$cgi,$html->{translate_status});
316 :     &display_peg($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
317 :     }
318 :     } else {
319 :     # &display_external($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
320 : efrank 1.1 }
321 :     }
322 :    
323 : overbeek 1.11 #==============================================================================
324 :     # display_peg
325 :     #==============================================================================
326 :    
327 : efrank 1.1 sub display_peg {
328 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
329 : efrank 1.1 my $loc;
330 :    
331 : overbeek 1.53 my $user = $cgi->param('user');
332 :    
333 : efrank 1.1 my $half_sz = 5000;
334 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
335 :     my @fc_data;
336 : parrello 1.60 if ($fc) {
337 : redwards 1.49 # RAE Added the following lines so that you can define this in the URL
338 : parrello 1.60 # but the default behavior remains unchanged. I doubt anyone will ever
339 :     # see this, but I use it sometimes to see what happens
340 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff)=(5000, 1.0e-10, 4);
341 :     if ($cgi->param('fcbound')) {$bound=$cgi->param('fcbound')}
342 :     if ($cgi->param('fcsim')) {$sim_cutoff=$cgi->param('fcsim')}
343 :     if ($cgi->param('fccoup')) {$coupling_cutoff=$cgi->param('fccoup')}
344 :    
345 :     @fc_data = &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff);
346 :     } else {
347 :     @fc_data = ();
348 :     }
349 :    
350 :     if ($loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg)) {
351 :     my($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
352 :     my $min = &max(0,&min($beg,$end) - $half_sz);
353 :     my $max = &max($beg,$end) + $half_sz;
354 :     Trace("display_peg: min=$min max=$max beg=$beg end=$end") if T(2);
355 : overbeek 1.81 my($feat,$min,$max) = &genes_in_region($fig_or_sprout,$cgi,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
356 : parrello 1.60 Trace("beg=$beg end=$end New min = $min, max = $max, features = " . join(", ", @{$feat})) if T(3);
357 :    
358 :     my ($beg,$end,$genes) = &print_context($fig_or_sprout,$cgi,$html->{contig_context},$peg,$feat,$min,$max);
359 :     Trace("Print context returned: beg=$beg, end=$end, genes = " . join(", ", @{$genes})) if T(3);
360 :     &print_graphics_context($beg,$end,$genes,$html->{context_graphic});
361 :    
362 : overbeek 1.68 &print_assignments($fig_or_sprout,$cgi,$html->{assign_for_equiv_prots},$peg);
363 : redwards 1.99 &print_kv_pairs($is_sprout, $fig_or_sprout,$cgi,$html->{kv_pairs},$peg);
364 : parrello 1.60 &print_subsys_connections($fig_or_sprout,$cgi,$html->{subsys_connections},$peg,$user);
365 :     &print_links($fig_or_sprout,$cgi,$html->{links},$peg);
366 :    
367 :     push @{$html->{javascript}}, "\n", &FIGjs::toolTipScript();
368 :    
369 :     my $has_translation = &translatable($fig_or_sprout,$peg);
370 :     &print_services($fig_or_sprout,$cgi,$html->{services},$peg,$has_translation,\@fc_data);
371 : overbeek 1.63
372 : parrello 1.60 &print_sims_block($fig_or_sprout,$cgi,$html->{similarities},$peg,$user,$has_translation);
373 :    
374 :     if ($has_translation) {
375 :     &show_tools($fig_or_sprout,$cgi,$html->{tools},$peg);
376 :     }
377 : efrank 1.1 }
378 :     }
379 :    
380 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
381 :    
382 :     sub show_tools {
383 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
384 : efrank 1.1
385 : redwards 1.80 # generate the link to turn tools on or off
386 :     my $toollink=$cgi->self_url;
387 :     $toollink =~ s/[\&\;]fulltools.*[^\;\&]/\&/;
388 :     my $fulltoolbutton = $cgi->a({href=> $toollink . "&fulltools='1'"}, "Show tool descriptions"); # define this here before we mess with ourself!
389 :     my $brieftoolbutton = $cgi->a({href=> $toollink}, "Hide tool descriptions");
390 :    
391 : efrank 1.1 $cgi->param(-name => "request",
392 :     -value => "use_protein_tool");
393 :     my $url = $cgi->self_url();
394 :    
395 : parrello 1.60 if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools")) {
396 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
397 :     my $tab = [];
398 :    
399 :     $/ = "\n//\n";
400 : redwards 1.80 my $brieftools; # in case we don't want descriptions and whatnot
401 : parrello 1.60 while (defined($_ = <TMP>)) {
402 : overbeek 1.72 # allow comment lines in the file
403 :     next if (/^#/);
404 : parrello 1.60 my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
405 : overbeek 1.72 # RAE modified this so we can include column headers.
406 :     undef($desc) if ($desc eq "//"); # it is a separator
407 : redwards 1.80 # RAE modified again so that we only get a short tool list instead of the big table if that is what we want.
408 :     if ($cgi->param('fulltools')) {
409 :     if ($desc) {push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc])}
410 :     else {push(@$tab, [["<strong>$tool</strong>", "td colspan=2 align=center"]])}
411 :     }
412 :     else {
413 :     # Why doesn't this work $brieftools .= "<span class=\"tool\" style=\"border: 0 1px solid gray\"><a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a></span>";
414 :     if ($desc) {$brieftools .= " &nbsp; <a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a> &nbsp;|"}
415 :     }
416 : parrello 1.60 }
417 :     close(TMP);
418 :     $/ = "\n";
419 : redwards 1.80 if ($brieftools) {push(@$html, $cgi->p("|" . $brieftools), $fulltoolbutton)}
420 :     else {push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"), $brieftoolbutton)}
421 : efrank 1.1 }
422 :     $cgi->delete('request');
423 :     }
424 :    
425 :     ################# Functional Coupling ############################
426 :    
427 :     sub print_fc {
428 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
429 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
430 : parrello 1.60
431 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
432 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
433 : parrello 1.60 [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$neigh,$user)]
434 :     } @$fc_data;
435 :     if (@tab > 0) {
436 :     push(@$html,"<hr>\n");
437 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
438 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
439 : efrank 1.1 }
440 :     }
441 :    
442 :     sub ev_link {
443 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
444 :    
445 :     my $prot = $cgi->param('prot');
446 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
447 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
448 :     }
449 :    
450 :     ################# Assignments ############################
451 :    
452 :     sub trans_function_of {
453 : overbeek 1.53 my($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
454 : efrank 1.1
455 : parrello 1.60 if (wantarray()) {
456 :     my $x;
457 : overbeek 1.68 my @funcs = &function_ofL($fig_or_sprout,$peg,$user);
458 :    
459 : parrello 1.60 if ($cgi->param('translate')) {
460 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = &translate_function($fig_or_sprout,$x->[1]); $x } @funcs;
461 :     }
462 :     return @funcs;
463 :     } else {
464 :     my $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$peg,$user);
465 :     if ($cgi->param('translate')) {
466 :     $func = &translate_function($fig_or_sprout,$func);
467 :     }
468 :     return $func;
469 : efrank 1.1 }
470 :     }
471 :    
472 : overbeek 1.53 ########################## Routines that build pieces of HTML ######################
473 :    
474 :    
475 :     sub print_sims_block {
476 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user,$has_translation) = @_;
477 :    
478 :     my $sims = $cgi->param('sims');
479 : golsen 1.76 if ( (! $sims ) && $has_translation && ( ! $cgi->param('SPROUT') ) )
480 :     {
481 :     my $short_form = 1;
482 :     sims_request_form( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form );
483 :     }
484 : overbeek 1.53
485 : golsen 1.76 # Added test $has_translation && (...) -- GJO
486 :     elsif ( $has_translation && ( $sims || $cgi->param('SPROUT') ) )
487 :     {
488 : golsen 1.100 print_similarities( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
489 : overbeek 1.53 }
490 :     }
491 :    
492 :    
493 :     sub print_services {
494 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$has_translation,$fc_data) = @_;
495 :    
496 :     my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
497 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
498 : golsen 1.100 push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a> / <a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
499 : parrello 1.60
500 : overbeek 1.63 if ((! $cgi->param('SPROUT')) && $fig_or_sprout->peg_in_gendb($peg))
501 :     {
502 :     push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::linkPEGGenDB($peg));
503 :     push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::importOrganismGenDB($peg));
504 :     }
505 : overbeek 1.53
506 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
507 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
508 :    
509 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
510 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
511 :    
512 :     $link = $cgi->url();
513 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
514 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
515 :     my $user = $cgi->param('user');
516 : parrello 1.60 if (! $user) {
517 :     $user = "";
518 :     } else {
519 :     $link = $link . "?SPROUT=$sprout&fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
520 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
521 : overbeek 1.53 }
522 :    
523 : golsen 1.76 # Isn't this redundant? Look up about 9 lines. -- GJO
524 :    
525 : overbeek 1.63 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
526 :     if (! $sprout)
527 :     {
528 :     my $fc = $cgi->param('fc');
529 :     if ((! $fc) && (&feature_locationS($fig_or_sprout,$peg))) {
530 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
531 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
532 :     } elsif ($fc) {
533 :     &print_fc($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data);
534 :     }
535 : overbeek 1.53
536 : overbeek 1.63 my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
537 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
538 : overbeek 1.53
539 : overbeek 1.63 my $link = &cgi_url . "/homologs_in_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user\n";
540 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Find Homologs in Clusters</a>\n");
541 :     }
542 : overbeek 1.53
543 : parrello 1.60 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation) {
544 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
545 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
546 :     } elsif ($cgi->param('compare_region')) {
547 :     &print_compared_regions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg);
548 : overbeek 1.53 }
549 :     }
550 :    
551 : efrank 1.1 sub print_assignments {
552 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
553 : efrank 1.1 my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
554 :    
555 :     my $user = $cgi->param('user');
556 : overbeek 1.68 $user = defined($user) ? $user : "";
557 :    
558 : overbeek 1.53 my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg);
559 : overbeek 1.68 $user_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg);
560 :    
561 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
562 :    
563 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } &mapped_prot_ids($fig_or_sprout,$cgi,$peg);
564 : efrank 1.1
565 : parrello 1.60 foreach $id (@maps_to) {
566 : overbeek 1.68 my $tmp;
567 :     if (($id ne $peg) && ($tmp = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$id)))
568 :     {
569 :     push(@funcs, [$id,&who($id),$tmp]);
570 : parrello 1.60 }
571 : efrank 1.1 }
572 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
573 : overbeek 1.68
574 :    
575 : efrank 1.1 push(@$html,"<hr>\n");
576 :    
577 : parrello 1.60 if ((@funcs == 0) && (! $user_func)) {
578 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
579 : efrank 1.1 }
580 : overbeek 1.25
581 : overbeek 1.68 my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_;
582 :     [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),
583 :     &org_of($fig_or_sprout,$id),
584 : overbeek 1.75 $who ? $who : "&nbsp;",
585 :     ($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : "&nbsp;"),
586 : overbeek 1.84 &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
587 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
588 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
589 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
590 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
591 :     }
592 : overbeek 1.53 }
593 : parrello 1.60
594 : overbeek 1.53 sub print_kv_pairs {
595 : redwards 1.99 my($is_sprout, $fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
596 :    
597 :     # we don't want to do this for SPROUT
598 :     return if ($is_sprout);
599 :    
600 : redwards 1.94 # RAE: modified this to allow the users to edit the key/value pairs.
601 :     # there will be two choices: when the "Edit Attributes" button is pressed
602 :     # we will redraw the table with input fields and what not.
603 :    
604 :     # If the Add Changes button is pressed we will save the changes
605 :     # we will do this first before displaying the results
606 : overbeek 1.96
607 : redwards 1.99 my @attr=&get_attributes($fig_or_sprout,$peg);
608 : redwards 1.94 if ($cgi->param('Add Changes')) {
609 :     my ($deleted, $added, $changed)=(undef, undef, undef);
610 :    
611 :     foreach my $key (@attr) {
612 :     unless ($cgi->param("key.".$key->[0])) {
613 : redwards 1.99 if (&delete_attribute($fig_or_sprout, $peg, $key->[0])) {
614 :     push @$deleted, [@$key, ["deleted", "td colspan=2 style=\"text-align: center\""]];
615 :     }
616 : redwards 1.94 }
617 :     if (($cgi->param("value.".$key->[0]) ne $key->[1]) || ($cgi->param("url.".$key->[0]) ne $key->[2])) {
618 : redwards 1.99 if (&change_attribute($fig_or_sprout,$peg, $key->[0], $cgi->param("value.".$key->[0]), $cgi->param("url.".$key->[0]))) {
619 :     push @$changed, [@$key, $cgi->param("value.".$key->[0]), $cgi->param("url.".$key->[0])];
620 :     }
621 : redwards 1.94 }
622 :     }
623 :     for (my $i=0; $i<=5; $i++) {
624 :     if ($cgi->param("key.$i")) {
625 : redwards 1.99 if (&add_attribute($fig_or_sprout,$peg, $cgi->param("key.$i"), $cgi->param("value.$i"), $cgi->param("url.$i"))) {
626 :     push @$added, [$cgi->param("key.$i"), ["added", "td colspan=2 style=\"text-align: center\""], $cgi->param("value.$i"), $cgi->param("url.$i")];
627 :     }
628 :     else {
629 :     print STDERR $peg, " and ", $cgi->param("key.$i"), " not added\n";
630 :     }
631 : redwards 1.94 }
632 :     }
633 :    
634 :     my $tab = [];
635 :     my $col_hdrs=["Attribute", "Original Value", "Original URL", "New Value", "New URL"];
636 :     if ($changed) {push @$tab, [["<strong>Changed Attributes", "td colspan=5 bgcolor=gray style=\"text-align: center\""]], @$changed}
637 :     if ($deleted) {push @$tab, [["<strong>Deleted Attributes", "td colspan=5 bgcolor=gray style=\"text-align: center\""]], @$deleted}
638 :     if ($added) {push @$tab, [["<strong>Added Attributes", "td colspan=5 bgcolor=gray style=\"text-align: center\""]], @$added}
639 :    
640 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Changed Data"));
641 :     }
642 :    
643 : redwards 1.99 my @attr=&get_attributes($fig_or_sprout, $peg);
644 : redwards 1.94 my $col_hdrs=["Key","Value"];
645 :    
646 : redwards 1.95 my $tab = [];
647 :     if ($cgi->param('Edit Attributes') && $cgi->param('user')) {
648 :     push @$col_hdrs, "URL";
649 :     foreach my $key (sort {$a->[0] cmp $b->[0]} @attr) {
650 :     push @$tab,
651 :     [
652 : redwards 1.94 $cgi->textfield(-name=>"key.".$key->[0], -default=>$key->[0], -size=>30),
653 :     $cgi->textfield(-name=>"value.".$key->[0], -default=>$key->[1], -size=>30),
654 :     $cgi->textfield(-name=>"url.".$key->[0], -default=>$key->[2], -size=>30),
655 : redwards 1.95 ];
656 :     }
657 :     for (my $i=0; $i<=5; $i++) {
658 :     push @$tab,
659 :     [
660 :     $cgi->textfield(-name=>"key.$i", -size=>30),
661 :     $cgi->textfield(-name=>"value.$i", -size=>30),
662 :     $cgi->textfield(-name=>"url.$i", -size=>30),
663 :     ];
664 :     }
665 :     }
666 : redwards 1.99 #RAE we need to check that this is a scalar
667 :     elsif (ref($attr[0]) eq "ARRAY") {
668 : redwards 1.95 foreach $_ (sort {$a->[0] cmp $b->[0]} @attr) {
669 :     my($tag,$val,$url) = @$_;
670 :     next unless ($url =~ /^http/);
671 :     push(@$tab,[$tag,$url ? "<a href=\"$url\">$val</a>" : $val]);
672 :     }
673 :     }
674 : redwards 1.94
675 : redwards 1.95 # Add the appropriate submit button to the table
676 :     if ($cgi->param('user') && $cgi->param('Edit Attributes')) {
677 :     # we want a Add button
678 :     push @$tab, [[$cgi->submit('Add Changes'), "td colspan=3 style=\"text-align: center\""]];
679 :     }
680 :     elsif ($cgi->param('user')) {
681 :     push @$tab, [[$cgi->submit('Edit Attributes'), "td colspan=2 style=\"text-align: center\""]];
682 : overbeek 1.38 }
683 : redwards 1.95 push(@$html,$cgi->start_form(-action=>"protein.cgi"), $cgi->hidden("prot"), $cgi->hidden("user"));
684 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->hr,&HTML::make_table($col_hdrs, $tab,"Attributes"),$cgi->hr);
685 : golsen 1.100 # Add end of form -- GJO
686 :     push( @$html, $cgi->end_form );
687 : overbeek 1.53 }
688 :    
689 : overbeek 1.68 sub who {
690 :     my($id) = @_;
691 :    
692 :     if ($id =~ /^fig\|/) { return "FIG" }
693 :     if ($id =~ /^gi\|/) { return "" }
694 :     if ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { return "RefSeq" }
695 :     if ($id =~ /^sp\|/) { return "SwissProt" }
696 :     if ($id =~ /^uni\|/) { return "UniProt" }
697 :     if ($id =~ /^pir\|/) { return "PIR" }
698 :     if ($id =~ /^kegg\|/) { return "KEGG" }
699 :     }
700 :    
701 : overbeek 1.53 sub print_subsys_connections {
702 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user) = @_;
703 : overbeek 1.38
704 : olson 1.28 #
705 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
706 :     #
707 :    
708 : parrello 1.60 if (my @subsystems = &subsystems_for_peg($fig_or_sprout,$peg)) {
709 :     push(@$html,
710 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
711 :    
712 :     my(@hdrs);
713 :     my(@table);
714 :    
715 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
716 :    
717 : overbeek 1.65 my $sprout = ""; # $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
718 : parrello 1.60
719 :     for my $ent (@subsystems) {
720 :     my($sub, $role) = @$ent;
721 : overbeek 1.89 my $can_alter = (($user = $cgi->param('user')) && ($user eq $fig_or_sprout->subsystem_curator($sub)));
722 :     my $url = $cgi->a({href => "subsys.cgi?can_alter=$can_alter&SPROUT=$sprout&user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
723 :    
724 : parrello 1.60 push(@table, [$url, $role]);
725 :     }
726 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
727 : olson 1.28 }
728 : overbeek 1.53 }
729 :    
730 :     sub print_links {
731 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
732 : overbeek 1.31
733 : parrello 1.60 my @links = &peg_links($fig_or_sprout,$peg);
734 :     if (@links > 0) {
735 :     my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
736 :     my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
737 :     my $tab = [];
738 :     my ($n,$i);
739 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5) {
740 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
741 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
742 :     }
743 : overbeek 1.26 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
744 : overbeek 1.25 }
745 :    
746 : parrello 1.60 if (! $cgi->param('SPROUT')) {
747 :     my $url = &cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
748 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
749 : overbeek 1.53 }
750 : efrank 1.1 }
751 :    
752 :    
753 :    
754 :     ################# Similarities ############################
755 :    
756 :    
757 :     sub print_similarities {
758 : overbeek 1.53 my( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
759 : overbeek 1.63
760 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
761 :     {
762 :     &print_similarities_SPROUT($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
763 :     }
764 :     else
765 :     {
766 :     &print_similarities_SEED($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
767 :     }
768 :     }
769 :    
770 : golsen 1.76
771 : overbeek 1.63 sub print_similarities_SPROUT {
772 :     my($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
773 :    
774 :     my $user = $cgi->param('user') || "";
775 :     my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
776 :    
777 :     push( @$html, $cgi->hr,
778 :     "<a name=Similarities>",
779 : overbeek 1.68 $cgi->h1(''),
780 : overbeek 1.63 "</a>\n"
781 :     );
782 :    
783 : overbeek 1.65 my @sims = sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
784 : overbeek 1.63
785 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
786 :     -nolabels => 1,
787 :     -override => 1,
788 : overbeek 1.65 -values => ["",$peg,map { $_->[0] } @sims]);
789 : overbeek 1.63
790 :     my $target = "window$$";
791 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
792 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
793 :     -target => $target,
794 :     -action => 'fid_checked.cgi',
795 :     -name => 'fid_checked'
796 :     ),
797 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => 1),
798 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
799 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
800 :     $cgi->br,
801 :     "For Selected (checked) sequences: ",
802 :     $cgi->submit('align'),
803 :     );
804 :    
805 :     if ($user) {
806 :     my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
807 : golsen 1.100 push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
808 :     "<a href=$help_url target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
809 : overbeek 1.63 $cgi->br, $cgi->br,
810 :     $cgi->submit('assign/annotate')
811 :     );
812 :    
813 :     if ($cgi->param('translate')) {
814 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
815 :     $cgi->submit('check rules'),
816 :     $cgi->br
817 :     );
818 :     }
819 :     }
820 :    
821 :     push( @$html, $cgi->br,
822 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
823 :     -value => $peg,
824 :     -override => 1,
825 :     -checked => 1,
826 :     -label => ""
827 :     )
828 :     );
829 :    
830 :     my $col_hdrs;
831 :     if ($user && $cgi->param('translate')) {
832 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
833 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
834 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
835 :     );
836 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
837 :     "Similar sequence",
838 :     "E-val",
839 : overbeek 1.65 "In Sub",
840 : overbeek 1.63 "ASSIGN from<hr>Translate to",
841 :     "Function",
842 :     "Organism",
843 :     "Aliases"
844 :     ];
845 :     } elsif ($user) {
846 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
847 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
848 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
849 :     );
850 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
851 :     "Similar sequence",
852 :     "E-val",
853 : overbeek 1.65 "In Sub",
854 : overbeek 1.63 "ASSIGN from",
855 :     "Function",
856 :     "Organism",
857 :     "Aliases"
858 :     ];
859 :     } else {
860 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
861 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
862 :     "Similar sequence",
863 :     "E-val",
864 :     "In Sub",
865 :     "Function",
866 :     "Organism",
867 :     "Aliases"
868 :     ];
869 :     }
870 :    
871 :     my $ncol = @$col_hdrs;
872 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
873 : overbeek 1.68 "\t<Caption><h2>Bidirectional Best Hits</h2></Caption>\n",
874 : overbeek 1.63 "\t<TR>\n\t\t<TH>",
875 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
876 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
877 :     );
878 :    
879 :     # Add the table data, row-by-row
880 :    
881 :     my $sim;
882 :     foreach $sim ( @sims ) {
883 :     my($id2,$psc) = @$sim;
884 :     my $cbox = &translatable($fig_or_sprout,$id2) ?
885 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
886 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
887 :     chomp $id2_link;
888 :    
889 :     my @in_sub = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
890 :     my $in_sub;
891 :     if (@in_sub > 0) {
892 :     $in_sub = @in_sub;
893 :     } else {
894 : overbeek 1.74 $in_sub = "&nbsp;";
895 : overbeek 1.63 }
896 :    
897 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
898 :     my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $id2, $user ) );
899 :     ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
900 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
901 :     my $color3="#FFFFFF";
902 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
903 :    
904 :     #
905 :     # Colorize organisms:
906 :     #
907 :     # my $org = html_enc( &org_of($fig_or_sprout, $id2 ) );
908 :     my ($org,$oc) = &org_and_color_of($fig_or_sprout, $id2 );
909 :     $org = html_enc( $org );
910 :    
911 :     my $aliases = html_enc( join( ", ", &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$id2) ) );
912 : overbeek 1.68
913 : overbeek 1.64 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases);
914 : overbeek 1.63
915 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
916 :    
917 : overbeek 1.74 $func2 = $func2 ? $func2 : "&nbsp;";
918 :     $aliases = $aliases ? $aliases : "&nbsp;";
919 :    
920 : overbeek 1.63 push( @$html, "\t<TR>\n",
921 :     #
922 :     # Colorize check box by Domain
923 :     #
924 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
925 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
926 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc</TD>\n",
927 : overbeek 1.65 "\t\t<TD>$in_sub</TD>",
928 : overbeek 1.63 $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
929 :     "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
930 :     #
931 :     # Colorize organism by Domain
932 :     #
933 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
934 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
935 :     "\t\t<TD>$aliases</TD>\n",
936 :     "\t</TR>\n"
937 :     );
938 :     }
939 :     push( @$html, "</TABLE>\n" );
940 :     push( @$html, $cgi->end_form );
941 :     }
942 :    
943 :    
944 :     sub print_similarities_SEED {
945 :     my( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
946 : efrank 1.1
947 : golsen 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
948 : golsen 1.76 my $current_func = &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $peg, $user );
949 : efrank 1.1
950 : golsen 1.100 push @$html, $cgi->hr,
951 :     "<a name=Similarities>", # Put an anchor on the heading
952 :     $cgi->h2('Similarities'),
953 :     "</a>\n";
954 : golsen 1.34
955 : golsen 1.76 # Generate the request form, and return current option values in hash
956 : efrank 1.1
957 : golsen 1.76 my $short_form = 0;
958 : golsen 1.98 my $SimParams = sims_request_form( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form );
959 : overbeek 1.51
960 : golsen 1.76 my $maxN = $SimParams->{ maxN };
961 :     my $maxP = $SimParams->{ maxP };
962 :     my $max_expand = $SimParams->{ max_expand };
963 : golsen 1.98 my $select = $SimParams->{ select };
964 : golsen 1.76 my $show_env = $SimParams->{ show_env };
965 :     my $hide_alias = $SimParams->{ hide_alias };
966 : overbeek 1.90 my $group_by_genome = $SimParams->{ group_by_genome };
967 : golsen 1.98
968 :     # These are active, but the values are only used in sims()
969 :     # my $extra_opt = $SimParams->{ extra_opt };
970 :     # my $min_q_cov = $SimParams->{ min_q_cov };
971 :     # my $min_s_cov = $SimParams->{ min_s_cov };
972 :     # my $min_sim = $SimParams->{ min_sim };
973 :     # my $sim_meas = $SimParams->{ sim_meas };
974 :     # my $sort_by = $SimParams->{ sort_by };
975 :    
976 : golsen 1.76 # None of these are currently active: -- GJO
977 : golsen 1.98 # my $show_rep = $SimParams->{ show_rep };
978 :     # my $max_sim = $SimParams->{ max_sim };
979 :     # my $dyn_thrsh = $SimParams->{ dyn_thrsh };
980 :     # my $save_dist = $SimParams->{ save_dist };
981 :     # my $chk_which = $SimParams->{ chk_which };
982 : efrank 1.1
983 : golsen 1.76 # There is currently no control to turn this on! -- GJO
984 :     my $expand_groups = $SimParams->{ expand_groups };
985 : efrank 1.1
986 : golsen 1.76 # Move filtering of sims list out of display loop. Avoids many problems,
987 :     # including display of table with no entries. Anticipate more filters.
988 :     # -- GJO
989 : golsen 1.97 #
990 : golsen 1.98 # All the filtering is now done in get_raw_sims and expand_raw_sims. -- GJO
991 : golsen 1.76
992 : golsen 1.98 my @sims = sims( $fig_or_sprout,
993 :     $peg,
994 :     $maxN,
995 :     $maxP,
996 :     $select,
997 :     $max_expand,
998 :     $group_by_genome,
999 :     $SimParams
1000 :     );
1001 : golsen 1.77
1002 : golsen 1.76 if ( @sims ) {
1003 :     push( @$html, $cgi->hr );
1004 :     my @from = $cgi->radio_group( -name => 'from',
1005 :     -nolabels => 1,
1006 :     -override => 1,
1007 :     -values => [ "", $peg, map { $_->id2 } @sims ]
1008 :     );
1009 : parrello 1.60
1010 :     my $target = "window$$";
1011 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
1012 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
1013 : golsen 1.76 -target => $target,
1014 :     -action => 'fid_checked.cgi',
1015 :     -name => 'fid_checked'
1016 : parrello 1.60 ),
1017 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
1018 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
1019 :     $cgi->br,
1020 :     "For Selected (checked) sequences: ",
1021 :     $cgi->submit('align'),
1022 :     $cgi->submit('view annotations'),
1023 :     $cgi->submit('show regions')
1024 :     );
1025 :    
1026 :     if ($user) {
1027 :     my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
1028 :     push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
1029 : golsen 1.100 "<a href=$help_url target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
1030 : parrello 1.60 $cgi->br, $cgi->br,
1031 :     $cgi->submit('assign/annotate')
1032 :     );
1033 :    
1034 :     if ($cgi->param('translate')) {
1035 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
1036 :     $cgi->submit('check rules'),
1037 :     $cgi->br
1038 :     );
1039 :     }
1040 :     }
1041 : efrank 1.1
1042 : parrello 1.60 push( @$html, $cgi->br,
1043 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
1044 :     -value => $peg,
1045 :     -override => 1,
1046 :     -checked => 1,
1047 :     -label => ""
1048 :     )
1049 :     );
1050 :    
1051 :     my $col_hdrs;
1052 : golsen 1.100 my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">colors explained</A>)";
1053 : golsen 1.102 my $func_clr_help = "(<A href=\"Html/function_colors.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">function colors explained</A>)";
1054 : golsen 1.97
1055 : parrello 1.60 if ($user && $cgi->param('translate')) {
1056 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
1057 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
1058 : golsen 1.97 "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
1059 : parrello 1.60 );
1060 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
1061 :     $expand_groups ? "family" : (),
1062 :     $expand_groups ? "size" : (),
1063 :     "Similar sequence",
1064 :     "E-val<br>% iden",
1065 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
1066 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
1067 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
1068 : overbeek 1.90 "In Sub",
1069 : golsen 1.97 "Function<br>$func_clr_help",
1070 : parrello 1.60 "Organism",
1071 : overbeek 1.90 (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
1072 : parrello 1.60 ];
1073 :     } elsif ($user) {
1074 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
1075 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
1076 : golsen 1.97 "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
1077 : parrello 1.60 );
1078 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
1079 :     $expand_groups ? "family" : (),
1080 :     $expand_groups ? "size" : (),
1081 :     "Similar sequence",
1082 :     "E-val<br>% iden",
1083 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
1084 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
1085 :     "ASSIGN from",
1086 :     "In Sub",
1087 : golsen 1.97 "Function<br>$func_clr_help",
1088 : parrello 1.60 "Organism",
1089 : overbeek 1.90 (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
1090 : parrello 1.60 ];
1091 :     } else {
1092 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
1093 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
1094 :     $expand_groups ? "family" : (),
1095 :     $expand_groups ? "size" : (),
1096 :     "Similar sequence",
1097 :     "E-val<br>% iden",
1098 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
1099 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
1100 : golsen 1.97 "In Sub",
1101 :     "Function<br>$func_clr_help",
1102 : parrello 1.60 "Organism",
1103 : overbeek 1.90 (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
1104 : parrello 1.60 ];
1105 :     }
1106 : efrank 1.1
1107 : redwards 1.37 # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
1108 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("fid_checked", "checked"), $cgi->br);
1109 :    
1110 : parrello 1.60 #
1111 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
1112 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
1113 :     #
1114 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
1115 :    
1116 :     my $ncol = @$col_hdrs;
1117 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
1118 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
1119 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
1120 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
1121 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
1122 :     );
1123 :    
1124 : golsen 1.97 #
1125 : golsen 1.93 # Grouping by genome is hard to see. This is an attempt to make it more obvious
1126 :     # by consolidating the "Organism" for all rows in which it is repeated. -- GJO
1127 : golsen 1.97 #
1128 :     # Let's figure out the function here too. This will allow color to be
1129 :     # specific for more than one function. For example, we can color:
1130 :     #
1131 :     # Identical function white
1132 :     # Most common alternative brown
1133 :     # Next most common alternatives red, orange, yellow, green, blue, and violet
1134 :     # Any additional alternatives gray
1135 :     #
1136 : golsen 1.93
1137 :     my $sim;
1138 : golsen 1.97 my ( $id2, $func, $genome, $org, $color, $info, $prev_genome, $prev_sim );
1139 :     my %func_cnt = ();
1140 :    
1141 : golsen 1.93 foreach $sim ( @sims ) {
1142 :     $id2 = $sim->id2;
1143 : golsen 1.97
1144 :     $func = html_enc( scalar trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $id2, $user ) );
1145 :     $func && $func_cnt{ $func }++;
1146 :    
1147 : golsen 1.93 if ( $group_by_genome && ( ( $genome ) = $id2 =~ /fig\|(\d+\.\d+)\./ )
1148 :     && ( $genome eq $prev_genome ) )
1149 :     {
1150 : golsen 1.97 $prev_sim->[-1]->[3]++; # Increase row span of org
1151 :     push @$sim, [ $func, "", $color, 0 ]; # No org name, prev_color, no row span
1152 : golsen 1.93 }
1153 :     else
1154 :     {
1155 :     ( $org, $color ) = org_and_color_of( $fig_or_sprout, $id2 );
1156 : golsen 1.97 push @$sim, [ $func, html_enc( $org ), $color, 1 ];
1157 : golsen 1.93 $prev_genome = $genome || "";
1158 :     $prev_sim = $sim;
1159 :     }
1160 :     }
1161 :    
1162 : golsen 1.97 # Build a function to color translation table based on frequence of function.
1163 :     # Reserve white for the current function.
1164 :    
1165 :     my %func_color;
1166 :     $func_cnt{ $current_func } && delete $func_cnt{ $current_func };
1167 :     $func_color{ $current_func } = "#FFFFFF";
1168 :    
1169 :     # Assign other colors until we run out:
1170 :    
1171 :     my @colors = qw( #EECCAA #FFAAAA #FFCC66 #FFFF00 #AAFFAA #BBBBFF #FFAAFF );
1172 :     for ( sort { $func_cnt{ $b } <=> $func_cnt{ $a } } keys %func_cnt )
1173 :     {
1174 :     $func_color{ $_ } = ( shift @colors ) || "#DDDDDD";
1175 :     }
1176 :    
1177 : parrello 1.60 # Add the table data, row-by-row
1178 :    
1179 : overbeek 1.90 my $alia = (! $hide_alias);
1180 : parrello 1.60 foreach $sim ( @sims ) {
1181 :     my $id2 = $sim->id2;
1182 : golsen 1.76
1183 : parrello 1.60 my $cbox = &translatable($fig_or_sprout,$id2) ?
1184 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
1185 :    
1186 :     my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
1187 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = &in_family($fig_or_sprout,$id2))) {
1188 :     $sz = &sz_family($fig_or_sprout,$family);
1189 :     $funcF = html_enc( &family_function($fig_or_sprout,$family) );
1190 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
1191 :     } else {
1192 :     $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
1193 :     }
1194 :    
1195 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
1196 :     chomp $id2_link;
1197 :    
1198 :     my @in_sub = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
1199 :     my $in_sub;
1200 :     if (@in_sub > 0) {
1201 :     $in_sub = @in_sub;
1202 :     } else {
1203 : overbeek 1.74 $in_sub = "&nbsp;";
1204 : parrello 1.60 }
1205 :    
1206 :     my $psc = $sim->psc;
1207 :     my $iden = $sim->iden;
1208 :     my $ln1 = $sim->ln1;
1209 :     my $ln2 = $sim->ln2;
1210 :     my $b1 = $sim->b1;
1211 :     my $e1 = $sim->e1;
1212 :     my $b2 = $sim->b2;
1213 :     my $e2 = $sim->e2;
1214 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1215 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1216 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1217 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
1218 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1219 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
1220 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
1221 : golsen 1.97
1222 :     # Retrieve the Function and Organism data that was pushed on the end of the sim:
1223 :    
1224 :     my ( $func2, $org, $oc, $rowspan ) = @{$sim->[-1]};
1225 : golsen 1.93
1226 :     ## RAE Added color3. This will color function cells that do not match the original
1227 : parrello 1.60 ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
1228 : golsen 1.97
1229 :     my $color3 = $func2 && $func_color{ $func2 } || "#DDDDDD";
1230 : parrello 1.60
1231 : golsen 1.93 if ( $funcF && ( $funcF ne $func2 ) ) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
1232 : golsen 1.97 $func2 ||= "&nbsp;";
1233 : parrello 1.60
1234 : golsen 1.97 my $aliases = undef;
1235 :     if ( $alia )
1236 :     {
1237 :     $aliases = html_enc( join( ", ", &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$id2) ) );
1238 :     $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );
1239 :     $aliases ||= "&nbsp;";
1240 :     }
1241 : parrello 1.60
1242 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
1243 :    
1244 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
1245 :     #
1246 :     # Colorize check box by Domain
1247 :     #
1248 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
1249 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
1250 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
1251 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
1252 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
1253 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
1254 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
1255 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
1256 : golsen 1.100 "\t\t<TD Align=center>$in_sub</TD>",
1257 : parrello 1.60 "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
1258 :     #
1259 :     # Colorize organism by Domain
1260 :     #
1261 : golsen 1.93 $rowspan ? "\t\t<TD Rowspan=$rowspan Bgcolor=$oc>$org</TD>\n" : (),
1262 : parrello 1.60 $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
1263 :     "\t</TR>\n"
1264 :     );
1265 :     }
1266 : overbeek 1.11
1267 : parrello 1.60 push( @$html, "</TABLE>\n" );
1268 :     push( @$html, $cgi->end_form );
1269 : efrank 1.1 }
1270 :     }
1271 :    
1272 : golsen 1.18 #
1273 :     # Support functions for writing the similarities
1274 :     #
1275 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
1276 :     #
1277 :    
1278 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1279 :    
1280 :     #
1281 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
1282 :     # matching region.
1283 :     #
1284 :     # Left side is red; right side is blue.
1285 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
1286 :     #
1287 :    
1288 :     sub match_color {
1289 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
1290 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
1291 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
1292 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
1293 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
1294 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
1295 :     my $br = 1;
1296 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
1297 :     }
1298 :    
1299 :     #
1300 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
1301 :     #
1302 :    
1303 :     sub hsb2rgb {
1304 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
1305 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
1306 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
1307 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
1308 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
1309 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
1310 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
1311 :     )
1312 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
1313 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
1314 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
1315 :     );
1316 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
1317 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
1318 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
1319 :     )
1320 :     }
1321 :    
1322 :     #
1323 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
1324 :     #
1325 :    
1326 :     sub rgb2html {
1327 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
1328 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
1329 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
1330 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
1331 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
1332 :     }
1333 :    
1334 :     #
1335 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
1336 :     #
1337 :    
1338 :     sub floor {
1339 :     my $x = $_[0];
1340 :     defined( $x ) || return undef;
1341 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
1342 :     }
1343 :    
1344 :    
1345 : golsen 1.76 #------------------------------------------------------------------------
1346 :     # Generate similarity query forms for the SEED. Consolidates things like
1347 :     # style and defaults in one place.
1348 :     #
1349 :     # my $user = $cgi->param('user') || "";
1350 :     # my $short_form = 0;
1351 :     # my $SimParam = sims_request_form( $fig, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form );
1352 :     #------------------------------------------------------------------------
1353 :    
1354 :     sub sims_request_form {
1355 :     my ( $fig, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form ) = @_;
1356 :    
1357 :     # Read available parameters, and fill in defaults:
1358 :    
1359 :     my $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 50;
1360 :     my $max_expand = defined( $cgi->param('max_expand') ) ? $cgi->param('max_expand') : 5;
1361 :     my $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
1362 : golsen 1.98 my $select = $cgi->param('select') || 'all';
1363 :     my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
1364 :     my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
1365 : golsen 1.100 my $sort_by = $cgi->param('sort_by') || 'bits';
1366 : golsen 1.98 my $group_by_genome = $cgi->param('group_by_genome') || 0;
1367 :     my $trans_role = $cgi->param('translate') || 0;
1368 :     my $expand_groups = $cgi->param('expand_groups') || 0;
1369 : golsen 1.76
1370 : golsen 1.77 # New similarity options
1371 :    
1372 :     # Act on request for more or fewer sim options
1373 : golsen 1.76
1374 :     my $extra_opt = defined( $cgi->param('extra_opt') ) ? $cgi->param('extra_opt') : 0;
1375 : golsen 1.77 if ( $cgi->param('more sim options') ) {
1376 :     $extra_opt = 1;
1377 :     $cgi->delete('more sim options');
1378 :     }
1379 :     if ( $cgi->param('fewer sim options') ) {
1380 :     $extra_opt = 0;
1381 :     $cgi->delete('fewer sim options');
1382 :     }
1383 :    
1384 :     # Make defaults completely open (match original behavior)
1385 :    
1386 :     my $min_sim = $extra_opt && defined( $cgi->param('min_sim') ) ? $cgi->param('min_sim') : 0;
1387 : golsen 1.100 my $sim_meas = $extra_opt && defined( $cgi->param('sim_meas') ) ? $cgi->param('sim_meas') : 'id';
1388 : golsen 1.77 my $min_q_cov = $extra_opt && defined( $cgi->param('min_q_cov') ) ? $cgi->param('min_q_cov') : 0;
1389 :     my $min_s_cov = $extra_opt && defined( $cgi->param('min_s_cov') ) ? $cgi->param('min_s_cov') : 0;
1390 : golsen 1.76
1391 : golsen 1.77 # New parameters. Not yet implimented.
1392 : golsen 1.76 # The defaults for representative sequences might be tuned:
1393 :    
1394 : golsen 1.77 my $show_rep = $extra_opt && defined( $cgi->param('show_rep') ) ? $cgi->param('show_rep') : 0;
1395 :     my $max_sim = $extra_opt && defined( $cgi->param('max_sim') ) ? $cgi->param('max_sim') : 0.70;
1396 :     my $dyn_thrsh = $extra_opt && defined( $cgi->param('dyn_thrsh') ) ? $cgi->param('dyn_thrsh') : 0;
1397 :     my $save_dist = $extra_opt && defined( $cgi->param('save_dist') ) ? $cgi->param('save_dist') : 0.80;
1398 : golsen 1.76
1399 :     # Mark some of the sequences automatically?
1400 :    
1401 : golsen 1.77 my $chk_which = $extra_opt && defined( $cgi->param('chk_which') ) ? $cgi->param('chk_which') : 'none';
1402 :    
1403 : golsen 1.76 # Use $cgi->param('more similarities') to drive increase in maxN and max_expand
1404 :    
1405 :     if ( $cgi->param('more similarities') ) {
1406 :     $maxN *= 2;
1407 :     $max_expand *= 2;
1408 :     $cgi->delete('more similarities');
1409 :     }
1410 :    
1411 : golsen 1.100 # Sanity checks on fixed vocabulary parameter values:
1412 : golsen 1.76
1413 : golsen 1.102 my %select_opts = map { ( $_, 1 ) } qw( all fig figx fig_pref figx_pref );
1414 :     my %sort_opts = map { ( $_, 1 ) } qw( bits id id2 bpp bpp2 );
1415 :     my %sim_meas_opts = map { ( $_, 1 ) } qw( id bpp );
1416 :     my %chk_which_opts = map { ( $_, 1 ) } qw( none all rep );
1417 :    
1418 :     $select = 'all' unless $select_opts{ $select };
1419 :     $sort_by = 'bits' unless $sort_opts{ $sort_by };
1420 :     $sim_meas = 'id' unless $sim_meas_opts{ $sim_meas };
1421 :     $chk_which = 'none' unless $chk_which_opts{ $chk_which };
1422 : golsen 1.76
1423 : golsen 1.100 # We have processed all options. Use them to build forms.
1424 : golsen 1.76
1425 :     # Checkmarks for input tags
1426 :    
1427 : golsen 1.102 my $chk_select_all = select_if( $select eq 'all' );
1428 :     my $chk_select_figp = select_if( $select eq 'fig_pref' );
1429 :     my $chk_select_figxp = select_if( $select eq 'figx_pref' );
1430 :     my $chk_select_fig = select_if( $select eq 'fig' );
1431 :     my $chk_select_figx = select_if( $select eq 'figx' );
1432 :     my $chk_show_env = chked_if( $show_env );
1433 :     my $chk_hide_alias = chked_if( $hide_alias );
1434 : overbeek 1.90 my $chk_group_by_genome = chked_if( $group_by_genome );
1435 : golsen 1.102 my $chk_sort_by_id = select_if( $sort_by eq 'id' );
1436 :     my $chk_sort_by_id2 = select_if( $sort_by eq 'id2' );
1437 :     my $chk_sort_by_bits = select_if( $sort_by eq 'bits' );
1438 :     my $chk_sort_by_bpp = select_if( $sort_by eq 'bpp' );
1439 :     my $chk_sort_by_bpp2 = select_if( $sort_by eq 'bpp2' );
1440 : golsen 1.76
1441 :     # Features unique to the long form:
1442 :    
1443 :     if ( $short_form )
1444 :     {
1445 :     # Use a here document to push the short version of the similarities form
1446 :     # on @$html (many values are passed as hidden inputs).
1447 :    
1448 :     push @$html, <<"End_Short_Form";
1449 :    
1450 :     <FORM Action=\"protein.cgi#Similarities\">
1451 :     <input type=hidden name=prot value=\"$peg\">
1452 :     <input type=hidden name=sims value=1>
1453 :     <input type=hidden name=fid value=\"$peg\">
1454 :     <input type=hidden name=user value=\"$user\">
1455 :     <input type=hidden name=translate value=$trans_role>
1456 :    
1457 : golsen 1.103 &nbsp;&nbsp;&nbsp; Max sims:<input type=text name=maxN size=5 value=$maxN> &nbsp;&nbsp;
1458 : golsen 1.100 Max expand:<input type=text name=max_expand size=5 value=$max_expand> &nbsp;&nbsp;
1459 :     Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP> &nbsp;&nbsp;
1460 : golsen 1.98 <select name=select>
1461 : golsen 1.102 <option value=all $chk_select_all>Show all databases</option>
1462 :     <option value=fig_pref $chk_select_figp>Prefer FIG IDs (to max exp)</option>
1463 :     <option value=figx_pref $chk_select_figxp>Prefer FIG IDs (all)</option>
1464 :     <option value=fig $chk_select_fig>Just FIG IDs (to max exp)</option>
1465 :     <option value=figx $chk_select_figx>Just FIG IDs (all)</option>
1466 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1467 :     Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env> &nbsp;&nbsp;
1468 : golsen 1.98 Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias><br />
1469 :    
1470 : golsen 1.103 <input type=submit name=Similarities value=Similarities> &nbsp;&nbsp;
1471 : golsen 1.98 Sort by
1472 :     <select name=sort_by>
1473 : golsen 1.101 <option value=bits $chk_sort_by_bits>score</option>
1474 :     <option value=id2 $chk_sort_by_id2>percent identity*</option>
1475 :     <option value=bpp2 $chk_sort_by_bpp2>score per position*</option>
1476 : golsen 1.98 <option value=id $chk_sort_by_id>percent identity</option>
1477 :     <option value=bpp $chk_sort_by_bpp>score per position</option>
1478 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1479 :     Group by genome:<input type=checkbox name=group_by_genome value=1 $chk_group_by_genome>
1480 :     &nbsp;&nbsp;&nbsp;
1481 :     <A href=\"Html/similarities_options.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Help with SEED similarities options</A><BR />
1482 : golsen 1.76 </FORM>
1483 : golsen 1.100
1484 : golsen 1.76 End_Short_Form
1485 :    
1486 :     }
1487 :     else
1488 :     {
1489 :     # Navigation buttons
1490 :    
1491 :     my ( $prev_peg_btn, $next_peg_btn ) = ( "", "" );
1492 :     my ( $prefix, $protnum ) = $peg =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
1493 :     if ( $prefix && $protnum ) {
1494 :     if ( ( $protnum > 1 ) && &translatable( $fig_or_sprout, $prefix . ($protnum-1) ) )
1495 :     {
1496 :     $prev_peg_btn = $cgi->submit('previous PEG');
1497 :     }
1498 :     if ( &translatable( $fig_or_sprout, $prefix . ($protnum+1) ) )
1499 :     {
1500 :     $next_peg_btn = $cgi->submit('next PEG');
1501 :     }
1502 :     }
1503 :    
1504 :     # Add/remove extra options button
1505 :    
1506 :     my $extra_opt_btn = $extra_opt ? $cgi->submit('fewer sim options')
1507 :     : $cgi->submit('more sim options');
1508 :    
1509 :     # Checkmarks for input tags
1510 :    
1511 :     my $chk_sim_meas_id = select_if( $sim_meas eq 'id' );
1512 :     my $chk_sim_meas_bpp = select_if( $sim_meas eq 'bpp' );
1513 :     my $chk_show_rep = chked_if( $show_rep );
1514 :     my $chk_dyn_thrsh = chked_if( $dyn_thrsh );
1515 :     my $chk_chk_none = select_if( $chk_which eq 'none' );
1516 :     my $chk_chk_all = select_if( $chk_which eq 'all' );
1517 :     my $chk_chk_rep = select_if( $chk_which eq 'rep' );
1518 :    
1519 : golsen 1.77 # Finally time to write some HTML
1520 :     #
1521 : golsen 1.76 # Default options
1522 :    
1523 :     push @$html, <<"End_Default_Options";
1524 : golsen 1.98
1525 : golsen 1.76 <FORM Action=\"protein.cgi#Similarities\">
1526 :     <input type=hidden name=prot value=\"$peg\">
1527 :     <input type=hidden name=sims value=1>
1528 :     <input type=hidden name=fid value=\"$peg\">
1529 :     <input type=hidden name=user value=\"$user\">
1530 :     <input type=hidden name=translate value=$trans_role>
1531 :    
1532 : golsen 1.100 Max sims:<input type=text name=maxN size=5 value=$maxN> &nbsp;&nbsp;
1533 :     Max expand:<input type=text name=max_expand size=5 value=$max_expand> &nbsp;&nbsp;
1534 :     Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP> &nbsp;&nbsp;
1535 : golsen 1.98 <select name=select>
1536 : golsen 1.102 <option value=all $chk_select_all>Show all databases</option>
1537 :     <option value=fig_pref $chk_select_figp>Prefer FIG IDs (to max exp)</option>
1538 :     <option value=figx_pref $chk_select_figxp>Prefer FIG IDs (all)</option>
1539 :     <option value=fig $chk_select_fig>Just FIG IDs (to max exp)</option>
1540 :     <option value=figx $chk_select_figx>Just FIG IDs (all)</option>
1541 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1542 :     Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env> &nbsp;&nbsp;
1543 : golsen 1.98 Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias><br />
1544 :    
1545 :     Sort by
1546 :     <select name=sort_by>
1547 : golsen 1.101 <option value=bits $chk_sort_by_bits>score</option>
1548 :     <option value=id2 $chk_sort_by_id2>percent identity*</option>
1549 :     <option value=bpp2 $chk_sort_by_bpp2>score per position*</option>
1550 : golsen 1.98 <option value=id $chk_sort_by_id>percent identity</option>
1551 :     <option value=bpp $chk_sort_by_bpp>score per position</option>
1552 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1553 :     Group by genome:<input type=checkbox name=group_by_genome value=1 $chk_group_by_genome> &nbsp;&nbsp;&nbsp;
1554 :     <A href=\"Html/similarities_options.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Help with SEED similarities options</A><br />
1555 : golsen 1.76 End_Default_Options
1556 :    
1557 :     # Extra options
1558 :    
1559 :     push @$html, <<"End_Extra_Options" if $extra_opt;
1560 : golsen 1.77 <input type=hidden name=extra_opt value=\"$extra_opt\">
1561 :    
1562 : golsen 1.76 Min similarity:<input type=text name=min_sim size=5 value=$min_sim>
1563 : golsen 1.98 defined by
1564 : golsen 1.76 <select name=sim_meas>
1565 : golsen 1.98 <option value=id $chk_sim_meas_id>identities (0-100%)</option>
1566 :     <option value=bpp $chk_sim_meas_bpp>score per position (0-2 bits)</option>
1567 : golsen 1.100 </select> &nbsp;&nbsp;
1568 :     Min query cover (%):<input type=text name=min_q_cov size=5 value=$min_q_cov> &nbsp;&nbsp;
1569 : golsen 1.98 Min subject cover (%):<input type=text name=min_s_cov size=5 value=$min_s_cov><br />
1570 : golsen 1.76
1571 : golsen 1.77 <!-- Hide unimplimented options
1572 : golsen 1.76 <TABLE Cols=2>
1573 :     <TR>
1574 :     <TD Valign=top><input type=checkbox name=show_rep $chk_show_rep></TD>
1575 :     <TD> Show only representative sequences whose similarities to one another
1576 :     are less than <input type=text size=5 name=max_sim value=$max_sim>
1577 :     <br />
1578 :     <input type=checkbox name=dyn_thrsh value=1 $chk_dyn_thrsh> But keep sequences
1579 :     that are at least <input type=text size=5 name=save_dist value=$save_dist>
1580 :     times as distant from one another as from the query</TD>
1581 :     </TR>
1582 :     </TABLE>
1583 :    
1584 : golsen 1.77 <input type=hidden name=chk_which value=\"$chk_which\">
1585 :    
1586 : golsen 1.76 Automatically Select (check) which sequences:<select name=chk_which>
1587 :     <option value=none $chk_chk_none>none</option>
1588 :     <option value=all $chk_chk_all>all shown</option>
1589 :     <option value=rep $chk_chk_rep>representative set</option>
1590 :     </select><br />
1591 : golsen 1.77 -->
1592 : golsen 1.76 End_Extra_Options
1593 :    
1594 :     # Submit buttons
1595 :    
1596 :     push @$html, <<"End_of_Buttons";
1597 :     <input type=submit name='resubmit' value='resubmit'>
1598 :     <input type=submit name='more similarities' value='more similarities'>
1599 :     $prev_peg_btn
1600 :     $next_peg_btn
1601 : golsen 1.77 $extra_opt_btn
1602 : golsen 1.76 </FORM>
1603 : golsen 1.100
1604 : golsen 1.76 End_of_Buttons
1605 :    
1606 :     }
1607 :    
1608 :     # Return the current parameter values in a hash
1609 :    
1610 :     { maxN => $maxN,
1611 :     maxP => $maxP,
1612 :     max_expand => $max_expand,
1613 : golsen 1.98 select => $select,
1614 : golsen 1.76 show_env => $show_env,
1615 :     hide_alias => $hide_alias,
1616 : overbeek 1.90 group_by_genome => $group_by_genome,
1617 : golsen 1.76 trans_role => $trans_role,
1618 :     extra_opt => $extra_opt,
1619 :     min_sim => $min_sim,
1620 :     min_q_cov => $min_q_cov,
1621 :     min_s_cov => $min_s_cov,
1622 :     sim_meas => $sim_meas,
1623 : golsen 1.98 sort_by => $sort_by,
1624 : golsen 1.76 show_rep => $show_rep,
1625 :     max_sim => $max_sim,
1626 :     dyn_thrsh => $dyn_thrsh,
1627 :     save_dist => $save_dist,
1628 :     chk_which => $chk_which,
1629 :     expand_groups => $expand_groups
1630 :     }
1631 :     }
1632 :    
1633 :    
1634 :     #------------------------------------------------------------------------
1635 :     # Auxilliary function to acivate checkmark for input fields
1636 :     #------------------------------------------------------------------------
1637 :     sub chked_if { $_[0] ? 'checked ' : '' }
1638 :    
1639 :     sub select_if { $_[0] ? 'selected ' : '' }
1640 :    
1641 :    
1642 :    
1643 : efrank 1.1 ################# Context on the Chromosome ############################
1644 :    
1645 :     sub print_context {
1646 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
1647 : olson 1.56
1648 : olson 1.57 if ($beg eq $end) { cluck "Have zero len"; }
1649 : efrank 1.1 my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
1650 : overbeek 1.81 my($fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
1651 : efrank 1.1
1652 : overbeek 1.41
1653 :     my $user = $cgi->param('user');
1654 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1655 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"),
1656 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
1657 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg),
1658 : overbeek 1.44 $cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1),
1659 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1660 :    
1661 : overbeek 1.53 my %in_cluster = map { $_ => 1 } &in_cluster_with($fig_or_sprout,$peg);
1662 : efrank 1.1
1663 : overbeek 1.73 my $col_hdrs;
1664 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
1665 :     {
1666 : overbeek 1.81 $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","","","aliases"];
1667 : overbeek 1.73 }
1668 :     else
1669 :     {
1670 : overbeek 1.81 $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","aliases"];
1671 : overbeek 1.73 }
1672 :    
1673 : efrank 1.1 my($tab) = [];
1674 :     my $genes = [];
1675 : parrello 1.60
1676 : overbeek 1.53 my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
1677 : efrank 1.1
1678 :     my($role,$role1,%related_roles);
1679 : parrello 1.60 foreach $role (&roles_of_function($peg_function)) {
1680 :     foreach $role1 (&neighborhood_of_role($fig_or_sprout,$role)) {
1681 :     $related_roles{$role1} = 1;
1682 :     }
1683 : efrank 1.1 }
1684 : parrello 1.60 foreach $fid1 (@$feat) {
1685 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
1686 : efrank 1.1
1687 : parrello 1.60 my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid1) );
1688 : olson 1.48 my $uniprot;
1689 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
1690 :     # print STDERR "$1\n";
1691 :     $uniprot = $1;
1692 :     }
1693 : overbeek 1.68 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases),
1694 :     $aliases =~ s/SPROUT=1/SPROUT=0/g;
1695 :     $aliases =~ s/[&;]user=[^&;]+[;&]/;/g;
1696 : overbeek 1.74 $aliases = $aliases ? $aliases : "&nbsp;";
1697 : overbeek 1.68
1698 : overbeek 1.73 my($to_seed,$to_gbrowse);
1699 :     $to_seed = $to_gbrowse = "";
1700 :     if ($cgi->param('SPROUT') && ($fid1 =~ /peg/))
1701 :     {
1702 :     $to_seed = &cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid1";
1703 :     $to_gbrowse = &cgi_url . $fig_or_sprout->get_gbrowse_feature_link($fid1);
1704 :     }
1705 :    
1706 :    
1707 : overbeek 1.68 ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid1));;
1708 :     $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
1709 :    
1710 :     my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid1);
1711 : olson 1.48 my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid1, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
1712 :    
1713 : parrello 1.60 if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
1714 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
1715 :     else { $color = "red" }
1716 :    
1717 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/) {
1718 :     $n = $1;
1719 : overbeek 1.63 my $sprout = $cgi->param('SPROUT');
1720 :     $sprout = $sprout ? $sprout : "";
1721 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user&SPROUT=$sprout";
1722 : parrello 1.60 } elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/) {
1723 :     $n = uc $1;
1724 :     $link = "";
1725 :     } else {
1726 :     $n ="";
1727 :     $link = "";
1728 :     }
1729 :    
1730 :     push(@$genes,[&min($beg1,$end1),&max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link,$info]);
1731 :     if ($max_so_far) {
1732 :     $gap = (&min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
1733 :     } else {
1734 :     $gap = "";
1735 :     }
1736 :     $max_so_far = &max($beg1,$end1);
1737 : olson 1.48
1738 : efrank 1.1
1739 : overbeek 1.74 $in_neighborhood = "&nbsp;";
1740 : parrello 1.60 if (&ftype($fid1) eq "peg") {
1741 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$fid1,$user);
1742 :     foreach $role (&roles_of_function($comment)) {
1743 :     if ($related_roles{$role}) {
1744 :     $in_neighborhood = "*";
1745 :     }
1746 :     }
1747 :     } else {
1748 :     $comment = "";
1749 :     }
1750 : overbeek 1.84 $comment = &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,&genome_of($fid1),$comment);
1751 : parrello 1.60 if ($fid1 eq $peg) {
1752 :     $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
1753 :     }
1754 :     $sz = abs($end1-$beg1)+1;
1755 :    
1756 : overbeek 1.74 my $must_have = (($fid1 eq $peg) || (! $fc)) ? "&nbsp;" : $cgi->checkbox(-name => 'must_have',
1757 : parrello 1.60 -value => $fid1,
1758 :     -checked => 0,
1759 :     -override => 1,
1760 :     -label => "");
1761 : overbeek 1.74
1762 :     $comment = $comment ? $comment : "&nbsp;";
1763 : overbeek 1.73 if ($cgi->param('SPROUT'))
1764 :     {
1765 : olson 1.83 my($s_link, $g_link);
1766 :     if (0)
1767 :     {
1768 :     $s_link = "<a href=$to_seed>S</a>";
1769 :     $g_link = "<a href=$to_gbrowse>G</a>";
1770 :     }
1771 :     else
1772 :     {
1773 :     $s_link = "<a href=$to_seed><img src=\"Html/button-s.png\" border=\"0\"></a>";
1774 :     $g_link = "<a href=$to_gbrowse><img src=\"Html/button-g.png\" border=\"0\"></a>";
1775 :     }
1776 : overbeek 1.73 push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1777 :     $must_have,
1778 :     $fc,$in_neighborhood,
1779 :     $comment,
1780 : olson 1.83 $s_link,
1781 :     $g_link,
1782 : overbeek 1.81 $aliases]);
1783 : overbeek 1.73 }
1784 :     else
1785 :     {
1786 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1787 :     $must_have,
1788 :     $fc,$in_neighborhood,
1789 :     $comment,
1790 : overbeek 1.81 $aliases]);
1791 : overbeek 1.73 }
1792 : efrank 1.1 }
1793 : overbeek 1.27 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1"));
1794 : overbeek 1.41 push(@$html,$cgi->br,$cgi->submit('pin with checked genes'),$cgi->end_form,$cgi->br);
1795 : overbeek 1.53 return ($beg,$end,$genes);
1796 :     }
1797 :    
1798 :     sub print_graphics_context {
1799 :     my($beg,$end,$genes,$html) = @_;
1800 :    
1801 :     my $map = ["",$beg,$end,$genes];
1802 :     my $gg = [$map];
1803 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
1804 : efrank 1.1 return;
1805 :     }
1806 :    
1807 :     sub assign_link {
1808 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
1809 :     my($assign_url,$assign_link);
1810 :    
1811 : parrello 1.60 if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func))) {
1812 :     $cgi->delete('request');
1813 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
1814 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
1815 :     } else {
1816 :     $assign_link = "";
1817 : efrank 1.1 }
1818 :     return $assign_link;
1819 :     }
1820 :    
1821 :     sub pin_link {
1822 :     my($cgi,$peg) = @_;
1823 :     my $user = $cgi->param('user');
1824 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1825 :    
1826 : overbeek 1.63 # RAO disconnect SPROUT from pinning requests until chromosomal_clusters.cgi is rewritten
1827 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1828 : overbeek 1.63 my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user&uni=1"; # &SPROUT=$sprout";
1829 : olson 1.83
1830 :     my $cluster_img = 0 ? "*" : '<img src="Html/button-fc.png" border="0">';
1831 :     my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">$cluster_img</a>";
1832 : efrank 1.1 return $cluster_link;
1833 :     }
1834 :    
1835 : overbeek 1.84 sub set_ec_and_tc_links {
1836 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$func) = @_;
1837 : efrank 1.1
1838 : parrello 1.60 if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/) {
1839 :     my $before = $1;
1840 :     my $ec = $2;
1841 :     my $after = $3;
1842 : overbeek 1.84 return &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig_or_sprout,$org,$ec) . &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,$org,$after);
1843 :     }
1844 :     elsif ($func =~ /^(.*)(TC \d+(\.[0-9A-Z]+){3,6})(.*)$/) {
1845 :     my $before = $1;
1846 :     my $tc = $2;
1847 :     my $after = $4;
1848 :     return &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,$org,$before) . &set_tc_link($fig_or_sprout,$org,$tc) . &set_ec_and_tc_links($fig_or_sprout,$org,$after);
1849 : efrank 1.1 }
1850 :     return $func;
1851 :     }
1852 :    
1853 : overbeek 1.84 sub set_tc_link {
1854 :     my($fig_or_sprout,$org,$tc) = @_;
1855 :    
1856 :     if ($tc =~ /^TC\s+(\S+)$/)
1857 :     {
1858 :     return "<a href=http://tcdb.ucsd.edu/tcdb/index.php?tc=$1&Submit=Lookup>$tc</a>";
1859 :     }
1860 :     return $tc;
1861 :     }
1862 :    
1863 :    
1864 : efrank 1.1 sub set_ec_to_maps {
1865 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$ec) = @_;
1866 : efrank 1.1
1867 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1868 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1869 :     $cgi->delete('request');
1870 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1871 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1872 :     return $link;
1873 : efrank 1.1 }
1874 :     return $ec;
1875 :     }
1876 :    
1877 :     sub show_ec_to_maps {
1878 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$ec) = @_;
1879 : efrank 1.1
1880 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1881 : parrello 1.60 if (! $ec) {
1882 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1883 :     return;
1884 : efrank 1.1 }
1885 :    
1886 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1887 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1888 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1889 :     my $map;
1890 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),&map_name($fig_or_sprout,$map)] } @maps];
1891 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . &ec_name($fig_or_sprout,$ec)));
1892 : efrank 1.1 }
1893 :     }
1894 :    
1895 :     sub map_link {
1896 :     my($cgi,$map) = @_;
1897 :    
1898 :     $cgi->delete('request');
1899 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1900 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1901 :     return $link;
1902 :     }
1903 :    
1904 :     sub link_to_map {
1905 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
1906 : efrank 1.1
1907 :     my $map = $cgi->param('map');
1908 : parrello 1.60 if (! $map) {
1909 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1910 :     return;
1911 : efrank 1.1 }
1912 :    
1913 :     my $org = $cgi->param('org');
1914 : parrello 1.60 if (! $org) {
1915 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1916 :     return;
1917 : efrank 1.1 }
1918 :     my$user = $cgi->param('user');
1919 :     $user = $user ? $user : "";
1920 :    
1921 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1922 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1923 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1924 :     &HTML::trim_output(\@out);
1925 :     push(@$html,@out);
1926 :     }
1927 : parrello 1.60
1928 : efrank 1.1 sub aa_sequence {
1929 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1930 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1931 :    
1932 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1933 : parrello 1.60 if ($seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot)) {
1934 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1935 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1936 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1937 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1938 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1939 :     } else {
1940 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1941 :     }
1942 :     }
1943 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1944 :     } else {
1945 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1946 : efrank 1.1 }
1947 :     }
1948 :    
1949 :     sub dna_sequence {
1950 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$fid) = @_;
1951 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1952 :    
1953 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1954 : parrello 1.60 if ($seq = &dna_seq($fig_or_sprout,&genome_of($fid),&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid))) {
1955 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1956 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1957 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1958 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1959 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1960 :     } else {
1961 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1962 :     }
1963 :     }
1964 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1965 :     } else {
1966 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1967 : efrank 1.1 }
1968 :     }
1969 : parrello 1.60
1970 : efrank 1.1 sub show_fusions {
1971 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1972 : efrank 1.1
1973 : overbeek 1.22 my $user = $cgi->param('user');
1974 :     $user = $user ? $user : "";
1975 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1976 :    
1977 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1978 : overbeek 1.53 $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user&SPROUT=$sprout";
1979 : efrank 1.1 my @out = `./fusions.cgi`;
1980 :     print join("",@out);
1981 :     exit;
1982 : overbeek 1.2 }
1983 :    
1984 : overbeek 1.53 ###########################################################################
1985 : overbeek 1.2 sub print_compared_regions {
1986 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
1987 :    
1988 :     my $sz_region = $cgi->param('sz_region');
1989 :     $sz_region = $sz_region ? $sz_region : 16000;
1990 :    
1991 :     my $num_close = $cgi->param('num_close');
1992 :     $num_close = $num_close ? $num_close : 5;
1993 : overbeek 1.2
1994 : overbeek 1.65 my @closest_pegs = &closest_pegs($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$num_close);
1995 : overbeek 1.40
1996 : parrello 1.60 if (@closest_pegs > 0) {
1997 :     if (&possibly_truncated($fig_or_sprout,$peg)) {
1998 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
1999 :     }
2000 :     @closest_pegs = &sort_fids_by_taxonomy($fig_or_sprout,@closest_pegs);
2001 :     unshift(@closest_pegs,$peg);
2002 :     my @all_pegs = ();
2003 :     my $gg = &build_maps($fig_or_sprout,\@closest_pegs,\@all_pegs,$sz_region);
2004 :     #warn Dumper($gg);
2005 : overbeek 1.68 my $color_sets = &cluster_genes($fig_or_sprout,$cgi,\@all_pegs,$peg);
2006 : parrello 1.60 &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
2007 :     ################################### add commentary capability
2008 : overbeek 1.35
2009 : parrello 1.60 my @parm_reset_form = ($cgi->hr);
2010 :     push(@parm_reset_form,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/protein.cgi" ));
2011 : overbeek 1.53 my $param;
2012 : parrello 1.60 foreach $param ($cgi->param()) {
2013 :     next if (($param eq "sz_region") || ($param eq "num_close"));
2014 :     push(@parm_reset_form,$cgi->hidden(-name => $param, -value => $cgi->param($param)));
2015 :     }
2016 :     push(@parm_reset_form,
2017 :     "size region: ",
2018 :     $cgi->textfield(-name => 'sz_region', -size => 10, -value => $sz_region, -override => 1),
2019 :     "&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ",
2020 :     "Number close genomes: ",
2021 :     $cgi->textfield(-name => 'num_close', -size => 4, -value => $num_close, -override => 1),
2022 :     $cgi->br,
2023 :     $cgi->submit('Reset Parameters')
2024 :     );
2025 :     push(@parm_reset_form,$cgi->end_form);
2026 :     push(@$html,@parm_reset_form);
2027 :     ####
2028 :     my @commentary_form = ();
2029 :     my $ctarget = "window$$";
2030 :     my $user = $cgi->param('user');
2031 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
2032 :    
2033 :     push(@commentary_form,$cgi->start_form(-target => $ctarget,
2034 :     -action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"
2035 :     ));
2036 :    
2037 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
2038 :     $cgi->hidden(-name => "request", -value => "show_commentary"));
2039 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg));
2040 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1));
2041 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
2042 :    
2043 :     my($gene,$n,%how_many,$val,@vals,$x);
2044 :     my($i,$map);
2045 :     @vals = ();
2046 :     for ($i=(@$gg - 1); ($i >= 0); $i--) {
2047 :     my @vals1 = ();
2048 :     $map = $gg->[$i];
2049 :     my $found = 0;
2050 :     my $got_red = 0;
2051 :     undef %how_many;
2052 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
2053 :     if (($x = $gene->[3]) ne "grey") {
2054 :     $n = $gene->[4];
2055 :     if ($n == 1) { $got_red = 1 }
2056 :     $how_many{$n}++;
2057 :     $gene->[5] =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/;
2058 :     $val = join("@",($n,$i,$1,$map->[0],$how_many{$n}));
2059 :     push(@vals1,$val);
2060 :     $found++;
2061 :     }
2062 :     }
2063 :    
2064 :     if (! $got_red) {
2065 :     splice(@$gg,$i,1);
2066 :     } else {
2067 :     push(@vals,@vals1);
2068 :     }
2069 :     }
2070 : overbeek 1.35
2071 : parrello 1.60 if (@$gg == 0) {
2072 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no pins worked out"));
2073 :     } else {
2074 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "show", -value => [@vals]));
2075 :     push(@commentary_form,$cgi->submit('commentary'));
2076 :     push(@commentary_form,$cgi->end_form());
2077 :     push(@$html,@commentary_form);
2078 :     }
2079 : overbeek 1.35 ################################################################end commentary
2080 : parrello 1.60 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
2081 : overbeek 1.85 if (! $cgi->param('SPROUT'))
2082 :     {
2083 :     push @$html, &FIGGenDB::linkClusterGenDB($peg);
2084 :     }
2085 : overbeek 1.2 }
2086 :     }
2087 :    
2088 :     sub closest_pegs {
2089 : overbeek 1.65 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$n) = @_;
2090 : overbeek 1.2 my($id2,$d,$peg2,$i);
2091 :    
2092 : overbeek 1.65 my @closest;
2093 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
2094 :     {
2095 :     @closest = map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
2096 :     }
2097 :     else
2098 :     {
2099 : overbeek 1.88 @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } &sims($fig_or_sprout,$peg,&FIG::max(20,$n*4),1.0e-20,"fig",&FIG::max(20,$n*4),1.0e-20);
2100 : overbeek 1.65 }
2101 : overbeek 1.2
2102 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
2103 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
2104 : overbeek 1.53 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} &in_pch_pin_with($fig_or_sprout,$peg);
2105 :     my $g1 = &genome_of($peg);
2106 : parrello 1.60 @pinned_to =
2107 : overbeek 1.2 map {$_->[1] }
2108 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
2109 : overbeek 1.53 map { $peg2 = $_; $d = &crude_estimate_of_distance($fig_or_sprout,$g1,&genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
2110 : overbeek 1.2 @pinned_to;
2111 :    
2112 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++) {
2113 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
2114 : overbeek 1.2 }
2115 : parrello 1.60 return keys(%closest);
2116 : overbeek 1.2 }
2117 :    
2118 :     sub build_maps {
2119 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$pinned_pegs,$all_pegs,$sz_region) = @_;
2120 : overbeek 1.2 my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
2121 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
2122 :    
2123 :     $gg = [];
2124 : parrello 1.60 foreach $peg (@$pinned_pegs) {
2125 :     $loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg);
2126 :     ($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
2127 :     if ($contig && $beg && $end) {
2128 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
2129 :     $min = int($mid - ($sz_region / 2));
2130 :     $max = int($mid + ($sz_region / 2));
2131 :     $genes = [];
2132 : overbeek 1.81 ($feat,undef,undef) = &genes_in_region($fig_or_sprout,$cgi,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
2133 : parrello 1.60 foreach $fid (@$feat) {
2134 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid));
2135 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
2136 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
2137 :     my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid) );
2138 :     my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid);
2139 :     my $uniprot;
2140 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
2141 :     $uniprot = $1;
2142 :     }
2143 :     my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
2144 :    
2145 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
2146 : overbeek 1.68 my $fmg;
2147 :     if ($sprout)
2148 :     {
2149 :     $fmg = "<a href=\&quot;protein.cgi?SPROUT=$sprout&compare_region=1\&prot=$fid\&user=\&quot>show</a>";
2150 :     }
2151 :     else
2152 :     {
2153 :     $fmg = join ('<br/>', "<a href=\&quot;protein.cgi?SPROUT=$sprout&compare_region=1\&prot=$fid\&user=\&quot>show</a>",
2154 : parrello 1.60 "<a onClick=\&quot;setValue('bound1', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 1</a>",
2155 :     "<a onClick=\&quot;setValue('bound2', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 2</a>",
2156 :     "<a onClick=\&quot;setValue('candidates', '$fid'); return false;\&quot;>set candidate</a>");
2157 : overbeek 1.68 }
2158 : parrello 1.60 push(@$genes,[&min($beg1,$end1),
2159 :     &max($beg1,$end1),
2160 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
2161 :     "grey",
2162 :     "",
2163 :     $fid,
2164 :     $info, $fmg]);
2165 :    
2166 :     if ($fid =~ /peg/) {
2167 :     push(@$all_pegs,$fid);
2168 :     }
2169 :     }
2170 :     $map = [&abbrev(&org_of($fig_or_sprout,$peg)),0,$max+1-$min,
2171 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
2172 :     push(@$gg,$map);
2173 :     }
2174 : overbeek 1.2 }
2175 : overbeek 1.55 &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
2176 : overbeek 1.2 return $gg;
2177 :     }
2178 :    
2179 :     sub in {
2180 :     my($x,$xL) = @_;
2181 :     my($i);
2182 :    
2183 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2184 :     return ($i < @$xL);
2185 :     }
2186 :    
2187 :     sub in_bounds {
2188 :     my($min,$max,$x) = @_;
2189 :    
2190 :     if ($x < $min) { return $min }
2191 :     elsif ($x > $max) { return $max }
2192 :     else { return $x }
2193 :     }
2194 :    
2195 :     sub decr_coords {
2196 :     my($genes,$min) = @_;
2197 :     my($gene);
2198 :    
2199 : parrello 1.60 foreach $gene (@$genes) {
2200 :     $gene->[0] -= $min;
2201 :     $gene->[1] -= $min;
2202 : overbeek 1.2 }
2203 :     return $genes;
2204 :     }
2205 :    
2206 :     sub flip_map {
2207 :     my($genes,$min,$max) = @_;
2208 :     my($gene);
2209 : parrello 1.60
2210 :     foreach $gene (@$genes) {
2211 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
2212 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
2213 : overbeek 1.2 }
2214 :     return $genes;
2215 :     }
2216 :    
2217 :     sub cluster_genes {
2218 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs,$peg) = @_;
2219 : overbeek 1.2 my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2220 :    
2221 :     my @color_sets = ();
2222 :    
2223 : overbeek 1.68 $conn = &get_connections_by_similarity($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs);
2224 :    
2225 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2226 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2227 :     if (! $seen{$i}) {
2228 :     $cluster = [$i];
2229 :     $seen{$i} = 1;
2230 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2231 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2232 :     foreach $k (@$x) {
2233 :     if (! $seen{$k}) {
2234 :     push(@$cluster,$k);
2235 :     $seen{$k} = 1;
2236 :     }
2237 :     }
2238 :     }
2239 :    
2240 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2241 :     push(@color_sets,$cluster);
2242 :     }
2243 :     }
2244 : overbeek 1.2 }
2245 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2246 :     $red_set = $color_sets[$i];
2247 :     splice(@color_sets,$i,1);
2248 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2249 :     unshift(@color_sets,$red_set);
2250 :    
2251 :     my $color_sets = {};
2252 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2253 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2254 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2255 :     }
2256 : overbeek 1.2 }
2257 :     return $color_sets;
2258 :     }
2259 :    
2260 :     sub get_connections_by_similarity {
2261 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs) = @_;
2262 :    
2263 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
2264 :     {
2265 :     return &get_connections_by_similarity_SPROUT($fig_or_sprout,$all_pegs);
2266 :     }
2267 :     else
2268 :     {
2269 :     return &get_connections_by_similarity_SEED($fig_or_sprout,$all_pegs);
2270 :     }
2271 :     }
2272 :    
2273 :     sub get_connections_by_similarity_SPROUT {
2274 :     my($fig_or_sprout,$all_pegs) = @_;
2275 :     my(%in,$i,$j,$peg1,$peg2);
2276 :    
2277 :     my $conn = {};
2278 :    
2279 :     for ($i=0; $i < @$all_pegs; $i++)
2280 :     {
2281 :     $in{$all_pegs->[$i]} = $i;
2282 :     }
2283 :    
2284 :     foreach $peg1 (@$all_pegs)
2285 :     {
2286 :     $i = $in{$peg1};
2287 :     foreach $peg2 (map { $_->[0] } $fig_or_sprout->bbhs($peg1, 1.0e-10, 0))
2288 :     {
2289 :     $j = $in{$peg2};
2290 :     if (defined($i) && defined($j))
2291 :     {
2292 :     push(@{$conn->{$i}},$j);
2293 :     }
2294 :     }
2295 :     }
2296 :     return $conn;
2297 :     }
2298 :    
2299 :     sub get_connections_by_similarity_SEED {
2300 :     my($fig_or_sprout,$all_pegs) = @_;
2301 : overbeek 1.40 my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2302 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2303 : overbeek 1.2
2304 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2305 :     $tmp = &maps_to_id($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i]);
2306 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
2307 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2308 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2309 :     }
2310 : overbeek 1.2 }
2311 :    
2312 : parrello 1.60 foreach $y (keys(%pos_of)) {
2313 :     $x = $pos_of{$y};
2314 :     for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2315 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2316 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2317 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2318 :     }
2319 :     }
2320 : overbeek 1.40 }
2321 :    
2322 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2323 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw")) {
2324 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2325 :     foreach $y (@$x) {
2326 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2327 :     }
2328 :     }
2329 :     }
2330 : overbeek 1.2 }
2331 :     return \%conn;
2332 :     }
2333 :    
2334 :     sub set_colors_text_and_links {
2335 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
2336 :     my($map,$gene,$peg,$color);
2337 :    
2338 : parrello 1.60 foreach $map (@$gg) {
2339 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
2340 :     $peg = $gene->[5];
2341 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg})) {
2342 :     $gene->[3] = ($color == 0) ? "red" : "color$color";
2343 :     $gene->[4] = $color + 1;
2344 :     }
2345 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
2346 :     }
2347 : overbeek 1.2 }
2348 :     }
2349 :    
2350 :     sub peg_url {
2351 :     my($cgi,$peg) = @_;
2352 :    
2353 :     my $prot = $cgi->param('prot');
2354 :     $cgi->delete('prot');
2355 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
2356 :     $cgi->delete('prot');
2357 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
2358 :    
2359 :     return $url;
2360 : parrello 1.60 }
2361 : overbeek 1.2
2362 :     sub possible_extensions {
2363 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
2364 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
2365 :    
2366 : overbeek 1.53 $g = &genome_of($peg);
2367 : overbeek 1.2
2368 : parrello 1.60 foreach $peg1 (@$closest_pegs) {
2369 :     if ($g ne &genome_of($peg1)) {
2370 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$peg1,500,1.0e-5,"all")) {
2371 :     $id2 = $sim->id2;
2372 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && &possibly_truncated($fig_or_sprout,$id2)) {
2373 :     $poss{$id2} = 1;
2374 :     }
2375 :     }
2376 :     }
2377 : overbeek 1.2 }
2378 :     return keys(%poss);
2379 : efrank 1.1 }
2380 : overbeek 1.53
2381 :     sub display_page {
2382 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
2383 :    
2384 : parrello 1.60 if (ref($html) eq "ARRAY") {
2385 :     if ($traceData) {
2386 :     push @$html, QTrace('html');
2387 :     }
2388 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
2389 :     } else {
2390 :     Trace(Dumper($html)) if T(2);
2391 :     if ($cgi->param('SPROUT')) {
2392 :     if ($traceData) {
2393 :     $html->{tracings} = "<h3>Trace Messages</h3>\n" . QTrace('html');
2394 :     } else {
2395 :     $html->{tracings} = "\n";
2396 :     }
2397 :     print "Content-Type: text/html\n";
2398 :     print "\n";
2399 :     my $templ = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/Protein_tmpl.html";
2400 : overbeek 1.63 print PageBuilder::Build(">$templ", $html,"Html");
2401 : parrello 1.60 } else {
2402 :     my $gathered = [];
2403 :    
2404 :     my $section;
2405 :     foreach $section (qw( javascript
2406 :     general
2407 :     translate_status
2408 :     contig_context
2409 :     context_graphic
2410 :     subsys_connections
2411 : overbeek 1.68 assign_for_equiv_prots
2412 : parrello 1.60 links
2413 :     services
2414 :     kv_pairs
2415 :     compare_region
2416 :     similarities
2417 :     tools
2418 :     ) ) {
2419 :     if (@{$html->{$section}} > 0) {
2420 :     push(@$gathered,@{$html->{$section}});
2421 :     push(@$gathered,$cgi->hr);
2422 :     }
2423 :     }
2424 :     pop @$gathered;
2425 :     &HTML::show_page($cgi,$gathered);
2426 :     }
2427 : overbeek 1.53 }
2428 :     }
2429 :    
2430 :     sub show_html_followed_by_initial {
2431 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
2432 :    
2433 :     my %html = ( general => [],
2434 :     contig_context => [],
2435 :     context_graphic => [],
2436 :     subsys_connections => [],
2437 :     links => [],
2438 :     services => [],
2439 :     translate_status => [],
2440 :     tools => [],
2441 :     kv_pairs => [],
2442 :     similarities => [],
2443 : overbeek 1.68 assign_for_equiv_prots => [],
2444 : overbeek 1.53 javascript => [],
2445 :     compare_region => []
2446 :     );
2447 :    
2448 :     push(@{$html{general}},@$html);
2449 :     $html = \%html;
2450 : parrello 1.60 &show_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
2451 : overbeek 1.53 return $html;
2452 :     }
2453 :    
2454 :     sub translation_piece {
2455 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
2456 :    
2457 :     my $msg;
2458 :     my $url = $cgi->self_url();
2459 :     if ($cgi->param('translate')) {
2460 : parrello 1.60 $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
2461 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
2462 :     } else {
2463 :     $url .= ";translate=1";
2464 :     $msg = "Translate Function Assignments";
2465 : overbeek 1.53 }
2466 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
2467 :     }
2468 :    
2469 :    
2470 :     #######################################################################################
2471 :    
2472 :     sub by_alias {
2473 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2474 :     return $fig_or_sprout->by_alias($prot);
2475 :     }
2476 :    
2477 :     sub org_of {
2478 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2479 :    
2480 :     return $fig_or_sprout->org_of($prot);
2481 :     }
2482 :    
2483 :     sub is_real_feature {
2484 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2485 :    
2486 :     return $fig_or_sprout->is_real_feature($prot);
2487 :     }
2488 :    
2489 :     sub coupling_and_evidence {
2490 :     my($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = @_;
2491 :    
2492 :     return $fig_or_sprout->coupling_and_evidence($peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,"keep");
2493 :     }
2494 :    
2495 :     sub feature_locationS {
2496 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2497 :    
2498 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_location($peg);
2499 :     }
2500 :    
2501 :     sub boundaries_of {
2502 :     my($fig_or_sprout,$loc) = @_;
2503 :    
2504 :     return $fig_or_sprout->boundaries_of($loc);
2505 :     }
2506 :    
2507 :    
2508 :     sub in_cluster_with {
2509 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2510 :    
2511 :     return $fig_or_sprout->in_cluster_with($peg);
2512 :     }
2513 :    
2514 :     sub neighborhood_of_role {
2515 :     my($fig_or_sprout,$role) = @_;
2516 :    
2517 :     return $fig_or_sprout->neighborhood_of_role($role);
2518 :     }
2519 :    
2520 :     sub feature_aliasesL {
2521 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
2522 :    
2523 :     my @tmp = $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
2524 :     return @tmp;
2525 :     }
2526 :    
2527 :     sub feature_aliasesS {
2528 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
2529 :    
2530 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
2531 :     }
2532 :    
2533 :     sub function_ofL {
2534 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2535 :    
2536 :     my @tmp = $fig_or_sprout->function_of($peg);
2537 :     return @tmp;
2538 :     }
2539 :    
2540 :     sub function_ofS {
2541 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
2542 : overbeek 1.53
2543 : overbeek 1.68 return scalar $fig_or_sprout->function_of($peg,$user);
2544 : overbeek 1.53 }
2545 :    
2546 :     sub mapped_prot_ids {
2547 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg) = @_;
2548 : overbeek 1.53
2549 : overbeek 1.68 if ($cgi->param('SPROUT'))
2550 :     {
2551 :     return map { [$_,0] } grep { $_ =~ /^(([NXYZA]P_[0-9\.]+)|(gi\|\d+)|(kegg\|\S+)|(uni\|[A-Z0-9]{6})|(sp\|[A-Z0-9]{6}))$/ } &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$peg);
2552 :     }
2553 :     else
2554 :     {
2555 :     return $fig_or_sprout->mapped_prot_ids($peg);
2556 :     }
2557 : overbeek 1.53 }
2558 :    
2559 :     sub peg_links {
2560 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2561 :    
2562 :     return $fig_or_sprout->peg_links($peg);
2563 :     }
2564 :    
2565 :     sub get_translation {
2566 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2567 :    
2568 :     return $fig_or_sprout->get_translation($prot);
2569 :     }
2570 :    
2571 :     sub assign_function {
2572 :     my($fig_or_sprout,$prot,$who,$function) = @_;
2573 :    
2574 :     $fig_or_sprout->assign_function($prot,$who,$function,"");
2575 :     }
2576 :    
2577 :     sub add_annotation {
2578 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$user,$annotation) = @_;
2579 : overbeek 1.53
2580 : overbeek 1.68 if ((! $cgi->param('SPROUT')) || ($annotation !~ /Set function/))
2581 :     {
2582 :     $fig_or_sprout->add_annotation($prot,$user,$annotation);
2583 :     }
2584 : overbeek 1.53 }
2585 :    
2586 :     sub feature_annotations {
2587 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot) = @_;
2588 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
2589 :     {
2590 : overbeek 1.69 return $fig_or_sprout->feature_annotations($prot);
2591 : overbeek 1.68 }
2592 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->feature_annotations($prot);
2593 :     }
2594 :    
2595 :     sub related_by_func_sim {
2596 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$user) = @_;
2597 : overbeek 1.53
2598 : overbeek 1.68 if ($cgi->param('SPROUT'))
2599 :     {
2600 :     return map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
2601 :     }
2602 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->related_by_func_sim($peg,$user);
2603 :     }
2604 :    
2605 :     sub merged_related_annotations {
2606 :     my($fig_or_sprout,$related) = @_;
2607 :    
2608 :     return $fig_or_sprout->merged_related_annotations($related);
2609 :     }
2610 :    
2611 :     sub genus_species {
2612 :     my($fig_or_sprout,$genome) = @_;
2613 :    
2614 :     return $fig_or_sprout->genus_species($genome);
2615 :     }
2616 :    
2617 :     sub genes_in_region {
2618 : overbeek 1.81 my($fig_or_sprout,$cgi,$genome,$contig,$min,$max) = @_;
2619 : overbeek 1.53
2620 : overbeek 1.81 if ($cgi->param('SPROUT'))
2621 :     {
2622 :     my($x,$feature_id);
2623 :     my($feat,$min,$max) = $fig_or_sprout->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
2624 :     my @tmp = sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or
2625 :     (($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]))
2626 :     }
2627 :     map { $feature_id = $_;
2628 :     $x = &feature_locationS($fig_or_sprout,$feature_id);
2629 :     $x ? [$feature_id,&boundaries_of($fig_or_sprout,$x)] : ()
2630 :     }
2631 :     @$feat;
2632 :     return ([map { $_->[0] } @tmp],$min,$max);
2633 :     }
2634 :     else
2635 :     {
2636 :     return $fig_or_sprout->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
2637 :     }
2638 : overbeek 1.53 }
2639 :    
2640 :     sub translate_function {
2641 :     my($fig_or_sprout,$func) = @_;
2642 :    
2643 :     return $fig_or_sprout->translate_function($func);
2644 :     }
2645 :    
2646 :     sub feature_attributes {
2647 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2648 :    
2649 :     return $fig_or_sprout->feature_attributes($peg);
2650 :     }
2651 :    
2652 :     sub subsystems_for_peg {
2653 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2654 :    
2655 :     return $fig_or_sprout->subsystems_for_peg($peg);
2656 :     }
2657 :    
2658 : golsen 1.98
2659 : overbeek 1.53 sub sims {
2660 : golsen 1.98 my( $fig_or_sprout, $peg, $max, $cutoff, $select, $expand, $group_by_genome, $filters ) = @_;
2661 :     my( @tmp, $id, $genome, @genomes, %sims, $sim );
2662 : overbeek 1.90
2663 : golsen 1.98 @tmp = $fig_or_sprout->sims( $peg, $max, $cutoff, $select, $expand, $filters );
2664 : overbeek 1.90 if (! $group_by_genome) { return @tmp };
2665 : overbeek 1.53
2666 : golsen 1.98 # Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
2667 :    
2668 :     foreach $sim ( @tmp )
2669 : overbeek 1.90 {
2670 :     $id = $sim->id2;
2671 : golsen 1.98 $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
2672 :     if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
2673 :     push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
2674 : overbeek 1.90 }
2675 : golsen 1.98 return map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
2676 : overbeek 1.53 }
2677 :    
2678 : golsen 1.98
2679 : overbeek 1.53 sub in_family {
2680 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2681 :    
2682 :     return $fig_or_sprout->in_family($id);
2683 :     }
2684 :    
2685 :     sub sz_family {
2686 :     my($fig_or_sprout,$family) = @_;
2687 :    
2688 :     return $fig_or_sprout->sz_family($family);
2689 :     }
2690 :    
2691 :     sub peg_to_subsystems {
2692 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2693 :    
2694 :     return $fig_or_sprout->peg_to_subsystems($id);
2695 :     }
2696 :    
2697 :     sub org_and_color_of {
2698 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2699 :    
2700 :     return $fig_or_sprout->org_and_color_of($id);
2701 :     }
2702 :    
2703 :     sub ec_to_maps {
2704 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
2705 :    
2706 :     return $fig_or_sprout->ec_to_maps($ec);
2707 :     }
2708 :    
2709 :     sub map_name {
2710 :     my($fig_or_sprout,$map) = @_;
2711 :    
2712 :     return $fig_or_sprout->map_name($map);
2713 :     }
2714 :    
2715 :     sub ec_name {
2716 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
2717 : parrello 1.60
2718 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->ec_name($ec);
2719 :     }
2720 :    
2721 :     sub dna_seq {
2722 :     my($fig_or_sprout,$genome,$loc) = @_;
2723 :    
2724 :     return $fig_or_sprout->dna_seq($genome,$loc);
2725 :     }
2726 :    
2727 :     sub possibly_truncated {
2728 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2729 :    
2730 :     return $fig_or_sprout->possibly_truncated($id);
2731 :     }
2732 :    
2733 :     sub sort_fids_by_taxonomy {
2734 :     my($fig_or_sprout,@fids) = @_;
2735 :    
2736 :     return $fig_or_sprout->sort_fids_by_taxonomy(@fids);
2737 :     }
2738 :    
2739 :     sub in_pch_pin_with {
2740 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2741 :    
2742 :     return $fig_or_sprout->in_pch_pin_with($peg);
2743 :     }
2744 :    
2745 :     sub crude_estimate_of_distance {
2746 :     my($fig_or_sprout,$genome1,$genome2) = @_;
2747 :    
2748 :     return $fig_or_sprout->crude_estimate_of_distance($genome1,$genome2);
2749 :     }
2750 :    
2751 :     sub maps_to_id {
2752 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2753 :    
2754 :     return $fig_or_sprout->maps_to_id($peg);
2755 :     }
2756 :    
2757 :     sub translatable {
2758 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2759 :    
2760 :     return $fig_or_sprout->translatable($peg);
2761 :     }
2762 :    
2763 :     sub cgi_url {
2764 :     return &FIG::plug_url($FIG_Config::cgi_url);
2765 :     }
2766 :    
2767 :    
2768 :    
2769 :     ###########################################################
2770 :    
2771 :     sub genome_of {
2772 : parrello 1.60 my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
2773 : overbeek 1.53
2774 :     if ($prot_id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) { return $1; }
2775 :     return undef;
2776 :     }
2777 :    
2778 :     sub min {
2779 :     my(@x) = @_;
2780 :     my($min,$i);
2781 :    
2782 :     (@x > 0) || return undef;
2783 :     $min = $x[0];
2784 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
2785 :     $min = ($min > $x[$i]) ? $x[$i] : $min;
2786 : overbeek 1.53 }
2787 :     return $min;
2788 :     }
2789 :    
2790 :     sub max {
2791 :     my(@x) = @_;
2792 :     my($max,$i);
2793 :    
2794 :     (@x > 0) || return undef;
2795 :     $max = $x[0];
2796 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
2797 :     $max = ($max < $x[$i]) ? $x[$i] : $max;
2798 : overbeek 1.53 }
2799 :     return $max;
2800 :     }
2801 :    
2802 :    
2803 :     sub roles_of_function {
2804 : parrello 1.60 my $func = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
2805 : overbeek 1.53
2806 :     return (split(/\s*[\/;]\s+/,$func),($func =~ /\d+\.\d+\.\d+\.\d+/g));
2807 :     }
2808 :    
2809 :     sub ftype {
2810 :     my($feature_id) = @_;
2811 :    
2812 : parrello 1.60 if ($feature_id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)/) {
2813 :     return $1;
2814 : overbeek 1.53 }
2815 :     return undef;
2816 :     }
2817 :    
2818 :     sub abbrev {
2819 :     my($genome_name) = @_;
2820 :    
2821 : overbeek 1.55 return &FIG::abbrev($genome_name);
2822 : overbeek 1.63 }
2823 : redwards 1.99
2824 :     sub change_attribute {
2825 :     my($fig_or_sprout, $prot, $tag, $value, $url)=@_;
2826 :    
2827 :     return $fig_or_sprout->change_attribute($prot, $tag, $value, $url);
2828 :    
2829 :     }
2830 :    
2831 :     sub add_attribute {
2832 :     my($fig_or_sprout, $prot, $tag, $value, $url)=@_;
2833 :    
2834 :     return $fig_or_sprout->add_attribute($prot, $tag, $value, $url);
2835 :     }
2836 :    
2837 :     sub delete_attribute {
2838 :     my($fig_or_sprout, $prot, $tag)=@_;
2839 :    
2840 :     return $fig_or_sprout->delete_attribute($prot, $tag);
2841 :     }
2842 :    
2843 :     sub get_attributes {
2844 :     my($fig_or_sprout, $prot)=@_;
2845 :    
2846 :     return $fig_or_sprout->get_attributes($prot);
2847 :     }

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