[Bio] / FigWebServices / index.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/index.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.108, Tue Jun 6 17:34:37 2006 UTC revision 1.109, Fri Jun 30 15:10:18 2006 UTC
# Line 20  Line 20 
20  use FIG;  use FIG;
21  use FIG_CGI;  use FIG_CGI;
22    
23  use strict;  #use strict;
24  use Tracer;  use Tracer;
25  use FIGjs          qw( toolTipScript );  use FIGjs          qw( toolTipScript );
26  use GenoGraphics   qw( render );  use GenoGraphics   qw( render );
# Line 704  Line 704 
704      my $maxpeg  = defined( $cgi->param("maxpeg")  ) ? $cgi->param("maxpeg")  : 100;      my $maxpeg  = defined( $cgi->param("maxpeg")  ) ? $cgi->param("maxpeg")  : 100;
705      my $maxrole = defined( $cgi->param("maxrole") ) ? $cgi->param("maxrole") : 100;      my $maxrole = defined( $cgi->param("maxrole") ) ? $cgi->param("maxrole") : 100;
706    
707        my $output_file = "$FIG_Config::temp/search_results.txt";
708        open(OUT,">$output_file");
709    
710        #foreach my $peg (map { $_->[0] } @$peg_index_data)
711        #{
712        #    my($p,$t,$v,$l);
713    #       my $function = $fig->function_of($peg);
714    #        my @aliases = $fig->feature_aliases($peg);
715    #        my $gs = $fig->genus_species($peg);
716    #       my @rets = $fig->get_attributes($peg,$pattern);
717    #        foreach my $ret (@rets){
718    #               ($p,$t,$v,$l) = @$ret;
719    #        }
720    #        my $alias_string = join("_",@aliases);
721    #        print OUT "$peg\t$gs\t$function\t$alias_string\t$pattern\t$v\n";
722    #    }
723    
724    
725      # RAE added lines to allow searching within a single organism      # RAE added lines to allow searching within a single organism
726      # if ($cgi->param('korgs'))      # if ($cgi->param('korgs'))
727      # {      # {
# Line 785  Line 803 
803    
804          my $col_hdrs = ["Sel","FEATURE","Organism","Aliases","Function","Who"];          my $col_hdrs = ["Sel","FEATURE","Organism","Aliases","Function","Who"];
805          my $tab = [ map { format_peg_entry( $fig, $cgi, $_ ) } sort {$a->[1] cmp $b->[1]} @$peg_index_data ];          my $tab = [ map { format_peg_entry( $fig, $cgi, $_ ) } sort {$a->[1] cmp $b->[1]} @$peg_index_data ];
806          push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg),  
807            my @att_values;
808            foreach my $peg (map { $_->[0] } @$peg_index_data){
809                    my($p,$t,$v,$l);
810                    if($fig->get_attributes($peg,$pattern)){
811                            my @rets = $fig->get_attributes($peg,$pattern);
812                            foreach my $ret (@rets){
813                                    ($p,$t,$v,$l) = @$ret;
814                                    push(@att_values,$v);
815                            }
816                    }
817                    else{push(@att_values,"no_attribute_value")}
818            }
819    
820            my $tab2 = [ sort {$a->[1] cmp $b->[1]} @$peg_index_data ];
821    
822            push( @$html,$cgi->br,
823                          "<a href=$FIG_Config::temp_url/search_results.txt>Download_Search_Results</a>",
824                          &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg),
825                        $cgi->br,                        $cgi->br,
826                        "For SELECTed (checked) sequences: ",                        "For SELECTed (checked) sequences: ",
827                        $cgi->submit('get sequences'),                        $cgi->submit('get sequences'),
# Line 795  Line 831 
831                        $cgi->br,                        $cgi->br,
832                        $cgi->end_form                        $cgi->end_form
833              );              );
834    
835            my $result_counter = 0;
836            foreach my $t (@$tab2){
837                    my $att_value = $att_values[$result_counter];
838                    my $string = join("\t",@$t);
839                    $string = $string."\t".$att_value;
840                    print OUT "$string\n";
841                    $result_counter = $result_counter + 1;
842            }
843    
844      }      }
845      elsif ( $maxpeg > 0 )      elsif ( $maxpeg > 0 )
846      {      {

Legend:
Removed from v.1.108  
changed lines
  Added in v.1.109

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3