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ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/index.cgi

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Revision 1.74 - (view) (download)

1 : overbeek 1.49 ### start
2 :    
3 : efrank 1.1 use FIG;
4 :    
5 : golsen 1.65 use strict;
6 :    
7 :     use FIGjs qw( toolTipScript );
8 :     use GenoGraphics qw( render );
9 :     use IPC::Open2 qw( open2 );
10 :    
11 : olson 1.36 use POSIX;
12 : efrank 1.1 use HTML;
13 : golsen 1.65
14 : efrank 1.1 use CGI;
15 :     my $cgi = new CGI;
16 :    
17 : olson 1.54 my $fig;
18 :     eval {
19 :     $fig = new FIG;
20 :     };
21 :    
22 :     if ($@ ne "")
23 :     {
24 :     my $err = $@;
25 :    
26 :     my(@html);
27 :    
28 :     push(@html, $cgi->p("Error connecting to SEED database."));
29 :     if ($err =~ /Could not connect to DBI:.*could not connect to server/)
30 :     {
31 :     push(@html, $cgi->p("Could not connect to relational database of type $FIG_Config::dbms named $FIG_Config::db on port $FIG_Config::dbport."));
32 :     }
33 :     else
34 :     {
35 :     push(@html, $cgi->pre($err));
36 :     }
37 :     &HTML::show_page($cgi, \@html, 1);
38 :     exit;
39 :     }
40 :    
41 : overbeek 1.28 my($map,@orgs,$user,$map,$org,$made_by,$from_func,$to_func);
42 : efrank 1.1
43 :     if (0)
44 :     {
45 : overbeek 1.50 my $VAR1;
46 :     eval(join("",`cat /tmp/index_parms`));
47 :     $cgi = $VAR1;
48 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
49 :     }
50 :    
51 :     if (0)
52 :     {
53 : efrank 1.1 print $cgi->header;
54 :     my @params = $cgi->param;
55 :     print "<pre>\n";
56 :     foreach $_ (@params)
57 :     {
58 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
59 :     }
60 : overbeek 1.50
61 :     if (0)
62 : efrank 1.1 {
63 : overbeek 1.50 if (open(TMP,">/tmp/index_parms"))
64 :     {
65 :     print TMP &Dumper($cgi);
66 :     close(TMP);
67 :     }
68 : efrank 1.1 }
69 :     exit;
70 :     }
71 :    
72 :     $ENV{"PATH"} = "$FIG_Config::bin:$FIG_Config::ext_bin:" . $ENV{"PATH"};
73 :    
74 :     my $html = [];
75 : golsen 1.23
76 : efrank 1.5
77 : overbeek 1.51 my($pattern,$seq_pat,$tool,$ids,$subsearch);
78 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
79 :     if (! $user) { $user = "" }
80 :    
81 : overbeek 1.28 if ($cgi->param('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'))
82 : efrank 1.1 {
83 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Phylogenetic Signatures</TITLE>\n";
84 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
85 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user";
86 :     my @out = `./sigs.cgi`;
87 : overbeek 1.49 print @out;
88 :     exit;
89 :     }
90 :     #-----------------------------------------------------------------------
91 :     # Statistics for a single organism
92 :     #-----------------------------------------------------------------------
93 :     elsif ($cgi->param('statistics'))
94 :     {
95 :     @orgs = $cgi->param('korgs');
96 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
97 :     if (@orgs != 1)
98 :     {
99 : golsen 1.72 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Statistics Page</TITLE>\n";
100 : overbeek 1.49 push(@$html,$cgi->h1('Please select a single organism to get statistcs'));
101 :     }
102 :     else
103 :     {
104 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
105 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&genome=$orgs[0]";
106 : overbeek 1.50 my @out = `./genome_statistics.cgi`;
107 : overbeek 1.49 print @out;
108 :     exit;
109 :     }
110 : efrank 1.1 }
111 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
112 : overbeek 1.51 # Locate PEGs in Subsystems
113 :     #-----------------------------------------------------------------------
114 :     elsif ($cgi->param('Find PEGs') && ($subsearch = $cgi->param('subsearch')))
115 :     {
116 :     my $genome = $cgi->param('genome');
117 :     my (@pegs,$peg);
118 : overbeek 1.52
119 :     my @poss = $fig->by_alias($subsearch);
120 :     if (@poss > 0) { $subsearch = $poss[0] }
121 :    
122 : overbeek 1.51 if ($subsearch =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/)
123 :     {
124 :     # handle searching for homologs that occur in subsystems
125 :     $peg = $1;
126 :     @pegs = ($peg);
127 :     push(@pegs,map { $_->id2 } $fig->sims( $peg, 500, 1.0e-10, "fig"));
128 :     if ($genome)
129 :     {
130 :     my $genomeQ = quotemeta $genome;
131 :     @pegs = grep { $_ =~ /^fig\|$genomeQ/ } @pegs;
132 :     }
133 :     }
134 :     else
135 :     {
136 :     # handle searching for PEGs with functional role in subsystems
137 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($subsearch,"master",$genome);
138 :     }
139 :    
140 :     print $cgi->header;
141 :     if (@pegs == 0)
142 :     {
143 :     print $cgi->h1("Sorry, could not even find PEGs to check");
144 :     }
145 :     else
146 :     {
147 :     my(@pairs,$pair,@sub);
148 :     @pairs = map { $peg = $_;
149 :     @sub = $fig->peg_to_subsystems($peg);
150 :     map { [$peg,$_] } @sub } @pegs;
151 :     if (@pairs == 0)
152 :     {
153 :     print $cgi->h1("Sorry, could not map any PEGs to subsystems");
154 :     }
155 :     else
156 :     {
157 : overbeek 1.52 my($uni,$uni_func);
158 :     my $col_hdrs = ["PEG","Genome","Function","UniProt","UniProt Function","Subsystem"];
159 :     my $tab = [ map { $pair = $_; $uni = $fig->to_alias($pair->[0],"uni");
160 :     ($uni,$uni_func) = $uni ? (&HTML::uni_link($cgi,$uni),scalar $fig->function_of($uni)) : ("","");
161 : overbeek 1.51 [&HTML::fid_link($cgi,$pair->[0]),
162 :     $fig->org_of($pair->[0]),
163 : overbeek 1.52 scalar $fig->function_of($pair->[0]),
164 :     $uni,$uni_func,
165 : overbeek 1.51 &HTML::sub_link($cgi,$pair->[1])] } @pairs];
166 :     print &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"PEGs that Occur in Subsystems");
167 :     }
168 :     }
169 :     exit;
170 :     }
171 :     #-----------------------------------------------------------------------
172 : overbeek 1.31 # Align Sequences
173 :     #-----------------------------------------------------------------------
174 :     elsif ($cgi->param('Align Sequences'))
175 :     {
176 :     my $seqs = $cgi->param('seqids');
177 :     $seqs =~ s/^\s+//;
178 :     $seqs =~ s/\s+$//;
179 :     my @seq_ids = split(/[ \t,;]+/,$seqs);
180 :     if (@seq_ids < 2)
181 :     {
182 :     print $cgi->header;
183 :     print $cgi->h1("Sorry, you need to specify at least two sequence IDs");
184 :     }
185 :     else
186 :     {
187 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
188 :     $_ = join('&checked=',@seq_ids);
189 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&align=1&checked=" . $_;
190 :     my @out = `./fid_checked.cgi`;
191 :     print join("",@out);
192 :     }
193 :     exit;
194 :     }
195 :     #-----------------------------------------------------------------------
196 : overbeek 1.17 # Search (text) || Find Genes in Org that Might Play the Role
197 :     #-----------------------------------------------------------------------
198 : golsen 1.59 elsif ( ( $pattern = $cgi->param('pattern') )
199 :     && ( $cgi->param('Search')
200 :     || $cgi->param('Search genome selected below')
201 : redwards 1.63 || $cgi->param('Search Selected Organisms')
202 : golsen 1.59 || $cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role')
203 :     )
204 :     )
205 : efrank 1.1 {
206 : overbeek 1.17 # Remove leading and trailing spaces from pattern -- GJO:
207 :     $pattern =~ s/^\s+//;
208 :     $pattern =~ s/\s+$//;
209 : efrank 1.1 if ($cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role') &&
210 :     (@orgs = $cgi->param('korgs')) && (@orgs == 1))
211 :     {
212 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Genes in that Might Play Specific Role</TITLE>\n";
213 : efrank 1.1 @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
214 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
215 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&request=find_in_org&role=$pattern&org=$orgs[0]";
216 :     my @out = `./pom.cgi`;
217 :     print join("",@out);
218 :     exit;
219 :     }
220 :     else
221 :     {
222 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Search Results</TITLE>\n";
223 : golsen 1.22 &show_indexed_objects($fig, $cgi, $html, $pattern);
224 : efrank 1.1 }
225 :     }
226 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
227 :     # Metabolic Overview
228 :     #-----------------------------------------------------------------------
229 : efrank 1.1 elsif (($map = $cgi->param('kmap')) && $cgi->param('Metabolic Overview'))
230 :     {
231 : olson 1.38 if ($map =~ /\(([^)]*)\)$/)
232 :     {
233 :     $map = $1;
234 :     }
235 :     else
236 :     {
237 : golsen 1.44 # ??? Gary ???
238 : olson 1.38 }
239 :    
240 :     #$map =~ s/^.*\((MAP\d+)\).*$/$1/;
241 : efrank 1.1 @orgs = $cgi->param('korgs');
242 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
243 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
244 :     if (@orgs > 0)
245 :     {
246 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$orgs[0]";
247 :     }
248 :     else
249 :     {
250 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map";
251 :     }
252 :    
253 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Metabolic Overview</TITLE>\n";
254 : olson 1.38 my @out = `./show_map.cgi`;
255 : efrank 1.1 &HTML::trim_output(\@out);
256 : golsen 1.23 push( @$html, "<br>\n", @out );
257 : efrank 1.1 }
258 : overbeek 1.17
259 :     #-----------------------------------------------------------------------
260 :     # Search for Matches (sequence or pattern)
261 :     #-----------------------------------------------------------------------
262 : efrank 1.1 elsif (($seq_pat = $cgi->param('seq_pat')) &&
263 :     ($tool = $cgi->param('Tool')) &&
264 :     $cgi->param('Search for Matches'))
265 :     {
266 : overbeek 1.30 @orgs = $cgi->param('korgs');
267 :     if (@orgs > 0)
268 :     {
269 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
270 :     }
271 :     else
272 :     {
273 :     @orgs = ("");
274 :     }
275 :    
276 : efrank 1.1 if ($tool =~ /blast/)
277 :     {
278 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: BLAST Search Results</TITLE>\n";
279 : efrank 1.1 &run_blast($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$tool,$seq_pat);
280 :     }
281 :     elsif ($tool =~ /Protein scan_for_matches/)
282 :     {
283 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Pattern Match Results</TITLE>\n";
284 : efrank 1.1 &run_prot_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
285 :     }
286 :     elsif ($tool =~ /DNA scan_for_matches/)
287 :     {
288 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Pattern Match Results</TITLE>\n";
289 : efrank 1.1 &run_dna_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
290 :     }
291 :     }
292 : overbeek 1.7 elsif (($made_by = $cgi->param('made_by')) && $cgi->param('Extract Assignments'))
293 :     {
294 :     &export_assignments($fig,$cgi,$html,$made_by);
295 :     }
296 : overbeek 1.28 elsif ($cgi->param('Generate Assignments via Translation') &&
297 :     ($from_func = $cgi->param('from_func')) &&
298 :     ($to_func = $cgi->param('to_func')))
299 :     {
300 :     &translate_assignments($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func);
301 :     }
302 : overbeek 1.30 elsif ($cgi->param('Extract Matched Sequences') && ($ids = $cgi->param('ids')))
303 :     {
304 :     my @ids = split(/,/,$ids);
305 :     my($list_to,$i);
306 :     if ($list_to = $cgi->param('list_to'))
307 :     {
308 :     for ($i=0; ($i < @ids) && ($ids[$i] ne $list_to); $i++) {}
309 :     if ($i < @ids)
310 :     {
311 :     $#ids = $i;
312 :     }
313 :     }
314 :    
315 :     my($id,$seq,$i,$func);
316 :     push(@$html,$cgi->pre);
317 :    
318 :     foreach $id (@ids)
319 :     {
320 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
321 :     {
322 :     $func = $fig->function_of($id);
323 :     push(@$html,">$id $func\n");
324 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
325 :     {
326 :     if ($i > (length($seq) - 60))
327 :     {
328 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
329 :     }
330 :     else
331 :     {
332 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
333 :     }
334 :     }
335 :     }
336 :     }
337 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
338 :     }
339 : overbeek 1.17
340 :     #-----------------------------------------------------------------------
341 :     # Initial search page
342 :     #-----------------------------------------------------------------------
343 : efrank 1.1 else
344 :     {
345 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Entry Page</TITLE>\n";
346 : efrank 1.1 &show_initial($fig,$cgi,$html);
347 :     }
348 :     &HTML::show_page($cgi,$html,1);
349 : overbeek 1.49 exit;
350 : efrank 1.1
351 : overbeek 1.17
352 :     #==============================================================================
353 :     # Initial page (alias search)
354 :     #==============================================================================
355 :    
356 : efrank 1.1 sub show_initial {
357 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
358 :     my($map,$name,$olrg,$gs);
359 :    
360 : golsen 1.47 my( $a, $b, $e, $v, $env ) = $fig->genome_counts;
361 :     push(@$html,$cgi->h2("Contains $a archaeal, $b bacterial, $e eukaryal, $v viral and $env environmental genomes"));
362 :     my( $a, $b, $e ) = $fig->genome_counts("complete");
363 :     push(@$html,$cgi->h2("Of these, $a archaeal, $b bacterial and $e eukaryal genomes are more-or-less complete"),$cgi->hr);
364 : efrank 1.1
365 :     push(@$html,
366 : olson 1.42 $cgi->h2('Work on Subsystems'),
367 : overbeek 1.46
368 : golsen 1.69 # $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi"),
369 :     # "Enter user: ",
370 :     # $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
371 :     # $cgi->submit('Work on Subsystems'),
372 :     # $cgi->end_form,
373 :    
374 :     # $cgi->h2('Work on Subsystems Using New, Experimental Code'),
375 :     "This is the <i>new</i> subsystems code, and is now officially released.",
376 : overbeek 1.46 $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi"),
377 :     "Enter user: ",
378 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
379 :     $cgi->submit('Work on Subsystems'),
380 :     $cgi->end_form,
381 : olson 1.42 $cgi->hr,
382 :     );
383 :    
384 :     push(@$html,
385 : efrank 1.1 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
386 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Genes or Functional Roles Using Text'),
387 : overbeek 1.17 "<table><tr>",
388 :     "<td>Search Pattern: </td><td>",
389 :     $cgi->textfield(-name => "pattern", -size => 65),
390 :     "</td></tr><tr>",
391 :     "<td>User ID:</td><td>",
392 : efrank 1.1 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
393 : overbeek 1.17 " [optional] ",
394 :     "&nbsp; &nbsp; Max Genes: ",
395 :     $cgi->textfield(-name => "maxpeg", -size => 6, -value => 100),
396 :     "&nbsp; &nbsp; Max Roles: ",
397 :     $cgi->textfield(-name => "maxrole", -size => 6, -value => 100),
398 : olson 1.70 $cgi->checkbox(-name => "substring_match", -label => 'Allow substring match'),
399 : overbeek 1.17 "</td></td></table>",
400 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search'),
401 : golsen 1.59 $cgi->submit('Search genome selected below'),
402 : golsen 1.47 $cgi->reset('Clear'),
403 :     $cgi->hr);
404 : olson 1.41
405 : golsen 1.47 my @display = ( 'All', 'Archaea', 'Bacteria', 'Eucarya', 'Viruses', 'Environmental samples' );
406 :    
407 :     #
408 :     # Canonical names must match the keywords used in the DBMS. They are
409 :     # defined in compute_genome_counts.pl
410 :     #
411 :     my %canonical = (
412 :     'All' => undef,
413 :     'Archaea' => 'Archaea',
414 :     'Bacteria' => 'Bacteria',
415 :     'Eucarya' => 'Eukaryota',
416 :     'Viruses' => 'Virus',
417 :     'Environmental samples' => 'Environmental Sample'
418 :     );
419 :    
420 :     my $req_dom = $cgi->param( 'domain' ) || 'All';
421 :     my @domains = $cgi->radio_group( -name => 'domain',
422 :     -default => $req_dom,
423 :     -override => 1,
424 :     -values => [ @display ]
425 :     );
426 :    
427 :     my $n_domain = 0;
428 :     my %dom_num = map { ( $_, $n_domain++ ) } @display;
429 :     my $req_dom_num = $dom_num{ $req_dom } || 0;
430 :    
431 :     #
432 :     # Viruses and Environmental samples must have completeness = All (that is
433 :     # how they are in the database). Otherwise, default is Only "complete".
434 :     #
435 :     my $req_comp = ( $req_dom_num > $dom_num{ 'Eucarya' } ) ? 'All'
436 :     : $cgi->param( 'complete' ) || 'Only "complete"';
437 :     my @complete = $cgi->radio_group( -name => 'complete',
438 :     -default => $req_comp,
439 :     -override => 1,
440 :     -values => [ 'All', 'Only "complete"' ]
441 :     );
442 :     #
443 :     # Use $fig->genomes( complete, restricted, domain ) to get org list:
444 :     #
445 :     my $complete = ( $req_comp =~ /^all$/i ) ? undef : "complete";
446 : redwards 1.48
447 :     my @orgs = sort map { $org = $_; my $gs = $fig->genus_species($org); my $gc=scalar $fig->all_contigs($org); "$gs ($org) [$gc contigs]" }
448 : golsen 1.47 $fig->genomes( $complete, undef, $canonical{ $req_dom } );
449 :    
450 :     my $n_genomes = @orgs;
451 :    
452 : golsen 1.59 push( @$html, $cgi->h2('If You Need to Pick a Genome for Options Below'),
453 : golsen 1.47 "<TABLE>\n",
454 :     " <TR>\n",
455 :     " <TD>",
456 :     $cgi->scrolling_list( -name => 'korgs',
457 :     -values => [ @orgs ],
458 : redwards 1.63 -size => 10,
459 : golsen 1.60 ), $cgi->br,
460 : golsen 1.47 "$n_genomes genomes shown ",
461 : golsen 1.60 $cgi->submit( 'Update List' ), $cgi->reset, $cgi->br,
462 :     "Show some ", $cgi->submit('statistics')," of the selected genome",
463 :     " </TD>",
464 : golsen 1.47 " <TD>",
465 :     join( "<br>", "<b>Domain(s) to show:</b>", @domains), "<br>\n",
466 :     join( "<br>", "<b>Completeness?</b>", @complete), "\n",
467 :     "</TD>",
468 :     " </TR>\n",
469 :     "</TABLE>\n",
470 : golsen 1.60 $cgi->hr
471 :     );
472 : overbeek 1.49
473 : golsen 1.47 push( @$html, $cgi->h2('Finding Candidates for a Functional Role'),
474 : efrank 1.1 "Make sure that you type the functional role you want to search for in the Search Pattern above",
475 :     $cgi->br,
476 :     $cgi->submit('Find Genes in Org that Might Play the Role'),
477 : golsen 1.47 $cgi->hr);
478 : overbeek 1.17
479 : golsen 1.60 my @maps = sort map { $map = $_; $name = $fig->map_name($map); "$name ($map)" } $fig->all_maps;
480 :    
481 : golsen 1.47 push( @$html, $cgi->h2('Metabolic Overviews and Subsystem Maps (via KEGG & SEED) - Choose Map'),
482 : efrank 1.1 $cgi->submit('Metabolic Overview'),
483 :     $cgi->br,
484 :     $cgi->br,
485 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'kmap',
486 :     -values => [@maps],
487 :     -size => 10
488 :     ),
489 : golsen 1.47 $cgi->hr);
490 : overbeek 1.17
491 : golsen 1.47 push( @$html, $cgi->h2('Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)'),
492 : golsen 1.29 "<TABLE>\n",
493 :     " <TR>\n",
494 :     " <TD>Sequence/Pattern: </TD>",
495 : golsen 1.45 " <TD Colspan=3>", $cgi->textarea(-name => 'seq_pat', -rows => 10, -cols => 70), "</TD>\n",
496 : golsen 1.29 " </TR>\n",
497 :     " <TR>\n",
498 :     " <TD>Search Program: </TD>",
499 : golsen 1.45 " <TD>", $cgi->popup_menu(-name => 'Tool', -values => ['blastp', 'blastx', 'blastn', 'tblastn', 'blastp against complete genomes', 'Protein scan_for_matches', 'DNA scan_for_matches'], -default => 'blastp'), " </TD>",
500 :     " <TD> Program Options:</TD>",
501 :     " <TD>", $cgi->textfield( -name => "blast_options", -size => 27 ), "</TD>",
502 : golsen 1.29 " </TR>\n",
503 :     "</TABLE>\n",
504 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search for Matches'),
505 : olson 1.41 $cgi->hr);
506 : overbeek 1.17
507 : olson 1.41 #
508 :     # Make assignment export tbl.
509 :     #
510 :    
511 :     my @atbl;
512 : golsen 1.64 push(@atbl, [ "Extract assignments made by ",
513 :     $cgi->textfield(-name => "made_by", -size => 25) . " (do not prefix with <b>master:</b>)" ]);
514 :     push(@atbl, [ "Save as user: ",
515 :     $cgi->textfield(-name => "save_user", -size => 25) . " (do not prefix with <b>master:</b>)" ] );
516 :     push(@atbl, [ "After date (MM/DD/YYYY) ",
517 :     $cgi->textfield(-name => "after_date", -size => 15)]);
518 : olson 1.41
519 :     push(@$html,
520 :     $cgi->h2('Exporting Assignments'),
521 :     &HTML::make_table(undef, \@atbl, '', border => 0),
522 : golsen 1.64 $cgi->checkbox(-label => 'Tab-delimited Spreadsheet', -name => 'tabs', -value => 1),
523 : overbeek 1.11 $cgi->br,
524 : golsen 1.64 $cgi->checkbox(-label => 'Save Assignments', -name => 'save_assignments', -value => 1),
525 : overbeek 1.7 $cgi->br,
526 :     $cgi->submit('Extract Assignments'),
527 : overbeek 1.55 $cgi->br, $cgi->br, $cgi->br,
528 :     "Alternatively, you can generate a set of assignments as translations of existing assignments. ",
529 :     "To do so, you need to make sure that you fill in the <b>Save as user</b> field just above. You ",
530 :     "should use something like <b>RossO</b> (leave out the <b>master:</b>). When you look at the assignments (and decide which ",
531 :     "to actually install), they will be made available under that name (but, when you access them, ",
532 :     "you will normally be using something like <b>master:RossO</b>)",
533 :     $cgi->br,$cgi->br,
534 : overbeek 1.56 "From: ",
535 : overbeek 1.61 $cgi->textarea(-name => 'from_func', -rows => 4, -cols => 100),
536 : overbeek 1.56 $cgi->br,$cgi->br,
537 : overbeek 1.61 "To:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ",$cgi->textfield(-name => "to_func", -size => 100),
538 : overbeek 1.28 $cgi->br,
539 : redwards 1.66 $cgi->a({class=>"help", target=>"help", href=>"/FIG/Html/seedtips.html#replace_names"}, "Help with generate assignments via translation"),
540 : overbeek 1.28 $cgi->submit('Generate Assignments via Translation'),
541 : overbeek 1.7 $cgi->hr,
542 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Interesting Genes'),
543 : overbeek 1.28 $cgi->submit('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'),
544 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
545 : overbeek 1.14 );
546 :    
547 :     push(@$html,
548 :     $cgi->hr,
549 : olson 1.41 $cgi->h2('Process Saved Assignments Sets'),
550 : overbeek 1.14 $cgi->start_form(-action => "assignments.cgi"),
551 : overbeek 1.55 "Here you should include the <b>master:</b>. Thus use something like <b>master:RossO</b>",$cgi->br,
552 :     $cgi->br,
553 : overbeek 1.19 "Enter user: ",
554 : overbeek 1.14 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
555 :     $cgi->submit('Process Assignment Sets'),
556 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
557 : efrank 1.1 );
558 :    
559 : overbeek 1.19 push(@$html,
560 :     $cgi->hr,
561 : olson 1.41 $cgi->h2('Align Sequences'),
562 : overbeek 1.31 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
563 :     "Enter user: ",
564 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20), $cgi->br,
565 :     $cgi->submit('Align Sequences'),": ",
566 :     $cgi->textfield(-name => "seqids", -size => 100),
567 :     $cgi->end_form
568 :     );
569 : overbeek 1.51
570 :     push(@$html,
571 :     $cgi->hr,
572 :     $cgi->h2('Locate PEGs in Subsystems'),
573 : golsen 1.64 "If you wish to locate PEGs in subsystems, you have two approaches supported. You can
574 : overbeek 1.56 give a FIG id, and you will get a list of all homologs in the designated genome that occur in subsystems.
575 :     Alternatively, you can specify a functional role, and all PEGs in the genome that match that role will be shown.",
576 : overbeek 1.51 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
577 :     "Enter user: ",
578 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20), $cgi->br,
579 :     $cgi->br,"Genome: ",$cgi->textfield(-name => "genome", -size => 15),$cgi->br,
580 : overbeek 1.52 "Search: ",$cgi->textfield(-name => "subsearch", -size => 100),$cgi->br,
581 : overbeek 1.51 $cgi->submit('Find PEGs'),": ",
582 :     $cgi->end_form
583 :     );
584 : efrank 1.1 }
585 :    
586 : overbeek 1.17
587 :     #==============================================================================
588 :     # Indexed objects (text search)
589 :     #==============================================================================
590 :    
591 : efrank 1.1 sub show_indexed_objects {
592 : golsen 1.22 my($fig, $cgi, $html, $pattern) = @_;
593 :     my($msg, $i);
594 : efrank 1.1
595 :     if ($pattern =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
596 :     {
597 :     my $peg = $1;
598 :     my $user = $cgi->param('user');
599 :     $user = $user ? $user : "";
600 :     $ENV{'REQUEST_METHOD'} = "GET";
601 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "prot=$peg\&user=$user";
602 :     $ENV{"REQUEST_URI"} =~ s/index.cgi/protein.cgi/;
603 :     my @prot_out = `./protein.cgi`;
604 : overbeek 1.35 print @prot_out;
605 :     exit;
606 : efrank 1.1 }
607 : overbeek 1.71 $pattern =~ s/([a-zA-Z0-9])\|([a-zA-Z0-9])/$1\\\|$2/ig;
608 : overbeek 1.17 push( @$html, $cgi->br );
609 : olson 1.70 my( $peg_index_data, $role_index_data ) = $fig->search_index($pattern, $cgi->param("substring_match") eq "on");
610 : overbeek 1.17 my $maxpeg = defined( $cgi->param("maxpeg") ) ? $cgi->param("maxpeg") : 100;
611 :     my $maxrole = defined( $cgi->param("maxrole") ) ? $cgi->param("maxrole") : 100;
612 :    
613 : redwards 1.53 # RAE added lines to allow searching within a single organism
614 : golsen 1.59 # if ($cgi->param('korgs'))
615 :     # {
616 :     # $cgi->param('korgs') =~ /\((\d+\.*\d*)\)/;
617 :     # $org=$1; # this should be undef if korgs is not defined
618 :    
619 :     # push (@$html, $cgi->br, "Matches found in ",$cgi->param('korgs'), $cgi->p);
620 :     # my @clean_data; my @clean_index;
621 :     # while (@$peg_index_data)
622 :     # {
623 :     # my ($data, $index)=(shift @$peg_index_data, shift @$role_index_data);
624 :     # next unless (${$data}[0] =~ /^fig\|$org\.peg/);
625 :     # push @clean_data, $data;
626 :     # push @clean_index, $index;
627 :     # }
628 :    
629 :     # @$peg_index_data=@clean_data;
630 :     # @$role_index_data=@clean_index;
631 :     # }
632 :     ## End of added lines
633 : redwards 1.53
634 : redwards 1.63 # RAE version with separate submit buttons and more than one org in korg
635 :     # this is used by organisms.cgi for group specific searches
636 :     if ( $cgi->param('korgs') && $cgi->param('Search Selected Organisms')
637 :     )
638 :     {
639 :     my @temp;
640 :     foreach my $org ($cgi->param('korgs'))
641 :     {
642 :     push @temp, grep { $_->[0] =~ /^fig\|$org/ } @$peg_index_data;
643 :     }
644 :     @$peg_index_data = @temp;
645 :     }
646 :    
647 : golsen 1.59 # GJO version with separate submit buttons
648 : redwards 1.53
649 : golsen 1.59 if ( $cgi->param('korgs') && $cgi->param('korgs') =~ /\((\d+\.*\d*)\)/
650 :     && $cgi->param('Search genome selected below')
651 :     )
652 :     {
653 :     my $org = $1;
654 :     push @$html, $cgi->br, "Matches found in ",$cgi->param('korgs'), $cgi->p;
655 :     @$peg_index_data = grep { $_->[0] =~ /^fig\|$org\.peg/ } @$peg_index_data;
656 : redwards 1.53 }
657 :    
658 : golsen 1.59 if ( ( $maxpeg > 0 ) && @$peg_index_data )
659 : overbeek 1.17 {
660 : golsen 1.67 # RAE: Added javascript buttons see below. Only two things are needed.
661 :     # The form must have a name parameter, and the one line of code for the
662 :     # buttons. Everything else is automatic
663 : overbeek 1.17
664 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
665 :     -target => "window$$",
666 : redwards 1.63 -action => 'fid_checked.cgi',
667 : golsen 1.68 -name => 'found_pegs'
668 : overbeek 1.17 ),
669 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
670 : golsen 1.21 "For Selected (checked) sequences: ",
671 : overbeek 1.17 $cgi->submit('get sequences'),
672 :     $cgi->submit('view annotations'),
673 : overbeek 1.33 $cgi->submit('assign/annotate'),
674 : golsen 1.68 $cgi->param('SPROUT') ? () : $cgi->submit('view similarities'),
675 : overbeek 1.17 $cgi->br, $cgi->br
676 :     );
677 : efrank 1.1
678 : redwards 1.63 # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
679 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("found_pegs", "checked"), $cgi->br);
680 :    
681 : overbeek 1.17 my $n = @$peg_index_data;
682 :     if ($n > $maxpeg)
683 :     {
684 : golsen 1.59 $msg = "Showing first $maxpeg out of $n protein genes";
685 : overbeek 1.17 $#{$peg_index_data} = $maxpeg-1;
686 :     }
687 :     else
688 :     {
689 :     $msg = "Showing $n PEGs";
690 :     }
691 : efrank 1.1
692 : overbeek 1.17 my $col_hdrs = ["Sel","PEG","Organism","Aliases","Function","Who"];
693 : golsen 1.67 my $tab = [ map { format_peg_entry( $fig, $cgi, $_ ) } @$peg_index_data ];
694 : overbeek 1.17 push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg),
695 :     $cgi->br,
696 :     "For SELECTed (checked) sequences: ",
697 :     $cgi->submit('get sequences'),
698 :     $cgi->submit('view annotations'),
699 : golsen 1.68 $cgi->submit('assign/annotate'),
700 :     $cgi->param('SPROUT') ? () : $cgi->submit('view similarities'),
701 : overbeek 1.17 $cgi->br,
702 :     $cgi->end_form
703 :     );
704 : efrank 1.1 }
705 : golsen 1.59 elsif ( $maxpeg > 0 )
706 :     {
707 :     push @$html, $cgi->h3('No matching protein genes');
708 :     }
709 : overbeek 1.17
710 : golsen 1.59 if ( ( $maxrole > 0 ) && @$role_index_data )
711 : efrank 1.1 {
712 : overbeek 1.17 my $n = @$role_index_data;
713 :     if ($n > $maxrole)
714 :     {
715 : golsen 1.59 $msg = "Showing first $maxrole out of $n Roles";
716 : overbeek 1.17 $#{$role_index_data} = $maxrole - 1;
717 :     }
718 :     else
719 :     {
720 :     $msg = "Showing $n Roles";
721 :     }
722 :    
723 :     if ( $maxpeg > 0 ) { push( @$html, $cgi->hr ) }
724 :     my $col_hdrs = ["Role"];
725 :     my $tab = [ map { &format_role_entry($fig,$cgi,$_) } @$role_index_data ];
726 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg) );
727 : efrank 1.1 }
728 : golsen 1.59 elsif ( $maxrole > 0 )
729 :     {
730 :     push @$html, $cgi->h3('No matching roles');
731 :     }
732 : efrank 1.1 }
733 :    
734 : golsen 1.59
735 : efrank 1.1 sub format_peg_entry {
736 : golsen 1.67 my( $fig, $cgi, $entry ) = @_;
737 : efrank 1.1 my($i,$function,$who);
738 :    
739 :     my($peg,$gs,$aliases,@funcs) = @$entry;
740 : overbeek 1.17
741 : golsen 1.21 $gs =~ s/\s+\d+$//; # Org name comes with taxon_id appended (why?) -- GJO
742 : efrank 1.1
743 :     @funcs = map { $_ =~ s/^function:\s*//; $_ } @funcs;
744 :    
745 :     if ($aliases)
746 :     {
747 :     $aliases =~ s/^aliases://;
748 :     }
749 :     else
750 :     {
751 :     $aliases = "";
752 :     }
753 :    
754 : golsen 1.21 my $user = $cgi->param('user');
755 :     $user = $user ? $user : "";
756 :    
757 : efrank 1.1 if ($user)
758 :     {
759 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#$user/); $i++) {}
760 :     if ($i < @funcs)
761 :     {
762 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
763 :     }
764 :     }
765 : golsen 1.21
766 : efrank 1.1 if (! $function)
767 :     {
768 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#master/); $i++) {}
769 :     if ($i < @funcs)
770 :     {
771 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
772 :     }
773 :     }
774 :    
775 :     if ((! $function) && (@funcs > 0))
776 :     {
777 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[0]);
778 :     }
779 : golsen 1.67 my $box = "<input type=checkbox name=checked value=\"$peg\">";
780 : overbeek 1.17 return [ $box, &HTML::fid_link($cgi,$peg), $gs, $aliases, $function, $who ];
781 : efrank 1.1 }
782 :    
783 :     sub format_role_entry {
784 :     my($fig,$cgi,$entry) = @_;
785 :    
786 :     return [&HTML::role_link($cgi,$entry)];
787 :     }
788 :    
789 :     sub run_prot_scan_for_matches {
790 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
791 :     my($string,$peg,$beg,$end,$user,$col_hdrs,$tab,$i);
792 :    
793 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
794 :     open(PAT,">$tmp_pat")
795 :     || die "could not open $tmp_pat";
796 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
797 :     print PAT "$pat\n";
798 :     close(PAT);
799 :     my @out = `$FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -p $tmp_pat < $FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta`;
800 :     if (@out < 1)
801 :     {
802 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
803 :     }
804 :     else
805 :     {
806 :     if (@out > 2000)
807 :     {
808 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
809 :     $#out = 1999;
810 :     }
811 :    
812 :     push(@$html,$cgi->pre);
813 :     $user = $cgi->param('user');
814 :     $col_hdrs = ["peg","begin","end","string","function of peg"];
815 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
816 :     {
817 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
818 :     {
819 :     $peg = $1;
820 :     $beg = $2;
821 :     $end = $3;
822 :     $string = $out[$i+1];
823 : golsen 1.21 chomp $string;
824 : overbeek 1.17 push( @$tab, [ &HTML::fid_link($cgi,$peg,1),
825 :     $beg,
826 :     $end,
827 :     $string,
828 :     scalar $fig->function_of( $peg, $user )
829 :     ]
830 :     );
831 : efrank 1.1 }
832 :     }
833 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
834 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
835 :     }
836 :     unlink($tmp_pat);
837 :     }
838 :    
839 : overbeek 1.17 #==============================================================================
840 :     # Scan for matches
841 :     #==============================================================================
842 :    
843 : efrank 1.1 sub run_dna_scan_for_matches {
844 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
845 :     my($string,$contig,$beg,$end,$col_hdrs,$tab,$i);
846 :    
847 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
848 :     open(PAT,">$tmp_pat")
849 :     || die "could not open $tmp_pat";
850 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
851 :     print PAT "$pat\n";
852 :     close(PAT);
853 :     my @out = `cat $FIG_Config::organisms/$org/contigs | $FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -c $tmp_pat`;
854 :     if (@out < 1)
855 :     {
856 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
857 :     }
858 :     else
859 :     {
860 :     if (@out > 2000)
861 :     {
862 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
863 :     $#out = 1999;
864 :     }
865 :    
866 :     push(@$html,$cgi->pre);
867 :     $col_hdrs = ["contig","begin","end","string"];
868 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
869 :     {
870 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
871 :     {
872 :     $contig = $1;
873 :     $beg = $2;
874 :     $end = $3;
875 :     $string = $out[$i+1];
876 : golsen 1.21 chomp $string;
877 : efrank 1.1 push(@$tab,[$contig,$beg,$end,$string]);
878 :     }
879 :     }
880 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
881 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
882 :     }
883 :     unlink($tmp_pat);
884 :     }
885 :    
886 : overbeek 1.17 #==============================================================================
887 :     # BLAST search
888 :     #==============================================================================
889 :    
890 : efrank 1.1 sub run_blast {
891 : golsen 1.45 my( $fig, $cgi, $html, $org, $tool, $seq ) = @_;
892 :     my( $query, @out );
893 : efrank 1.1
894 : golsen 1.45 my $tmp_seq = "$FIG_Config::temp/run_blast_tmp$$.seq";
895 : efrank 1.1
896 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
897 :     # Is the request for an id? Get the sequence
898 :     #--------------------------------------------------------------------------
899 : efrank 1.1 if ($seq =~ /^\s*([a-zA-Z]{2,4}\|\S+)/)
900 :     {
901 : golsen 1.23 # Replaced $id with $query so that output inherits label -- GJO
902 :     $query = $1;
903 : efrank 1.1 $seq = "";
904 :     if (($tool eq "blastp") || ($tool eq "tblastn"))
905 :     {
906 : golsen 1.23 $seq = $fig->get_translation($query);
907 : efrank 1.1 }
908 : golsen 1.23 elsif ($query =~ /^fig/)
909 : efrank 1.1 {
910 :     my @locs;
911 : golsen 1.23 if ((@locs = $fig->feature_location($query)) && (@locs > 0))
912 : efrank 1.1 {
913 : golsen 1.23 $seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($query),@locs);
914 : efrank 1.1 }
915 :     }
916 :     if (! $seq)
917 :     {
918 : golsen 1.23 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, could not get sequence for $query"));
919 : efrank 1.1 return;
920 :     }
921 :     }
922 : golsen 1.45
923 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
924 :     # Is it a fasta format? Get the query name
925 :     #--------------------------------------------------------------------------
926 : golsen 1.45
927 :     elsif ( $seq =~ s/^>\s*(\S+[^\n\012\015]*)// ) # more flexible match -- GJO
928 : efrank 1.1 {
929 :     $query = $1;
930 :     }
931 : golsen 1.45
932 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
933 :     # Take it as plain text
934 :     #--------------------------------------------------------------------------
935 : golsen 1.45
936 : efrank 1.1 else
937 :     {
938 :     $query = "query";
939 :     }
940 : golsen 1.45
941 :     #
942 :     # The rest is taken as the sequence
943 :     #
944 :    
945 : golsen 1.23 $seq =~ s/\s+//g;
946 : golsen 1.45 open( SEQ, ">$tmp_seq" ) || die "run_blast could not open $tmp_seq";
947 : efrank 1.1 print SEQ ">$query\n$seq\n";
948 : golsen 1.45 close( SEQ );
949 : efrank 1.1
950 :     if (! $ENV{"BLASTMAT"}) { $ENV{"BLASTMAT"} = "$FIG_Config::blastmat" }
951 : golsen 1.45 my $blast_opt = $cgi->param( 'blast_options' );
952 :     my $blastall = "$FIG_Config::ext_bin/blastall";
953 : efrank 1.1
954 : golsen 1.45 if ( $tool eq "blastp" )
955 : efrank 1.1 {
956 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
957 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "p" );
958 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastp $blast_opt`;
959 : efrank 1.1 }
960 : golsen 1.45
961 :     elsif ( $tool eq "blastx" )
962 : efrank 1.1 {
963 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
964 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "p" );
965 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastx $blast_opt`;
966 : efrank 1.1 }
967 : golsen 1.45
968 :     elsif ( $tool eq "blastn" )
969 : efrank 1.1 {
970 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
971 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "n" ); ### fix to get all contigs
972 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastn -r 1 -q -1 $blast_opt`;
973 : golsen 1.65 push @$html, blast_graphics( $fig, $cgi, $org, \@out, $tool );
974 : efrank 1.1 }
975 : golsen 1.45
976 :     elsif ( $tool eq "tblastn" )
977 : efrank 1.1 {
978 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
979 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "n" ); ### fix to get all contigs
980 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p tblastn $blast_opt`;
981 : golsen 1.65 push @$html, blast_graphics( $fig, $cgi, $org, \@out, $tool );
982 : efrank 1.1 }
983 : golsen 1.45
984 :     elsif ( $tool eq 'blastp against complete genomes' ) ### this tool gets nonstandard treatment: RAO
985 : overbeek 1.30 {
986 :     &blast_complete($fig,$cgi,$html,$tmp_seq,$blastall);
987 :     unlink($tmp_seq);
988 :     return;
989 :     }
990 : golsen 1.45
991 : overbeek 1.17 if (@out < 1) # This is really a bigger problem than no hits (GJO)
992 : efrank 1.1 {
993 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
994 :     }
995 :     else
996 :     {
997 :     push(@$html,$cgi->pre);
998 :     push(@$html,@out);
999 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1000 :     }
1001 : golsen 1.45 unlink( $tmp_seq );
1002 : efrank 1.1 }
1003 :    
1004 : golsen 1.45
1005 : overbeek 1.30 sub blast_complete {
1006 :     my($fig,$cgi,$html,$seq_file,$blastall) = @_;
1007 :     my($genome,@sims);
1008 :    
1009 :     @sims = ();
1010 :     foreach $genome ($fig->genomes("complete"))
1011 :     {
1012 :     my $db = "$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/fasta";
1013 :     next if (! -s $db);
1014 :    
1015 :     &verify_db($db,"p");
1016 :     my $sim;
1017 :     push(@sims,map { chop;
1018 :     $sim = [split(/\t/,$_)];
1019 :     $sim->[10] = ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];
1020 :     $sim }
1021 :     `$blastall -i $seq_file -d $db -m 8 -FF -e 1.0e-5 -p blastp`);
1022 :     }
1023 :     @sims = sort { $a->[10] <=> $b->[10] } @sims;
1024 :     &format_sims($fig,$cgi,$html,\@sims);
1025 :     }
1026 :    
1027 : golsen 1.65
1028 :     #------------------------------------------------------------------------------
1029 :     # Graphically display searches against contigs
1030 :     #
1031 :     # use FIGjs qw( toolTipScript );
1032 :     # use GenoGraphics qw( render );
1033 :     # use IPC::Open2 qw( open2 );
1034 :     #------------------------------------------------------------------------------
1035 :     # Fields produced by rationalize_blast:
1036 :     #
1037 :     # 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
1038 :     # HSP score exp p_n p_val n_match n_ident n_sim n_gap dir q1 q2 q_sq s1 s2 s_sq
1039 :     #------------------------------------------------------------------------------
1040 :    
1041 :     sub blast_graphics {
1042 :     my ( $fig_or_sprout, $cgi, $genome, $out, $tool ) = @_;
1043 :    
1044 :     my $e_min = 0.1;
1045 :     my $gg = [];
1046 :     my @html = ();;
1047 :    
1048 :     # Run rationalize_blast:
1049 :    
1050 :     my( $pid, $rd, $wr );
1051 :     if ( $pid = open2( $rd, $wr, "rationalize_blast" ) )
1052 :     {
1053 :     my $outlen = 0;
1054 :     foreach ( @$out ) { $outlen += length( $_ ) }
1055 :    
1056 :     $wr->write( join( "", @$out ), $outlen );
1057 :     close( $wr );
1058 :    
1059 :     my ( $qid, $qdef, $qlen, $contig, $sdef, $slen );
1060 :     my @rational = <$rd>;
1061 :     foreach ( map { chomp; $_ } @rational )
1062 :     {
1063 :     if ( /^Query=/ ) { ( undef, $qid, undef, $qlen ) = split /\t/ }
1064 :     elsif ( /^>/ ) { ( undef, $contig, undef, $slen ) = split /\t/ }
1065 :     elsif ( /^HSP/ && $qid && $qlen && $contig && $slen )
1066 :     {
1067 :     my @hsp = split /\t/;
1068 :     next if $hsp[2] > $e_min;
1069 :     my ( $e_val, $q1, $q2, $s1, $s2 ) = @hsp[ 2, 10, 11, 13, 14 ];
1070 :     my ( $genes, $min, $max ) = hsp_context( $fig_or_sprout, $cgi, $genome,
1071 :     $e_val, 100 * $hsp[6] / $hsp[5],
1072 :     $qid, $q1, $q2, $qlen,
1073 :     $contig, $s1, $s2, $slen
1074 :     );
1075 : overbeek 1.74 if ($min && $max)
1076 :     {
1077 :     push @$gg, [ substr( $contig, 0, 18 ), $min, $max, $genes ];
1078 :     }
1079 : golsen 1.65 }
1080 :     }
1081 :     close( $rd );
1082 :    
1083 :     # $gene = [ $beg, $end, $shape, $color, $text, $url, $pop-up, $alt_action, $pop-up_title ];
1084 :     # $genes = [ $gene, $gene, ... ];
1085 :     # $map = [ $label, $min_coord, $max_coord, $genes ];
1086 :     # $gg = [ $map, $map, ... ];
1087 :     # render( $gg, $width, $obj_half_heigth, $save, $img_index_number )
1088 :    
1089 :     if ( @$gg )
1090 :     {
1091 :     # print STDERR Dumper( $gg );
1092 :     my $gs = $fig_or_sprout->genus_species( $genome );
1093 :     my $space = "&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;";
1094 :     my $legend = "<TABLE>\n"
1095 :     . " <TR>\n"
1096 :     . " <TD>Q = Query sequence$space</TD>\n"
1097 :     . " <TD Bgcolor='#FF0000'>$space</TD><TD>Frame 1 translation$space</TD>\n"
1098 :     . " <TD Bgcolor='#00FF00'>$space</TD><TD>Frame 2 translation$space</TD>\n"
1099 :     . " <TD Bgcolor='#0000FF'>$space</TD><TD>Frame 3 translation$space</TD>\n"
1100 :     . " <TD Bgcolor='#808080'>$space</TD><TD>Untranslated sequence</TD>\n"
1101 :     . " </TR>\n"
1102 :     . "</TABLE><P />";
1103 :    
1104 :     push @html, "\n", FIGjs::toolTipScript(), "\n",
1105 :     $cgi->h2( "Results of $tool search of contigs from $gs\n"),
1106 :     $legend,
1107 :     @{ GenoGraphics::render( $gg, 600, 4, 0, 1 ) },
1108 :     $cgi->hr, "\n";
1109 :     }
1110 :    
1111 :     waitpid $pid, 0;
1112 :     }
1113 :    
1114 :     return @html;
1115 :     }
1116 :    
1117 :    
1118 :     sub hsp_context {
1119 :     my( $fig_or_sprout, $cgi, $genome, $e_val, $pct_id,
1120 :     $qid, $q1, $q2, $qlen,
1121 :     $contig, $s1, $s2, $slen ) = @_;
1122 :     my $half_sz = 5000;
1123 :    
1124 :     my( $from, $to, $features, $fid, $beg, $end );
1125 :     my( $link, $lbl, $isprot, $function, $uniprot, $info, $prot_query );
1126 :    
1127 :     my $user = $cgi->param( 'user' ) || "";
1128 :     my $sprout = $cgi->param( 'SPROUT' ) ? '&SPROUT=1' : '';
1129 :    
1130 :     my @genes = ();
1131 :    
1132 :     # Based on the match position of the query, select the context region:
1133 :    
1134 :     ( $from, $to ) = ( $s1 <= $s2 ) ? ( $s1 - $half_sz, $s2 + $half_sz )
1135 :     : ( $s2 - $half_sz, $s1 + $half_sz );
1136 :     $from = 1 if ( $from < 1 );
1137 :     $to = $slen if ( $to > $slen );
1138 :    
1139 :     # Get the genes in the region, and adjust the ends to include whole genes:
1140 :    
1141 :     ( $features, $from, $to ) = genes_in_region( $fig_or_sprout, $cgi, $genome, $contig, $from, $to );
1142 :    
1143 :    
1144 :     # Add the other features:
1145 :    
1146 :     foreach $fid ( @$features )
1147 :     {
1148 :     my $contig1;
1149 :     ( $contig1, $beg, $end ) = boundaries_of( $fig_or_sprout, feature_locationS( $fig_or_sprout, $fid ) );
1150 :     next if $contig1 ne $contig;
1151 :    
1152 :     $link = "";
1153 :     if ( ( $lbl ) = $fid =~ /peg\.(\d+)$/ ) {
1154 :     ( $link = $cgi->url() ) =~ s/index\.cgi/protein.cgi/;
1155 :     $link .= "?prot=$fid&user=$user$sprout";
1156 :     $isprot = 1;
1157 :     } elsif ( ( $lbl ) = $fid =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/ ) {
1158 :     $lbl = uc $lbl;
1159 :     $isprot = 0;
1160 :     } else {
1161 :     $lbl = "";
1162 :     $isprot = 0;
1163 :     }
1164 :    
1165 :     $function = function_ofS( $fig_or_sprout, $fid );
1166 :    
1167 :     $uniprot = join ", ", grep { /^uni\|/ } feature_aliasesL( $fig_or_sprout, $fid);
1168 :    
1169 :     $info = join( '<br />', "<b>Feature:</b> $fid",
1170 :     "<b>Contig:</b> $contig",
1171 :     "<b>Begin:</b> $beg",
1172 :     "<b>End:</b> $end",
1173 :     $function ? "<b>Function:</b> $function" : '',
1174 :     $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> $uniprot" : ''
1175 :     );
1176 :    
1177 :     push @genes, [ feature_graphic( $beg, $end, $isprot ),
1178 :     $lbl, $link, $info,
1179 :     $isprot ? () : ( undef, "Feature information" )
1180 :     ];
1181 :     }
1182 :    
1183 :     # Draw the query. The subject coordinates are always DNA. If the query
1184 :     # is protein, it is about 3 times shorter than the matching contig DNA.
1185 :     # Splitting the difference, if 1.7 times the query length is still less
1186 :     # than the subject length, we will call it a protein query (and reading
1187 :     # frame in the contig coordinates has meaning). If it is nucleotides,
1188 :     # there is no defined frame.
1189 :    
1190 :     $info = join( '<br />', $qid ne 'query ' ? "<b>Query:</b> $qid" : (),
1191 :     "<b>Length:</b> $qlen",
1192 :     "<b>E-value:</b> $e_val",
1193 :     "<b>% identity:</b> " . sprintf( "%.1f", $pct_id ),
1194 :     "<b>Region of similarity:</b> $q1 &#150; $q2"
1195 :     );
1196 :     $prot_query = ( 1.7 * abs( $q2 - $q1 ) < abs( $s2 - $s1 ) ) ? 1 : 0;
1197 :    
1198 :     push @genes, [ feature_graphic( $s1, $s2, $prot_query ),
1199 :     'Q', undef, $info, undef, 'Query and match information'
1200 :     ];
1201 :    
1202 :     return \@genes, $from, $to;
1203 :     }
1204 :    
1205 :    
1206 :     sub feature_graphic {
1207 :     my ( $beg, $end, $isprot ) = @_;
1208 :     my ( $min, $max, $symb, $color );
1209 :    
1210 :     ( $min, $max, $symb ) = ( $beg <= $end ) ? ( $beg, $end, "rightArrow" )
1211 :     : ( $end, $beg, "leftArrow" );
1212 :    
1213 :     # Color proteins by translation frame
1214 :    
1215 :     $color = $isprot ? qw( blue red green )[ $beg % 3 ] : 'grey';
1216 :    
1217 :     ( $min, $max, $symb, $color );
1218 :     }
1219 :    
1220 :    
1221 :     sub genes_in_region {
1222 :     my( $fig_or_sprout, $cgi, $genome, $contig, $min, $max ) = @_;
1223 :    
1224 :     if ( $cgi->param( 'SPROUT' ) )
1225 :     {
1226 :     my( $x, $feature_id );
1227 :     my( $feat, $min, $max ) = $fig_or_sprout->genes_in_region( $genome, $contig, $min, $max );
1228 :     my @tmp = sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or
1229 :     (($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]))
1230 :     }
1231 :     map { $feature_id = $_;
1232 :     $x = feature_locationS( $fig_or_sprout, $feature_id );
1233 :     $x ? [ $feature_id, boundaries_of( $fig_or_sprout, $x )] : ()
1234 :     }
1235 :     @$feat;
1236 :     return ( [map { $_->[0] } @tmp ], $min, $max );
1237 :     }
1238 :     else
1239 :     {
1240 :     return $fig_or_sprout->genes_in_region( $genome, $contig, $min, $max );
1241 :     }
1242 :     }
1243 :    
1244 :    
1245 :     sub feature_locationS {
1246 :     my ( $fig_or_sprout, $peg ) = @_;
1247 :     scalar $fig_or_sprout->feature_location( $peg );
1248 :     }
1249 :    
1250 :    
1251 :     sub boundaries_of {
1252 :     my( $fig_or_sprout, $loc ) = @_;
1253 :     $fig_or_sprout->boundaries_of( $loc );
1254 :     }
1255 :    
1256 :    
1257 :     sub function_ofS {
1258 :     my( $fig_or_sprout, $peg, $user ) = @_;
1259 :     scalar $fig_or_sprout->function_of( $peg, $user );
1260 :     }
1261 :    
1262 :    
1263 :     sub feature_aliasesL {
1264 :     my( $fig_or_sprout, $fid ) = @_;
1265 :     my @tmp = $fig_or_sprout->feature_aliases( $fid );
1266 :     @tmp
1267 :     }
1268 :    
1269 :    
1270 : overbeek 1.30 sub format_sims {
1271 :     my($fig,$cgi,$html,$sims) = @_;
1272 :     my($col_hdrs,$table,@ids,$ids,$sim,%seen);
1273 :    
1274 :     $col_hdrs = [ "Select up to here",
1275 :     "Similar sequence",
1276 :     "E-val",
1277 :     "Function",
1278 :     "Organism",
1279 :     "Aliases"
1280 :     ];
1281 :    
1282 :     $table = [];
1283 :     @ids = ();
1284 :     if (@$sims > 1000) { $#{$sims} = 999 }
1285 :     foreach $sim (@$sims)
1286 :     {
1287 :     if (! $seen{$sim->[1]})
1288 :     {
1289 :     push(@$table,[$cgi->checkbox(-name => 'list_to', -value => $sim->[1], -override => 1, -checked => 0, -label => ""),
1290 :     &HTML::fid_link($cgi,$sim->[1]),
1291 :     $sim->[10],
1292 :     scalar $fig->function_of($sim->[1]),
1293 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($sim->[1])),
1294 :     scalar $fig->feature_aliases($sim->[1])
1295 :     ]);
1296 :     push(@ids,$sim->[1]);
1297 :     }
1298 :     }
1299 :     $ids = join(",",@ids);
1300 :     my $target = "window$$";
1301 :     push(@$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
1302 :     -target => $target,
1303 :     -action => 'index.cgi'
1304 :     ),
1305 :     $cgi->hidden(-name => 'ids', -value => $ids),
1306 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$table,"Best Hits"),
1307 :     $cgi->submit('Extract Matched Sequences'),
1308 :     $cgi->end_form);
1309 :     }
1310 : overbeek 1.17
1311 : efrank 1.1 sub verify_db {
1312 :     my($db,$type) = @_;
1313 :    
1314 : overbeek 1.17 if ($type =~ /^p/i)
1315 : efrank 1.1 {
1316 :     if ((! -s "$db.psq") || (-M "$db.psq" > -M $db))
1317 :     {
1318 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p T -i $db";
1319 :     }
1320 :     }
1321 :     else
1322 :     {
1323 :     if ((! -s "$db.nsq") || (-M "$db.nsq" > -M $db))
1324 :     {
1325 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p F -i $db";
1326 :     }
1327 :     }
1328 :     }
1329 : overbeek 1.7
1330 :     sub export_assignments {
1331 :     my($fig,$cgi,$html,$who) = @_;
1332 :     my($genome,$x);
1333 :    
1334 :     my @genomes = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } $cgi->param('korgs');
1335 :    
1336 :     if (@genomes == 0)
1337 :     {
1338 :     @genomes = $fig->genomes;
1339 :     }
1340 :    
1341 : overbeek 1.10 my @assignments = $fig->assignments_made(\@genomes,$who,$cgi->param('after_date'));
1342 : overbeek 1.7 if (@assignments == 0)
1343 :     {
1344 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no assignments where made by $who"));
1345 :     }
1346 :     else
1347 :     {
1348 :     my $col_hdrs = ["FIG id", "External ID", "Genus/Species","Assignment"];
1349 :     my $tab = [];
1350 :     my($x,$peg,$func);
1351 :     foreach $x (@assignments)
1352 :     {
1353 : golsen 1.62 ( $peg, $func ) = @$x;
1354 :     push( @$tab,[ HTML::set_prot_links( $cgi, $peg ),
1355 :     HTML::set_prot_links( $cgi, ext_id( $fig, $peg ) ),
1356 :     $fig->genus_species($fig->genome_of($peg)),
1357 :     $func
1358 :     ] );
1359 : overbeek 1.7 }
1360 : overbeek 1.11
1361 :     if ($cgi->param('save_assignments'))
1362 :     {
1363 : overbeek 1.15 my $user = $cgi->param('save_user');
1364 : overbeek 1.13 if ($user)
1365 :     {
1366 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1367 : overbeek 1.15 my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:exported_from_local_SEED";
1368 : overbeek 1.13 if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1369 :     {
1370 :     print TMP join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } map { [$_->[0],$_->[3]] } @$tab);
1371 :     close(TMP);
1372 :     }
1373 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
1374 :     }
1375 :     else
1376 : overbeek 1.11 {
1377 : overbeek 1.13 push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
1378 : overbeek 1.11 }
1379 :     }
1380 : overbeek 1.13
1381 : overbeek 1.7 if ($cgi->param('tabs'))
1382 :     {
1383 :     print $cgi->header;
1384 :     print "<pre>\n";
1385 :     print join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } @$tab);
1386 :     print "</pre>\n";
1387 :     exit;
1388 :     }
1389 :     else
1390 :     {
1391 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Assignments Made by $who"));
1392 :     }
1393 :     }
1394 :     }
1395 :    
1396 :     sub ext_id {
1397 :     my($fig,$peg) = @_;
1398 :    
1399 :     my @mapped = grep { $_ !~ /^fig/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
1400 :     if (@mapped == 0)
1401 :     {
1402 :     return $peg;
1403 :     }
1404 :    
1405 :     my @tmp = ();
1406 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^sp/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1407 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^pir/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1408 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^gi/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1409 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tr/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1410 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tn/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1411 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^kegg/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1412 :    
1413 :     return $peg;
1414 :     }
1415 :    
1416 : overbeek 1.28 sub translate_assignments {
1417 :     my($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func) = @_;
1418 :    
1419 : overbeek 1.56 my @funcs = grep { $_ =~ /^\S.*\S$/ } split(/[\012\015]+/,$from_func);
1420 :    
1421 : overbeek 1.28 my $user = $cgi->param('save_user');
1422 :     if ($user)
1423 :     {
1424 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1425 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$user:translation";
1426 :     if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1427 :     {
1428 : overbeek 1.55 my($peg,$func);
1429 : overbeek 1.28
1430 : overbeek 1.56 foreach $from_func (@funcs)
1431 : overbeek 1.28 {
1432 : overbeek 1.57 my $from_funcQ = quotemeta $from_func;
1433 :    
1434 : overbeek 1.56 foreach $peg ($fig->seqs_with_role($from_func))
1435 : overbeek 1.28 {
1436 : overbeek 1.56 if ($peg =~ /^fig\|/)
1437 : overbeek 1.28 {
1438 : overbeek 1.56 $func = $fig->function_of($peg);
1439 :     if ($func eq $from_func)
1440 :     {
1441 :     print TMP "$peg\t$to_func\n";
1442 :     }
1443 : overbeek 1.73 else
1444 : overbeek 1.57 {
1445 : overbeek 1.73 my @pieces = grep { $_ } split(/(\s+[\/@]\s+)|(\s*;\s+)/,$func);
1446 :     if (@pieces > 1)
1447 :     {
1448 :     my $func1 = join("",map { $_ =~ s/^$from_funcQ$/$to_func/; $_ } @pieces);
1449 :     if ($func ne $func1)
1450 :     {
1451 :     print TMP "$peg\t$func1\n";
1452 :     }
1453 :     }
1454 : overbeek 1.57 }
1455 : overbeek 1.28 }
1456 :     }
1457 :     }
1458 :     close(TMP);
1459 :     }
1460 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
1461 :     }
1462 :     else
1463 :     {
1464 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
1465 :     }
1466 :     }

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