[Bio] / FigWebServices / index.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/index.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.69 - (view) (download)

1 : overbeek 1.49 ### start
2 :    
3 : efrank 1.1 use FIG;
4 :    
5 : golsen 1.65 use strict;
6 :    
7 :     use FIGjs qw( toolTipScript );
8 :     use GenoGraphics qw( render );
9 :     use IPC::Open2 qw( open2 );
10 :    
11 : olson 1.36 use POSIX;
12 : efrank 1.1 use HTML;
13 : golsen 1.65
14 : efrank 1.1 use CGI;
15 :     my $cgi = new CGI;
16 :    
17 : olson 1.54 my $fig;
18 :     eval {
19 :     $fig = new FIG;
20 :     };
21 :    
22 :     if ($@ ne "")
23 :     {
24 :     my $err = $@;
25 :    
26 :     my(@html);
27 :    
28 :     push(@html, $cgi->p("Error connecting to SEED database."));
29 :     if ($err =~ /Could not connect to DBI:.*could not connect to server/)
30 :     {
31 :     push(@html, $cgi->p("Could not connect to relational database of type $FIG_Config::dbms named $FIG_Config::db on port $FIG_Config::dbport."));
32 :     }
33 :     else
34 :     {
35 :     push(@html, $cgi->pre($err));
36 :     }
37 :     &HTML::show_page($cgi, \@html, 1);
38 :     exit;
39 :     }
40 :    
41 : overbeek 1.28 my($map,@orgs,$user,$map,$org,$made_by,$from_func,$to_func);
42 : efrank 1.1
43 :     if (0)
44 :     {
45 : overbeek 1.50 my $VAR1;
46 :     eval(join("",`cat /tmp/index_parms`));
47 :     $cgi = $VAR1;
48 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
49 :     }
50 :    
51 :     if (0)
52 :     {
53 : efrank 1.1 print $cgi->header;
54 :     my @params = $cgi->param;
55 :     print "<pre>\n";
56 :     foreach $_ (@params)
57 :     {
58 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
59 :     }
60 : overbeek 1.50
61 :     if (0)
62 : efrank 1.1 {
63 : overbeek 1.50 if (open(TMP,">/tmp/index_parms"))
64 :     {
65 :     print TMP &Dumper($cgi);
66 :     close(TMP);
67 :     }
68 : efrank 1.1 }
69 :     exit;
70 :     }
71 :    
72 :     $ENV{"PATH"} = "$FIG_Config::bin:$FIG_Config::ext_bin:" . $ENV{"PATH"};
73 :    
74 :     my $html = [];
75 : golsen 1.23
76 : efrank 1.5
77 : overbeek 1.51 my($pattern,$seq_pat,$tool,$ids,$subsearch);
78 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
79 :     if (! $user) { $user = "" }
80 :    
81 : overbeek 1.28 if ($cgi->param('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'))
82 : efrank 1.1 {
83 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Phylogenetic Signatures</TITLE>\n";
84 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
85 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user";
86 :     my @out = `./sigs.cgi`;
87 : overbeek 1.49 print @out;
88 :     exit;
89 :     }
90 :     #-----------------------------------------------------------------------
91 :     # Statistics for a single organism
92 :     #-----------------------------------------------------------------------
93 :     elsif ($cgi->param('statistics'))
94 :     {
95 :     @orgs = $cgi->param('korgs');
96 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
97 :     if (@orgs != 1)
98 :     {
99 :     push(@$html,$cgi->h1('Please select a single organism to get statistcs'));
100 :     }
101 :     else
102 :     {
103 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
104 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&genome=$orgs[0]";
105 : overbeek 1.50 my @out = `./genome_statistics.cgi`;
106 : overbeek 1.49 print @out;
107 :     exit;
108 :     }
109 : efrank 1.1 }
110 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
111 : overbeek 1.51 # Locate PEGs in Subsystems
112 :     #-----------------------------------------------------------------------
113 :     elsif ($cgi->param('Find PEGs') && ($subsearch = $cgi->param('subsearch')))
114 :     {
115 :     my $genome = $cgi->param('genome');
116 :     my (@pegs,$peg);
117 : overbeek 1.52
118 :     my @poss = $fig->by_alias($subsearch);
119 :     if (@poss > 0) { $subsearch = $poss[0] }
120 :    
121 : overbeek 1.51 if ($subsearch =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/)
122 :     {
123 :     # handle searching for homologs that occur in subsystems
124 :     $peg = $1;
125 :     @pegs = ($peg);
126 :     push(@pegs,map { $_->id2 } $fig->sims( $peg, 500, 1.0e-10, "fig"));
127 :     if ($genome)
128 :     {
129 :     my $genomeQ = quotemeta $genome;
130 :     @pegs = grep { $_ =~ /^fig\|$genomeQ/ } @pegs;
131 :     }
132 :     }
133 :     else
134 :     {
135 :     # handle searching for PEGs with functional role in subsystems
136 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($subsearch,"master",$genome);
137 :     }
138 :    
139 :     print $cgi->header;
140 :     if (@pegs == 0)
141 :     {
142 :     print $cgi->h1("Sorry, could not even find PEGs to check");
143 :     }
144 :     else
145 :     {
146 :     my(@pairs,$pair,@sub);
147 :     @pairs = map { $peg = $_;
148 :     @sub = $fig->peg_to_subsystems($peg);
149 :     map { [$peg,$_] } @sub } @pegs;
150 :     if (@pairs == 0)
151 :     {
152 :     print $cgi->h1("Sorry, could not map any PEGs to subsystems");
153 :     }
154 :     else
155 :     {
156 : overbeek 1.52 my($uni,$uni_func);
157 :     my $col_hdrs = ["PEG","Genome","Function","UniProt","UniProt Function","Subsystem"];
158 :     my $tab = [ map { $pair = $_; $uni = $fig->to_alias($pair->[0],"uni");
159 :     ($uni,$uni_func) = $uni ? (&HTML::uni_link($cgi,$uni),scalar $fig->function_of($uni)) : ("","");
160 : overbeek 1.51 [&HTML::fid_link($cgi,$pair->[0]),
161 :     $fig->org_of($pair->[0]),
162 : overbeek 1.52 scalar $fig->function_of($pair->[0]),
163 :     $uni,$uni_func,
164 : overbeek 1.51 &HTML::sub_link($cgi,$pair->[1])] } @pairs];
165 :     print &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"PEGs that Occur in Subsystems");
166 :     }
167 :     }
168 :     exit;
169 :     }
170 :     #-----------------------------------------------------------------------
171 : overbeek 1.31 # Align Sequences
172 :     #-----------------------------------------------------------------------
173 :     elsif ($cgi->param('Align Sequences'))
174 :     {
175 :     my $seqs = $cgi->param('seqids');
176 :     $seqs =~ s/^\s+//;
177 :     $seqs =~ s/\s+$//;
178 :     my @seq_ids = split(/[ \t,;]+/,$seqs);
179 :     if (@seq_ids < 2)
180 :     {
181 :     print $cgi->header;
182 :     print $cgi->h1("Sorry, you need to specify at least two sequence IDs");
183 :     }
184 :     else
185 :     {
186 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
187 :     $_ = join('&checked=',@seq_ids);
188 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&align=1&checked=" . $_;
189 :     my @out = `./fid_checked.cgi`;
190 :     print join("",@out);
191 :     }
192 :     exit;
193 :     }
194 :     #-----------------------------------------------------------------------
195 : overbeek 1.17 # Search (text) || Find Genes in Org that Might Play the Role
196 :     #-----------------------------------------------------------------------
197 : golsen 1.59 elsif ( ( $pattern = $cgi->param('pattern') )
198 :     && ( $cgi->param('Search')
199 :     || $cgi->param('Search genome selected below')
200 : redwards 1.63 || $cgi->param('Search Selected Organisms')
201 : golsen 1.59 || $cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role')
202 :     )
203 :     )
204 : efrank 1.1 {
205 : overbeek 1.17 # Remove leading and trailing spaces from pattern -- GJO:
206 :     $pattern =~ s/^\s+//;
207 :     $pattern =~ s/\s+$//;
208 : efrank 1.1 if ($cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role') &&
209 :     (@orgs = $cgi->param('korgs')) && (@orgs == 1))
210 :     {
211 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Genes in that Might Play Specific Role</TITLE>\n";
212 : efrank 1.1 @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
213 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
214 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&request=find_in_org&role=$pattern&org=$orgs[0]";
215 :     my @out = `./pom.cgi`;
216 :     print join("",@out);
217 :     exit;
218 :     }
219 :     else
220 :     {
221 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Search Results</TITLE>\n";
222 : golsen 1.22 &show_indexed_objects($fig, $cgi, $html, $pattern);
223 : efrank 1.1 }
224 :     }
225 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
226 :     # Metabolic Overview
227 :     #-----------------------------------------------------------------------
228 : efrank 1.1 elsif (($map = $cgi->param('kmap')) && $cgi->param('Metabolic Overview'))
229 :     {
230 : olson 1.38 if ($map =~ /\(([^)]*)\)$/)
231 :     {
232 :     $map = $1;
233 :     }
234 :     else
235 :     {
236 : golsen 1.44 # ??? Gary ???
237 : olson 1.38 }
238 :    
239 :     #$map =~ s/^.*\((MAP\d+)\).*$/$1/;
240 : efrank 1.1 @orgs = $cgi->param('korgs');
241 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
242 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
243 :     if (@orgs > 0)
244 :     {
245 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$orgs[0]";
246 :     }
247 :     else
248 :     {
249 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map";
250 :     }
251 :    
252 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Metabolic Overview</TITLE>\n";
253 : olson 1.38 my @out = `./show_map.cgi`;
254 : efrank 1.1 &HTML::trim_output(\@out);
255 : golsen 1.23 push( @$html, "<br>\n", @out );
256 : efrank 1.1 }
257 : overbeek 1.17
258 :     #-----------------------------------------------------------------------
259 :     # Search for Matches (sequence or pattern)
260 :     #-----------------------------------------------------------------------
261 : efrank 1.1 elsif (($seq_pat = $cgi->param('seq_pat')) &&
262 :     ($tool = $cgi->param('Tool')) &&
263 :     $cgi->param('Search for Matches'))
264 :     {
265 : overbeek 1.30 @orgs = $cgi->param('korgs');
266 :     if (@orgs > 0)
267 :     {
268 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
269 :     }
270 :     else
271 :     {
272 :     @orgs = ("");
273 :     }
274 :    
275 : efrank 1.1 if ($tool =~ /blast/)
276 :     {
277 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: BLAST Search Results</TITLE>\n";
278 : efrank 1.1 &run_blast($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$tool,$seq_pat);
279 :     }
280 :     elsif ($tool =~ /Protein scan_for_matches/)
281 :     {
282 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Pattern Match Results</TITLE>\n";
283 : efrank 1.1 &run_prot_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
284 :     }
285 :     elsif ($tool =~ /DNA scan_for_matches/)
286 :     {
287 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Pattern Match Results</TITLE>\n";
288 : efrank 1.1 &run_dna_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
289 :     }
290 :     }
291 : overbeek 1.7 elsif (($made_by = $cgi->param('made_by')) && $cgi->param('Extract Assignments'))
292 :     {
293 :     &export_assignments($fig,$cgi,$html,$made_by);
294 :     }
295 : overbeek 1.28 elsif ($cgi->param('Generate Assignments via Translation') &&
296 :     ($from_func = $cgi->param('from_func')) &&
297 :     ($to_func = $cgi->param('to_func')))
298 :     {
299 :     &translate_assignments($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func);
300 :     }
301 : overbeek 1.30 elsif ($cgi->param('Extract Matched Sequences') && ($ids = $cgi->param('ids')))
302 :     {
303 :     my @ids = split(/,/,$ids);
304 :     my($list_to,$i);
305 :     if ($list_to = $cgi->param('list_to'))
306 :     {
307 :     for ($i=0; ($i < @ids) && ($ids[$i] ne $list_to); $i++) {}
308 :     if ($i < @ids)
309 :     {
310 :     $#ids = $i;
311 :     }
312 :     }
313 :    
314 :     my($id,$seq,$i,$func);
315 :     push(@$html,$cgi->pre);
316 :    
317 :     foreach $id (@ids)
318 :     {
319 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
320 :     {
321 :     $func = $fig->function_of($id);
322 :     push(@$html,">$id $func\n");
323 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
324 :     {
325 :     if ($i > (length($seq) - 60))
326 :     {
327 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
328 :     }
329 :     else
330 :     {
331 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
332 :     }
333 :     }
334 :     }
335 :     }
336 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
337 :     }
338 : overbeek 1.17
339 :     #-----------------------------------------------------------------------
340 :     # Initial search page
341 :     #-----------------------------------------------------------------------
342 : efrank 1.1 else
343 :     {
344 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Entry Page</TITLE>\n";
345 : efrank 1.1 &show_initial($fig,$cgi,$html);
346 :     }
347 :     &HTML::show_page($cgi,$html,1);
348 : overbeek 1.49 exit;
349 : efrank 1.1
350 : overbeek 1.17
351 :     #==============================================================================
352 :     # Initial page (alias search)
353 :     #==============================================================================
354 :    
355 : efrank 1.1 sub show_initial {
356 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
357 :     my($map,$name,$olrg,$gs);
358 :    
359 : golsen 1.47 my( $a, $b, $e, $v, $env ) = $fig->genome_counts;
360 :     push(@$html,$cgi->h2("Contains $a archaeal, $b bacterial, $e eukaryal, $v viral and $env environmental genomes"));
361 :     my( $a, $b, $e ) = $fig->genome_counts("complete");
362 :     push(@$html,$cgi->h2("Of these, $a archaeal, $b bacterial and $e eukaryal genomes are more-or-less complete"),$cgi->hr);
363 : efrank 1.1
364 :     push(@$html,
365 : olson 1.42 $cgi->h2('Work on Subsystems'),
366 : overbeek 1.46
367 : golsen 1.69 # $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi"),
368 :     # "Enter user: ",
369 :     # $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
370 :     # $cgi->submit('Work on Subsystems'),
371 :     # $cgi->end_form,
372 :    
373 :     # $cgi->h2('Work on Subsystems Using New, Experimental Code'),
374 :     "This is the <i>new</i> subsystems code, and is now officially released.",
375 : overbeek 1.46 $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi"),
376 :     "Enter user: ",
377 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
378 :     $cgi->submit('Work on Subsystems'),
379 :     $cgi->end_form,
380 : olson 1.42 $cgi->hr,
381 :     );
382 :    
383 :     push(@$html,
384 : efrank 1.1 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
385 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Genes or Functional Roles Using Text'),
386 : overbeek 1.17 "<table><tr>",
387 :     "<td>Search Pattern: </td><td>",
388 :     $cgi->textfield(-name => "pattern", -size => 65),
389 :     "</td></tr><tr>",
390 :     "<td>User ID:</td><td>",
391 : efrank 1.1 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
392 : overbeek 1.17 " [optional] ",
393 :     "&nbsp; &nbsp; Max Genes: ",
394 :     $cgi->textfield(-name => "maxpeg", -size => 6, -value => 100),
395 :     "&nbsp; &nbsp; Max Roles: ",
396 :     $cgi->textfield(-name => "maxrole", -size => 6, -value => 100),
397 :     "</td></td></table>",
398 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search'),
399 : golsen 1.59 $cgi->submit('Search genome selected below'),
400 : golsen 1.47 $cgi->reset('Clear'),
401 :     $cgi->hr);
402 : olson 1.41
403 : golsen 1.47 my @display = ( 'All', 'Archaea', 'Bacteria', 'Eucarya', 'Viruses', 'Environmental samples' );
404 :    
405 :     #
406 :     # Canonical names must match the keywords used in the DBMS. They are
407 :     # defined in compute_genome_counts.pl
408 :     #
409 :     my %canonical = (
410 :     'All' => undef,
411 :     'Archaea' => 'Archaea',
412 :     'Bacteria' => 'Bacteria',
413 :     'Eucarya' => 'Eukaryota',
414 :     'Viruses' => 'Virus',
415 :     'Environmental samples' => 'Environmental Sample'
416 :     );
417 :    
418 :     my $req_dom = $cgi->param( 'domain' ) || 'All';
419 :     my @domains = $cgi->radio_group( -name => 'domain',
420 :     -default => $req_dom,
421 :     -override => 1,
422 :     -values => [ @display ]
423 :     );
424 :    
425 :     my $n_domain = 0;
426 :     my %dom_num = map { ( $_, $n_domain++ ) } @display;
427 :     my $req_dom_num = $dom_num{ $req_dom } || 0;
428 :    
429 :     #
430 :     # Viruses and Environmental samples must have completeness = All (that is
431 :     # how they are in the database). Otherwise, default is Only "complete".
432 :     #
433 :     my $req_comp = ( $req_dom_num > $dom_num{ 'Eucarya' } ) ? 'All'
434 :     : $cgi->param( 'complete' ) || 'Only "complete"';
435 :     my @complete = $cgi->radio_group( -name => 'complete',
436 :     -default => $req_comp,
437 :     -override => 1,
438 :     -values => [ 'All', 'Only "complete"' ]
439 :     );
440 :     #
441 :     # Use $fig->genomes( complete, restricted, domain ) to get org list:
442 :     #
443 :     my $complete = ( $req_comp =~ /^all$/i ) ? undef : "complete";
444 : redwards 1.48
445 :     my @orgs = sort map { $org = $_; my $gs = $fig->genus_species($org); my $gc=scalar $fig->all_contigs($org); "$gs ($org) [$gc contigs]" }
446 : golsen 1.47 $fig->genomes( $complete, undef, $canonical{ $req_dom } );
447 :    
448 :     my $n_genomes = @orgs;
449 :    
450 : golsen 1.59 push( @$html, $cgi->h2('If You Need to Pick a Genome for Options Below'),
451 : golsen 1.47 "<TABLE>\n",
452 :     " <TR>\n",
453 :     " <TD>",
454 :     $cgi->scrolling_list( -name => 'korgs',
455 :     -values => [ @orgs ],
456 : redwards 1.63 -size => 10,
457 : golsen 1.60 ), $cgi->br,
458 : golsen 1.47 "$n_genomes genomes shown ",
459 : golsen 1.60 $cgi->submit( 'Update List' ), $cgi->reset, $cgi->br,
460 :     "Show some ", $cgi->submit('statistics')," of the selected genome",
461 :     " </TD>",
462 : golsen 1.47 " <TD>",
463 :     join( "<br>", "<b>Domain(s) to show:</b>", @domains), "<br>\n",
464 :     join( "<br>", "<b>Completeness?</b>", @complete), "\n",
465 :     "</TD>",
466 :     " </TR>\n",
467 :     "</TABLE>\n",
468 : golsen 1.60 $cgi->hr
469 :     );
470 : overbeek 1.49
471 : golsen 1.47 push( @$html, $cgi->h2('Finding Candidates for a Functional Role'),
472 : efrank 1.1 "Make sure that you type the functional role you want to search for in the Search Pattern above",
473 :     $cgi->br,
474 :     $cgi->submit('Find Genes in Org that Might Play the Role'),
475 : golsen 1.47 $cgi->hr);
476 : overbeek 1.17
477 : golsen 1.60 my @maps = sort map { $map = $_; $name = $fig->map_name($map); "$name ($map)" } $fig->all_maps;
478 :    
479 : golsen 1.47 push( @$html, $cgi->h2('Metabolic Overviews and Subsystem Maps (via KEGG & SEED) - Choose Map'),
480 : efrank 1.1 $cgi->submit('Metabolic Overview'),
481 :     $cgi->br,
482 :     $cgi->br,
483 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'kmap',
484 :     -values => [@maps],
485 :     -size => 10
486 :     ),
487 : golsen 1.47 $cgi->hr);
488 : overbeek 1.17
489 : golsen 1.47 push( @$html, $cgi->h2('Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)'),
490 : golsen 1.29 "<TABLE>\n",
491 :     " <TR>\n",
492 :     " <TD>Sequence/Pattern: </TD>",
493 : golsen 1.45 " <TD Colspan=3>", $cgi->textarea(-name => 'seq_pat', -rows => 10, -cols => 70), "</TD>\n",
494 : golsen 1.29 " </TR>\n",
495 :     " <TR>\n",
496 :     " <TD>Search Program: </TD>",
497 : golsen 1.45 " <TD>", $cgi->popup_menu(-name => 'Tool', -values => ['blastp', 'blastx', 'blastn', 'tblastn', 'blastp against complete genomes', 'Protein scan_for_matches', 'DNA scan_for_matches'], -default => 'blastp'), " </TD>",
498 :     " <TD> Program Options:</TD>",
499 :     " <TD>", $cgi->textfield( -name => "blast_options", -size => 27 ), "</TD>",
500 : golsen 1.29 " </TR>\n",
501 :     "</TABLE>\n",
502 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search for Matches'),
503 : olson 1.41 $cgi->hr);
504 : overbeek 1.17
505 : olson 1.41 #
506 :     # Make assignment export tbl.
507 :     #
508 :    
509 :     my @atbl;
510 : golsen 1.64 push(@atbl, [ "Extract assignments made by ",
511 :     $cgi->textfield(-name => "made_by", -size => 25) . " (do not prefix with <b>master:</b>)" ]);
512 :     push(@atbl, [ "Save as user: ",
513 :     $cgi->textfield(-name => "save_user", -size => 25) . " (do not prefix with <b>master:</b>)" ] );
514 :     push(@atbl, [ "After date (MM/DD/YYYY) ",
515 :     $cgi->textfield(-name => "after_date", -size => 15)]);
516 : olson 1.41
517 :     push(@$html,
518 :     $cgi->h2('Exporting Assignments'),
519 :     &HTML::make_table(undef, \@atbl, '', border => 0),
520 : golsen 1.64 $cgi->checkbox(-label => 'Tab-delimited Spreadsheet', -name => 'tabs', -value => 1),
521 : overbeek 1.11 $cgi->br,
522 : golsen 1.64 $cgi->checkbox(-label => 'Save Assignments', -name => 'save_assignments', -value => 1),
523 : overbeek 1.7 $cgi->br,
524 :     $cgi->submit('Extract Assignments'),
525 : overbeek 1.55 $cgi->br, $cgi->br, $cgi->br,
526 :     "Alternatively, you can generate a set of assignments as translations of existing assignments. ",
527 :     "To do so, you need to make sure that you fill in the <b>Save as user</b> field just above. You ",
528 :     "should use something like <b>RossO</b> (leave out the <b>master:</b>). When you look at the assignments (and decide which ",
529 :     "to actually install), they will be made available under that name (but, when you access them, ",
530 :     "you will normally be using something like <b>master:RossO</b>)",
531 :     $cgi->br,$cgi->br,
532 : overbeek 1.56 "From: ",
533 : overbeek 1.61 $cgi->textarea(-name => 'from_func', -rows => 4, -cols => 100),
534 : overbeek 1.56 $cgi->br,$cgi->br,
535 : overbeek 1.61 "To:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ",$cgi->textfield(-name => "to_func", -size => 100),
536 : overbeek 1.28 $cgi->br,
537 : redwards 1.66 $cgi->a({class=>"help", target=>"help", href=>"/FIG/Html/seedtips.html#replace_names"}, "Help with generate assignments via translation"),
538 : overbeek 1.28 $cgi->submit('Generate Assignments via Translation'),
539 : overbeek 1.7 $cgi->hr,
540 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Interesting Genes'),
541 : overbeek 1.28 $cgi->submit('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'),
542 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
543 : overbeek 1.14 );
544 :    
545 :     push(@$html,
546 :     $cgi->hr,
547 : olson 1.41 $cgi->h2('Process Saved Assignments Sets'),
548 : overbeek 1.14 $cgi->start_form(-action => "assignments.cgi"),
549 : overbeek 1.55 "Here you should include the <b>master:</b>. Thus use something like <b>master:RossO</b>",$cgi->br,
550 :     $cgi->br,
551 : overbeek 1.19 "Enter user: ",
552 : overbeek 1.14 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
553 :     $cgi->submit('Process Assignment Sets'),
554 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
555 : efrank 1.1 );
556 :    
557 : overbeek 1.19 push(@$html,
558 :     $cgi->hr,
559 : olson 1.41 $cgi->h2('Align Sequences'),
560 : overbeek 1.31 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
561 :     "Enter user: ",
562 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20), $cgi->br,
563 :     $cgi->submit('Align Sequences'),": ",
564 :     $cgi->textfield(-name => "seqids", -size => 100),
565 :     $cgi->end_form
566 :     );
567 : overbeek 1.51
568 :     push(@$html,
569 :     $cgi->hr,
570 :     $cgi->h2('Locate PEGs in Subsystems'),
571 : golsen 1.64 "If you wish to locate PEGs in subsystems, you have two approaches supported. You can
572 : overbeek 1.56 give a FIG id, and you will get a list of all homologs in the designated genome that occur in subsystems.
573 :     Alternatively, you can specify a functional role, and all PEGs in the genome that match that role will be shown.",
574 : overbeek 1.51 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
575 :     "Enter user: ",
576 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20), $cgi->br,
577 :     $cgi->br,"Genome: ",$cgi->textfield(-name => "genome", -size => 15),$cgi->br,
578 : overbeek 1.52 "Search: ",$cgi->textfield(-name => "subsearch", -size => 100),$cgi->br,
579 : overbeek 1.51 $cgi->submit('Find PEGs'),": ",
580 :     $cgi->end_form
581 :     );
582 : efrank 1.1 }
583 :    
584 : overbeek 1.17
585 :     #==============================================================================
586 :     # Indexed objects (text search)
587 :     #==============================================================================
588 :    
589 : efrank 1.1 sub show_indexed_objects {
590 : golsen 1.22 my($fig, $cgi, $html, $pattern) = @_;
591 :     my($msg, $i);
592 : efrank 1.1
593 :     if ($pattern =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
594 :     {
595 :     my $peg = $1;
596 :     my $user = $cgi->param('user');
597 :     $user = $user ? $user : "";
598 :     $ENV{'REQUEST_METHOD'} = "GET";
599 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "prot=$peg\&user=$user";
600 :     $ENV{"REQUEST_URI"} =~ s/index.cgi/protein.cgi/;
601 :     my @prot_out = `./protein.cgi`;
602 : overbeek 1.35 print @prot_out;
603 :     exit;
604 : efrank 1.1 }
605 :    
606 : overbeek 1.17 push( @$html, $cgi->br );
607 :     my( $peg_index_data, $role_index_data ) = $fig->search_index($pattern);
608 :     my $maxpeg = defined( $cgi->param("maxpeg") ) ? $cgi->param("maxpeg") : 100;
609 :     my $maxrole = defined( $cgi->param("maxrole") ) ? $cgi->param("maxrole") : 100;
610 :    
611 : redwards 1.53 # RAE added lines to allow searching within a single organism
612 : golsen 1.59 # if ($cgi->param('korgs'))
613 :     # {
614 :     # $cgi->param('korgs') =~ /\((\d+\.*\d*)\)/;
615 :     # $org=$1; # this should be undef if korgs is not defined
616 :    
617 :     # push (@$html, $cgi->br, "Matches found in ",$cgi->param('korgs'), $cgi->p);
618 :     # my @clean_data; my @clean_index;
619 :     # while (@$peg_index_data)
620 :     # {
621 :     # my ($data, $index)=(shift @$peg_index_data, shift @$role_index_data);
622 :     # next unless (${$data}[0] =~ /^fig\|$org\.peg/);
623 :     # push @clean_data, $data;
624 :     # push @clean_index, $index;
625 :     # }
626 :    
627 :     # @$peg_index_data=@clean_data;
628 :     # @$role_index_data=@clean_index;
629 :     # }
630 :     ## End of added lines
631 : redwards 1.53
632 : redwards 1.63 # RAE version with separate submit buttons and more than one org in korg
633 :     # this is used by organisms.cgi for group specific searches
634 :     if ( $cgi->param('korgs') && $cgi->param('Search Selected Organisms')
635 :     )
636 :     {
637 :     my @temp;
638 :     foreach my $org ($cgi->param('korgs'))
639 :     {
640 :     push @temp, grep { $_->[0] =~ /^fig\|$org/ } @$peg_index_data;
641 :     }
642 :     @$peg_index_data = @temp;
643 :     }
644 :    
645 : golsen 1.59 # GJO version with separate submit buttons
646 : redwards 1.53
647 : golsen 1.59 if ( $cgi->param('korgs') && $cgi->param('korgs') =~ /\((\d+\.*\d*)\)/
648 :     && $cgi->param('Search genome selected below')
649 :     )
650 :     {
651 :     my $org = $1;
652 :     push @$html, $cgi->br, "Matches found in ",$cgi->param('korgs'), $cgi->p;
653 :     @$peg_index_data = grep { $_->[0] =~ /^fig\|$org\.peg/ } @$peg_index_data;
654 : redwards 1.53 }
655 :    
656 : golsen 1.59 if ( ( $maxpeg > 0 ) && @$peg_index_data )
657 : overbeek 1.17 {
658 : golsen 1.67 # RAE: Added javascript buttons see below. Only two things are needed.
659 :     # The form must have a name parameter, and the one line of code for the
660 :     # buttons. Everything else is automatic
661 : overbeek 1.17
662 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
663 :     -target => "window$$",
664 : redwards 1.63 -action => 'fid_checked.cgi',
665 : golsen 1.68 -name => 'found_pegs'
666 : overbeek 1.17 ),
667 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
668 : golsen 1.21 "For Selected (checked) sequences: ",
669 : overbeek 1.17 $cgi->submit('get sequences'),
670 :     $cgi->submit('view annotations'),
671 : overbeek 1.33 $cgi->submit('assign/annotate'),
672 : golsen 1.68 $cgi->param('SPROUT') ? () : $cgi->submit('view similarities'),
673 : overbeek 1.17 $cgi->br, $cgi->br
674 :     );
675 : efrank 1.1
676 : redwards 1.63 # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
677 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("found_pegs", "checked"), $cgi->br);
678 :    
679 : overbeek 1.17 my $n = @$peg_index_data;
680 :     if ($n > $maxpeg)
681 :     {
682 : golsen 1.59 $msg = "Showing first $maxpeg out of $n protein genes";
683 : overbeek 1.17 $#{$peg_index_data} = $maxpeg-1;
684 :     }
685 :     else
686 :     {
687 :     $msg = "Showing $n PEGs";
688 :     }
689 : efrank 1.1
690 : overbeek 1.17 my $col_hdrs = ["Sel","PEG","Organism","Aliases","Function","Who"];
691 : golsen 1.67 my $tab = [ map { format_peg_entry( $fig, $cgi, $_ ) } @$peg_index_data ];
692 : overbeek 1.17 push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg),
693 :     $cgi->br,
694 :     "For SELECTed (checked) sequences: ",
695 :     $cgi->submit('get sequences'),
696 :     $cgi->submit('view annotations'),
697 : golsen 1.68 $cgi->submit('assign/annotate'),
698 :     $cgi->param('SPROUT') ? () : $cgi->submit('view similarities'),
699 : overbeek 1.17 $cgi->br,
700 :     $cgi->end_form
701 :     );
702 : efrank 1.1 }
703 : golsen 1.59 elsif ( $maxpeg > 0 )
704 :     {
705 :     push @$html, $cgi->h3('No matching protein genes');
706 :     }
707 : overbeek 1.17
708 : golsen 1.59 if ( ( $maxrole > 0 ) && @$role_index_data )
709 : efrank 1.1 {
710 : overbeek 1.17 my $n = @$role_index_data;
711 :     if ($n > $maxrole)
712 :     {
713 : golsen 1.59 $msg = "Showing first $maxrole out of $n Roles";
714 : overbeek 1.17 $#{$role_index_data} = $maxrole - 1;
715 :     }
716 :     else
717 :     {
718 :     $msg = "Showing $n Roles";
719 :     }
720 :    
721 :     if ( $maxpeg > 0 ) { push( @$html, $cgi->hr ) }
722 :     my $col_hdrs = ["Role"];
723 :     my $tab = [ map { &format_role_entry($fig,$cgi,$_) } @$role_index_data ];
724 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg) );
725 : efrank 1.1 }
726 : golsen 1.59 elsif ( $maxrole > 0 )
727 :     {
728 :     push @$html, $cgi->h3('No matching roles');
729 :     }
730 : efrank 1.1 }
731 :    
732 : golsen 1.59
733 : efrank 1.1 sub format_peg_entry {
734 : golsen 1.67 my( $fig, $cgi, $entry ) = @_;
735 : efrank 1.1 my($i,$function,$who);
736 :    
737 :     my($peg,$gs,$aliases,@funcs) = @$entry;
738 : overbeek 1.17
739 : golsen 1.21 $gs =~ s/\s+\d+$//; # Org name comes with taxon_id appended (why?) -- GJO
740 : efrank 1.1
741 :     @funcs = map { $_ =~ s/^function:\s*//; $_ } @funcs;
742 :    
743 :     if ($aliases)
744 :     {
745 :     $aliases =~ s/^aliases://;
746 :     }
747 :     else
748 :     {
749 :     $aliases = "";
750 :     }
751 :    
752 : golsen 1.21 my $user = $cgi->param('user');
753 :     $user = $user ? $user : "";
754 :    
755 : efrank 1.1 if ($user)
756 :     {
757 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#$user/); $i++) {}
758 :     if ($i < @funcs)
759 :     {
760 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
761 :     }
762 :     }
763 : golsen 1.21
764 : efrank 1.1 if (! $function)
765 :     {
766 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#master/); $i++) {}
767 :     if ($i < @funcs)
768 :     {
769 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
770 :     }
771 :     }
772 :    
773 :     if ((! $function) && (@funcs > 0))
774 :     {
775 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[0]);
776 :     }
777 : golsen 1.67 my $box = "<input type=checkbox name=checked value=\"$peg\">";
778 : overbeek 1.17 return [ $box, &HTML::fid_link($cgi,$peg), $gs, $aliases, $function, $who ];
779 : efrank 1.1 }
780 :    
781 :     sub format_role_entry {
782 :     my($fig,$cgi,$entry) = @_;
783 :    
784 :     return [&HTML::role_link($cgi,$entry)];
785 :     }
786 :    
787 :     sub run_prot_scan_for_matches {
788 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
789 :     my($string,$peg,$beg,$end,$user,$col_hdrs,$tab,$i);
790 :    
791 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
792 :     open(PAT,">$tmp_pat")
793 :     || die "could not open $tmp_pat";
794 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
795 :     print PAT "$pat\n";
796 :     close(PAT);
797 :     my @out = `$FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -p $tmp_pat < $FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta`;
798 :     if (@out < 1)
799 :     {
800 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
801 :     }
802 :     else
803 :     {
804 :     if (@out > 2000)
805 :     {
806 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
807 :     $#out = 1999;
808 :     }
809 :    
810 :     push(@$html,$cgi->pre);
811 :     $user = $cgi->param('user');
812 :     $col_hdrs = ["peg","begin","end","string","function of peg"];
813 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
814 :     {
815 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
816 :     {
817 :     $peg = $1;
818 :     $beg = $2;
819 :     $end = $3;
820 :     $string = $out[$i+1];
821 : golsen 1.21 chomp $string;
822 : overbeek 1.17 push( @$tab, [ &HTML::fid_link($cgi,$peg,1),
823 :     $beg,
824 :     $end,
825 :     $string,
826 :     scalar $fig->function_of( $peg, $user )
827 :     ]
828 :     );
829 : efrank 1.1 }
830 :     }
831 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
832 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
833 :     }
834 :     unlink($tmp_pat);
835 :     }
836 :    
837 : overbeek 1.17 #==============================================================================
838 :     # Scan for matches
839 :     #==============================================================================
840 :    
841 : efrank 1.1 sub run_dna_scan_for_matches {
842 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
843 :     my($string,$contig,$beg,$end,$col_hdrs,$tab,$i);
844 :    
845 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
846 :     open(PAT,">$tmp_pat")
847 :     || die "could not open $tmp_pat";
848 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
849 :     print PAT "$pat\n";
850 :     close(PAT);
851 :     my @out = `cat $FIG_Config::organisms/$org/contigs | $FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -c $tmp_pat`;
852 :     if (@out < 1)
853 :     {
854 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
855 :     }
856 :     else
857 :     {
858 :     if (@out > 2000)
859 :     {
860 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
861 :     $#out = 1999;
862 :     }
863 :    
864 :     push(@$html,$cgi->pre);
865 :     $col_hdrs = ["contig","begin","end","string"];
866 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
867 :     {
868 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
869 :     {
870 :     $contig = $1;
871 :     $beg = $2;
872 :     $end = $3;
873 :     $string = $out[$i+1];
874 : golsen 1.21 chomp $string;
875 : efrank 1.1 push(@$tab,[$contig,$beg,$end,$string]);
876 :     }
877 :     }
878 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
879 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
880 :     }
881 :     unlink($tmp_pat);
882 :     }
883 :    
884 : overbeek 1.17 #==============================================================================
885 :     # BLAST search
886 :     #==============================================================================
887 :    
888 : efrank 1.1 sub run_blast {
889 : golsen 1.45 my( $fig, $cgi, $html, $org, $tool, $seq ) = @_;
890 :     my( $query, @out );
891 : efrank 1.1
892 : golsen 1.45 my $tmp_seq = "$FIG_Config::temp/run_blast_tmp$$.seq";
893 : efrank 1.1
894 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
895 :     # Is the request for an id? Get the sequence
896 :     #--------------------------------------------------------------------------
897 : efrank 1.1 if ($seq =~ /^\s*([a-zA-Z]{2,4}\|\S+)/)
898 :     {
899 : golsen 1.23 # Replaced $id with $query so that output inherits label -- GJO
900 :     $query = $1;
901 : efrank 1.1 $seq = "";
902 :     if (($tool eq "blastp") || ($tool eq "tblastn"))
903 :     {
904 : golsen 1.23 $seq = $fig->get_translation($query);
905 : efrank 1.1 }
906 : golsen 1.23 elsif ($query =~ /^fig/)
907 : efrank 1.1 {
908 :     my @locs;
909 : golsen 1.23 if ((@locs = $fig->feature_location($query)) && (@locs > 0))
910 : efrank 1.1 {
911 : golsen 1.23 $seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($query),@locs);
912 : efrank 1.1 }
913 :     }
914 :     if (! $seq)
915 :     {
916 : golsen 1.23 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, could not get sequence for $query"));
917 : efrank 1.1 return;
918 :     }
919 :     }
920 : golsen 1.45
921 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
922 :     # Is it a fasta format? Get the query name
923 :     #--------------------------------------------------------------------------
924 : golsen 1.45
925 :     elsif ( $seq =~ s/^>\s*(\S+[^\n\012\015]*)// ) # more flexible match -- GJO
926 : efrank 1.1 {
927 :     $query = $1;
928 :     }
929 : golsen 1.45
930 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
931 :     # Take it as plain text
932 :     #--------------------------------------------------------------------------
933 : golsen 1.45
934 : efrank 1.1 else
935 :     {
936 :     $query = "query";
937 :     }
938 : golsen 1.45
939 :     #
940 :     # The rest is taken as the sequence
941 :     #
942 :    
943 : golsen 1.23 $seq =~ s/\s+//g;
944 : golsen 1.45 open( SEQ, ">$tmp_seq" ) || die "run_blast could not open $tmp_seq";
945 : efrank 1.1 print SEQ ">$query\n$seq\n";
946 : golsen 1.45 close( SEQ );
947 : efrank 1.1
948 :     if (! $ENV{"BLASTMAT"}) { $ENV{"BLASTMAT"} = "$FIG_Config::blastmat" }
949 : golsen 1.45 my $blast_opt = $cgi->param( 'blast_options' );
950 :     my $blastall = "$FIG_Config::ext_bin/blastall";
951 : efrank 1.1
952 : golsen 1.45 if ( $tool eq "blastp" )
953 : efrank 1.1 {
954 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
955 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "p" );
956 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastp $blast_opt`;
957 : efrank 1.1 }
958 : golsen 1.45
959 :     elsif ( $tool eq "blastx" )
960 : efrank 1.1 {
961 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
962 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "p" );
963 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastx $blast_opt`;
964 : efrank 1.1 }
965 : golsen 1.45
966 :     elsif ( $tool eq "blastn" )
967 : efrank 1.1 {
968 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
969 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "n" ); ### fix to get all contigs
970 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastn -r 1 -q -1 $blast_opt`;
971 : golsen 1.65 push @$html, blast_graphics( $fig, $cgi, $org, \@out, $tool );
972 : efrank 1.1 }
973 : golsen 1.45
974 :     elsif ( $tool eq "tblastn" )
975 : efrank 1.1 {
976 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
977 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "n" ); ### fix to get all contigs
978 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p tblastn $blast_opt`;
979 : golsen 1.65 push @$html, blast_graphics( $fig, $cgi, $org, \@out, $tool );
980 : efrank 1.1 }
981 : golsen 1.45
982 :     elsif ( $tool eq 'blastp against complete genomes' ) ### this tool gets nonstandard treatment: RAO
983 : overbeek 1.30 {
984 :     &blast_complete($fig,$cgi,$html,$tmp_seq,$blastall);
985 :     unlink($tmp_seq);
986 :     return;
987 :     }
988 : golsen 1.45
989 : overbeek 1.17 if (@out < 1) # This is really a bigger problem than no hits (GJO)
990 : efrank 1.1 {
991 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
992 :     }
993 :     else
994 :     {
995 :     push(@$html,$cgi->pre);
996 :     push(@$html,@out);
997 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
998 :     }
999 : golsen 1.45 unlink( $tmp_seq );
1000 : efrank 1.1 }
1001 :    
1002 : golsen 1.45
1003 : overbeek 1.30 sub blast_complete {
1004 :     my($fig,$cgi,$html,$seq_file,$blastall) = @_;
1005 :     my($genome,@sims);
1006 :    
1007 :     @sims = ();
1008 :     foreach $genome ($fig->genomes("complete"))
1009 :     {
1010 :     my $db = "$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/fasta";
1011 :     next if (! -s $db);
1012 :    
1013 :     &verify_db($db,"p");
1014 :     my $sim;
1015 :     push(@sims,map { chop;
1016 :     $sim = [split(/\t/,$_)];
1017 :     $sim->[10] = ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];
1018 :     $sim }
1019 :     `$blastall -i $seq_file -d $db -m 8 -FF -e 1.0e-5 -p blastp`);
1020 :     }
1021 :     @sims = sort { $a->[10] <=> $b->[10] } @sims;
1022 :     &format_sims($fig,$cgi,$html,\@sims);
1023 :     }
1024 :    
1025 : golsen 1.65
1026 :     #------------------------------------------------------------------------------
1027 :     # Graphically display searches against contigs
1028 :     #
1029 :     # use FIGjs qw( toolTipScript );
1030 :     # use GenoGraphics qw( render );
1031 :     # use IPC::Open2 qw( open2 );
1032 :     #------------------------------------------------------------------------------
1033 :     # Fields produced by rationalize_blast:
1034 :     #
1035 :     # 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
1036 :     # HSP score exp p_n p_val n_match n_ident n_sim n_gap dir q1 q2 q_sq s1 s2 s_sq
1037 :     #------------------------------------------------------------------------------
1038 :    
1039 :     sub blast_graphics {
1040 :     my ( $fig_or_sprout, $cgi, $genome, $out, $tool ) = @_;
1041 :    
1042 :     my $e_min = 0.1;
1043 :     my $gg = [];
1044 :     my @html = ();;
1045 :    
1046 :     # Run rationalize_blast:
1047 :    
1048 :     my( $pid, $rd, $wr );
1049 :     if ( $pid = open2( $rd, $wr, "rationalize_blast" ) )
1050 :     {
1051 :     my $outlen = 0;
1052 :     foreach ( @$out ) { $outlen += length( $_ ) }
1053 :    
1054 :     $wr->write( join( "", @$out ), $outlen );
1055 :     close( $wr );
1056 :    
1057 :     my ( $qid, $qdef, $qlen, $contig, $sdef, $slen );
1058 :     my @rational = <$rd>;
1059 :     foreach ( map { chomp; $_ } @rational )
1060 :     {
1061 :     if ( /^Query=/ ) { ( undef, $qid, undef, $qlen ) = split /\t/ }
1062 :     elsif ( /^>/ ) { ( undef, $contig, undef, $slen ) = split /\t/ }
1063 :     elsif ( /^HSP/ && $qid && $qlen && $contig && $slen )
1064 :     {
1065 :     my @hsp = split /\t/;
1066 :     next if $hsp[2] > $e_min;
1067 :     my ( $e_val, $q1, $q2, $s1, $s2 ) = @hsp[ 2, 10, 11, 13, 14 ];
1068 :     my ( $genes, $min, $max ) = hsp_context( $fig_or_sprout, $cgi, $genome,
1069 :     $e_val, 100 * $hsp[6] / $hsp[5],
1070 :     $qid, $q1, $q2, $qlen,
1071 :     $contig, $s1, $s2, $slen
1072 :     );
1073 :     push @$gg, [ substr( $contig, 0, 18 ), $min, $max, $genes ];
1074 :     }
1075 :     }
1076 :     close( $rd );
1077 :    
1078 :     # $gene = [ $beg, $end, $shape, $color, $text, $url, $pop-up, $alt_action, $pop-up_title ];
1079 :     # $genes = [ $gene, $gene, ... ];
1080 :     # $map = [ $label, $min_coord, $max_coord, $genes ];
1081 :     # $gg = [ $map, $map, ... ];
1082 :     # render( $gg, $width, $obj_half_heigth, $save, $img_index_number )
1083 :    
1084 :     if ( @$gg )
1085 :     {
1086 :     # print STDERR Dumper( $gg );
1087 :     my $gs = $fig_or_sprout->genus_species( $genome );
1088 :     my $space = "&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;";
1089 :     my $legend = "<TABLE>\n"
1090 :     . " <TR>\n"
1091 :     . " <TD>Q = Query sequence$space</TD>\n"
1092 :     . " <TD Bgcolor='#FF0000'>$space</TD><TD>Frame 1 translation$space</TD>\n"
1093 :     . " <TD Bgcolor='#00FF00'>$space</TD><TD>Frame 2 translation$space</TD>\n"
1094 :     . " <TD Bgcolor='#0000FF'>$space</TD><TD>Frame 3 translation$space</TD>\n"
1095 :     . " <TD Bgcolor='#808080'>$space</TD><TD>Untranslated sequence</TD>\n"
1096 :     . " </TR>\n"
1097 :     . "</TABLE><P />";
1098 :    
1099 :     push @html, "\n", FIGjs::toolTipScript(), "\n",
1100 :     $cgi->h2( "Results of $tool search of contigs from $gs\n"),
1101 :     $legend,
1102 :     @{ GenoGraphics::render( $gg, 600, 4, 0, 1 ) },
1103 :     $cgi->hr, "\n";
1104 :     }
1105 :    
1106 :     waitpid $pid, 0;
1107 :     }
1108 :    
1109 :     return @html;
1110 :     }
1111 :    
1112 :    
1113 :     sub hsp_context {
1114 :     my( $fig_or_sprout, $cgi, $genome, $e_val, $pct_id,
1115 :     $qid, $q1, $q2, $qlen,
1116 :     $contig, $s1, $s2, $slen ) = @_;
1117 :     my $half_sz = 5000;
1118 :    
1119 :     my( $from, $to, $features, $fid, $beg, $end );
1120 :     my( $link, $lbl, $isprot, $function, $uniprot, $info, $prot_query );
1121 :    
1122 :     my $user = $cgi->param( 'user' ) || "";
1123 :     my $sprout = $cgi->param( 'SPROUT' ) ? '&SPROUT=1' : '';
1124 :    
1125 :     my @genes = ();
1126 :    
1127 :     # Based on the match position of the query, select the context region:
1128 :    
1129 :     ( $from, $to ) = ( $s1 <= $s2 ) ? ( $s1 - $half_sz, $s2 + $half_sz )
1130 :     : ( $s2 - $half_sz, $s1 + $half_sz );
1131 :     $from = 1 if ( $from < 1 );
1132 :     $to = $slen if ( $to > $slen );
1133 :    
1134 :     # Get the genes in the region, and adjust the ends to include whole genes:
1135 :    
1136 :     ( $features, $from, $to ) = genes_in_region( $fig_or_sprout, $cgi, $genome, $contig, $from, $to );
1137 :    
1138 :    
1139 :     # Add the other features:
1140 :    
1141 :     foreach $fid ( @$features )
1142 :     {
1143 :     my $contig1;
1144 :     ( $contig1, $beg, $end ) = boundaries_of( $fig_or_sprout, feature_locationS( $fig_or_sprout, $fid ) );
1145 :     next if $contig1 ne $contig;
1146 :    
1147 :     $link = "";
1148 :     if ( ( $lbl ) = $fid =~ /peg\.(\d+)$/ ) {
1149 :     ( $link = $cgi->url() ) =~ s/index\.cgi/protein.cgi/;
1150 :     $link .= "?prot=$fid&user=$user$sprout";
1151 :     $isprot = 1;
1152 :     } elsif ( ( $lbl ) = $fid =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/ ) {
1153 :     $lbl = uc $lbl;
1154 :     $isprot = 0;
1155 :     } else {
1156 :     $lbl = "";
1157 :     $isprot = 0;
1158 :     }
1159 :    
1160 :     $function = function_ofS( $fig_or_sprout, $fid );
1161 :    
1162 :     $uniprot = join ", ", grep { /^uni\|/ } feature_aliasesL( $fig_or_sprout, $fid);
1163 :    
1164 :     $info = join( '<br />', "<b>Feature:</b> $fid",
1165 :     "<b>Contig:</b> $contig",
1166 :     "<b>Begin:</b> $beg",
1167 :     "<b>End:</b> $end",
1168 :     $function ? "<b>Function:</b> $function" : '',
1169 :     $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> $uniprot" : ''
1170 :     );
1171 :    
1172 :     push @genes, [ feature_graphic( $beg, $end, $isprot ),
1173 :     $lbl, $link, $info,
1174 :     $isprot ? () : ( undef, "Feature information" )
1175 :     ];
1176 :     }
1177 :    
1178 :     # Draw the query. The subject coordinates are always DNA. If the query
1179 :     # is protein, it is about 3 times shorter than the matching contig DNA.
1180 :     # Splitting the difference, if 1.7 times the query length is still less
1181 :     # than the subject length, we will call it a protein query (and reading
1182 :     # frame in the contig coordinates has meaning). If it is nucleotides,
1183 :     # there is no defined frame.
1184 :    
1185 :     $info = join( '<br />', $qid ne 'query ' ? "<b>Query:</b> $qid" : (),
1186 :     "<b>Length:</b> $qlen",
1187 :     "<b>E-value:</b> $e_val",
1188 :     "<b>% identity:</b> " . sprintf( "%.1f", $pct_id ),
1189 :     "<b>Region of similarity:</b> $q1 &#150; $q2"
1190 :     );
1191 :     $prot_query = ( 1.7 * abs( $q2 - $q1 ) < abs( $s2 - $s1 ) ) ? 1 : 0;
1192 :    
1193 :     push @genes, [ feature_graphic( $s1, $s2, $prot_query ),
1194 :     'Q', undef, $info, undef, 'Query and match information'
1195 :     ];
1196 :    
1197 :     return \@genes, $from, $to;
1198 :     }
1199 :    
1200 :    
1201 :     sub feature_graphic {
1202 :     my ( $beg, $end, $isprot ) = @_;
1203 :     my ( $min, $max, $symb, $color );
1204 :    
1205 :     ( $min, $max, $symb ) = ( $beg <= $end ) ? ( $beg, $end, "rightArrow" )
1206 :     : ( $end, $beg, "leftArrow" );
1207 :    
1208 :     # Color proteins by translation frame
1209 :    
1210 :     $color = $isprot ? qw( blue red green )[ $beg % 3 ] : 'grey';
1211 :    
1212 :     ( $min, $max, $symb, $color );
1213 :     }
1214 :    
1215 :    
1216 :     sub genes_in_region {
1217 :     my( $fig_or_sprout, $cgi, $genome, $contig, $min, $max ) = @_;
1218 :    
1219 :     if ( $cgi->param( 'SPROUT' ) )
1220 :     {
1221 :     my( $x, $feature_id );
1222 :     my( $feat, $min, $max ) = $fig_or_sprout->genes_in_region( $genome, $contig, $min, $max );
1223 :     my @tmp = sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or
1224 :     (($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]))
1225 :     }
1226 :     map { $feature_id = $_;
1227 :     $x = feature_locationS( $fig_or_sprout, $feature_id );
1228 :     $x ? [ $feature_id, boundaries_of( $fig_or_sprout, $x )] : ()
1229 :     }
1230 :     @$feat;
1231 :     return ( [map { $_->[0] } @tmp ], $min, $max );
1232 :     }
1233 :     else
1234 :     {
1235 :     return $fig_or_sprout->genes_in_region( $genome, $contig, $min, $max );
1236 :     }
1237 :     }
1238 :    
1239 :    
1240 :     sub feature_locationS {
1241 :     my ( $fig_or_sprout, $peg ) = @_;
1242 :     scalar $fig_or_sprout->feature_location( $peg );
1243 :     }
1244 :    
1245 :    
1246 :     sub boundaries_of {
1247 :     my( $fig_or_sprout, $loc ) = @_;
1248 :     $fig_or_sprout->boundaries_of( $loc );
1249 :     }
1250 :    
1251 :    
1252 :     sub function_ofS {
1253 :     my( $fig_or_sprout, $peg, $user ) = @_;
1254 :     scalar $fig_or_sprout->function_of( $peg, $user );
1255 :     }
1256 :    
1257 :    
1258 :     sub feature_aliasesL {
1259 :     my( $fig_or_sprout, $fid ) = @_;
1260 :     my @tmp = $fig_or_sprout->feature_aliases( $fid );
1261 :     @tmp
1262 :     }
1263 :    
1264 :    
1265 : overbeek 1.30 sub format_sims {
1266 :     my($fig,$cgi,$html,$sims) = @_;
1267 :     my($col_hdrs,$table,@ids,$ids,$sim,%seen);
1268 :    
1269 :     $col_hdrs = [ "Select up to here",
1270 :     "Similar sequence",
1271 :     "E-val",
1272 :     "Function",
1273 :     "Organism",
1274 :     "Aliases"
1275 :     ];
1276 :    
1277 :     $table = [];
1278 :     @ids = ();
1279 :     if (@$sims > 1000) { $#{$sims} = 999 }
1280 :     foreach $sim (@$sims)
1281 :     {
1282 :     if (! $seen{$sim->[1]})
1283 :     {
1284 :     push(@$table,[$cgi->checkbox(-name => 'list_to', -value => $sim->[1], -override => 1, -checked => 0, -label => ""),
1285 :     &HTML::fid_link($cgi,$sim->[1]),
1286 :     $sim->[10],
1287 :     scalar $fig->function_of($sim->[1]),
1288 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($sim->[1])),
1289 :     scalar $fig->feature_aliases($sim->[1])
1290 :     ]);
1291 :     push(@ids,$sim->[1]);
1292 :     }
1293 :     }
1294 :     $ids = join(",",@ids);
1295 :     my $target = "window$$";
1296 :     push(@$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
1297 :     -target => $target,
1298 :     -action => 'index.cgi'
1299 :     ),
1300 :     $cgi->hidden(-name => 'ids', -value => $ids),
1301 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$table,"Best Hits"),
1302 :     $cgi->submit('Extract Matched Sequences'),
1303 :     $cgi->end_form);
1304 :     }
1305 : overbeek 1.17
1306 : efrank 1.1 sub verify_db {
1307 :     my($db,$type) = @_;
1308 :    
1309 : overbeek 1.17 if ($type =~ /^p/i)
1310 : efrank 1.1 {
1311 :     if ((! -s "$db.psq") || (-M "$db.psq" > -M $db))
1312 :     {
1313 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p T -i $db";
1314 :     }
1315 :     }
1316 :     else
1317 :     {
1318 :     if ((! -s "$db.nsq") || (-M "$db.nsq" > -M $db))
1319 :     {
1320 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p F -i $db";
1321 :     }
1322 :     }
1323 :     }
1324 : overbeek 1.7
1325 :     sub export_assignments {
1326 :     my($fig,$cgi,$html,$who) = @_;
1327 :     my($genome,$x);
1328 :    
1329 :     my @genomes = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } $cgi->param('korgs');
1330 :    
1331 :     if (@genomes == 0)
1332 :     {
1333 :     @genomes = $fig->genomes;
1334 :     }
1335 :    
1336 : overbeek 1.10 my @assignments = $fig->assignments_made(\@genomes,$who,$cgi->param('after_date'));
1337 : overbeek 1.7 if (@assignments == 0)
1338 :     {
1339 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no assignments where made by $who"));
1340 :     }
1341 :     else
1342 :     {
1343 :     my $col_hdrs = ["FIG id", "External ID", "Genus/Species","Assignment"];
1344 :     my $tab = [];
1345 :     my($x,$peg,$func);
1346 :     foreach $x (@assignments)
1347 :     {
1348 : golsen 1.62 ( $peg, $func ) = @$x;
1349 :     push( @$tab,[ HTML::set_prot_links( $cgi, $peg ),
1350 :     HTML::set_prot_links( $cgi, ext_id( $fig, $peg ) ),
1351 :     $fig->genus_species($fig->genome_of($peg)),
1352 :     $func
1353 :     ] );
1354 : overbeek 1.7 }
1355 : overbeek 1.11
1356 :     if ($cgi->param('save_assignments'))
1357 :     {
1358 : overbeek 1.15 my $user = $cgi->param('save_user');
1359 : overbeek 1.13 if ($user)
1360 :     {
1361 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1362 : overbeek 1.15 my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:exported_from_local_SEED";
1363 : overbeek 1.13 if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1364 :     {
1365 :     print TMP join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } map { [$_->[0],$_->[3]] } @$tab);
1366 :     close(TMP);
1367 :     }
1368 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
1369 :     }
1370 :     else
1371 : overbeek 1.11 {
1372 : overbeek 1.13 push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
1373 : overbeek 1.11 }
1374 :     }
1375 : overbeek 1.13
1376 : overbeek 1.7 if ($cgi->param('tabs'))
1377 :     {
1378 :     print $cgi->header;
1379 :     print "<pre>\n";
1380 :     print join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } @$tab);
1381 :     print "</pre>\n";
1382 :     exit;
1383 :     }
1384 :     else
1385 :     {
1386 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Assignments Made by $who"));
1387 :     }
1388 :     }
1389 :     }
1390 :    
1391 :     sub ext_id {
1392 :     my($fig,$peg) = @_;
1393 :    
1394 :     my @mapped = grep { $_ !~ /^fig/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
1395 :     if (@mapped == 0)
1396 :     {
1397 :     return $peg;
1398 :     }
1399 :    
1400 :     my @tmp = ();
1401 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^sp/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1402 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^pir/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1403 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^gi/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1404 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tr/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1405 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tn/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1406 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^kegg/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1407 :    
1408 :     return $peg;
1409 :     }
1410 :    
1411 : overbeek 1.28 sub translate_assignments {
1412 :     my($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func) = @_;
1413 :    
1414 : overbeek 1.56 my @funcs = grep { $_ =~ /^\S.*\S$/ } split(/[\012\015]+/,$from_func);
1415 :    
1416 : overbeek 1.28 my $user = $cgi->param('save_user');
1417 :     if ($user)
1418 :     {
1419 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1420 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$user:translation";
1421 :     if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1422 :     {
1423 : overbeek 1.55 my($peg,$func);
1424 : overbeek 1.28
1425 : overbeek 1.56 foreach $from_func (@funcs)
1426 : overbeek 1.28 {
1427 : overbeek 1.57 my $from_funcQ = quotemeta $from_func;
1428 :    
1429 : overbeek 1.56 foreach $peg ($fig->seqs_with_role($from_func))
1430 : overbeek 1.28 {
1431 : overbeek 1.56 if ($peg =~ /^fig\|/)
1432 : overbeek 1.28 {
1433 : overbeek 1.56 $func = $fig->function_of($peg);
1434 :     if ($func eq $from_func)
1435 :     {
1436 :     print TMP "$peg\t$to_func\n";
1437 :     }
1438 : overbeek 1.57 elsif (($func =~ /^$from_funcQ\s+\/\s+(\S.*\S)\s*$/) || ($func =~ /^$from_funcQ\s*;\s+(\S.*\S)\s*$/))
1439 :     {
1440 :     print TMP "$peg\t$to_func / $1\n";
1441 :     }
1442 :     elsif (($func =~ /^\s*(\S.*\S)\s+\/\s+$from_funcQ\s*$/) || ($func =~ /^\s*(\S.*\S)\s*;\s+$from_funcQ\s*$/))
1443 :     {
1444 :     print TMP "$peg\t$1 / $to_func\n";
1445 :     }
1446 : overbeek 1.28 }
1447 :     }
1448 :     }
1449 :     close(TMP);
1450 :     }
1451 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
1452 :     }
1453 :     else
1454 :     {
1455 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
1456 :     }
1457 :     }

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3