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Annotation of /FigWebServices/index.cgi

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Revision 1.53 - (view) (download)

1 : overbeek 1.49 ### start
2 :    
3 : efrank 1.1 use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 :    
6 : olson 1.36 use POSIX;
7 : efrank 1.1 use HTML;
8 :     use strict;
9 :     use CGI;
10 :     my $cgi = new CGI;
11 :    
12 : overbeek 1.28 my($map,@orgs,$user,$map,$org,$made_by,$from_func,$to_func);
13 : efrank 1.1
14 :     if (0)
15 :     {
16 : overbeek 1.50 my $VAR1;
17 :     eval(join("",`cat /tmp/index_parms`));
18 :     $cgi = $VAR1;
19 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
20 :     }
21 :    
22 :     if (0)
23 :     {
24 : efrank 1.1 print $cgi->header;
25 :     my @params = $cgi->param;
26 :     print "<pre>\n";
27 :     foreach $_ (@params)
28 :     {
29 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
30 :     }
31 : overbeek 1.50
32 :     if (0)
33 : efrank 1.1 {
34 : overbeek 1.50 if (open(TMP,">/tmp/index_parms"))
35 :     {
36 :     print TMP &Dumper($cgi);
37 :     close(TMP);
38 :     }
39 : efrank 1.1 }
40 :     exit;
41 :     }
42 :    
43 :     $ENV{"PATH"} = "$FIG_Config::bin:$FIG_Config::ext_bin:" . $ENV{"PATH"};
44 :    
45 :     my $html = [];
46 : golsen 1.23
47 : efrank 1.5
48 : overbeek 1.51 my($pattern,$seq_pat,$tool,$ids,$subsearch);
49 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
50 :     if (! $user) { $user = "" }
51 :    
52 : overbeek 1.28 if ($cgi->param('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'))
53 : efrank 1.1 {
54 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Phylogenetic Signatures</TITLE>\n";
55 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
56 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user";
57 :     my @out = `./sigs.cgi`;
58 : overbeek 1.49 print @out;
59 :     exit;
60 :     }
61 :     #-----------------------------------------------------------------------
62 :     # Statistics for a single organism
63 :     #-----------------------------------------------------------------------
64 :     elsif ($cgi->param('statistics'))
65 :     {
66 :     @orgs = $cgi->param('korgs');
67 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
68 :     if (@orgs != 1)
69 :     {
70 :     push(@$html,$cgi->h1('Please select a single organism to get statistcs'));
71 :     }
72 :     else
73 :     {
74 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
75 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&genome=$orgs[0]";
76 : overbeek 1.50 my @out = `./genome_statistics.cgi`;
77 : overbeek 1.49 print @out;
78 :     exit;
79 :     }
80 : efrank 1.1 }
81 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
82 : overbeek 1.51 # Locate PEGs in Subsystems
83 :     #-----------------------------------------------------------------------
84 :     elsif ($cgi->param('Find PEGs') && ($subsearch = $cgi->param('subsearch')))
85 :     {
86 :     my $genome = $cgi->param('genome');
87 :     my (@pegs,$peg);
88 : overbeek 1.52
89 :     my @poss = $fig->by_alias($subsearch);
90 :     if (@poss > 0) { $subsearch = $poss[0] }
91 :    
92 : overbeek 1.51 if ($subsearch =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/)
93 :     {
94 :     # handle searching for homologs that occur in subsystems
95 :     $peg = $1;
96 :     @pegs = ($peg);
97 :     push(@pegs,map { $_->id2 } $fig->sims( $peg, 500, 1.0e-10, "fig"));
98 :     if ($genome)
99 :     {
100 :     my $genomeQ = quotemeta $genome;
101 :     @pegs = grep { $_ =~ /^fig\|$genomeQ/ } @pegs;
102 :     }
103 :     }
104 :     else
105 :     {
106 :     # handle searching for PEGs with functional role in subsystems
107 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($subsearch,"master",$genome);
108 :     }
109 :    
110 :     print $cgi->header;
111 :     if (@pegs == 0)
112 :     {
113 :     print $cgi->h1("Sorry, could not even find PEGs to check");
114 :     }
115 :     else
116 :     {
117 :     my(@pairs,$pair,@sub);
118 :     @pairs = map { $peg = $_;
119 :     @sub = $fig->peg_to_subsystems($peg);
120 :     map { [$peg,$_] } @sub } @pegs;
121 :     if (@pairs == 0)
122 :     {
123 :     print $cgi->h1("Sorry, could not map any PEGs to subsystems");
124 :     }
125 :     else
126 :     {
127 : overbeek 1.52 my($uni,$uni_func);
128 :     my $col_hdrs = ["PEG","Genome","Function","UniProt","UniProt Function","Subsystem"];
129 :     my $tab = [ map { $pair = $_; $uni = $fig->to_alias($pair->[0],"uni");
130 :     ($uni,$uni_func) = $uni ? (&HTML::uni_link($cgi,$uni),scalar $fig->function_of($uni)) : ("","");
131 : overbeek 1.51 [&HTML::fid_link($cgi,$pair->[0]),
132 :     $fig->org_of($pair->[0]),
133 : overbeek 1.52 scalar $fig->function_of($pair->[0]),
134 :     $uni,$uni_func,
135 : overbeek 1.51 &HTML::sub_link($cgi,$pair->[1])] } @pairs];
136 :     print &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"PEGs that Occur in Subsystems");
137 :     }
138 :     }
139 :     exit;
140 :     }
141 :     #-----------------------------------------------------------------------
142 : overbeek 1.31 # Align Sequences
143 :     #-----------------------------------------------------------------------
144 :     elsif ($cgi->param('Align Sequences'))
145 :     {
146 :     my $seqs = $cgi->param('seqids');
147 :     $seqs =~ s/^\s+//;
148 :     $seqs =~ s/\s+$//;
149 :     my @seq_ids = split(/[ \t,;]+/,$seqs);
150 :     if (@seq_ids < 2)
151 :     {
152 :     print $cgi->header;
153 :     print $cgi->h1("Sorry, you need to specify at least two sequence IDs");
154 :     }
155 :     else
156 :     {
157 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
158 :     $_ = join('&checked=',@seq_ids);
159 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&align=1&checked=" . $_;
160 :     my @out = `./fid_checked.cgi`;
161 :     print join("",@out);
162 :     }
163 :     exit;
164 :     }
165 :     #-----------------------------------------------------------------------
166 : overbeek 1.17 # Search (text) || Find Genes in Org that Might Play the Role
167 :     #-----------------------------------------------------------------------
168 : efrank 1.1 elsif (($pattern = $cgi->param('pattern')) && ($cgi->param('Search') || $cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role')))
169 :     {
170 : overbeek 1.17 # Remove leading and trailing spaces from pattern -- GJO:
171 :     $pattern =~ s/^\s+//;
172 :     $pattern =~ s/\s+$//;
173 : efrank 1.1 if ($cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role') &&
174 :     (@orgs = $cgi->param('korgs')) && (@orgs == 1))
175 :     {
176 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Genes in that Might Play Specific Role</TITLE>\n";
177 : efrank 1.1 @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
178 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
179 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&request=find_in_org&role=$pattern&org=$orgs[0]";
180 :     my @out = `./pom.cgi`;
181 :     print join("",@out);
182 :     exit;
183 :     }
184 :     else
185 :     {
186 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Search Results</TITLE>\n";
187 : golsen 1.22 &show_indexed_objects($fig, $cgi, $html, $pattern);
188 : efrank 1.1 }
189 :     }
190 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
191 :     # Metabolic Overview
192 :     #-----------------------------------------------------------------------
193 : efrank 1.1 elsif (($map = $cgi->param('kmap')) && $cgi->param('Metabolic Overview'))
194 :     {
195 : olson 1.38 if ($map =~ /\(([^)]*)\)$/)
196 :     {
197 :     $map = $1;
198 :     }
199 :     else
200 :     {
201 : golsen 1.44 # ??? Gary ???
202 : olson 1.38 }
203 :    
204 :     #$map =~ s/^.*\((MAP\d+)\).*$/$1/;
205 : efrank 1.1 @orgs = $cgi->param('korgs');
206 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
207 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
208 :     if (@orgs > 0)
209 :     {
210 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$orgs[0]";
211 :     }
212 :     else
213 :     {
214 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map";
215 :     }
216 :    
217 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Metabolic Overview</TITLE>\n";
218 : olson 1.38 my @out = `./show_map.cgi`;
219 : efrank 1.1 &HTML::trim_output(\@out);
220 : golsen 1.23 push( @$html, "<br>\n", @out );
221 : efrank 1.1 }
222 : overbeek 1.17
223 :     #-----------------------------------------------------------------------
224 :     # Search for Matches (sequence or pattern)
225 :     #-----------------------------------------------------------------------
226 : efrank 1.1 elsif (($seq_pat = $cgi->param('seq_pat')) &&
227 :     ($tool = $cgi->param('Tool')) &&
228 :     $cgi->param('Search for Matches'))
229 :     {
230 : overbeek 1.30 @orgs = $cgi->param('korgs');
231 :     if (@orgs > 0)
232 :     {
233 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
234 :     }
235 :     else
236 :     {
237 :     @orgs = ("");
238 :     }
239 :    
240 : efrank 1.1 if ($tool =~ /blast/)
241 :     {
242 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: BLAST Search Results</TITLE>\n";
243 : efrank 1.1 &run_blast($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$tool,$seq_pat);
244 :     }
245 :     elsif ($tool =~ /Protein scan_for_matches/)
246 :     {
247 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Pattern Match Results</TITLE>\n";
248 : efrank 1.1 &run_prot_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
249 :     }
250 :     elsif ($tool =~ /DNA scan_for_matches/)
251 :     {
252 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Pattern Match Results</TITLE>\n";
253 : efrank 1.1 &run_dna_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
254 :     }
255 :     }
256 : overbeek 1.7 elsif (($made_by = $cgi->param('made_by')) && $cgi->param('Extract Assignments'))
257 :     {
258 :     &export_assignments($fig,$cgi,$html,$made_by);
259 :     }
260 : overbeek 1.28 elsif ($cgi->param('Generate Assignments via Translation') &&
261 :     ($from_func = $cgi->param('from_func')) &&
262 :     ($to_func = $cgi->param('to_func')))
263 :     {
264 :     &translate_assignments($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func);
265 :     }
266 : overbeek 1.30 elsif ($cgi->param('Extract Matched Sequences') && ($ids = $cgi->param('ids')))
267 :     {
268 :     my @ids = split(/,/,$ids);
269 :     my($list_to,$i);
270 :     if ($list_to = $cgi->param('list_to'))
271 :     {
272 :     for ($i=0; ($i < @ids) && ($ids[$i] ne $list_to); $i++) {}
273 :     if ($i < @ids)
274 :     {
275 :     $#ids = $i;
276 :     }
277 :     }
278 :    
279 :     my($id,$seq,$i,$func);
280 :     push(@$html,$cgi->pre);
281 :    
282 :     foreach $id (@ids)
283 :     {
284 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
285 :     {
286 :     $func = $fig->function_of($id);
287 :     push(@$html,">$id $func\n");
288 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
289 :     {
290 :     if ($i > (length($seq) - 60))
291 :     {
292 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
293 :     }
294 :     else
295 :     {
296 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
297 :     }
298 :     }
299 :     }
300 :     }
301 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
302 :     }
303 : overbeek 1.17
304 :     #-----------------------------------------------------------------------
305 :     # Initial search page
306 :     #-----------------------------------------------------------------------
307 : efrank 1.1 else
308 :     {
309 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Entry Page</TITLE>\n";
310 : efrank 1.1 &show_initial($fig,$cgi,$html);
311 :     }
312 :     &HTML::show_page($cgi,$html,1);
313 : overbeek 1.49 exit;
314 : efrank 1.1
315 : overbeek 1.17
316 :     #==============================================================================
317 :     # Initial page (alias search)
318 :     #==============================================================================
319 :    
320 : efrank 1.1 sub show_initial {
321 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
322 :     my($map,$name,$olrg,$gs);
323 :    
324 : golsen 1.47 my( $a, $b, $e, $v, $env ) = $fig->genome_counts;
325 :     push(@$html,$cgi->h2("Contains $a archaeal, $b bacterial, $e eukaryal, $v viral and $env environmental genomes"));
326 :     my( $a, $b, $e ) = $fig->genome_counts("complete");
327 :     push(@$html,$cgi->h2("Of these, $a archaeal, $b bacterial and $e eukaryal genomes are more-or-less complete"),$cgi->hr);
328 : efrank 1.1
329 :     push(@$html,
330 : olson 1.42 $cgi->h2('Work on Subsystems'),
331 :     $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi"),
332 :     "Enter user: ",
333 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
334 :     $cgi->submit('Work on Subsystems'),
335 :     $cgi->end_form,
336 : overbeek 1.46
337 :     $cgi->h2('Work on Subsystems Using New, Experimental Code'),
338 :     "You should try this only if you know how to back yourself up. This code is new and will be officially released soon.",
339 :     $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi"),
340 :     "Enter user: ",
341 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
342 :     $cgi->submit('Work on Subsystems'),
343 :     $cgi->end_form,
344 : olson 1.42 $cgi->hr,
345 :     );
346 :    
347 :     push(@$html,
348 : efrank 1.1 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
349 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Genes or Functional Roles Using Text'),
350 : overbeek 1.17 "<table><tr>",
351 :     "<td>Search Pattern: </td><td>",
352 :     $cgi->textfield(-name => "pattern", -size => 65),
353 :     "</td></tr><tr>",
354 :     "<td>User ID:</td><td>",
355 : efrank 1.1 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
356 : overbeek 1.17 " [optional] ",
357 :     "&nbsp; &nbsp; Max Genes: ",
358 :     $cgi->textfield(-name => "maxpeg", -size => 6, -value => 100),
359 :     "&nbsp; &nbsp; Max Roles: ",
360 :     $cgi->textfield(-name => "maxrole", -size => 6, -value => 100),
361 :     "</td></td></table>",
362 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search'),
363 : golsen 1.47 $cgi->reset('Clear'),
364 :     $cgi->hr);
365 : olson 1.41
366 : golsen 1.47 my @display = ( 'All', 'Archaea', 'Bacteria', 'Eucarya', 'Viruses', 'Environmental samples' );
367 :    
368 :     #
369 :     # Canonical names must match the keywords used in the DBMS. They are
370 :     # defined in compute_genome_counts.pl
371 :     #
372 :     my %canonical = (
373 :     'All' => undef,
374 :     'Archaea' => 'Archaea',
375 :     'Bacteria' => 'Bacteria',
376 :     'Eucarya' => 'Eukaryota',
377 :     'Viruses' => 'Virus',
378 :     'Environmental samples' => 'Environmental Sample'
379 :     );
380 :    
381 :     my $req_dom = $cgi->param( 'domain' ) || 'All';
382 :     my @domains = $cgi->radio_group( -name => 'domain',
383 :     -default => $req_dom,
384 :     -override => 1,
385 :     -values => [ @display ]
386 :     );
387 :    
388 :     my $n_domain = 0;
389 :     my %dom_num = map { ( $_, $n_domain++ ) } @display;
390 :     my $req_dom_num = $dom_num{ $req_dom } || 0;
391 :    
392 :     #
393 :     # Viruses and Environmental samples must have completeness = All (that is
394 :     # how they are in the database). Otherwise, default is Only "complete".
395 :     #
396 :     my $req_comp = ( $req_dom_num > $dom_num{ 'Eucarya' } ) ? 'All'
397 :     : $cgi->param( 'complete' ) || 'Only "complete"';
398 :     my @complete = $cgi->radio_group( -name => 'complete',
399 :     -default => $req_comp,
400 :     -override => 1,
401 :     -values => [ 'All', 'Only "complete"' ]
402 :     );
403 :     #
404 :     # Use $fig->genomes( complete, restricted, domain ) to get org list:
405 :     #
406 :     my $complete = ( $req_comp =~ /^all$/i ) ? undef : "complete";
407 : redwards 1.48
408 :     my @orgs = sort map { $org = $_; my $gs = $fig->genus_species($org); my $gc=scalar $fig->all_contigs($org); "$gs ($org) [$gc contigs]" }
409 : golsen 1.47 $fig->genomes( $complete, undef, $canonical{ $req_dom } );
410 :    
411 :     my $n_genomes = @orgs;
412 :    
413 :     push( @$html, $cgi->h2('If You Need to Pick an Organism for Options Below'),
414 :     "<TABLE>\n",
415 :     " <TR>\n",
416 :     " <TD>",
417 :     $cgi->scrolling_list( -name => 'korgs',
418 :     -values => [ @orgs ],
419 :     -size => 10
420 :     ),
421 :     $cgi->br,
422 :     "$n_genomes genomes shown ",
423 :     $cgi->submit( 'Update List' ),
424 :     "</TD>",
425 :     " <TD>",
426 :     join( "<br>", "<b>Domain(s) to show:</b>", @domains), "<br>\n",
427 :     join( "<br>", "<b>Completeness?</b>", @complete), "\n",
428 :     "</TD>",
429 :     " </TR>\n",
430 :     "</TABLE>\n",
431 : overbeek 1.49 $cgi->br, $cgi->submit('statistics'),": Select an organism, and this should give relevant statistics",
432 : golsen 1.47 $cgi->hr);
433 :    
434 :    
435 :     my @maps = sort map { $map = $_; $name = $fig->map_name($map); "$name ($map)" } $fig->all_maps;
436 : overbeek 1.17
437 : overbeek 1.49
438 : golsen 1.47 push( @$html, $cgi->h2('Finding Candidates for a Functional Role'),
439 : efrank 1.1 "Make sure that you type the functional role you want to search for in the Search Pattern above",
440 :     $cgi->br,
441 :     $cgi->submit('Find Genes in Org that Might Play the Role'),
442 : golsen 1.47 $cgi->hr);
443 : overbeek 1.17
444 : golsen 1.47 push( @$html, $cgi->h2('Metabolic Overviews and Subsystem Maps (via KEGG & SEED) - Choose Map'),
445 : efrank 1.1 $cgi->submit('Metabolic Overview'),
446 :     $cgi->br,
447 :     $cgi->br,
448 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'kmap',
449 :     -values => [@maps],
450 :     -size => 10
451 :     ),
452 : golsen 1.47 $cgi->hr);
453 : overbeek 1.17
454 : golsen 1.47 push( @$html, $cgi->h2('Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)'),
455 : golsen 1.29 "<TABLE>\n",
456 :     " <TR>\n",
457 :     " <TD>Sequence/Pattern: </TD>",
458 : golsen 1.45 " <TD Colspan=3>", $cgi->textarea(-name => 'seq_pat', -rows => 10, -cols => 70), "</TD>\n",
459 : golsen 1.29 " </TR>\n",
460 :     " <TR>\n",
461 :     " <TD>Search Program: </TD>",
462 : golsen 1.45 " <TD>", $cgi->popup_menu(-name => 'Tool', -values => ['blastp', 'blastx', 'blastn', 'tblastn', 'blastp against complete genomes', 'Protein scan_for_matches', 'DNA scan_for_matches'], -default => 'blastp'), " </TD>",
463 :     " <TD> Program Options:</TD>",
464 :     " <TD>", $cgi->textfield( -name => "blast_options", -size => 27 ), "</TD>",
465 : golsen 1.29 " </TR>\n",
466 :     "</TABLE>\n",
467 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search for Matches'),
468 : olson 1.41 $cgi->hr);
469 : overbeek 1.17
470 : olson 1.41 #
471 :     # Make assignment export tbl.
472 :     #
473 :    
474 :     my @atbl;
475 :     push(@atbl, ["Extract assignments made by ",
476 :     $cgi->textfield(-name => "made_by", -size => 50)]);
477 :     push(@atbl, ["Save as user: ",
478 :     $cgi->textfield(-name => "save_user", -size => 50)]);
479 :     push(@atbl, ["After date (MM/DD/YYYY) ",
480 :     $cgi->textfield(-name => "after_date", -size => 15)]);
481 :    
482 :     push(@$html,
483 :     $cgi->h2('Exporting Assignments'),
484 :     &HTML::make_table(undef, \@atbl, '', border => 0),
485 : overbeek 1.11 $cgi->checkbox(-label => 'tab-delimited Spreadsheet: ', -name => 'tabs', -value => 1),
486 :     $cgi->br,
487 :     $cgi->checkbox(-label => 'Save Assignments: ', -name => 'save_assignments', -value => 1),
488 : overbeek 1.7 $cgi->br,
489 :     $cgi->submit('Extract Assignments'),
490 : overbeek 1.28 $cgi->br, $cgi->br,
491 :     "Alternatively, you can generate a set of assignments as translations of existing assignments.",
492 :     $cgi->br,
493 :     "From: ",$cgi->textfield(-name => "from_func", -size => 60),
494 :     $cgi->br,
495 :     "To:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ",$cgi->textfield(-name => "to_func", -size => 60),
496 :     $cgi->br,
497 :     $cgi->submit('Generate Assignments via Translation'),
498 : overbeek 1.7 $cgi->hr,
499 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Interesting Genes'),
500 : overbeek 1.28 $cgi->submit('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'),
501 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
502 : overbeek 1.14 );
503 :    
504 :     push(@$html,
505 :     $cgi->hr,
506 : olson 1.41 $cgi->h2('Process Saved Assignments Sets'),
507 : overbeek 1.14 $cgi->start_form(-action => "assignments.cgi"),
508 : overbeek 1.19 "Enter user: ",
509 : overbeek 1.14 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
510 :     $cgi->submit('Process Assignment Sets'),
511 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
512 : efrank 1.1 );
513 :    
514 : overbeek 1.19 push(@$html,
515 :     $cgi->hr,
516 : olson 1.41 $cgi->h2('Align Sequences'),
517 : overbeek 1.31 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
518 :     "Enter user: ",
519 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20), $cgi->br,
520 :     $cgi->submit('Align Sequences'),": ",
521 :     $cgi->textfield(-name => "seqids", -size => 100),
522 :     $cgi->end_form
523 :     );
524 : overbeek 1.51
525 :     push(@$html,
526 :     $cgi->hr,
527 :     $cgi->h2('Locate PEGs in Subsystems'),
528 :     $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
529 :     "Enter user: ",
530 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20), $cgi->br,
531 :     $cgi->br,"Genome: ",$cgi->textfield(-name => "genome", -size => 15),$cgi->br,
532 : overbeek 1.52 "Search: ",$cgi->textfield(-name => "subsearch", -size => 100),$cgi->br,
533 : overbeek 1.51 $cgi->submit('Find PEGs'),": ",
534 :     $cgi->end_form
535 :     );
536 : efrank 1.1 }
537 :    
538 : overbeek 1.17
539 :     #==============================================================================
540 :     # Indexed objects (text search)
541 :     #==============================================================================
542 :    
543 : efrank 1.1 sub show_indexed_objects {
544 : golsen 1.22 my($fig, $cgi, $html, $pattern) = @_;
545 :     my($msg, $i);
546 : efrank 1.1
547 :     if ($pattern =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
548 :     {
549 :     my $peg = $1;
550 :     my $user = $cgi->param('user');
551 :     $user = $user ? $user : "";
552 :     $ENV{'REQUEST_METHOD'} = "GET";
553 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "prot=$peg\&user=$user";
554 :     $ENV{"REQUEST_URI"} =~ s/index.cgi/protein.cgi/;
555 :     my @prot_out = `./protein.cgi`;
556 : overbeek 1.35 print @prot_out;
557 :     exit;
558 : efrank 1.1 }
559 :    
560 : overbeek 1.17 push( @$html, $cgi->br );
561 :     my( $peg_index_data, $role_index_data ) = $fig->search_index($pattern);
562 :     my $maxpeg = defined( $cgi->param("maxpeg") ) ? $cgi->param("maxpeg") : 100;
563 :     my $maxrole = defined( $cgi->param("maxrole") ) ? $cgi->param("maxrole") : 100;
564 : golsen 1.22 my $check_all = $cgi->param('Select all') || 0;
565 : overbeek 1.17
566 : redwards 1.53 # RAE added lines to allow searching within a single organism
567 :     if ($cgi->param('korgs'))
568 :     {
569 :     $cgi->param('korgs') =~ /\((\d+\.*\d*)\)/;
570 :     $org=$1; # this should be undef if korgs is not defined
571 :    
572 :     push (@$html, $cgi->br, "Matches found in ",$cgi->param('korgs'), $cgi->p);
573 :     my @clean_data; my @clean_index;
574 :     while (@$peg_index_data)
575 :     {
576 :     my ($data, $index)=(shift @$peg_index_data, shift @$role_index_data);
577 :     next unless (${$data}[0] =~ /^fig\|$org\.peg/);
578 :     push @clean_data, $data;
579 :     push @clean_index, $index;
580 :     }
581 :    
582 :     @$peg_index_data=@clean_data;
583 :     @$role_index_data=@clean_index;
584 :     }
585 :     ## End of added lines
586 :    
587 :    
588 :    
589 :    
590 :    
591 : overbeek 1.17 if ($maxpeg > 0)
592 :     {
593 :     push( @$html, $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
594 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
595 :     $cgi->hidden(-name => 'pattern', -value => $pattern),
596 :     $cgi->hidden(-name => 'maxpeg', -value => $maxpeg),
597 : golsen 1.21 $cgi->hidden(-name => 'maxrole', -value => $maxrole),
598 : overbeek 1.17 $cgi->hidden(-name => 'Search', -value => 'Search'),
599 :     $cgi->submit( $check_all ? 'Deselect all' : 'Select all'),
600 :     $cgi->end_form
601 :     );
602 :    
603 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
604 :     -target => "window$$",
605 :     -action => 'fid_checked.cgi'
606 :     ),
607 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
608 : golsen 1.21 "For Selected (checked) sequences: ",
609 : overbeek 1.17 $cgi->submit('get sequences'),
610 :     $cgi->submit('view annotations'),
611 : overbeek 1.33 $cgi->submit('assign/annotate'),
612 : overbeek 1.17 $cgi->br, $cgi->br
613 :     );
614 : efrank 1.1
615 : overbeek 1.17 my $n = @$peg_index_data;
616 :     if ($n > $maxpeg)
617 :     {
618 :     $msg = "Showing First $maxpeg Out of $n PEGs";
619 :     $#{$peg_index_data} = $maxpeg-1;
620 :     }
621 :     else
622 :     {
623 :     $msg = "Showing $n PEGs";
624 :     }
625 : efrank 1.1
626 : overbeek 1.17 my $col_hdrs = ["Sel","PEG","Organism","Aliases","Function","Who"];
627 :     my $tab = [ map { &format_peg_entry($fig,$cgi,$_,$check_all) } @$peg_index_data ];
628 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg),
629 :     $cgi->br,
630 :     "For SELECTed (checked) sequences: ",
631 :     $cgi->submit('get sequences'),
632 :     $cgi->submit('view annotations'),
633 :     $cgi->br,
634 :     $cgi->end_form
635 :     );
636 : efrank 1.1 }
637 : overbeek 1.17
638 :     if ($maxrole > 0)
639 : efrank 1.1 {
640 : overbeek 1.17 my $n = @$role_index_data;
641 :     if ($n > $maxrole)
642 :     {
643 :     $msg = "Showing First $maxrole Out of $n Roles";
644 :     $#{$role_index_data} = $maxrole - 1;
645 :     }
646 :     else
647 :     {
648 :     $msg = "Showing $n Roles";
649 :     }
650 :    
651 :     if ( $maxpeg > 0 ) { push( @$html, $cgi->hr ) }
652 :     my $col_hdrs = ["Role"];
653 :     my $tab = [ map { &format_role_entry($fig,$cgi,$_) } @$role_index_data ];
654 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg) );
655 : efrank 1.1 }
656 :     }
657 :    
658 :     sub format_peg_entry {
659 : overbeek 1.17 my( $fig, $cgi, $entry, $checked) = @_;
660 : efrank 1.1 my($i,$function,$who);
661 :    
662 :     my($peg,$gs,$aliases,@funcs) = @$entry;
663 : overbeek 1.17
664 : golsen 1.21 $gs =~ s/\s+\d+$//; # Org name comes with taxon_id appended (why?) -- GJO
665 : efrank 1.1
666 :     @funcs = map { $_ =~ s/^function:\s*//; $_ } @funcs;
667 :    
668 :     if ($aliases)
669 :     {
670 :     $aliases =~ s/^aliases://;
671 :     }
672 :     else
673 :     {
674 :     $aliases = "";
675 :     }
676 :    
677 : golsen 1.21 my $user = $cgi->param('user');
678 :     $user = $user ? $user : "";
679 :    
680 : efrank 1.1 if ($user)
681 :     {
682 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#$user/); $i++) {}
683 :     if ($i < @funcs)
684 :     {
685 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
686 :     }
687 :     }
688 : golsen 1.21
689 : efrank 1.1 if (! $function)
690 :     {
691 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#master/); $i++) {}
692 :     if ($i < @funcs)
693 :     {
694 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
695 :     }
696 :     }
697 :    
698 :     if ((! $function) && (@funcs > 0))
699 :     {
700 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[0]);
701 :     }
702 : golsen 1.21 my $box = "<input type=checkbox name=checked value=\"$peg\""
703 :     . ($checked ? " checked=1" : "")
704 : overbeek 1.17 . ">";
705 :     return [ $box, &HTML::fid_link($cgi,$peg), $gs, $aliases, $function, $who ];
706 : efrank 1.1 }
707 :    
708 :     sub format_role_entry {
709 :     my($fig,$cgi,$entry) = @_;
710 :    
711 :     return [&HTML::role_link($cgi,$entry)];
712 :     }
713 :    
714 :     sub run_prot_scan_for_matches {
715 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
716 :     my($string,$peg,$beg,$end,$user,$col_hdrs,$tab,$i);
717 :    
718 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
719 :     open(PAT,">$tmp_pat")
720 :     || die "could not open $tmp_pat";
721 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
722 :     print PAT "$pat\n";
723 :     close(PAT);
724 :     my @out = `$FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -p $tmp_pat < $FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta`;
725 :     if (@out < 1)
726 :     {
727 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
728 :     }
729 :     else
730 :     {
731 :     if (@out > 2000)
732 :     {
733 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
734 :     $#out = 1999;
735 :     }
736 :    
737 :     push(@$html,$cgi->pre);
738 :     $user = $cgi->param('user');
739 :     $col_hdrs = ["peg","begin","end","string","function of peg"];
740 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
741 :     {
742 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
743 :     {
744 :     $peg = $1;
745 :     $beg = $2;
746 :     $end = $3;
747 :     $string = $out[$i+1];
748 : golsen 1.21 chomp $string;
749 : overbeek 1.17 push( @$tab, [ &HTML::fid_link($cgi,$peg,1),
750 :     $beg,
751 :     $end,
752 :     $string,
753 :     scalar $fig->function_of( $peg, $user )
754 :     ]
755 :     );
756 : efrank 1.1 }
757 :     }
758 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
759 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
760 :     }
761 :     unlink($tmp_pat);
762 :     }
763 :    
764 : overbeek 1.17 #==============================================================================
765 :     # Scan for matches
766 :     #==============================================================================
767 :    
768 : efrank 1.1 sub run_dna_scan_for_matches {
769 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
770 :     my($string,$contig,$beg,$end,$col_hdrs,$tab,$i);
771 :    
772 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
773 :     open(PAT,">$tmp_pat")
774 :     || die "could not open $tmp_pat";
775 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
776 :     print PAT "$pat\n";
777 :     close(PAT);
778 :     my @out = `cat $FIG_Config::organisms/$org/contigs | $FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -c $tmp_pat`;
779 :     if (@out < 1)
780 :     {
781 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
782 :     }
783 :     else
784 :     {
785 :     if (@out > 2000)
786 :     {
787 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
788 :     $#out = 1999;
789 :     }
790 :    
791 :     push(@$html,$cgi->pre);
792 :     $col_hdrs = ["contig","begin","end","string"];
793 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
794 :     {
795 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
796 :     {
797 :     $contig = $1;
798 :     $beg = $2;
799 :     $end = $3;
800 :     $string = $out[$i+1];
801 : golsen 1.21 chomp $string;
802 : efrank 1.1 push(@$tab,[$contig,$beg,$end,$string]);
803 :     }
804 :     }
805 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
806 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
807 :     }
808 :     unlink($tmp_pat);
809 :     }
810 :    
811 : overbeek 1.17 #==============================================================================
812 :     # BLAST search
813 :     #==============================================================================
814 :    
815 : efrank 1.1 sub run_blast {
816 : golsen 1.45 my( $fig, $cgi, $html, $org, $tool, $seq ) = @_;
817 :     my( $query, @out );
818 : efrank 1.1
819 : golsen 1.45 my $tmp_seq = "$FIG_Config::temp/run_blast_tmp$$.seq";
820 : efrank 1.1
821 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
822 :     # Is the request for an id? Get the sequence
823 :     #--------------------------------------------------------------------------
824 : efrank 1.1 if ($seq =~ /^\s*([a-zA-Z]{2,4}\|\S+)/)
825 :     {
826 : golsen 1.23 # Replaced $id with $query so that output inherits label -- GJO
827 :     $query = $1;
828 : efrank 1.1 $seq = "";
829 :     if (($tool eq "blastp") || ($tool eq "tblastn"))
830 :     {
831 : golsen 1.23 $seq = $fig->get_translation($query);
832 : efrank 1.1 }
833 : golsen 1.23 elsif ($query =~ /^fig/)
834 : efrank 1.1 {
835 :     my @locs;
836 : golsen 1.23 if ((@locs = $fig->feature_location($query)) && (@locs > 0))
837 : efrank 1.1 {
838 : golsen 1.23 $seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($query),@locs);
839 : efrank 1.1 }
840 :     }
841 :     if (! $seq)
842 :     {
843 : golsen 1.23 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, could not get sequence for $query"));
844 : efrank 1.1 return;
845 :     }
846 :     }
847 : golsen 1.45
848 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
849 :     # Is it a fasta format? Get the query name
850 :     #--------------------------------------------------------------------------
851 : golsen 1.45
852 :     elsif ( $seq =~ s/^>\s*(\S+[^\n\012\015]*)// ) # more flexible match -- GJO
853 : efrank 1.1 {
854 :     $query = $1;
855 :     }
856 : golsen 1.45
857 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
858 :     # Take it as plain text
859 :     #--------------------------------------------------------------------------
860 : golsen 1.45
861 : efrank 1.1 else
862 :     {
863 :     $query = "query";
864 :     }
865 : golsen 1.45
866 :     #
867 :     # The rest is taken as the sequence
868 :     #
869 :    
870 : golsen 1.23 $seq =~ s/\s+//g;
871 : golsen 1.45 open( SEQ, ">$tmp_seq" ) || die "run_blast could not open $tmp_seq";
872 : efrank 1.1 print SEQ ">$query\n$seq\n";
873 : golsen 1.45 close( SEQ );
874 : efrank 1.1
875 :     if (! $ENV{"BLASTMAT"}) { $ENV{"BLASTMAT"} = "$FIG_Config::blastmat" }
876 : golsen 1.45 my $blast_opt = $cgi->param( 'blast_options' );
877 :     my $blastall = "$FIG_Config::ext_bin/blastall";
878 : efrank 1.1
879 : golsen 1.45 if ( $tool eq "blastp" )
880 : efrank 1.1 {
881 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
882 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "p" );
883 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastp $blast_opt`;
884 : efrank 1.1 }
885 : golsen 1.45
886 :     elsif ( $tool eq "blastx" )
887 : efrank 1.1 {
888 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
889 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "p" );
890 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastx $blast_opt`;
891 : efrank 1.1 }
892 : golsen 1.45
893 :     elsif ( $tool eq "blastn" )
894 : efrank 1.1 {
895 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
896 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "n" ); ### fix to get all contigs
897 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastn -r 1 -q -1 $blast_opt`;
898 : efrank 1.1 }
899 : golsen 1.45
900 :     elsif ( $tool eq "tblastn" )
901 : efrank 1.1 {
902 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
903 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "n" ); ### fix to get all contigs
904 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p tblastn $blast_opt`;
905 : efrank 1.1 }
906 : golsen 1.45
907 :     elsif ( $tool eq 'blastp against complete genomes' ) ### this tool gets nonstandard treatment: RAO
908 : overbeek 1.30 {
909 :     &blast_complete($fig,$cgi,$html,$tmp_seq,$blastall);
910 :     unlink($tmp_seq);
911 :     return;
912 :     }
913 : golsen 1.45
914 : overbeek 1.17 if (@out < 1) # This is really a bigger problem than no hits (GJO)
915 : efrank 1.1 {
916 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
917 :     }
918 :     else
919 :     {
920 :     push(@$html,$cgi->pre);
921 :     push(@$html,@out);
922 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
923 :     }
924 : golsen 1.45 unlink( $tmp_seq );
925 : efrank 1.1 }
926 :    
927 : golsen 1.45
928 : overbeek 1.30 sub blast_complete {
929 :     my($fig,$cgi,$html,$seq_file,$blastall) = @_;
930 :     my($genome,@sims);
931 :    
932 :     @sims = ();
933 :     foreach $genome ($fig->genomes("complete"))
934 :     {
935 :     my $db = "$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/fasta";
936 :     next if (! -s $db);
937 :    
938 :     &verify_db($db,"p");
939 :     my $sim;
940 :     push(@sims,map { chop;
941 :     $sim = [split(/\t/,$_)];
942 :     $sim->[10] = ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];
943 :     $sim }
944 :     `$blastall -i $seq_file -d $db -m 8 -FF -e 1.0e-5 -p blastp`);
945 :     }
946 :     @sims = sort { $a->[10] <=> $b->[10] } @sims;
947 :     &format_sims($fig,$cgi,$html,\@sims);
948 :     }
949 :    
950 :     sub format_sims {
951 :     my($fig,$cgi,$html,$sims) = @_;
952 :     my($col_hdrs,$table,@ids,$ids,$sim,%seen);
953 :    
954 :     $col_hdrs = [ "Select up to here",
955 :     "Similar sequence",
956 :     "E-val",
957 :     "Function",
958 :     "Organism",
959 :     "Aliases"
960 :     ];
961 :    
962 :     $table = [];
963 :     @ids = ();
964 :     if (@$sims > 1000) { $#{$sims} = 999 }
965 :     foreach $sim (@$sims)
966 :     {
967 :     if (! $seen{$sim->[1]})
968 :     {
969 :     push(@$table,[$cgi->checkbox(-name => 'list_to', -value => $sim->[1], -override => 1, -checked => 0, -label => ""),
970 :     &HTML::fid_link($cgi,$sim->[1]),
971 :     $sim->[10],
972 :     scalar $fig->function_of($sim->[1]),
973 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($sim->[1])),
974 :     scalar $fig->feature_aliases($sim->[1])
975 :     ]);
976 :     push(@ids,$sim->[1]);
977 :     }
978 :     }
979 :     $ids = join(",",@ids);
980 :     my $target = "window$$";
981 :     push(@$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
982 :     -target => $target,
983 :     -action => 'index.cgi'
984 :     ),
985 :     $cgi->hidden(-name => 'ids', -value => $ids),
986 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$table,"Best Hits"),
987 :     $cgi->submit('Extract Matched Sequences'),
988 :     $cgi->end_form);
989 :     }
990 : overbeek 1.17
991 : efrank 1.1 sub verify_db {
992 :     my($db,$type) = @_;
993 :    
994 : overbeek 1.17 if ($type =~ /^p/i)
995 : efrank 1.1 {
996 :     if ((! -s "$db.psq") || (-M "$db.psq" > -M $db))
997 :     {
998 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p T -i $db";
999 :     }
1000 :     }
1001 :     else
1002 :     {
1003 :     if ((! -s "$db.nsq") || (-M "$db.nsq" > -M $db))
1004 :     {
1005 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p F -i $db";
1006 :     }
1007 :     }
1008 :     }
1009 : overbeek 1.7
1010 :     sub export_assignments {
1011 :     my($fig,$cgi,$html,$who) = @_;
1012 :     my($genome,$x);
1013 :    
1014 :     my @genomes = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } $cgi->param('korgs');
1015 :    
1016 :     if (@genomes == 0)
1017 :     {
1018 :     @genomes = $fig->genomes;
1019 :     }
1020 :    
1021 : overbeek 1.10 my @assignments = $fig->assignments_made(\@genomes,$who,$cgi->param('after_date'));
1022 : overbeek 1.7 if (@assignments == 0)
1023 :     {
1024 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no assignments where made by $who"));
1025 :     }
1026 :     else
1027 :     {
1028 :     my $col_hdrs = ["FIG id", "External ID", "Genus/Species","Assignment"];
1029 :     my $tab = [];
1030 :     my($x,$peg,$func);
1031 :     foreach $x (@assignments)
1032 :     {
1033 :     ($peg,$func) = @$x;
1034 :     push(@$tab,[$peg,&ext_id($fig,$peg),$fig->genus_species($fig->genome_of($peg)),$func]);
1035 :     }
1036 : overbeek 1.11
1037 :     if ($cgi->param('save_assignments'))
1038 :     {
1039 : overbeek 1.15 my $user = $cgi->param('save_user');
1040 : overbeek 1.13 if ($user)
1041 :     {
1042 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1043 : overbeek 1.15 my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:exported_from_local_SEED";
1044 : overbeek 1.13 if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1045 :     {
1046 :     print TMP join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } map { [$_->[0],$_->[3]] } @$tab);
1047 :     close(TMP);
1048 :     }
1049 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
1050 :     }
1051 :     else
1052 : overbeek 1.11 {
1053 : overbeek 1.13 push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
1054 : overbeek 1.11 }
1055 :     }
1056 : overbeek 1.13
1057 : overbeek 1.7 if ($cgi->param('tabs'))
1058 :     {
1059 :     print $cgi->header;
1060 :     print "<pre>\n";
1061 :     print join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } @$tab);
1062 :     print "</pre>\n";
1063 :     exit;
1064 :     }
1065 :     else
1066 :     {
1067 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Assignments Made by $who"));
1068 :     }
1069 :     }
1070 :     }
1071 :    
1072 :     sub ext_id {
1073 :     my($fig,$peg) = @_;
1074 :    
1075 :     my @mapped = grep { $_ !~ /^fig/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
1076 :     if (@mapped == 0)
1077 :     {
1078 :     return $peg;
1079 :     }
1080 :    
1081 :     my @tmp = ();
1082 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^sp/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1083 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^pir/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1084 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^gi/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1085 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tr/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1086 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tn/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1087 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^kegg/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
1088 :    
1089 :     return $peg;
1090 :     }
1091 :    
1092 : overbeek 1.28 sub translate_assignments {
1093 :     my($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func) = @_;
1094 :    
1095 :     my $user = $cgi->param('save_user');
1096 :     if ($user)
1097 :     {
1098 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1099 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$user:translation";
1100 :     if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1101 :     {
1102 :     my($peg,$from_funcQ,$to_funcQ,$func,$to);
1103 :     $from_funcQ = quotemeta $from_func;
1104 :    
1105 :     foreach $peg ($fig->seqs_with_role($from_func))
1106 :     {
1107 :     if ($peg =~ /^fig\|/)
1108 :     {
1109 :     $func = $fig->function_of($peg);
1110 :     $to = $func;
1111 :     if ($to =~ s/$from_funcQ/$to_func/)
1112 :     {
1113 :     print TMP "$peg\t$to\n";
1114 :     }
1115 :     }
1116 :     }
1117 :     close(TMP);
1118 :     }
1119 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
1120 :     }
1121 :     else
1122 :     {
1123 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
1124 :     }
1125 :     }

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