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Annotation of /FigWebServices/index.cgi

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Revision 1.46 - (view) (download)

1 : efrank 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 : olson 1.36 use POSIX;
5 : efrank 1.1 use HTML;
6 :     use strict;
7 :     use CGI;
8 :     my $cgi = new CGI;
9 :    
10 : overbeek 1.28 my($map,@orgs,$user,$map,$org,$made_by,$from_func,$to_func);
11 : efrank 1.1
12 :     if (0)
13 :     {
14 :     print $cgi->header;
15 :     my @params = $cgi->param;
16 :     print "<pre>\n";
17 :     foreach $_ (@params)
18 :     {
19 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
20 :     }
21 :     print "=======\n";
22 :     foreach $_ (sort keys(%ENV))
23 :     {
24 :     print "$_\t$ENV{$_}\n";
25 :     }
26 :     exit;
27 :     }
28 :    
29 :     $ENV{"PATH"} = "$FIG_Config::bin:$FIG_Config::ext_bin:" . $ENV{"PATH"};
30 :    
31 :     my $html = [];
32 : golsen 1.23
33 : efrank 1.5
34 : overbeek 1.30 my($pattern,$seq_pat,$tool,$ids);
35 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
36 :     if (! $user) { $user = "" }
37 :    
38 : overbeek 1.28 if ($cgi->param('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'))
39 : efrank 1.1 {
40 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Phylogenetic Signatures</TITLE>\n";
41 : efrank 1.1 my $url = $cgi->url;
42 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
43 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user";
44 :     my @out = `./sigs.cgi`;
45 :     &HTML::trim_output(\@out);
46 :     push(@$html,@out);
47 :     }
48 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
49 : overbeek 1.31 # Align Sequences
50 :     #-----------------------------------------------------------------------
51 :     elsif ($cgi->param('Align Sequences'))
52 :     {
53 :     my $seqs = $cgi->param('seqids');
54 :     $seqs =~ s/^\s+//;
55 :     $seqs =~ s/\s+$//;
56 :     my @seq_ids = split(/[ \t,;]+/,$seqs);
57 :     if (@seq_ids < 2)
58 :     {
59 :     print $cgi->header;
60 :     print $cgi->h1("Sorry, you need to specify at least two sequence IDs");
61 :     }
62 :     else
63 :     {
64 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
65 :     $_ = join('&checked=',@seq_ids);
66 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&align=1&checked=" . $_;
67 :     my @out = `./fid_checked.cgi`;
68 :     print join("",@out);
69 :     }
70 :     exit;
71 :     }
72 :     #-----------------------------------------------------------------------
73 : overbeek 1.17 # Search (text) || Find Genes in Org that Might Play the Role
74 :     #-----------------------------------------------------------------------
75 : efrank 1.1 elsif (($pattern = $cgi->param('pattern')) && ($cgi->param('Search') || $cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role')))
76 :     {
77 : overbeek 1.17 # Remove leading and trailing spaces from pattern -- GJO:
78 :     $pattern =~ s/^\s+//;
79 :     $pattern =~ s/\s+$//;
80 : efrank 1.1 if ($cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role') &&
81 :     (@orgs = $cgi->param('korgs')) && (@orgs == 1))
82 :     {
83 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Genes in that Might Play Specific Role</TITLE>\n";
84 : efrank 1.1 @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
85 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
86 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&request=find_in_org&role=$pattern&org=$orgs[0]";
87 :     my @out = `./pom.cgi`;
88 :     print join("",@out);
89 :     exit;
90 :     }
91 :     else
92 :     {
93 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Search Results</TITLE>\n";
94 : golsen 1.22 &show_indexed_objects($fig, $cgi, $html, $pattern);
95 : efrank 1.1 }
96 :     }
97 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
98 :     # Metabolic Overview
99 :     #-----------------------------------------------------------------------
100 : efrank 1.1 elsif (($map = $cgi->param('kmap')) && $cgi->param('Metabolic Overview'))
101 :     {
102 : olson 1.38 if ($map =~ /\(([^)]*)\)$/)
103 :     {
104 :     $map = $1;
105 :     }
106 :     else
107 :     {
108 : golsen 1.44 # ??? Gary ???
109 : olson 1.38 }
110 :    
111 :     #$map =~ s/^.*\((MAP\d+)\).*$/$1/;
112 : efrank 1.1 @orgs = $cgi->param('korgs');
113 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
114 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
115 :     if (@orgs > 0)
116 :     {
117 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$orgs[0]";
118 :     }
119 :     else
120 :     {
121 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map";
122 :     }
123 :    
124 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Metabolic Overview</TITLE>\n";
125 : olson 1.38 my @out = `./show_map.cgi`;
126 : efrank 1.1 &HTML::trim_output(\@out);
127 : golsen 1.23 push( @$html, "<br>\n", @out );
128 : efrank 1.1 }
129 : overbeek 1.17
130 :     #-----------------------------------------------------------------------
131 :     # Search for Matches (sequence or pattern)
132 :     #-----------------------------------------------------------------------
133 : efrank 1.1 elsif (($seq_pat = $cgi->param('seq_pat')) &&
134 :     ($tool = $cgi->param('Tool')) &&
135 :     $cgi->param('Search for Matches'))
136 :     {
137 : overbeek 1.30 @orgs = $cgi->param('korgs');
138 :     if (@orgs > 0)
139 :     {
140 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
141 :     }
142 :     else
143 :     {
144 :     @orgs = ("");
145 :     }
146 :    
147 : efrank 1.1 if ($tool =~ /blast/)
148 :     {
149 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: BLAST Search Results</TITLE>\n";
150 : efrank 1.1 &run_blast($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$tool,$seq_pat);
151 :     }
152 :     elsif ($tool =~ /Protein scan_for_matches/)
153 :     {
154 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Pattern Match Results</TITLE>\n";
155 : efrank 1.1 &run_prot_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
156 :     }
157 :     elsif ($tool =~ /DNA scan_for_matches/)
158 :     {
159 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Pattern Match Results</TITLE>\n";
160 : efrank 1.1 &run_dna_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
161 :     }
162 :     }
163 : overbeek 1.7 elsif (($made_by = $cgi->param('made_by')) && $cgi->param('Extract Assignments'))
164 :     {
165 :     &export_assignments($fig,$cgi,$html,$made_by);
166 :     }
167 : overbeek 1.28 elsif ($cgi->param('Generate Assignments via Translation') &&
168 :     ($from_func = $cgi->param('from_func')) &&
169 :     ($to_func = $cgi->param('to_func')))
170 :     {
171 :     &translate_assignments($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func);
172 :     }
173 : overbeek 1.30 elsif ($cgi->param('Extract Matched Sequences') && ($ids = $cgi->param('ids')))
174 :     {
175 :     my @ids = split(/,/,$ids);
176 :     my($list_to,$i);
177 :     if ($list_to = $cgi->param('list_to'))
178 :     {
179 :     for ($i=0; ($i < @ids) && ($ids[$i] ne $list_to); $i++) {}
180 :     if ($i < @ids)
181 :     {
182 :     $#ids = $i;
183 :     }
184 :     }
185 :    
186 :     my($id,$seq,$i,$func);
187 :     push(@$html,$cgi->pre);
188 :    
189 :     foreach $id (@ids)
190 :     {
191 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
192 :     {
193 :     $func = $fig->function_of($id);
194 :     push(@$html,">$id $func\n");
195 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
196 :     {
197 :     if ($i > (length($seq) - 60))
198 :     {
199 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
200 :     }
201 :     else
202 :     {
203 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
204 :     }
205 :     }
206 :     }
207 :     }
208 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
209 :     }
210 : overbeek 1.17
211 :     #-----------------------------------------------------------------------
212 :     # Initial search page
213 :     #-----------------------------------------------------------------------
214 : efrank 1.1 else
215 :     {
216 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Entry Page</TITLE>\n";
217 : efrank 1.1 &show_initial($fig,$cgi,$html);
218 :     }
219 :     &HTML::show_page($cgi,$html,1);
220 :    
221 : overbeek 1.17
222 :     #==============================================================================
223 :     # Initial page (alias search)
224 :     #==============================================================================
225 :    
226 : efrank 1.1 sub show_initial {
227 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
228 :     my($map,$name,$olrg,$gs);
229 :    
230 : overbeek 1.2 my($a,$b,$e,$v) = $fig->genome_counts;
231 : overbeek 1.6 push(@$html,$cgi->h2("Contains $a archaeal, $b bacterial, $e eukaryotic, and $v viral genomes"));
232 :     my($a,$b,$e,$v) = $fig->genome_counts("complete");
233 :     push(@$html,$cgi->h2("Of these, $a archaeal, $b bacterial, and $e eukaryotic genomes are more-or-less complete"),$cgi->hr);
234 : overbeek 1.2
235 : efrank 1.1 my @maps = sort map { $map = $_; $name = $fig->map_name($map); "$name ($map)" } $fig->all_maps;
236 : overbeek 1.6 my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = $fig->genus_species($org); "$gs ($org)" } $fig->genomes("complete",undef);
237 : efrank 1.1
238 :     push(@$html,
239 : olson 1.42 $cgi->h2('Work on Subsystems'),
240 :     $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi"),
241 :     "Enter user: ",
242 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
243 :     $cgi->submit('Work on Subsystems'),
244 :     $cgi->end_form,
245 : overbeek 1.46
246 :     $cgi->h2('Work on Subsystems Using New, Experimental Code'),
247 :     "You should try this only if you know how to back yourself up. This code is new and will be officially released soon.",
248 :     $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi"),
249 :     "Enter user: ",
250 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
251 :     $cgi->submit('Work on Subsystems'),
252 :     $cgi->end_form,
253 : olson 1.42 $cgi->hr,
254 :     );
255 :    
256 :     push(@$html,
257 : efrank 1.1 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
258 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Genes or Functional Roles Using Text'),
259 : overbeek 1.17 "<table><tr>",
260 :     "<td>Search Pattern: </td><td>",
261 :     $cgi->textfield(-name => "pattern", -size => 65),
262 :     "</td></tr><tr>",
263 :     "<td>User ID:</td><td>",
264 : efrank 1.1 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
265 : overbeek 1.17 " [optional] ",
266 :     "&nbsp; &nbsp; Max Genes: ",
267 :     $cgi->textfield(-name => "maxpeg", -size => 6, -value => 100),
268 :     "&nbsp; &nbsp; Max Roles: ",
269 :     $cgi->textfield(-name => "maxrole", -size => 6, -value => 100),
270 :     "</td></td></table>",
271 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search'),
272 : olson 1.41 $cgi->reset('Clear'));
273 :    
274 :     push(@$html, $cgi->hr,
275 :     $cgi->h2('If You Need to Pick an Organism for Options Below'),
276 : efrank 1.1 $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
277 :     -values => [@orgs],
278 :     -size => 10
279 :     ),
280 :     $cgi->hr,
281 : overbeek 1.17
282 : olson 1.41 $cgi->h2('Finding Candidates for a Functional Role'),
283 : efrank 1.1 "Make sure that you type the functional role you want to search for in the Search Pattern above",
284 :     $cgi->br,
285 :     $cgi->submit('Find Genes in Org that Might Play the Role'),
286 :     $cgi->hr,
287 : overbeek 1.17
288 : olson 1.43 $cgi->h2('Metabolic Overviews and Subsystem Maps (via KEGG & SEED) - Choose Map'),
289 : efrank 1.1 $cgi->submit('Metabolic Overview'),
290 :     $cgi->br,
291 :     $cgi->br,
292 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'kmap',
293 :     -values => [@maps],
294 :     -size => 10
295 :     ),
296 :     $cgi->hr,
297 : overbeek 1.17
298 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)'),
299 : golsen 1.29 "<TABLE>\n",
300 :     " <TR>\n",
301 :     " <TD>Sequence/Pattern: </TD>",
302 : golsen 1.45 " <TD Colspan=3>", $cgi->textarea(-name => 'seq_pat', -rows => 10, -cols => 70), "</TD>\n",
303 : golsen 1.29 " </TR>\n",
304 :     " <TR>\n",
305 :     " <TD>Search Program: </TD>",
306 : golsen 1.45 " <TD>", $cgi->popup_menu(-name => 'Tool', -values => ['blastp', 'blastx', 'blastn', 'tblastn', 'blastp against complete genomes', 'Protein scan_for_matches', 'DNA scan_for_matches'], -default => 'blastp'), " </TD>",
307 :     " <TD> Program Options:</TD>",
308 :     " <TD>", $cgi->textfield( -name => "blast_options", -size => 27 ), "</TD>",
309 : golsen 1.29 " </TR>\n",
310 :     "</TABLE>\n",
311 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search for Matches'),
312 : olson 1.41 $cgi->hr);
313 : overbeek 1.17
314 : olson 1.41 #
315 :     # Make assignment export tbl.
316 :     #
317 :    
318 :     my @atbl;
319 :     push(@atbl, ["Extract assignments made by ",
320 :     $cgi->textfield(-name => "made_by", -size => 50)]);
321 :     push(@atbl, ["Save as user: ",
322 :     $cgi->textfield(-name => "save_user", -size => 50)]);
323 :     push(@atbl, ["After date (MM/DD/YYYY) ",
324 :     $cgi->textfield(-name => "after_date", -size => 15)]);
325 :    
326 :     push(@$html,
327 :     $cgi->h2('Exporting Assignments'),
328 :     &HTML::make_table(undef, \@atbl, '', border => 0),
329 : overbeek 1.11 $cgi->checkbox(-label => 'tab-delimited Spreadsheet: ', -name => 'tabs', -value => 1),
330 :     $cgi->br,
331 :     $cgi->checkbox(-label => 'Save Assignments: ', -name => 'save_assignments', -value => 1),
332 : overbeek 1.7 $cgi->br,
333 :     $cgi->submit('Extract Assignments'),
334 : overbeek 1.28 $cgi->br, $cgi->br,
335 :     "Alternatively, you can generate a set of assignments as translations of existing assignments.",
336 :     $cgi->br,
337 :     "From: ",$cgi->textfield(-name => "from_func", -size => 60),
338 :     $cgi->br,
339 :     "To:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ",$cgi->textfield(-name => "to_func", -size => 60),
340 :     $cgi->br,
341 :     $cgi->submit('Generate Assignments via Translation'),
342 : overbeek 1.7 $cgi->hr,
343 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Interesting Genes'),
344 : overbeek 1.28 $cgi->submit('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'),
345 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
346 : overbeek 1.14 );
347 :    
348 :     push(@$html,
349 :     $cgi->hr,
350 : olson 1.41 $cgi->h2('Process Saved Assignments Sets'),
351 : overbeek 1.14 $cgi->start_form(-action => "assignments.cgi"),
352 : overbeek 1.19 "Enter user: ",
353 : overbeek 1.14 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
354 :     $cgi->submit('Process Assignment Sets'),
355 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
356 : efrank 1.1 );
357 :    
358 : overbeek 1.19 push(@$html,
359 :     $cgi->hr,
360 : olson 1.41 $cgi->h2('Align Sequences'),
361 : overbeek 1.31 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
362 :     "Enter user: ",
363 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20), $cgi->br,
364 :     $cgi->submit('Align Sequences'),": ",
365 :     $cgi->textfield(-name => "seqids", -size => 100),
366 :     $cgi->end_form
367 :     );
368 : efrank 1.1 }
369 :    
370 : overbeek 1.17
371 :     #==============================================================================
372 :     # Indexed objects (text search)
373 :     #==============================================================================
374 :    
375 : efrank 1.1 sub show_indexed_objects {
376 : golsen 1.22 my($fig, $cgi, $html, $pattern) = @_;
377 :     my($msg, $i);
378 : efrank 1.1
379 :     if ($pattern =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
380 :     {
381 :     my $peg = $1;
382 :     my $user = $cgi->param('user');
383 :     $user = $user ? $user : "";
384 :     $ENV{'REQUEST_METHOD'} = "GET";
385 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "prot=$peg\&user=$user";
386 :     $ENV{"REQUEST_URI"} =~ s/index.cgi/protein.cgi/;
387 :     my @prot_out = `./protein.cgi`;
388 : overbeek 1.35 print @prot_out;
389 :     exit;
390 : efrank 1.1 }
391 :    
392 : overbeek 1.17 push( @$html, $cgi->br );
393 :     my( $peg_index_data, $role_index_data ) = $fig->search_index($pattern);
394 :     my $maxpeg = defined( $cgi->param("maxpeg") ) ? $cgi->param("maxpeg") : 100;
395 :     my $maxrole = defined( $cgi->param("maxrole") ) ? $cgi->param("maxrole") : 100;
396 : golsen 1.22 my $check_all = $cgi->param('Select all') || 0;
397 : overbeek 1.17
398 :     if ($maxpeg > 0)
399 :     {
400 :     push( @$html, $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
401 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
402 :     $cgi->hidden(-name => 'pattern', -value => $pattern),
403 :     $cgi->hidden(-name => 'maxpeg', -value => $maxpeg),
404 : golsen 1.21 $cgi->hidden(-name => 'maxrole', -value => $maxrole),
405 : overbeek 1.17 $cgi->hidden(-name => 'Search', -value => 'Search'),
406 :     $cgi->submit( $check_all ? 'Deselect all' : 'Select all'),
407 :     $cgi->end_form
408 :     );
409 :    
410 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
411 :     -target => "window$$",
412 :     -action => 'fid_checked.cgi'
413 :     ),
414 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
415 : golsen 1.21 "For Selected (checked) sequences: ",
416 : overbeek 1.17 $cgi->submit('get sequences'),
417 :     $cgi->submit('view annotations'),
418 : overbeek 1.33 $cgi->submit('assign/annotate'),
419 : overbeek 1.17 $cgi->br, $cgi->br
420 :     );
421 : efrank 1.1
422 : overbeek 1.17 my $n = @$peg_index_data;
423 :     if ($n > $maxpeg)
424 :     {
425 :     $msg = "Showing First $maxpeg Out of $n PEGs";
426 :     $#{$peg_index_data} = $maxpeg-1;
427 :     }
428 :     else
429 :     {
430 :     $msg = "Showing $n PEGs";
431 :     }
432 : efrank 1.1
433 : overbeek 1.17 my $col_hdrs = ["Sel","PEG","Organism","Aliases","Function","Who"];
434 :     my $tab = [ map { &format_peg_entry($fig,$cgi,$_,$check_all) } @$peg_index_data ];
435 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg),
436 :     $cgi->br,
437 :     "For SELECTed (checked) sequences: ",
438 :     $cgi->submit('get sequences'),
439 :     $cgi->submit('view annotations'),
440 :     $cgi->br,
441 :     $cgi->end_form
442 :     );
443 : efrank 1.1 }
444 : overbeek 1.17
445 :     if ($maxrole > 0)
446 : efrank 1.1 {
447 : overbeek 1.17 my $n = @$role_index_data;
448 :     if ($n > $maxrole)
449 :     {
450 :     $msg = "Showing First $maxrole Out of $n Roles";
451 :     $#{$role_index_data} = $maxrole - 1;
452 :     }
453 :     else
454 :     {
455 :     $msg = "Showing $n Roles";
456 :     }
457 :    
458 :     if ( $maxpeg > 0 ) { push( @$html, $cgi->hr ) }
459 :     my $col_hdrs = ["Role"];
460 :     my $tab = [ map { &format_role_entry($fig,$cgi,$_) } @$role_index_data ];
461 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg) );
462 : efrank 1.1 }
463 :     }
464 :    
465 :     sub format_peg_entry {
466 : overbeek 1.17 my( $fig, $cgi, $entry, $checked) = @_;
467 : efrank 1.1 my($i,$function,$who);
468 :    
469 :     my($peg,$gs,$aliases,@funcs) = @$entry;
470 : overbeek 1.17
471 : golsen 1.21 $gs =~ s/\s+\d+$//; # Org name comes with taxon_id appended (why?) -- GJO
472 : efrank 1.1
473 :     @funcs = map { $_ =~ s/^function:\s*//; $_ } @funcs;
474 :    
475 :     if ($aliases)
476 :     {
477 :     $aliases =~ s/^aliases://;
478 :     }
479 :     else
480 :     {
481 :     $aliases = "";
482 :     }
483 :    
484 : golsen 1.21 my $user = $cgi->param('user');
485 :     $user = $user ? $user : "";
486 :    
487 : efrank 1.1 if ($user)
488 :     {
489 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#$user/); $i++) {}
490 :     if ($i < @funcs)
491 :     {
492 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
493 :     }
494 :     }
495 : golsen 1.21
496 : efrank 1.1 if (! $function)
497 :     {
498 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#master/); $i++) {}
499 :     if ($i < @funcs)
500 :     {
501 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
502 :     }
503 :     }
504 :    
505 :     if ((! $function) && (@funcs > 0))
506 :     {
507 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[0]);
508 :     }
509 : golsen 1.21 my $box = "<input type=checkbox name=checked value=\"$peg\""
510 :     . ($checked ? " checked=1" : "")
511 : overbeek 1.17 . ">";
512 :     return [ $box, &HTML::fid_link($cgi,$peg), $gs, $aliases, $function, $who ];
513 : efrank 1.1 }
514 :    
515 :     sub format_role_entry {
516 :     my($fig,$cgi,$entry) = @_;
517 :    
518 :     return [&HTML::role_link($cgi,$entry)];
519 :     }
520 :    
521 :     sub run_prot_scan_for_matches {
522 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
523 :     my($string,$peg,$beg,$end,$user,$col_hdrs,$tab,$i);
524 :    
525 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
526 :     open(PAT,">$tmp_pat")
527 :     || die "could not open $tmp_pat";
528 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
529 :     print PAT "$pat\n";
530 :     close(PAT);
531 :     my @out = `$FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -p $tmp_pat < $FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta`;
532 :     if (@out < 1)
533 :     {
534 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
535 :     }
536 :     else
537 :     {
538 :     if (@out > 2000)
539 :     {
540 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
541 :     $#out = 1999;
542 :     }
543 :    
544 :     push(@$html,$cgi->pre);
545 :     $user = $cgi->param('user');
546 :     $col_hdrs = ["peg","begin","end","string","function of peg"];
547 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
548 :     {
549 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
550 :     {
551 :     $peg = $1;
552 :     $beg = $2;
553 :     $end = $3;
554 :     $string = $out[$i+1];
555 : golsen 1.21 chomp $string;
556 : overbeek 1.17 push( @$tab, [ &HTML::fid_link($cgi,$peg,1),
557 :     $beg,
558 :     $end,
559 :     $string,
560 :     scalar $fig->function_of( $peg, $user )
561 :     ]
562 :     );
563 : efrank 1.1 }
564 :     }
565 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
566 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
567 :     }
568 :     unlink($tmp_pat);
569 :     }
570 :    
571 : overbeek 1.17 #==============================================================================
572 :     # Scan for matches
573 :     #==============================================================================
574 :    
575 : efrank 1.1 sub run_dna_scan_for_matches {
576 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
577 :     my($string,$contig,$beg,$end,$col_hdrs,$tab,$i);
578 :    
579 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
580 :     open(PAT,">$tmp_pat")
581 :     || die "could not open $tmp_pat";
582 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
583 :     print PAT "$pat\n";
584 :     close(PAT);
585 :     my @out = `cat $FIG_Config::organisms/$org/contigs | $FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -c $tmp_pat`;
586 :     if (@out < 1)
587 :     {
588 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
589 :     }
590 :     else
591 :     {
592 :     if (@out > 2000)
593 :     {
594 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
595 :     $#out = 1999;
596 :     }
597 :    
598 :     push(@$html,$cgi->pre);
599 :     $col_hdrs = ["contig","begin","end","string"];
600 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
601 :     {
602 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
603 :     {
604 :     $contig = $1;
605 :     $beg = $2;
606 :     $end = $3;
607 :     $string = $out[$i+1];
608 : golsen 1.21 chomp $string;
609 : efrank 1.1 push(@$tab,[$contig,$beg,$end,$string]);
610 :     }
611 :     }
612 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
613 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
614 :     }
615 :     unlink($tmp_pat);
616 :     }
617 :    
618 : overbeek 1.17 #==============================================================================
619 :     # BLAST search
620 :     #==============================================================================
621 :    
622 : efrank 1.1 sub run_blast {
623 : golsen 1.45 my( $fig, $cgi, $html, $org, $tool, $seq ) = @_;
624 :     my( $query, @out );
625 : efrank 1.1
626 : golsen 1.45 my $tmp_seq = "$FIG_Config::temp/run_blast_tmp$$.seq";
627 : efrank 1.1
628 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
629 :     # Is the request for an id? Get the sequence
630 :     #--------------------------------------------------------------------------
631 : efrank 1.1 if ($seq =~ /^\s*([a-zA-Z]{2,4}\|\S+)/)
632 :     {
633 : golsen 1.23 # Replaced $id with $query so that output inherits label -- GJO
634 :     $query = $1;
635 : efrank 1.1 $seq = "";
636 :     if (($tool eq "blastp") || ($tool eq "tblastn"))
637 :     {
638 : golsen 1.23 $seq = $fig->get_translation($query);
639 : efrank 1.1 }
640 : golsen 1.23 elsif ($query =~ /^fig/)
641 : efrank 1.1 {
642 :     my @locs;
643 : golsen 1.23 if ((@locs = $fig->feature_location($query)) && (@locs > 0))
644 : efrank 1.1 {
645 : golsen 1.23 $seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($query),@locs);
646 : efrank 1.1 }
647 :     }
648 :     if (! $seq)
649 :     {
650 : golsen 1.23 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, could not get sequence for $query"));
651 : efrank 1.1 return;
652 :     }
653 :     }
654 : golsen 1.45
655 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
656 :     # Is it a fasta format? Get the query name
657 :     #--------------------------------------------------------------------------
658 : golsen 1.45
659 :     elsif ( $seq =~ s/^>\s*(\S+[^\n\012\015]*)// ) # more flexible match -- GJO
660 : efrank 1.1 {
661 :     $query = $1;
662 :     }
663 : golsen 1.45
664 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
665 :     # Take it as plain text
666 :     #--------------------------------------------------------------------------
667 : golsen 1.45
668 : efrank 1.1 else
669 :     {
670 :     $query = "query";
671 :     }
672 : golsen 1.45
673 :     #
674 :     # The rest is taken as the sequence
675 :     #
676 :    
677 : golsen 1.23 $seq =~ s/\s+//g;
678 : golsen 1.45 open( SEQ, ">$tmp_seq" ) || die "run_blast could not open $tmp_seq";
679 : efrank 1.1 print SEQ ">$query\n$seq\n";
680 : golsen 1.45 close( SEQ );
681 : efrank 1.1
682 :     if (! $ENV{"BLASTMAT"}) { $ENV{"BLASTMAT"} = "$FIG_Config::blastmat" }
683 : golsen 1.45 my $blast_opt = $cgi->param( 'blast_options' );
684 :     my $blastall = "$FIG_Config::ext_bin/blastall";
685 : efrank 1.1
686 : golsen 1.45 if ( $tool eq "blastp" )
687 : efrank 1.1 {
688 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
689 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "p" );
690 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastp $blast_opt`;
691 : efrank 1.1 }
692 : golsen 1.45
693 :     elsif ( $tool eq "blastx" )
694 : efrank 1.1 {
695 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
696 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "p" );
697 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastx $blast_opt`;
698 : efrank 1.1 }
699 : golsen 1.45
700 :     elsif ( $tool eq "blastn" )
701 : efrank 1.1 {
702 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
703 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "n" ); ### fix to get all contigs
704 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastn -r 1 -q -1 $blast_opt`;
705 : efrank 1.1 }
706 : golsen 1.45
707 :     elsif ( $tool eq "tblastn" )
708 : efrank 1.1 {
709 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
710 : golsen 1.45 &verify_db( $db, "n" ); ### fix to get all contigs
711 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p tblastn $blast_opt`;
712 : efrank 1.1 }
713 : golsen 1.45
714 :     elsif ( $tool eq 'blastp against complete genomes' ) ### this tool gets nonstandard treatment: RAO
715 : overbeek 1.30 {
716 :     &blast_complete($fig,$cgi,$html,$tmp_seq,$blastall);
717 :     unlink($tmp_seq);
718 :     return;
719 :     }
720 : golsen 1.45
721 : overbeek 1.17 if (@out < 1) # This is really a bigger problem than no hits (GJO)
722 : efrank 1.1 {
723 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
724 :     }
725 :     else
726 :     {
727 :     push(@$html,$cgi->pre);
728 :     push(@$html,@out);
729 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
730 :     }
731 : golsen 1.45 unlink( $tmp_seq );
732 : efrank 1.1 }
733 :    
734 : golsen 1.45
735 : overbeek 1.30 sub blast_complete {
736 :     my($fig,$cgi,$html,$seq_file,$blastall) = @_;
737 :     my($genome,@sims);
738 :    
739 :     @sims = ();
740 :     foreach $genome ($fig->genomes("complete"))
741 :     {
742 :     my $db = "$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/fasta";
743 :     next if (! -s $db);
744 :    
745 :     &verify_db($db,"p");
746 :     my $sim;
747 :     push(@sims,map { chop;
748 :     $sim = [split(/\t/,$_)];
749 :     $sim->[10] = ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];
750 :     $sim }
751 :     `$blastall -i $seq_file -d $db -m 8 -FF -e 1.0e-5 -p blastp`);
752 :     }
753 :     @sims = sort { $a->[10] <=> $b->[10] } @sims;
754 :     &format_sims($fig,$cgi,$html,\@sims);
755 :     }
756 :    
757 :     sub format_sims {
758 :     my($fig,$cgi,$html,$sims) = @_;
759 :     my($col_hdrs,$table,@ids,$ids,$sim,%seen);
760 :    
761 :     $col_hdrs = [ "Select up to here",
762 :     "Similar sequence",
763 :     "E-val",
764 :     "Function",
765 :     "Organism",
766 :     "Aliases"
767 :     ];
768 :    
769 :     $table = [];
770 :     @ids = ();
771 :     if (@$sims > 1000) { $#{$sims} = 999 }
772 :     foreach $sim (@$sims)
773 :     {
774 :     if (! $seen{$sim->[1]})
775 :     {
776 :     push(@$table,[$cgi->checkbox(-name => 'list_to', -value => $sim->[1], -override => 1, -checked => 0, -label => ""),
777 :     &HTML::fid_link($cgi,$sim->[1]),
778 :     $sim->[10],
779 :     scalar $fig->function_of($sim->[1]),
780 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($sim->[1])),
781 :     scalar $fig->feature_aliases($sim->[1])
782 :     ]);
783 :     push(@ids,$sim->[1]);
784 :     }
785 :     }
786 :     $ids = join(",",@ids);
787 :     my $target = "window$$";
788 :     push(@$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
789 :     -target => $target,
790 :     -action => 'index.cgi'
791 :     ),
792 :     $cgi->hidden(-name => 'ids', -value => $ids),
793 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$table,"Best Hits"),
794 :     $cgi->submit('Extract Matched Sequences'),
795 :     $cgi->end_form);
796 :     }
797 : overbeek 1.17
798 : efrank 1.1 sub verify_db {
799 :     my($db,$type) = @_;
800 :    
801 : overbeek 1.17 if ($type =~ /^p/i)
802 : efrank 1.1 {
803 :     if ((! -s "$db.psq") || (-M "$db.psq" > -M $db))
804 :     {
805 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p T -i $db";
806 :     }
807 :     }
808 :     else
809 :     {
810 :     if ((! -s "$db.nsq") || (-M "$db.nsq" > -M $db))
811 :     {
812 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p F -i $db";
813 :     }
814 :     }
815 :     }
816 : overbeek 1.7
817 :     sub export_assignments {
818 :     my($fig,$cgi,$html,$who) = @_;
819 :     my($genome,$x);
820 :    
821 :     my @genomes = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } $cgi->param('korgs');
822 :    
823 :     if (@genomes == 0)
824 :     {
825 :     @genomes = $fig->genomes;
826 :     }
827 :    
828 : overbeek 1.10 my @assignments = $fig->assignments_made(\@genomes,$who,$cgi->param('after_date'));
829 : overbeek 1.7 if (@assignments == 0)
830 :     {
831 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no assignments where made by $who"));
832 :     }
833 :     else
834 :     {
835 :     my $col_hdrs = ["FIG id", "External ID", "Genus/Species","Assignment"];
836 :     my $tab = [];
837 :     my($x,$peg,$func);
838 :     foreach $x (@assignments)
839 :     {
840 :     ($peg,$func) = @$x;
841 :     push(@$tab,[$peg,&ext_id($fig,$peg),$fig->genus_species($fig->genome_of($peg)),$func]);
842 :     }
843 : overbeek 1.11
844 :     if ($cgi->param('save_assignments'))
845 :     {
846 : overbeek 1.15 my $user = $cgi->param('save_user');
847 : overbeek 1.13 if ($user)
848 :     {
849 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
850 : overbeek 1.15 my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:exported_from_local_SEED";
851 : overbeek 1.13 if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
852 :     {
853 :     print TMP join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } map { [$_->[0],$_->[3]] } @$tab);
854 :     close(TMP);
855 :     }
856 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
857 :     }
858 :     else
859 : overbeek 1.11 {
860 : overbeek 1.13 push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
861 : overbeek 1.11 }
862 :     }
863 : overbeek 1.13
864 : overbeek 1.7 if ($cgi->param('tabs'))
865 :     {
866 :     print $cgi->header;
867 :     print "<pre>\n";
868 :     print join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } @$tab);
869 :     print "</pre>\n";
870 :     exit;
871 :     }
872 :     else
873 :     {
874 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Assignments Made by $who"));
875 :     }
876 :     }
877 :     }
878 :    
879 :     sub ext_id {
880 :     my($fig,$peg) = @_;
881 :    
882 :     my @mapped = grep { $_ !~ /^fig/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
883 :     if (@mapped == 0)
884 :     {
885 :     return $peg;
886 :     }
887 :    
888 :     my @tmp = ();
889 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^sp/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
890 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^pir/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
891 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^gi/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
892 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tr/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
893 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tn/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
894 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^kegg/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
895 :    
896 :     return $peg;
897 :     }
898 :    
899 : overbeek 1.28 sub translate_assignments {
900 :     my($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func) = @_;
901 :    
902 :     my $user = $cgi->param('save_user');
903 :     if ($user)
904 :     {
905 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
906 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$user:translation";
907 :     if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
908 :     {
909 :     my($peg,$from_funcQ,$to_funcQ,$func,$to);
910 :     $from_funcQ = quotemeta $from_func;
911 :    
912 :     foreach $peg ($fig->seqs_with_role($from_func))
913 :     {
914 :     if ($peg =~ /^fig\|/)
915 :     {
916 :     $func = $fig->function_of($peg);
917 :     $to = $func;
918 :     if ($to =~ s/$from_funcQ/$to_func/)
919 :     {
920 :     print TMP "$peg\t$to\n";
921 :     }
922 :     }
923 :     }
924 :     close(TMP);
925 :     }
926 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
927 :     }
928 :     else
929 :     {
930 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
931 :     }
932 :     }

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