[Bio] / FigWebServices / index.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/index.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.41 - (view) (download)

1 : efrank 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 : olson 1.36 use POSIX;
5 : efrank 1.1 use HTML;
6 :     use strict;
7 :     use CGI;
8 :     my $cgi = new CGI;
9 :    
10 : overbeek 1.28 my($map,@orgs,$user,$map,$org,$made_by,$from_func,$to_func);
11 : efrank 1.1
12 :     if (0)
13 :     {
14 :     print $cgi->header;
15 :     my @params = $cgi->param;
16 :     print "<pre>\n";
17 :     foreach $_ (@params)
18 :     {
19 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
20 :     }
21 :     print "=======\n";
22 :     foreach $_ (sort keys(%ENV))
23 :     {
24 :     print "$_\t$ENV{$_}\n";
25 :     }
26 :     exit;
27 :     }
28 :    
29 :     $ENV{"PATH"} = "$FIG_Config::bin:$FIG_Config::ext_bin:" . $ENV{"PATH"};
30 :    
31 :     my $html = [];
32 : golsen 1.23
33 : efrank 1.5
34 : overbeek 1.30 my($pattern,$seq_pat,$tool,$ids);
35 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
36 :     if (! $user) { $user = "" }
37 :    
38 : overbeek 1.28 if ($cgi->param('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'))
39 : efrank 1.1 {
40 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Phylogenetic Signatures</TITLE>\n";
41 : efrank 1.1 my $url = $cgi->url;
42 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
43 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user";
44 :     my @out = `./sigs.cgi`;
45 :     &HTML::trim_output(\@out);
46 :     push(@$html,@out);
47 :     }
48 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
49 : overbeek 1.31 # Align Sequences
50 :     #-----------------------------------------------------------------------
51 :     elsif ($cgi->param('Align Sequences'))
52 :     {
53 :     my $seqs = $cgi->param('seqids');
54 :     $seqs =~ s/^\s+//;
55 :     $seqs =~ s/\s+$//;
56 :     my @seq_ids = split(/[ \t,;]+/,$seqs);
57 :     if (@seq_ids < 2)
58 :     {
59 :     print $cgi->header;
60 :     print $cgi->h1("Sorry, you need to specify at least two sequence IDs");
61 :     }
62 :     else
63 :     {
64 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
65 :     $_ = join('&checked=',@seq_ids);
66 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&align=1&checked=" . $_;
67 :     my @out = `./fid_checked.cgi`;
68 :     print join("",@out);
69 :     }
70 :     exit;
71 :     }
72 :     #-----------------------------------------------------------------------
73 : overbeek 1.17 # Search (text) || Find Genes in Org that Might Play the Role
74 :     #-----------------------------------------------------------------------
75 : efrank 1.1 elsif (($pattern = $cgi->param('pattern')) && ($cgi->param('Search') || $cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role')))
76 :     {
77 : overbeek 1.17 # Remove leading and trailing spaces from pattern -- GJO:
78 :     $pattern =~ s/^\s+//;
79 :     $pattern =~ s/\s+$//;
80 : efrank 1.1 if ($cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role') &&
81 :     (@orgs = $cgi->param('korgs')) && (@orgs == 1))
82 :     {
83 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Genes in that Might Play Specific Role</TITLE>\n";
84 : efrank 1.1 @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
85 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
86 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&request=find_in_org&role=$pattern&org=$orgs[0]";
87 :     my @out = `./pom.cgi`;
88 :     print join("",@out);
89 :     exit;
90 :     }
91 :     else
92 :     {
93 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Search Results</TITLE>\n";
94 : golsen 1.22 &show_indexed_objects($fig, $cgi, $html, $pattern);
95 : efrank 1.1 }
96 :     }
97 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
98 :     # Metabolic Overview
99 :     #-----------------------------------------------------------------------
100 : efrank 1.1 elsif (($map = $cgi->param('kmap')) && $cgi->param('Metabolic Overview'))
101 :     {
102 : olson 1.38 if ($map =~ /\(([^)]*)\)$/)
103 :     {
104 :     $map = $1;
105 :     }
106 :     else
107 :     {
108 :     # ???
109 :     }
110 :    
111 :     #$map =~ s/^.*\((MAP\d+)\).*$/$1/;
112 : efrank 1.1 @orgs = $cgi->param('korgs');
113 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
114 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
115 :     if (@orgs > 0)
116 :     {
117 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$orgs[0]";
118 :     }
119 :     else
120 :     {
121 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map";
122 :     }
123 :    
124 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Metabolic Overview</TITLE>\n";
125 : olson 1.38 my @out = `./show_map.cgi`;
126 : efrank 1.1 &HTML::trim_output(\@out);
127 : golsen 1.23 push( @$html, "<br>\n", @out );
128 : efrank 1.1 }
129 : overbeek 1.17
130 :     #-----------------------------------------------------------------------
131 :     # Search for Matches (sequence or pattern)
132 :     #-----------------------------------------------------------------------
133 : efrank 1.1 elsif (($seq_pat = $cgi->param('seq_pat')) &&
134 :     ($tool = $cgi->param('Tool')) &&
135 :     $cgi->param('Search for Matches'))
136 :     {
137 : overbeek 1.30 @orgs = $cgi->param('korgs');
138 :     if (@orgs > 0)
139 :     {
140 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
141 :     }
142 :     else
143 :     {
144 :     @orgs = ("");
145 :     }
146 :    
147 : efrank 1.1 if ($tool =~ /blast/)
148 :     {
149 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: BLAST Search Results</TITLE>\n";
150 : efrank 1.1 &run_blast($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$tool,$seq_pat);
151 :     }
152 :     elsif ($tool =~ /Protein scan_for_matches/)
153 :     {
154 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Pattern Match Results</TITLE>\n";
155 : efrank 1.1 &run_prot_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
156 :     }
157 :     elsif ($tool =~ /DNA scan_for_matches/)
158 :     {
159 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Pattern Match Results</TITLE>\n";
160 : efrank 1.1 &run_dna_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
161 :     }
162 :     }
163 : overbeek 1.7 elsif (($made_by = $cgi->param('made_by')) && $cgi->param('Extract Assignments'))
164 :     {
165 :     &export_assignments($fig,$cgi,$html,$made_by);
166 :     }
167 : overbeek 1.28 elsif ($cgi->param('Generate Assignments via Translation') &&
168 :     ($from_func = $cgi->param('from_func')) &&
169 :     ($to_func = $cgi->param('to_func')))
170 :     {
171 :     &translate_assignments($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func);
172 :     }
173 : overbeek 1.30 elsif ($cgi->param('Extract Matched Sequences') && ($ids = $cgi->param('ids')))
174 :     {
175 :     my @ids = split(/,/,$ids);
176 :     my($list_to,$i);
177 :     if ($list_to = $cgi->param('list_to'))
178 :     {
179 :     for ($i=0; ($i < @ids) && ($ids[$i] ne $list_to); $i++) {}
180 :     if ($i < @ids)
181 :     {
182 :     $#ids = $i;
183 :     }
184 :     }
185 :    
186 :     my($id,$seq,$i,$func);
187 :     push(@$html,$cgi->pre);
188 :    
189 :     foreach $id (@ids)
190 :     {
191 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
192 :     {
193 :     $func = $fig->function_of($id);
194 :     push(@$html,">$id $func\n");
195 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
196 :     {
197 :     if ($i > (length($seq) - 60))
198 :     {
199 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
200 :     }
201 :     else
202 :     {
203 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
204 :     }
205 :     }
206 :     }
207 :     }
208 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
209 :     }
210 : overbeek 1.17
211 :     #-----------------------------------------------------------------------
212 :     # Initial search page
213 :     #-----------------------------------------------------------------------
214 : efrank 1.1 else
215 :     {
216 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Entry Page</TITLE>\n";
217 : efrank 1.1 &show_initial($fig,$cgi,$html);
218 :     }
219 :     &HTML::show_page($cgi,$html,1);
220 :    
221 : overbeek 1.17
222 :     #==============================================================================
223 :     # Initial page (alias search)
224 :     #==============================================================================
225 :    
226 : efrank 1.1 sub show_initial {
227 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
228 :     my($map,$name,$olrg,$gs);
229 :    
230 : overbeek 1.2 my($a,$b,$e,$v) = $fig->genome_counts;
231 : overbeek 1.6 push(@$html,$cgi->h2("Contains $a archaeal, $b bacterial, $e eukaryotic, and $v viral genomes"));
232 :     my($a,$b,$e,$v) = $fig->genome_counts("complete");
233 :     push(@$html,$cgi->h2("Of these, $a archaeal, $b bacterial, and $e eukaryotic genomes are more-or-less complete"),$cgi->hr);
234 : overbeek 1.2
235 : efrank 1.1 my @maps = sort map { $map = $_; $name = $fig->map_name($map); "$name ($map)" } $fig->all_maps;
236 : overbeek 1.6 my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = $fig->genus_species($org); "$gs ($org)" } $fig->genomes("complete",undef);
237 : efrank 1.1
238 :     push(@$html,
239 :     $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
240 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Genes or Functional Roles Using Text'),
241 : overbeek 1.17 "<table><tr>",
242 :     "<td>Search Pattern: </td><td>",
243 :     $cgi->textfield(-name => "pattern", -size => 65),
244 :     "</td></tr><tr>",
245 :     "<td>User ID:</td><td>",
246 : efrank 1.1 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
247 : overbeek 1.17 " [optional] ",
248 :     "&nbsp; &nbsp; Max Genes: ",
249 :     $cgi->textfield(-name => "maxpeg", -size => 6, -value => 100),
250 :     "&nbsp; &nbsp; Max Roles: ",
251 :     $cgi->textfield(-name => "maxrole", -size => 6, -value => 100),
252 :     "</td></td></table>",
253 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search'),
254 : olson 1.41 $cgi->reset('Clear'));
255 :    
256 :     push(@$html,
257 :     $cgi->hr,
258 :     #$cgi->h2('Work on Subsystems'),
259 :     #$cgi->start_form(-action => "ssa.cgi"),
260 :     #"Enter user: ",
261 :     #$cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
262 :     #$cgi->submit('Work on Subsystems'),
263 :     #$cgi->end_form,
264 :     $cgi->h2('Work on Subsystems'),
265 :     $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi"),
266 :     "Enter user: ",
267 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
268 :     $cgi->submit('Work on Subsystems'),
269 :     $cgi->end_form,
270 :     );
271 : overbeek 1.17
272 : olson 1.41 push(@$html, $cgi->hr,
273 :     $cgi->h2('If You Need to Pick an Organism for Options Below'),
274 : efrank 1.1 $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
275 :     -values => [@orgs],
276 :     -size => 10
277 :     ),
278 :     $cgi->hr,
279 : overbeek 1.17
280 : olson 1.41 $cgi->h2('Finding Candidates for a Functional Role'),
281 : efrank 1.1 "Make sure that you type the functional role you want to search for in the Search Pattern above",
282 :     $cgi->br,
283 :     $cgi->submit('Find Genes in Org that Might Play the Role'),
284 :     $cgi->hr,
285 : overbeek 1.17
286 : olson 1.41 $cgi->h2('Metabolic Overviews (via KEGG) - Choose KEGG Map'),
287 : efrank 1.1 $cgi->submit('Metabolic Overview'),
288 :     $cgi->br,
289 :     $cgi->br,
290 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'kmap',
291 :     -values => [@maps],
292 :     -size => 10
293 :     ),
294 :     $cgi->hr,
295 : overbeek 1.17
296 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)'),
297 : golsen 1.29 "<TABLE>\n",
298 :     " <TR>\n",
299 :     " <TD>Sequence/Pattern: </TD>",
300 :     " <TD>", $cgi->textarea(-name => 'seq_pat', -rows => 10, -cols => 70), "</TD>\n",
301 :     " </TR>\n",
302 :     " <TR>\n",
303 :     " <TD>Search Program: </TD>",
304 : overbeek 1.30 " <TD>", $cgi->popup_menu(-name => 'Tool', -values => ['blastp','blastx','blastn','tblastn','blastp against complete genomes','Protein scan_for_matches','DNA scan_for_matches'], -default => 'blastp'), "</TD>",
305 : golsen 1.29 " </TR>\n",
306 :     "</TABLE>\n",
307 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search for Matches'),
308 : olson 1.41 $cgi->hr);
309 : overbeek 1.17
310 : olson 1.41 #
311 :     # Make assignment export tbl.
312 :     #
313 :    
314 :     my @atbl;
315 :     push(@atbl, ["Extract assignments made by ",
316 :     $cgi->textfield(-name => "made_by", -size => 50)]);
317 :     push(@atbl, ["Save as user: ",
318 :     $cgi->textfield(-name => "save_user", -size => 50)]);
319 :     push(@atbl, ["After date (MM/DD/YYYY) ",
320 :     $cgi->textfield(-name => "after_date", -size => 15)]);
321 :    
322 :     push(@$html,
323 :     $cgi->h2('Exporting Assignments'),
324 :     &HTML::make_table(undef, \@atbl, '', border => 0),
325 : overbeek 1.11 $cgi->checkbox(-label => 'tab-delimited Spreadsheet: ', -name => 'tabs', -value => 1),
326 :     $cgi->br,
327 :     $cgi->checkbox(-label => 'Save Assignments: ', -name => 'save_assignments', -value => 1),
328 : overbeek 1.7 $cgi->br,
329 :     $cgi->submit('Extract Assignments'),
330 : overbeek 1.28 $cgi->br, $cgi->br,
331 :     "Alternatively, you can generate a set of assignments as translations of existing assignments.",
332 :     $cgi->br,
333 :     "From: ",$cgi->textfield(-name => "from_func", -size => 60),
334 :     $cgi->br,
335 :     "To:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ",$cgi->textfield(-name => "to_func", -size => 60),
336 :     $cgi->br,
337 :     $cgi->submit('Generate Assignments via Translation'),
338 : overbeek 1.7 $cgi->hr,
339 : olson 1.41 $cgi->h2('Searching for Interesting Genes'),
340 : overbeek 1.28 $cgi->submit('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'),
341 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
342 : overbeek 1.14 );
343 :    
344 :     push(@$html,
345 :     $cgi->hr,
346 : olson 1.41 $cgi->h2('Process Saved Assignments Sets'),
347 : overbeek 1.14 $cgi->start_form(-action => "assignments.cgi"),
348 : overbeek 1.19 "Enter user: ",
349 : overbeek 1.14 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
350 :     $cgi->submit('Process Assignment Sets'),
351 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
352 : efrank 1.1 );
353 :    
354 : overbeek 1.19 push(@$html,
355 :     $cgi->hr,
356 : olson 1.41 $cgi->h2('Align Sequences'),
357 : overbeek 1.31 $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
358 :     "Enter user: ",
359 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20), $cgi->br,
360 :     $cgi->submit('Align Sequences'),": ",
361 :     $cgi->textfield(-name => "seqids", -size => 100),
362 :     $cgi->end_form
363 :     );
364 : efrank 1.1 }
365 :    
366 : overbeek 1.17
367 :     #==============================================================================
368 :     # Indexed objects (text search)
369 :     #==============================================================================
370 :    
371 : efrank 1.1 sub show_indexed_objects {
372 : golsen 1.22 my($fig, $cgi, $html, $pattern) = @_;
373 :     my($msg, $i);
374 : efrank 1.1
375 :     if ($pattern =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
376 :     {
377 :     my $peg = $1;
378 :     my $user = $cgi->param('user');
379 :     $user = $user ? $user : "";
380 :     $ENV{'REQUEST_METHOD'} = "GET";
381 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "prot=$peg\&user=$user";
382 :     $ENV{"REQUEST_URI"} =~ s/index.cgi/protein.cgi/;
383 :     my @prot_out = `./protein.cgi`;
384 : overbeek 1.35 print @prot_out;
385 :     exit;
386 : efrank 1.1 }
387 :    
388 : overbeek 1.17 push( @$html, $cgi->br );
389 :     my( $peg_index_data, $role_index_data ) = $fig->search_index($pattern);
390 :     my $maxpeg = defined( $cgi->param("maxpeg") ) ? $cgi->param("maxpeg") : 100;
391 :     my $maxrole = defined( $cgi->param("maxrole") ) ? $cgi->param("maxrole") : 100;
392 : golsen 1.22 my $check_all = $cgi->param('Select all') || 0;
393 : overbeek 1.17
394 :     if ($maxpeg > 0)
395 :     {
396 :     push( @$html, $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
397 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
398 :     $cgi->hidden(-name => 'pattern', -value => $pattern),
399 :     $cgi->hidden(-name => 'maxpeg', -value => $maxpeg),
400 : golsen 1.21 $cgi->hidden(-name => 'maxrole', -value => $maxrole),
401 : overbeek 1.17 $cgi->hidden(-name => 'Search', -value => 'Search'),
402 :     $cgi->submit( $check_all ? 'Deselect all' : 'Select all'),
403 :     $cgi->end_form
404 :     );
405 :    
406 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
407 :     -target => "window$$",
408 :     -action => 'fid_checked.cgi'
409 :     ),
410 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
411 : golsen 1.21 "For Selected (checked) sequences: ",
412 : overbeek 1.17 $cgi->submit('get sequences'),
413 :     $cgi->submit('view annotations'),
414 : overbeek 1.33 $cgi->submit('assign/annotate'),
415 : overbeek 1.17 $cgi->br, $cgi->br
416 :     );
417 : efrank 1.1
418 : overbeek 1.17 my $n = @$peg_index_data;
419 :     if ($n > $maxpeg)
420 :     {
421 :     $msg = "Showing First $maxpeg Out of $n PEGs";
422 :     $#{$peg_index_data} = $maxpeg-1;
423 :     }
424 :     else
425 :     {
426 :     $msg = "Showing $n PEGs";
427 :     }
428 : efrank 1.1
429 : overbeek 1.17 my $col_hdrs = ["Sel","PEG","Organism","Aliases","Function","Who"];
430 :     my $tab = [ map { &format_peg_entry($fig,$cgi,$_,$check_all) } @$peg_index_data ];
431 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg),
432 :     $cgi->br,
433 :     "For SELECTed (checked) sequences: ",
434 :     $cgi->submit('get sequences'),
435 :     $cgi->submit('view annotations'),
436 :     $cgi->br,
437 :     $cgi->end_form
438 :     );
439 : efrank 1.1 }
440 : overbeek 1.17
441 :     if ($maxrole > 0)
442 : efrank 1.1 {
443 : overbeek 1.17 my $n = @$role_index_data;
444 :     if ($n > $maxrole)
445 :     {
446 :     $msg = "Showing First $maxrole Out of $n Roles";
447 :     $#{$role_index_data} = $maxrole - 1;
448 :     }
449 :     else
450 :     {
451 :     $msg = "Showing $n Roles";
452 :     }
453 :    
454 :     if ( $maxpeg > 0 ) { push( @$html, $cgi->hr ) }
455 :     my $col_hdrs = ["Role"];
456 :     my $tab = [ map { &format_role_entry($fig,$cgi,$_) } @$role_index_data ];
457 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg) );
458 : efrank 1.1 }
459 :     }
460 :    
461 :     sub format_peg_entry {
462 : overbeek 1.17 my( $fig, $cgi, $entry, $checked) = @_;
463 : efrank 1.1 my($i,$function,$who);
464 :    
465 :     my($peg,$gs,$aliases,@funcs) = @$entry;
466 : overbeek 1.17
467 : golsen 1.21 $gs =~ s/\s+\d+$//; # Org name comes with taxon_id appended (why?) -- GJO
468 : efrank 1.1
469 :     @funcs = map { $_ =~ s/^function:\s*//; $_ } @funcs;
470 :    
471 :     if ($aliases)
472 :     {
473 :     $aliases =~ s/^aliases://;
474 :     }
475 :     else
476 :     {
477 :     $aliases = "";
478 :     }
479 :    
480 : golsen 1.21 my $user = $cgi->param('user');
481 :     $user = $user ? $user : "";
482 :    
483 : efrank 1.1 if ($user)
484 :     {
485 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#$user/); $i++) {}
486 :     if ($i < @funcs)
487 :     {
488 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
489 :     }
490 :     }
491 : golsen 1.21
492 : efrank 1.1 if (! $function)
493 :     {
494 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#master/); $i++) {}
495 :     if ($i < @funcs)
496 :     {
497 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
498 :     }
499 :     }
500 :    
501 :     if ((! $function) && (@funcs > 0))
502 :     {
503 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[0]);
504 :     }
505 : golsen 1.21 my $box = "<input type=checkbox name=checked value=\"$peg\""
506 :     . ($checked ? " checked=1" : "")
507 : overbeek 1.17 . ">";
508 :     return [ $box, &HTML::fid_link($cgi,$peg), $gs, $aliases, $function, $who ];
509 : efrank 1.1 }
510 :    
511 :     sub format_role_entry {
512 :     my($fig,$cgi,$entry) = @_;
513 :    
514 :     return [&HTML::role_link($cgi,$entry)];
515 :     }
516 :    
517 :     sub run_prot_scan_for_matches {
518 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
519 :     my($string,$peg,$beg,$end,$user,$col_hdrs,$tab,$i);
520 :    
521 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
522 :     open(PAT,">$tmp_pat")
523 :     || die "could not open $tmp_pat";
524 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
525 :     print PAT "$pat\n";
526 :     close(PAT);
527 :     my @out = `$FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -p $tmp_pat < $FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta`;
528 :     if (@out < 1)
529 :     {
530 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
531 :     }
532 :     else
533 :     {
534 :     if (@out > 2000)
535 :     {
536 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
537 :     $#out = 1999;
538 :     }
539 :    
540 :     push(@$html,$cgi->pre);
541 :     $user = $cgi->param('user');
542 :     $col_hdrs = ["peg","begin","end","string","function of peg"];
543 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
544 :     {
545 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
546 :     {
547 :     $peg = $1;
548 :     $beg = $2;
549 :     $end = $3;
550 :     $string = $out[$i+1];
551 : golsen 1.21 chomp $string;
552 : overbeek 1.17 push( @$tab, [ &HTML::fid_link($cgi,$peg,1),
553 :     $beg,
554 :     $end,
555 :     $string,
556 :     scalar $fig->function_of( $peg, $user )
557 :     ]
558 :     );
559 : efrank 1.1 }
560 :     }
561 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
562 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
563 :     }
564 :     unlink($tmp_pat);
565 :     }
566 :    
567 : overbeek 1.17 #==============================================================================
568 :     # Scan for matches
569 :     #==============================================================================
570 :    
571 : efrank 1.1 sub run_dna_scan_for_matches {
572 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
573 :     my($string,$contig,$beg,$end,$col_hdrs,$tab,$i);
574 :    
575 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
576 :     open(PAT,">$tmp_pat")
577 :     || die "could not open $tmp_pat";
578 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
579 :     print PAT "$pat\n";
580 :     close(PAT);
581 :     my @out = `cat $FIG_Config::organisms/$org/contigs | $FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -c $tmp_pat`;
582 :     if (@out < 1)
583 :     {
584 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
585 :     }
586 :     else
587 :     {
588 :     if (@out > 2000)
589 :     {
590 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
591 :     $#out = 1999;
592 :     }
593 :    
594 :     push(@$html,$cgi->pre);
595 :     $col_hdrs = ["contig","begin","end","string"];
596 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
597 :     {
598 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
599 :     {
600 :     $contig = $1;
601 :     $beg = $2;
602 :     $end = $3;
603 :     $string = $out[$i+1];
604 : golsen 1.21 chomp $string;
605 : efrank 1.1 push(@$tab,[$contig,$beg,$end,$string]);
606 :     }
607 :     }
608 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
609 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
610 :     }
611 :     unlink($tmp_pat);
612 :     }
613 :    
614 : overbeek 1.17 #==============================================================================
615 :     # BLAST search
616 :     #==============================================================================
617 :    
618 : efrank 1.1 sub run_blast {
619 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$tool,$seq) = @_;
620 :     my($query,@out);
621 :    
622 :     my $tmp_seq = "$FIG_Config::temp/tmp$$.seq";
623 :    
624 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
625 :     # Is the request for an id? Get the sequence
626 :     #--------------------------------------------------------------------------
627 : efrank 1.1 if ($seq =~ /^\s*([a-zA-Z]{2,4}\|\S+)/)
628 :     {
629 : golsen 1.23 # Replaced $id with $query so that output inherits label -- GJO
630 :     $query = $1;
631 : efrank 1.1 $seq = "";
632 :     if (($tool eq "blastp") || ($tool eq "tblastn"))
633 :     {
634 : golsen 1.23 $seq = $fig->get_translation($query);
635 : efrank 1.1 }
636 : golsen 1.23 elsif ($query =~ /^fig/)
637 : efrank 1.1 {
638 :     my @locs;
639 : golsen 1.23 if ((@locs = $fig->feature_location($query)) && (@locs > 0))
640 : efrank 1.1 {
641 : golsen 1.23 $seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($query),@locs);
642 : efrank 1.1 }
643 :     }
644 :     if (! $seq)
645 :     {
646 : golsen 1.23 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, could not get sequence for $query"));
647 : efrank 1.1 return;
648 :     }
649 :     }
650 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
651 :     # Is it a fasta format? Get the query name
652 :     #--------------------------------------------------------------------------
653 : efrank 1.1 elsif ($seq =~ s/^>(\S+)[^\n\012\015]*//)
654 :     {
655 :     $query = $1;
656 :     }
657 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
658 :     # Take it as plain text
659 :     #--------------------------------------------------------------------------
660 : efrank 1.1 else
661 :     {
662 :     $query = "query";
663 :     }
664 : golsen 1.23 $seq =~ s/\s+//g;
665 : efrank 1.1 open(SEQ,">$tmp_seq")
666 :     || die "could not open $tmp_seq";
667 :     print SEQ ">$query\n$seq\n";
668 :     close(SEQ);
669 :    
670 :     if (! $ENV{"BLASTMAT"}) { $ENV{"BLASTMAT"} = "$FIG_Config::blastmat" }
671 :    
672 : overbeek 1.17 my $blastall = "$FIG_Config::ext_bin/blastall";
673 : efrank 1.1 if ($tool eq "blastp")
674 :     {
675 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
676 :     &verify_db($db,"p");
677 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastp`;
678 : efrank 1.1 }
679 :     elsif ($tool eq "blastx")
680 :     {
681 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
682 :     &verify_db($db,"p");
683 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastx`;
684 : efrank 1.1 }
685 :     elsif ($tool eq "blastn")
686 :     {
687 : overbeek 1.17 # Typo fixed by GJO
688 :     # my $db = "$$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
689 :     my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
690 :     &verify_db($db,"n"); ### fix to get all contigs
691 :     # Matrix changed by GJO for greater sensitivity
692 :     # @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastn`;
693 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastn -r 1 -q -1`;
694 : efrank 1.1 }
695 :     elsif ($tool eq "tblastn")
696 :     {
697 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
698 :     &verify_db($db,"n"); ### fix to get all contigs
699 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p tblastn`;
700 : efrank 1.1 }
701 : overbeek 1.30 elsif ($tool eq 'blastp against complete genomes') ### this tool gets nonstandard treatment: RAO
702 :     {
703 :     &blast_complete($fig,$cgi,$html,$tmp_seq,$blastall);
704 :     unlink($tmp_seq);
705 :     return;
706 :     }
707 : overbeek 1.17 if (@out < 1) # This is really a bigger problem than no hits (GJO)
708 : efrank 1.1 {
709 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
710 :     }
711 :     else
712 :     {
713 :     push(@$html,$cgi->pre);
714 :     push(@$html,@out);
715 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
716 :     }
717 :     unlink($tmp_seq);
718 :     }
719 :    
720 : overbeek 1.30 sub blast_complete {
721 :     my($fig,$cgi,$html,$seq_file,$blastall) = @_;
722 :     my($genome,@sims);
723 :    
724 :     @sims = ();
725 :     foreach $genome ($fig->genomes("complete"))
726 :     {
727 :     my $db = "$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/fasta";
728 :     next if (! -s $db);
729 :    
730 :     &verify_db($db,"p");
731 :     my $sim;
732 :     push(@sims,map { chop;
733 :     $sim = [split(/\t/,$_)];
734 :     $sim->[10] = ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];
735 :     $sim }
736 :     `$blastall -i $seq_file -d $db -m 8 -FF -e 1.0e-5 -p blastp`);
737 :     }
738 :     @sims = sort { $a->[10] <=> $b->[10] } @sims;
739 :     &format_sims($fig,$cgi,$html,\@sims);
740 :     }
741 :    
742 :     sub format_sims {
743 :     my($fig,$cgi,$html,$sims) = @_;
744 :     my($col_hdrs,$table,@ids,$ids,$sim,%seen);
745 :    
746 :     $col_hdrs = [ "Select up to here",
747 :     "Similar sequence",
748 :     "E-val",
749 :     "Function",
750 :     "Organism",
751 :     "Aliases"
752 :     ];
753 :    
754 :     $table = [];
755 :     @ids = ();
756 :     if (@$sims > 1000) { $#{$sims} = 999 }
757 :     foreach $sim (@$sims)
758 :     {
759 :     if (! $seen{$sim->[1]})
760 :     {
761 :     push(@$table,[$cgi->checkbox(-name => 'list_to', -value => $sim->[1], -override => 1, -checked => 0, -label => ""),
762 :     &HTML::fid_link($cgi,$sim->[1]),
763 :     $sim->[10],
764 :     scalar $fig->function_of($sim->[1]),
765 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($sim->[1])),
766 :     scalar $fig->feature_aliases($sim->[1])
767 :     ]);
768 :     push(@ids,$sim->[1]);
769 :     }
770 :     }
771 :     $ids = join(",",@ids);
772 :     my $target = "window$$";
773 :     push(@$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
774 :     -target => $target,
775 :     -action => 'index.cgi'
776 :     ),
777 :     $cgi->hidden(-name => 'ids', -value => $ids),
778 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$table,"Best Hits"),
779 :     $cgi->submit('Extract Matched Sequences'),
780 :     $cgi->end_form);
781 :     }
782 : overbeek 1.17
783 : efrank 1.1 sub verify_db {
784 :     my($db,$type) = @_;
785 :    
786 : overbeek 1.17 if ($type =~ /^p/i)
787 : efrank 1.1 {
788 :     if ((! -s "$db.psq") || (-M "$db.psq" > -M $db))
789 :     {
790 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p T -i $db";
791 :     }
792 :     }
793 :     else
794 :     {
795 :     if ((! -s "$db.nsq") || (-M "$db.nsq" > -M $db))
796 :     {
797 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p F -i $db";
798 :     }
799 :     }
800 :     }
801 : overbeek 1.7
802 :     sub export_assignments {
803 :     my($fig,$cgi,$html,$who) = @_;
804 :     my($genome,$x);
805 :    
806 :     my @genomes = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } $cgi->param('korgs');
807 :    
808 :     if (@genomes == 0)
809 :     {
810 :     @genomes = $fig->genomes;
811 :     }
812 :    
813 : overbeek 1.10 my @assignments = $fig->assignments_made(\@genomes,$who,$cgi->param('after_date'));
814 : overbeek 1.7 if (@assignments == 0)
815 :     {
816 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no assignments where made by $who"));
817 :     }
818 :     else
819 :     {
820 :     my $col_hdrs = ["FIG id", "External ID", "Genus/Species","Assignment"];
821 :     my $tab = [];
822 :     my($x,$peg,$func);
823 :     foreach $x (@assignments)
824 :     {
825 :     ($peg,$func) = @$x;
826 :     push(@$tab,[$peg,&ext_id($fig,$peg),$fig->genus_species($fig->genome_of($peg)),$func]);
827 :     }
828 : overbeek 1.11
829 :     if ($cgi->param('save_assignments'))
830 :     {
831 : overbeek 1.15 my $user = $cgi->param('save_user');
832 : overbeek 1.13 if ($user)
833 :     {
834 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
835 : overbeek 1.15 my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:exported_from_local_SEED";
836 : overbeek 1.13 if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
837 :     {
838 :     print TMP join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } map { [$_->[0],$_->[3]] } @$tab);
839 :     close(TMP);
840 :     }
841 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
842 :     }
843 :     else
844 : overbeek 1.11 {
845 : overbeek 1.13 push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
846 : overbeek 1.11 }
847 :     }
848 : overbeek 1.13
849 : overbeek 1.7 if ($cgi->param('tabs'))
850 :     {
851 :     print $cgi->header;
852 :     print "<pre>\n";
853 :     print join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } @$tab);
854 :     print "</pre>\n";
855 :     exit;
856 :     }
857 :     else
858 :     {
859 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Assignments Made by $who"));
860 :     }
861 :     }
862 :     }
863 :    
864 :     sub ext_id {
865 :     my($fig,$peg) = @_;
866 :    
867 :     my @mapped = grep { $_ !~ /^fig/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
868 :     if (@mapped == 0)
869 :     {
870 :     return $peg;
871 :     }
872 :    
873 :     my @tmp = ();
874 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^sp/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
875 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^pir/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
876 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^gi/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
877 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tr/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
878 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tn/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
879 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^kegg/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
880 :    
881 :     return $peg;
882 :     }
883 :    
884 : overbeek 1.28 sub translate_assignments {
885 :     my($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func) = @_;
886 :    
887 :     my $user = $cgi->param('save_user');
888 :     if ($user)
889 :     {
890 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
891 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$user:translation";
892 :     if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
893 :     {
894 :     my($peg,$from_funcQ,$to_funcQ,$func,$to);
895 :     $from_funcQ = quotemeta $from_func;
896 :    
897 :     foreach $peg ($fig->seqs_with_role($from_func))
898 :     {
899 :     if ($peg =~ /^fig\|/)
900 :     {
901 :     $func = $fig->function_of($peg);
902 :     $to = $func;
903 :     if ($to =~ s/$from_funcQ/$to_func/)
904 :     {
905 :     print TMP "$peg\t$to\n";
906 :     }
907 :     }
908 :     }
909 :     close(TMP);
910 :     }
911 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
912 :     }
913 :     else
914 :     {
915 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
916 :     }
917 :     }

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3