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Annotation of /FigWebServices/index.cgi

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Revision 1.33 - (view) (download)

1 : efrank 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     use HTML;
5 :     use strict;
6 :     use CGI;
7 :     my $cgi = new CGI;
8 :    
9 : overbeek 1.28 my($map,@orgs,$user,$map,$org,$made_by,$from_func,$to_func);
10 : efrank 1.1
11 :     if (0)
12 :     {
13 :     print $cgi->header;
14 :     my @params = $cgi->param;
15 :     print "<pre>\n";
16 :     foreach $_ (@params)
17 :     {
18 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
19 :     }
20 :     print "=======\n";
21 :     foreach $_ (sort keys(%ENV))
22 :     {
23 :     print "$_\t$ENV{$_}\n";
24 :     }
25 :     exit;
26 :     }
27 :    
28 :     $ENV{"PATH"} = "$FIG_Config::bin:$FIG_Config::ext_bin:" . $ENV{"PATH"};
29 :    
30 :     my $html = [];
31 : golsen 1.23
32 : efrank 1.5 my @ver = `cat $FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE`;
33 : golsen 1.21 chomp $ver[0];
34 : disz 1.26 my $p2p_url = &FIG::cgi_url . "/p2p/seed_update_page.cgi";
35 :     my $new_p2p_url = &FIG::cgi_url . "/p2p/new_seed_update_page.cgi";
36 : olson 1.24 my $host = $fig->get_local_hostname();
37 : efrank 1.5 push(@$html,
38 : olson 1.24 "You are currently running SEED version <b>$ver[0]</b> on $host<br>",
39 : overbeek 1.33 "To start a peer-to-peer update, <a href=$p2p_url>click here</a><br>\n",
40 :     "To start a new peer-to-peer update, <a href=$new_p2p_url>click here</a><br>\n"
41 : efrank 1.5 );
42 :    
43 : overbeek 1.30 my($pattern,$seq_pat,$tool,$ids);
44 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
45 :     if (! $user) { $user = "" }
46 :    
47 : overbeek 1.28 if ($cgi->param('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'))
48 : efrank 1.1 {
49 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Phylogenetic Signatures</TITLE>\n";
50 : efrank 1.1 my $url = $cgi->url;
51 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
52 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user";
53 :     my @out = `./sigs.cgi`;
54 :     &HTML::trim_output(\@out);
55 :     push(@$html,@out);
56 :     }
57 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
58 : overbeek 1.31 # Align Sequences
59 :     #-----------------------------------------------------------------------
60 :     elsif ($cgi->param('Align Sequences'))
61 :     {
62 :     my $seqs = $cgi->param('seqids');
63 :     $seqs =~ s/^\s+//;
64 :     $seqs =~ s/\s+$//;
65 :     my @seq_ids = split(/[ \t,;]+/,$seqs);
66 :     if (@seq_ids < 2)
67 :     {
68 :     print $cgi->header;
69 :     print $cgi->h1("Sorry, you need to specify at least two sequence IDs");
70 :     }
71 :     else
72 :     {
73 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
74 :     $_ = join('&checked=',@seq_ids);
75 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&align=1&checked=" . $_;
76 :     my @out = `./fid_checked.cgi`;
77 :     print join("",@out);
78 :     }
79 :     exit;
80 :     }
81 :     #-----------------------------------------------------------------------
82 : overbeek 1.17 # Search (text) || Find Genes in Org that Might Play the Role
83 :     #-----------------------------------------------------------------------
84 : efrank 1.1 elsif (($pattern = $cgi->param('pattern')) && ($cgi->param('Search') || $cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role')))
85 :     {
86 : overbeek 1.17 # Remove leading and trailing spaces from pattern -- GJO:
87 :     $pattern =~ s/^\s+//;
88 :     $pattern =~ s/\s+$//;
89 : efrank 1.1 if ($cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role') &&
90 :     (@orgs = $cgi->param('korgs')) && (@orgs == 1))
91 :     {
92 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Genes in that Might Play Specific Role</TITLE>\n";
93 : efrank 1.1 @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
94 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
95 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&request=find_in_org&role=$pattern&org=$orgs[0]";
96 :     my @out = `./pom.cgi`;
97 :     print join("",@out);
98 :     exit;
99 :     }
100 :     else
101 :     {
102 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Search Results</TITLE>\n";
103 : golsen 1.22 &show_indexed_objects($fig, $cgi, $html, $pattern);
104 : efrank 1.1 }
105 :     }
106 : overbeek 1.17 #-----------------------------------------------------------------------
107 :     # Metabolic Overview
108 :     #-----------------------------------------------------------------------
109 : efrank 1.1 elsif (($map = $cgi->param('kmap')) && $cgi->param('Metabolic Overview'))
110 :     {
111 :     $map =~ s/^.*\((MAP\d+)\).*$/$1/;
112 :     @orgs = $cgi->param('korgs');
113 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
114 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
115 :     if (@orgs > 0)
116 :     {
117 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$orgs[0]";
118 :     }
119 :     else
120 :     {
121 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map";
122 :     }
123 :    
124 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Metabolic Overview</TITLE>\n";
125 : efrank 1.1 my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
126 :     &HTML::trim_output(\@out);
127 : golsen 1.23 push( @$html, "<br>\n", @out );
128 : efrank 1.1 }
129 : overbeek 1.17
130 :     #-----------------------------------------------------------------------
131 :     # Search for Matches (sequence or pattern)
132 :     #-----------------------------------------------------------------------
133 : efrank 1.1 elsif (($seq_pat = $cgi->param('seq_pat')) &&
134 :     ($tool = $cgi->param('Tool')) &&
135 :     $cgi->param('Search for Matches'))
136 :     {
137 : overbeek 1.30 @orgs = $cgi->param('korgs');
138 :     if (@orgs > 0)
139 :     {
140 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
141 :     }
142 :     else
143 :     {
144 :     @orgs = ("");
145 :     }
146 :    
147 : efrank 1.1 if ($tool =~ /blast/)
148 :     {
149 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: BLAST Search Results</TITLE>\n";
150 : efrank 1.1 &run_blast($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$tool,$seq_pat);
151 :     }
152 :     elsif ($tool =~ /Protein scan_for_matches/)
153 :     {
154 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Pattern Match Results</TITLE>\n";
155 : efrank 1.1 &run_prot_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
156 :     }
157 :     elsif ($tool =~ /DNA scan_for_matches/)
158 :     {
159 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Pattern Match Results</TITLE>\n";
160 : efrank 1.1 &run_dna_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
161 :     }
162 :     }
163 : overbeek 1.7 elsif (($made_by = $cgi->param('made_by')) && $cgi->param('Extract Assignments'))
164 :     {
165 :     &export_assignments($fig,$cgi,$html,$made_by);
166 :     }
167 : overbeek 1.28 elsif ($cgi->param('Generate Assignments via Translation') &&
168 :     ($from_func = $cgi->param('from_func')) &&
169 :     ($to_func = $cgi->param('to_func')))
170 :     {
171 :     &translate_assignments($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func);
172 :     }
173 : overbeek 1.30 elsif ($cgi->param('Extract Matched Sequences') && ($ids = $cgi->param('ids')))
174 :     {
175 :     my @ids = split(/,/,$ids);
176 :     my($list_to,$i);
177 :     if ($list_to = $cgi->param('list_to'))
178 :     {
179 :     for ($i=0; ($i < @ids) && ($ids[$i] ne $list_to); $i++) {}
180 :     if ($i < @ids)
181 :     {
182 :     $#ids = $i;
183 :     }
184 :     }
185 :    
186 :     my($id,$seq,$i,$func);
187 :     push(@$html,$cgi->pre);
188 :    
189 :     foreach $id (@ids)
190 :     {
191 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
192 :     {
193 :     $func = $fig->function_of($id);
194 :     push(@$html,">$id $func\n");
195 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
196 :     {
197 :     if ($i > (length($seq) - 60))
198 :     {
199 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
200 :     }
201 :     else
202 :     {
203 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
204 :     }
205 :     }
206 :     }
207 :     }
208 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
209 :     }
210 : overbeek 1.17
211 :     #-----------------------------------------------------------------------
212 :     # Initial search page
213 :     #-----------------------------------------------------------------------
214 : efrank 1.1 else
215 :     {
216 : golsen 1.23 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Entry Page</TITLE>\n";
217 : efrank 1.1 &show_initial($fig,$cgi,$html);
218 :     }
219 :     &HTML::show_page($cgi,$html,1);
220 :    
221 : overbeek 1.17
222 :     #==============================================================================
223 :     # Initial page (alias search)
224 :     #==============================================================================
225 :    
226 : efrank 1.1 sub show_initial {
227 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
228 :     my($map,$name,$olrg,$gs);
229 :    
230 : overbeek 1.2 my($a,$b,$e,$v) = $fig->genome_counts;
231 : overbeek 1.6 push(@$html,$cgi->h2("Contains $a archaeal, $b bacterial, $e eukaryotic, and $v viral genomes"));
232 :     my($a,$b,$e,$v) = $fig->genome_counts("complete");
233 :     push(@$html,$cgi->h2("Of these, $a archaeal, $b bacterial, and $e eukaryotic genomes are more-or-less complete"),$cgi->hr);
234 : overbeek 1.2
235 : efrank 1.1 my @maps = sort map { $map = $_; $name = $fig->map_name($map); "$name ($map)" } $fig->all_maps;
236 : overbeek 1.6 my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = $fig->genus_species($org); "$gs ($org)" } $fig->genomes("complete",undef);
237 : efrank 1.1
238 :     push(@$html,
239 :     $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
240 :     $cgi->h1('Searching for Genes or Functional Roles Using Text'),
241 : overbeek 1.17 "<table><tr>",
242 :     "<td>Search Pattern: </td><td>",
243 :     $cgi->textfield(-name => "pattern", -size => 65),
244 :     "</td></tr><tr>",
245 :     "<td>User ID:</td><td>",
246 : efrank 1.1 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
247 : overbeek 1.17 " [optional] ",
248 :     "&nbsp; &nbsp; Max Genes: ",
249 :     $cgi->textfield(-name => "maxpeg", -size => 6, -value => 100),
250 :     "&nbsp; &nbsp; Max Roles: ",
251 :     $cgi->textfield(-name => "maxrole", -size => 6, -value => 100),
252 :     "</td></td></table>",
253 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search'),
254 :     $cgi->reset('Clear'),
255 :     $cgi->hr,
256 : overbeek 1.17
257 : efrank 1.1 $cgi->h1('If You Need to Pick an Organism for Options Below'),
258 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
259 :     -values => [@orgs],
260 :     -size => 10
261 :     ),
262 :     $cgi->hr,
263 : overbeek 1.17
264 : efrank 1.1 $cgi->h1('Finding Candidates for a Functional Role'),
265 :     "Make sure that you type the functional role you want to search for in the Search Pattern above",
266 :     $cgi->br,
267 :     $cgi->submit('Find Genes in Org that Might Play the Role'),
268 :     $cgi->hr,
269 : overbeek 1.17
270 : efrank 1.1 $cgi->h1('Metabolic Overviews (via KEGG) - Choose KEGG Map'),
271 :     $cgi->submit('Metabolic Overview'),
272 :     $cgi->br,
273 :     $cgi->br,
274 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'kmap',
275 :     -values => [@maps],
276 :     -size => 10
277 :     ),
278 :     $cgi->hr,
279 : overbeek 1.17
280 : efrank 1.1 $cgi->h1('Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)'),
281 : golsen 1.29 "<TABLE>\n",
282 :     " <TR>\n",
283 :     " <TD>Sequence/Pattern: </TD>",
284 :     " <TD>", $cgi->textarea(-name => 'seq_pat', -rows => 10, -cols => 70), "</TD>\n",
285 :     " </TR>\n",
286 :     " <TR>\n",
287 :     " <TD>Search Program: </TD>",
288 : overbeek 1.30 " <TD>", $cgi->popup_menu(-name => 'Tool', -values => ['blastp','blastx','blastn','tblastn','blastp against complete genomes','Protein scan_for_matches','DNA scan_for_matches'], -default => 'blastp'), "</TD>",
289 : golsen 1.29 " </TR>\n",
290 :     "</TABLE>\n",
291 : efrank 1.1 $cgi->submit('Search for Matches'),
292 :     $cgi->hr,
293 : overbeek 1.17
294 : overbeek 1.7 $cgi->h1('Exporting Assignments'),
295 :     "Extract assignments made by ",
296 :     $cgi->textfield(-name => "made_by", -size => 50),
297 :     $cgi->br,
298 : overbeek 1.15 "Save as user: ",
299 :     $cgi->textfield(-name => "save_user", -size => 50),
300 :     $cgi->br,
301 : overbeek 1.10 "After date (MM/DD/YYYY) ",
302 :     $cgi->textfield(-name => "after_date", -size => 15),
303 :     $cgi->br,
304 : overbeek 1.11 $cgi->checkbox(-label => 'tab-delimited Spreadsheet: ', -name => 'tabs', -value => 1),
305 :     $cgi->br,
306 :     $cgi->checkbox(-label => 'Save Assignments: ', -name => 'save_assignments', -value => 1),
307 : overbeek 1.7 $cgi->br,
308 :     $cgi->submit('Extract Assignments'),
309 : overbeek 1.28 $cgi->br, $cgi->br,
310 :     "Alternatively, you can generate a set of assignments as translations of existing assignments.",
311 :     $cgi->br,
312 :     "From: ",$cgi->textfield(-name => "from_func", -size => 60),
313 :     $cgi->br,
314 :     "To:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ",$cgi->textfield(-name => "to_func", -size => 60),
315 :     $cgi->br,
316 :     $cgi->submit('Generate Assignments via Translation'),
317 : overbeek 1.7 $cgi->hr,
318 : efrank 1.1 $cgi->h1('Searching for Interesting Genes'),
319 : overbeek 1.28 $cgi->submit('Search for Genes Matching an Occurrence Profile or Common to a Set of Organisms'),
320 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
321 : overbeek 1.14 );
322 :    
323 :     push(@$html,
324 :     $cgi->hr,
325 :     $cgi->h1('Process Saved Assignments Sets'),
326 :     $cgi->start_form(-action => "assignments.cgi"),
327 : overbeek 1.19 "Enter user: ",
328 : overbeek 1.14 $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
329 :     $cgi->submit('Process Assignment Sets'),
330 : overbeek 1.17 $cgi->end_form
331 : efrank 1.1 );
332 :    
333 : overbeek 1.19 push(@$html,
334 :     $cgi->hr,
335 :     $cgi->h1('Work on Subsystems'),
336 :     $cgi->start_form(-action => "ssa.cgi"),
337 :     "Enter user: ",
338 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
339 :     $cgi->submit('Work on Subsystems'),
340 : overbeek 1.27 $cgi->end_form,
341 :     $cgi->h2('Try the New, Somewhat Experimental, Version'),
342 :     $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi"),
343 :     "Enter user: ",
344 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
345 :     $cgi->submit('Work on Subsystems'),
346 :     $cgi->end_form,
347 : overbeek 1.19 );
348 :    
349 : overbeek 1.31 push(@$html,
350 :     $cgi->hr,
351 :     $cgi->h1('Align Sequences'),
352 :     $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
353 :     "Enter user: ",
354 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20), $cgi->br,
355 :     $cgi->submit('Align Sequences'),": ",
356 :     $cgi->textfield(-name => "seqids", -size => 100),
357 :     $cgi->end_form
358 :     );
359 : efrank 1.1 }
360 :    
361 : overbeek 1.17
362 :     #==============================================================================
363 :     # Indexed objects (text search)
364 :     #==============================================================================
365 :    
366 : efrank 1.1 sub show_indexed_objects {
367 : golsen 1.22 my($fig, $cgi, $html, $pattern) = @_;
368 :     my($msg, $i);
369 : efrank 1.1
370 :     if ($pattern =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
371 :     {
372 :     my $peg = $1;
373 :     my $user = $cgi->param('user');
374 :     $user = $user ? $user : "";
375 :     $ENV{'REQUEST_METHOD'} = "GET";
376 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "prot=$peg\&user=$user";
377 :     $ENV{"REQUEST_URI"} =~ s/index.cgi/protein.cgi/;
378 :     my @prot_out = `./protein.cgi`;
379 :     &HTML::trim_output(\@prot_out);
380 :     push(@$html,@prot_out);
381 :     return;
382 :     }
383 :    
384 : overbeek 1.17 push( @$html, $cgi->br );
385 :     my( $peg_index_data, $role_index_data ) = $fig->search_index($pattern);
386 :     my $maxpeg = defined( $cgi->param("maxpeg") ) ? $cgi->param("maxpeg") : 100;
387 :     my $maxrole = defined( $cgi->param("maxrole") ) ? $cgi->param("maxrole") : 100;
388 : golsen 1.22 my $check_all = $cgi->param('Select all') || 0;
389 : overbeek 1.17
390 :     if ($maxpeg > 0)
391 :     {
392 :     push( @$html, $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
393 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
394 :     $cgi->hidden(-name => 'pattern', -value => $pattern),
395 :     $cgi->hidden(-name => 'maxpeg', -value => $maxpeg),
396 : golsen 1.21 $cgi->hidden(-name => 'maxrole', -value => $maxrole),
397 : overbeek 1.17 $cgi->hidden(-name => 'Search', -value => 'Search'),
398 :     $cgi->submit( $check_all ? 'Deselect all' : 'Select all'),
399 :     $cgi->end_form
400 :     );
401 :    
402 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
403 :     -target => "window$$",
404 :     -action => 'fid_checked.cgi'
405 :     ),
406 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
407 : golsen 1.21 "For Selected (checked) sequences: ",
408 : overbeek 1.17 $cgi->submit('get sequences'),
409 :     $cgi->submit('view annotations'),
410 : overbeek 1.33 $cgi->submit('assign/annotate'),
411 : overbeek 1.17 $cgi->br, $cgi->br
412 :     );
413 : efrank 1.1
414 : overbeek 1.17 my $n = @$peg_index_data;
415 :     if ($n > $maxpeg)
416 :     {
417 :     $msg = "Showing First $maxpeg Out of $n PEGs";
418 :     $#{$peg_index_data} = $maxpeg-1;
419 :     }
420 :     else
421 :     {
422 :     $msg = "Showing $n PEGs";
423 :     }
424 : efrank 1.1
425 : overbeek 1.17 my $col_hdrs = ["Sel","PEG","Organism","Aliases","Function","Who"];
426 :     my $tab = [ map { &format_peg_entry($fig,$cgi,$_,$check_all) } @$peg_index_data ];
427 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg),
428 :     $cgi->br,
429 :     "For SELECTed (checked) sequences: ",
430 :     $cgi->submit('get sequences'),
431 :     $cgi->submit('view annotations'),
432 :     $cgi->br,
433 :     $cgi->end_form
434 :     );
435 : efrank 1.1 }
436 : overbeek 1.17
437 :     if ($maxrole > 0)
438 : efrank 1.1 {
439 : overbeek 1.17 my $n = @$role_index_data;
440 :     if ($n > $maxrole)
441 :     {
442 :     $msg = "Showing First $maxrole Out of $n Roles";
443 :     $#{$role_index_data} = $maxrole - 1;
444 :     }
445 :     else
446 :     {
447 :     $msg = "Showing $n Roles";
448 :     }
449 :    
450 :     if ( $maxpeg > 0 ) { push( @$html, $cgi->hr ) }
451 :     my $col_hdrs = ["Role"];
452 :     my $tab = [ map { &format_role_entry($fig,$cgi,$_) } @$role_index_data ];
453 :     push( @$html, &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg) );
454 : efrank 1.1 }
455 :     }
456 :    
457 :     sub format_peg_entry {
458 : overbeek 1.17 my( $fig, $cgi, $entry, $checked) = @_;
459 : efrank 1.1 my($i,$function,$who);
460 :    
461 :     my($peg,$gs,$aliases,@funcs) = @$entry;
462 : overbeek 1.17
463 : golsen 1.21 $gs =~ s/\s+\d+$//; # Org name comes with taxon_id appended (why?) -- GJO
464 : efrank 1.1
465 :     @funcs = map { $_ =~ s/^function:\s*//; $_ } @funcs;
466 :    
467 :     if ($aliases)
468 :     {
469 :     $aliases =~ s/^aliases://;
470 :     }
471 :     else
472 :     {
473 :     $aliases = "";
474 :     }
475 :    
476 : golsen 1.21 my $user = $cgi->param('user');
477 :     $user = $user ? $user : "";
478 :    
479 : efrank 1.1 if ($user)
480 :     {
481 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#$user/); $i++) {}
482 :     if ($i < @funcs)
483 :     {
484 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
485 :     }
486 :     }
487 : golsen 1.21
488 : efrank 1.1 if (! $function)
489 :     {
490 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#master/); $i++) {}
491 :     if ($i < @funcs)
492 :     {
493 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
494 :     }
495 :     }
496 :    
497 :     if ((! $function) && (@funcs > 0))
498 :     {
499 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[0]);
500 :     }
501 : golsen 1.21 my $box = "<input type=checkbox name=checked value=\"$peg\""
502 :     . ($checked ? " checked=1" : "")
503 : overbeek 1.17 . ">";
504 :     return [ $box, &HTML::fid_link($cgi,$peg), $gs, $aliases, $function, $who ];
505 : efrank 1.1 }
506 :    
507 :     sub format_role_entry {
508 :     my($fig,$cgi,$entry) = @_;
509 :    
510 :     return [&HTML::role_link($cgi,$entry)];
511 :     }
512 :    
513 :     sub run_prot_scan_for_matches {
514 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
515 :     my($string,$peg,$beg,$end,$user,$col_hdrs,$tab,$i);
516 :    
517 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
518 :     open(PAT,">$tmp_pat")
519 :     || die "could not open $tmp_pat";
520 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
521 :     print PAT "$pat\n";
522 :     close(PAT);
523 :     my @out = `$FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -p $tmp_pat < $FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta`;
524 :     if (@out < 1)
525 :     {
526 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
527 :     }
528 :     else
529 :     {
530 :     if (@out > 2000)
531 :     {
532 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
533 :     $#out = 1999;
534 :     }
535 :    
536 :     push(@$html,$cgi->pre);
537 :     $user = $cgi->param('user');
538 :     $col_hdrs = ["peg","begin","end","string","function of peg"];
539 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
540 :     {
541 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
542 :     {
543 :     $peg = $1;
544 :     $beg = $2;
545 :     $end = $3;
546 :     $string = $out[$i+1];
547 : golsen 1.21 chomp $string;
548 : overbeek 1.17 push( @$tab, [ &HTML::fid_link($cgi,$peg,1),
549 :     $beg,
550 :     $end,
551 :     $string,
552 :     scalar $fig->function_of( $peg, $user )
553 :     ]
554 :     );
555 : efrank 1.1 }
556 :     }
557 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
558 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
559 :     }
560 :     unlink($tmp_pat);
561 :     }
562 :    
563 : overbeek 1.17 #==============================================================================
564 :     # Scan for matches
565 :     #==============================================================================
566 :    
567 : efrank 1.1 sub run_dna_scan_for_matches {
568 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
569 :     my($string,$contig,$beg,$end,$col_hdrs,$tab,$i);
570 :    
571 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
572 :     open(PAT,">$tmp_pat")
573 :     || die "could not open $tmp_pat";
574 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
575 :     print PAT "$pat\n";
576 :     close(PAT);
577 :     my @out = `cat $FIG_Config::organisms/$org/contigs | $FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -c $tmp_pat`;
578 :     if (@out < 1)
579 :     {
580 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
581 :     }
582 :     else
583 :     {
584 :     if (@out > 2000)
585 :     {
586 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
587 :     $#out = 1999;
588 :     }
589 :    
590 :     push(@$html,$cgi->pre);
591 :     $col_hdrs = ["contig","begin","end","string"];
592 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
593 :     {
594 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
595 :     {
596 :     $contig = $1;
597 :     $beg = $2;
598 :     $end = $3;
599 :     $string = $out[$i+1];
600 : golsen 1.21 chomp $string;
601 : efrank 1.1 push(@$tab,[$contig,$beg,$end,$string]);
602 :     }
603 :     }
604 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
605 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
606 :     }
607 :     unlink($tmp_pat);
608 :     }
609 :    
610 : overbeek 1.17 #==============================================================================
611 :     # BLAST search
612 :     #==============================================================================
613 :    
614 : efrank 1.1 sub run_blast {
615 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$tool,$seq) = @_;
616 :     my($query,@out);
617 :    
618 :     my $tmp_seq = "$FIG_Config::temp/tmp$$.seq";
619 :    
620 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
621 :     # Is the request for an id? Get the sequence
622 :     #--------------------------------------------------------------------------
623 : efrank 1.1 if ($seq =~ /^\s*([a-zA-Z]{2,4}\|\S+)/)
624 :     {
625 : golsen 1.23 # Replaced $id with $query so that output inherits label -- GJO
626 :     $query = $1;
627 : efrank 1.1 $seq = "";
628 :     if (($tool eq "blastp") || ($tool eq "tblastn"))
629 :     {
630 : golsen 1.23 $seq = $fig->get_translation($query);
631 : efrank 1.1 }
632 : golsen 1.23 elsif ($query =~ /^fig/)
633 : efrank 1.1 {
634 :     my @locs;
635 : golsen 1.23 if ((@locs = $fig->feature_location($query)) && (@locs > 0))
636 : efrank 1.1 {
637 : golsen 1.23 $seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($query),@locs);
638 : efrank 1.1 }
639 :     }
640 :     if (! $seq)
641 :     {
642 : golsen 1.23 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, could not get sequence for $query"));
643 : efrank 1.1 return;
644 :     }
645 :     }
646 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
647 :     # Is it a fasta format? Get the query name
648 :     #--------------------------------------------------------------------------
649 : efrank 1.1 elsif ($seq =~ s/^>(\S+)[^\n\012\015]*//)
650 :     {
651 :     $query = $1;
652 :     }
653 : overbeek 1.17 #--------------------------------------------------------------------------
654 :     # Take it as plain text
655 :     #--------------------------------------------------------------------------
656 : efrank 1.1 else
657 :     {
658 :     $query = "query";
659 :     }
660 : golsen 1.23 $seq =~ s/\s+//g;
661 : efrank 1.1 open(SEQ,">$tmp_seq")
662 :     || die "could not open $tmp_seq";
663 :     print SEQ ">$query\n$seq\n";
664 :     close(SEQ);
665 :    
666 :     if (! $ENV{"BLASTMAT"}) { $ENV{"BLASTMAT"} = "$FIG_Config::blastmat" }
667 :    
668 : overbeek 1.17 my $blastall = "$FIG_Config::ext_bin/blastall";
669 : efrank 1.1 if ($tool eq "blastp")
670 :     {
671 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
672 :     &verify_db($db,"p");
673 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastp`;
674 : efrank 1.1 }
675 :     elsif ($tool eq "blastx")
676 :     {
677 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta";
678 :     &verify_db($db,"p");
679 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastx`;
680 : efrank 1.1 }
681 :     elsif ($tool eq "blastn")
682 :     {
683 : overbeek 1.17 # Typo fixed by GJO
684 :     # my $db = "$$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
685 :     my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
686 :     &verify_db($db,"n"); ### fix to get all contigs
687 :     # Matrix changed by GJO for greater sensitivity
688 :     # @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastn`;
689 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p blastn -r 1 -q -1`;
690 : efrank 1.1 }
691 :     elsif ($tool eq "tblastn")
692 :     {
693 : overbeek 1.17 my $db = "$FIG_Config::organisms/$org/contigs";
694 :     &verify_db($db,"n"); ### fix to get all contigs
695 :     @out = `$blastall -i $tmp_seq -d $db -p tblastn`;
696 : efrank 1.1 }
697 : overbeek 1.30 elsif ($tool eq 'blastp against complete genomes') ### this tool gets nonstandard treatment: RAO
698 :     {
699 :     &blast_complete($fig,$cgi,$html,$tmp_seq,$blastall);
700 :     unlink($tmp_seq);
701 :     return;
702 :     }
703 : overbeek 1.17 if (@out < 1) # This is really a bigger problem than no hits (GJO)
704 : efrank 1.1 {
705 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
706 :     }
707 :     else
708 :     {
709 :     push(@$html,$cgi->pre);
710 :     push(@$html,@out);
711 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
712 :     }
713 :     unlink($tmp_seq);
714 :     }
715 :    
716 : overbeek 1.30 sub blast_complete {
717 :     my($fig,$cgi,$html,$seq_file,$blastall) = @_;
718 :     my($genome,@sims);
719 :    
720 :     @sims = ();
721 :     foreach $genome ($fig->genomes("complete"))
722 :     {
723 :     my $db = "$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/fasta";
724 :     next if (! -s $db);
725 :    
726 :     &verify_db($db,"p");
727 :     my $sim;
728 :     push(@sims,map { chop;
729 :     $sim = [split(/\t/,$_)];
730 :     $sim->[10] = ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];
731 :     $sim }
732 :     `$blastall -i $seq_file -d $db -m 8 -FF -e 1.0e-5 -p blastp`);
733 :     }
734 :     @sims = sort { $a->[10] <=> $b->[10] } @sims;
735 :     &format_sims($fig,$cgi,$html,\@sims);
736 :     }
737 :    
738 :     sub format_sims {
739 :     my($fig,$cgi,$html,$sims) = @_;
740 :     my($col_hdrs,$table,@ids,$ids,$sim,%seen);
741 :    
742 :     $col_hdrs = [ "Select up to here",
743 :     "Similar sequence",
744 :     "E-val",
745 :     "Function",
746 :     "Organism",
747 :     "Aliases"
748 :     ];
749 :    
750 :     $table = [];
751 :     @ids = ();
752 :     if (@$sims > 1000) { $#{$sims} = 999 }
753 :     foreach $sim (@$sims)
754 :     {
755 :     if (! $seen{$sim->[1]})
756 :     {
757 :     push(@$table,[$cgi->checkbox(-name => 'list_to', -value => $sim->[1], -override => 1, -checked => 0, -label => ""),
758 :     &HTML::fid_link($cgi,$sim->[1]),
759 :     $sim->[10],
760 :     scalar $fig->function_of($sim->[1]),
761 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($sim->[1])),
762 :     scalar $fig->feature_aliases($sim->[1])
763 :     ]);
764 :     push(@ids,$sim->[1]);
765 :     }
766 :     }
767 :     $ids = join(",",@ids);
768 :     my $target = "window$$";
769 :     push(@$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
770 :     -target => $target,
771 :     -action => 'index.cgi'
772 :     ),
773 :     $cgi->hidden(-name => 'ids', -value => $ids),
774 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$table,"Best Hits"),
775 :     $cgi->submit('Extract Matched Sequences'),
776 :     $cgi->end_form);
777 :     }
778 : overbeek 1.17
779 : efrank 1.1 sub verify_db {
780 :     my($db,$type) = @_;
781 :    
782 : overbeek 1.17 if ($type =~ /^p/i)
783 : efrank 1.1 {
784 :     if ((! -s "$db.psq") || (-M "$db.psq" > -M $db))
785 :     {
786 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p T -i $db";
787 :     }
788 :     }
789 :     else
790 :     {
791 :     if ((! -s "$db.nsq") || (-M "$db.nsq" > -M $db))
792 :     {
793 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p F -i $db";
794 :     }
795 :     }
796 :     }
797 : overbeek 1.7
798 :     sub export_assignments {
799 :     my($fig,$cgi,$html,$who) = @_;
800 :     my($genome,$x);
801 :    
802 :     my @genomes = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } $cgi->param('korgs');
803 :    
804 :     if (@genomes == 0)
805 :     {
806 :     @genomes = $fig->genomes;
807 :     }
808 :    
809 : overbeek 1.10 my @assignments = $fig->assignments_made(\@genomes,$who,$cgi->param('after_date'));
810 : overbeek 1.7 if (@assignments == 0)
811 :     {
812 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no assignments where made by $who"));
813 :     }
814 :     else
815 :     {
816 :     my $col_hdrs = ["FIG id", "External ID", "Genus/Species","Assignment"];
817 :     my $tab = [];
818 :     my($x,$peg,$func);
819 :     foreach $x (@assignments)
820 :     {
821 :     ($peg,$func) = @$x;
822 :     push(@$tab,[$peg,&ext_id($fig,$peg),$fig->genus_species($fig->genome_of($peg)),$func]);
823 :     }
824 : overbeek 1.11
825 :     if ($cgi->param('save_assignments'))
826 :     {
827 : overbeek 1.15 my $user = $cgi->param('save_user');
828 : overbeek 1.13 if ($user)
829 :     {
830 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
831 : overbeek 1.15 my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:exported_from_local_SEED";
832 : overbeek 1.13 if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
833 :     {
834 :     print TMP join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } map { [$_->[0],$_->[3]] } @$tab);
835 :     close(TMP);
836 :     }
837 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
838 :     }
839 :     else
840 : overbeek 1.11 {
841 : overbeek 1.13 push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
842 : overbeek 1.11 }
843 :     }
844 : overbeek 1.13
845 : overbeek 1.7 if ($cgi->param('tabs'))
846 :     {
847 :     print $cgi->header;
848 :     print "<pre>\n";
849 :     print join("",map { join("\t",@$_) . "\n" } @$tab);
850 :     print "</pre>\n";
851 :     exit;
852 :     }
853 :     else
854 :     {
855 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Assignments Made by $who"));
856 :     }
857 :     }
858 :     }
859 :    
860 :     sub ext_id {
861 :     my($fig,$peg) = @_;
862 :    
863 :     my @mapped = grep { $_ !~ /^fig/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
864 :     if (@mapped == 0)
865 :     {
866 :     return $peg;
867 :     }
868 :    
869 :     my @tmp = ();
870 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^sp/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
871 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^pir/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
872 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^gi/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
873 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tr/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
874 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^tn/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
875 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^kegg/ } @mapped) && (@tmp > 0)) { return $tmp[0] }
876 :    
877 :     return $peg;
878 :     }
879 :    
880 : overbeek 1.28 sub translate_assignments {
881 :     my($fig,$cgi,$html,$from_func,$to_func) = @_;
882 :    
883 :     my $user = $cgi->param('save_user');
884 :     if ($user)
885 :     {
886 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
887 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$user:translation";
888 :     if (open(TMP,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
889 :     {
890 :     my($peg,$from_funcQ,$to_funcQ,$func,$to);
891 :     $from_funcQ = quotemeta $from_func;
892 :    
893 :     foreach $peg ($fig->seqs_with_role($from_func))
894 :     {
895 :     if ($peg =~ /^fig\|/)
896 :     {
897 :     $func = $fig->function_of($peg);
898 :     $to = $func;
899 :     if ($to =~ s/$from_funcQ/$to_func/)
900 :     {
901 :     print TMP "$peg\t$to\n";
902 :     }
903 :     }
904 :     }
905 :     close(TMP);
906 :     }
907 :     push(@$html,$cgi->h1("Saved Assignment Set $file"));
908 :     }
909 :     else
910 :     {
911 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a user to save an assignment set"));
912 :     }
913 :     }

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