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Annotation of /FigWebServices/index.cgi

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Revision 1.2 - (view) (download)

1 : overbeek 1.2 #!/Users/fig/FIGdisk/env/mac/bin/perl
2 :    
3 :     #
4 :     # This file is automatically generated by configure-env
5 :     # Do not edit by hand, or changes may be lost.
6 :     #
7 :    
8 :     use Data::Dumper;
9 :     use Carp;
10 :    
11 :     use lib "/Users/fig/FIGdisk/FIG/Packages";
12 :    
13 :     use FIG_Config;
14 :    
15 : efrank 1.1 use FIG;
16 :     my $fig = new FIG;
17 :    
18 :     use HTML;
19 :     use strict;
20 :     use CGI;
21 :     my $cgi = new CGI;
22 :    
23 :     my($map,@orgs,$user,$map,$org);
24 :    
25 :     if (0)
26 :     {
27 :     print $cgi->header;
28 :     my @params = $cgi->param;
29 :     print "<pre>\n";
30 :     foreach $_ (@params)
31 :     {
32 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
33 :     }
34 :     print "=======\n";
35 :     foreach $_ (sort keys(%ENV))
36 :     {
37 :     print "$_\t$ENV{$_}\n";
38 :     }
39 :     exit;
40 :     }
41 :    
42 :     $ENV{"PATH"} = "$FIG_Config::bin:$FIG_Config::ext_bin:" . $ENV{"PATH"};
43 :    
44 :     my $html = [];
45 :    
46 :     my($pattern,$seq_pat,$tool);
47 :     my $user = $cgi->param('user');
48 :     if (! $user) { $user = "" }
49 :    
50 :     if ($cgi->param('Search for Genes Matching an Occurrence Profile'))
51 :     {
52 :    
53 :     my $url = $cgi->url;
54 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
55 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user";
56 :     my @out = `./sigs.cgi`;
57 :     &HTML::trim_output(\@out);
58 :     push(@$html,@out);
59 :     }
60 :     elsif (($pattern = $cgi->param('pattern')) && ($cgi->param('Search') || $cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role')))
61 :     {
62 :     if ($cgi->param('Find Genes in Org that Might Play the Role') &&
63 :     (@orgs = $cgi->param('korgs')) && (@orgs == 1))
64 :     {
65 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
66 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
67 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&request=find_in_org&role=$pattern&org=$orgs[0]";
68 :     my @out = `./pom.cgi`;
69 :     print join("",@out);
70 :     exit;
71 :     }
72 :     else
73 :     {
74 :     &show_indexed_objects($fig,$cgi,$html,$pattern);
75 :     }
76 :     }
77 :     elsif (($map = $cgi->param('kmap')) && $cgi->param('Metabolic Overview'))
78 :     {
79 :     $map =~ s/^.*\((MAP\d+)\).*$/$1/;
80 :     @orgs = $cgi->param('korgs');
81 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
82 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
83 :     if (@orgs > 0)
84 :     {
85 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$orgs[0]";
86 :     }
87 :     else
88 :     {
89 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map";
90 :     }
91 :    
92 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
93 :     &HTML::trim_output(\@out);
94 :     push(@$html,@out);
95 :     }
96 :     elsif (($seq_pat = $cgi->param('seq_pat')) &&
97 :     (@orgs = $cgi->param('korgs')) &&
98 :     ($tool = $cgi->param('Tool')) &&
99 :     $cgi->param('Search for Matches'))
100 :     {
101 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
102 :     if ($tool =~ /blast/)
103 :     {
104 :     &run_blast($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$tool,$seq_pat);
105 :     }
106 :     elsif ($tool =~ /Protein scan_for_matches/)
107 :     {
108 :     &run_prot_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
109 :     }
110 :     elsif ($tool =~ /DNA scan_for_matches/)
111 :     {
112 :     &run_dna_scan_for_matches($fig,$cgi,$html,$orgs[0],$seq_pat);
113 :     }
114 :     }
115 :     else
116 :     {
117 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
118 :     }
119 :     &HTML::show_page($cgi,$html,1);
120 :    
121 :     sub show_initial {
122 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
123 :     my($map,$name,$olrg,$gs);
124 :    
125 : overbeek 1.2 my($a,$b,$e,$v) = $fig->genome_counts;
126 :    
127 :     push(@$html,$cgi->h2("Contains $a archaeal, $b bacterial, $e eukaryotic, and $v viral genomes"),$cgi->hr);
128 :    
129 : efrank 1.1 my @maps = sort map { $map = $_; $name = $fig->map_name($map); "$name ($map)" } $fig->all_maps;
130 :     my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = $fig->genus_species($org); "$gs ($org)" } $fig->genomes;
131 :    
132 :     push(@$html,
133 :     $cgi->start_form(-action => "index.cgi"),
134 :     $cgi->h1('Searching for Genes or Functional Roles Using Text'),
135 :     "Search Pattern: ",
136 :     $cgi->textfield(-name => "pattern", -size => 50),
137 :     $cgi->br,
138 :     $cgi->br,
139 :     "User ID: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ",
140 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 20),
141 :     "&nbsp; [optional]",
142 :     $cgi->br,
143 :     $cgi->br,
144 :     $cgi->submit('Search'),
145 :     $cgi->reset('Clear'),
146 :     $cgi->hr,
147 :     $cgi->h1('If You Need to Pick an Organism for Options Below'),
148 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
149 :     -values => [@orgs],
150 :     -size => 10
151 :     ),
152 :     $cgi->hr,
153 :     $cgi->h1('Finding Candidates for a Functional Role'),
154 :     "Make sure that you type the functional role you want to search for in the Search Pattern above",
155 :     $cgi->br,
156 :     $cgi->submit('Find Genes in Org that Might Play the Role'),
157 :     $cgi->hr,
158 :     $cgi->h1('Metabolic Overviews (via KEGG) - Choose KEGG Map'),
159 :     $cgi->submit('Metabolic Overview'),
160 :     $cgi->br,
161 :     $cgi->br,
162 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'kmap',
163 :     -values => [@maps],
164 :     -size => 10
165 :     ),
166 :     $cgi->hr,
167 :     $cgi->h1('Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)'),
168 :     "Sequence/Pattern: ",
169 :     $cgi->textarea(-name => 'seq_pat', -rows => 20, -cols => 70),
170 :     $cgi->popup_menu(-name => 'Tool', -values => ['blastp','blastx','blastn','tblastn','Protein scan_for_matches','DNA scan_for_matches'], -default => 'blastp'),
171 :     $cgi->submit('Search for Matches'),
172 :     $cgi->hr,
173 :     $cgi->h1('Searching for Interesting Genes'),
174 :     $cgi->submit('Search for Genes Matching an Occurrence Profile'),
175 :     $cgi->end_form,
176 :     $cgi->end_html
177 :     );
178 :    
179 :     }
180 :    
181 :     sub show_indexed_objects {
182 :     my($fig,$cgi,$html,$pattern) = @_;
183 :     my($msg,$i);
184 :    
185 :     if ($pattern =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
186 :     {
187 :     my $peg = $1;
188 :     my $user = $cgi->param('user');
189 :     $user = $user ? $user : "";
190 :     $ENV{'REQUEST_METHOD'} = "GET";
191 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "prot=$peg\&user=$user";
192 :     $ENV{"REQUEST_URI"} =~ s/index.cgi/protein.cgi/;
193 :     my @prot_out = `./protein.cgi`;
194 :     &HTML::trim_output(\@prot_out);
195 :     push(@$html,@prot_out);
196 :     return;
197 :     }
198 :    
199 :     my($peg_index_data,$role_index_data) = $fig->search_index($pattern);
200 :     my $n = @$peg_index_data;
201 :     if ($n > 100)
202 :     {
203 :     $msg = "Showing First 100 Out of $n PEGs";
204 :     $#{$peg_index_data} = 99;
205 :     }
206 :     else
207 :     {
208 :     $msg = "Showing $n PEGs";
209 :     }
210 :    
211 :     my $col_hdrs = ["PEG","Organism","Aliases","Function","Who"];
212 :     my $tab = [ map { &format_peg_entry($fig,$cgi,$_) } @$peg_index_data ];
213 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg), $cgi->hr);
214 :    
215 :     $n = @$role_index_data;
216 :     if ($n > 100)
217 :     {
218 :     $msg = "Showing First 100 Out of $n Roles";
219 :     $#{$role_index_data} = 99;
220 :     }
221 :     else
222 :     {
223 :     $msg = "Showing $n Roles";
224 :     }
225 :    
226 :     $col_hdrs = ["Role"];
227 :     $tab = [ map { &format_role_entry($fig,$cgi,$_) } @$role_index_data ];
228 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$msg));
229 :     }
230 :    
231 :     sub format_peg_entry {
232 :     my($fig,$cgi,$entry) = @_;
233 :     my($i,$function,$who);
234 :    
235 :     my($peg,$gs,$aliases,@funcs) = @$entry;
236 :     my $user = $cgi->param('user');
237 :     $user = $user ? $user : "";
238 :    
239 :     @funcs = map { $_ =~ s/^function:\s*//; $_ } @funcs;
240 :    
241 :     if ($aliases)
242 :     {
243 :     $aliases =~ s/^aliases://;
244 :     }
245 :     else
246 :     {
247 :     $aliases = "";
248 :     }
249 :    
250 :     if ($user)
251 :     {
252 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#$user/); $i++) {}
253 :     if ($i < @funcs)
254 :     {
255 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
256 :     }
257 :     }
258 :     if (! $function)
259 :     {
260 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i] !~ /\#master/); $i++) {}
261 :     if ($i < @funcs)
262 :     {
263 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[$i]);
264 :     }
265 :     }
266 :    
267 :     if ((! $function) && (@funcs > 0))
268 :     {
269 :     ($function,$who) = split(/\#/,$funcs[0]);
270 :     }
271 :     return [&HTML::fid_link($cgi,$peg),$gs,$aliases,$function,$who];
272 :     }
273 :    
274 :     sub format_role_entry {
275 :     my($fig,$cgi,$entry) = @_;
276 :    
277 :     return [&HTML::role_link($cgi,$entry)];
278 :     }
279 :    
280 :     sub run_prot_scan_for_matches {
281 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
282 :     my($string,$peg,$beg,$end,$user,$col_hdrs,$tab,$i);
283 :    
284 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
285 :     open(PAT,">$tmp_pat")
286 :     || die "could not open $tmp_pat";
287 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
288 :     print PAT "$pat\n";
289 :     close(PAT);
290 :     my @out = `$FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -p $tmp_pat < $FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta`;
291 :     if (@out < 1)
292 :     {
293 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
294 :     }
295 :     else
296 :     {
297 :     if (@out > 2000)
298 :     {
299 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
300 :     $#out = 1999;
301 :     }
302 :    
303 :     push(@$html,$cgi->pre);
304 :     $user = $cgi->param('user');
305 :     $col_hdrs = ["peg","begin","end","string","function of peg"];
306 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
307 :     {
308 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
309 :     {
310 :     $peg = $1;
311 :     $beg = $2;
312 :     $end = $3;
313 :     $string = $out[$i+1];
314 :     chop $string;
315 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$peg,1),$beg,$end,$string,scalar $fig->function_of($peg,$user)]);
316 :     }
317 :     }
318 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
319 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
320 :     }
321 :     unlink($tmp_pat);
322 :     }
323 :    
324 :     sub run_dna_scan_for_matches {
325 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$pat) = @_;
326 :     my($string,$contig,$beg,$end,$col_hdrs,$tab,$i);
327 :    
328 :     my $tmp_pat = "$FIG_Config::temp/tmp$$.pat";
329 :     open(PAT,">$tmp_pat")
330 :     || die "could not open $tmp_pat";
331 :     $pat =~ s/[\s\012\015]+/ /g;
332 :     print PAT "$pat\n";
333 :     close(PAT);
334 :     my @out = `cat $FIG_Config::organisms/$org/contigs | $FIG_Config::ext_bin/scan_for_matches -c $tmp_pat`;
335 :     if (@out < 1)
336 :     {
337 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
338 :     }
339 :     else
340 :     {
341 :     if (@out > 2000)
342 :     {
343 :     push(@$html,$cgi->h1("truncating to the first 1000 hits"));
344 :     $#out = 1999;
345 :     }
346 :    
347 :     push(@$html,$cgi->pre);
348 :     $col_hdrs = ["contig","begin","end","string"];
349 :     for ($i=0; ($i < @out); $i += 2)
350 :     {
351 :     if ($out[$i] =~ /^>([^:]+):\[(\d+),(\d+)\]/)
352 :     {
353 :     $contig = $1;
354 :     $beg = $2;
355 :     $end = $3;
356 :     $string = $out[$i+1];
357 :     chop $string;
358 :     push(@$tab,[$contig,$beg,$end,$string]);
359 :     }
360 :     }
361 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Matches"));
362 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
363 :     }
364 :     unlink($tmp_pat);
365 :     }
366 :    
367 :     sub run_blast {
368 :     my($fig,$cgi,$html,$org,$tool,$seq) = @_;
369 :     my($query,@out);
370 :    
371 :     my $tmp_seq = "$FIG_Config::temp/tmp$$.seq";
372 :    
373 :     if ($seq =~ /^\s*([a-zA-Z]{2,4}\|\S+)/)
374 :     {
375 :     my $id = $1;
376 :     $seq = "";
377 :     if (($tool eq "blastp") || ($tool eq "tblastn"))
378 :     {
379 :     $seq = $fig->get_translation($id);
380 :     }
381 :     elsif ($id =~ /^fig/)
382 :     {
383 :     my @locs;
384 :     if ((@locs = $fig->feature_location($id)) && (@locs > 0))
385 :     {
386 :     $seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($id),@locs);
387 :     }
388 :     }
389 :     if (! $seq)
390 :     {
391 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, could not get sequence for $id"));
392 :     return;
393 :     }
394 :     }
395 :     elsif ($seq =~ s/^>(\S+)[^\n\012\015]*//)
396 :     {
397 :     $query = $1;
398 :     }
399 :     else
400 :     {
401 :     $query = "query";
402 :     }
403 :     $seq =~ s/\s//g;
404 :     open(SEQ,">$tmp_seq")
405 :     || die "could not open $tmp_seq";
406 :     print SEQ ">$query\n$seq\n";
407 :     close(SEQ);
408 :    
409 :     if (! $ENV{"BLASTMAT"}) { $ENV{"BLASTMAT"} = "$FIG_Config::blastmat" }
410 :    
411 :     if ($tool eq "blastp")
412 :     {
413 :     &verify_db("$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta","p");
414 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$FIG_Config::ext_bin/blastall -i $tmp_seq -d $FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta -p blastp`;
415 :     }
416 :     elsif ($tool eq "blastx")
417 :     {
418 :     &verify_db("$FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta","p");
419 :     @out = map { &HTML::set_prot_links($cgi,$_) } `$FIG_Config::ext_bin/blastall -i $tmp_seq -d $FIG_Config::organisms/$org/Features/peg/fasta -p blastx`;
420 :     }
421 :     elsif ($tool eq "blastn")
422 :     {
423 :     &verify_db("$FIG_Config::organisms/$org/contigs","n"); ### fix to get all contigs
424 :     @out = `$FIG_Config::ext_bin/blastall -i $tmp_seq -d $FIG_Config::organisms/$org/contigs -p blastn`;
425 :     }
426 :     elsif ($tool eq "tblastn")
427 :     {
428 :     &verify_db("$FIG_Config::organisms/$org/contigs","n"); ### fix to get all contigs
429 :     @out = `$FIG_Config::ext_bin/blastall -i $tmp_seq -d $FIG_Config::organisms/$org/contigs -p tblastn`;
430 :     }
431 :    
432 :     if (@out < 1)
433 :     {
434 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no hits"));
435 :     }
436 :     else
437 :     {
438 :     push(@$html,$cgi->pre);
439 :     push(@$html,@out);
440 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
441 :     }
442 :     unlink($tmp_seq);
443 :     }
444 :    
445 :     sub verify_db {
446 :     my($db,$type) = @_;
447 :    
448 :     if ($type =~ /p/i)
449 :     {
450 :     if ((! -s "$db.psq") || (-M "$db.psq" > -M $db))
451 :     {
452 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p T -i $db";
453 :     }
454 :     }
455 :     else
456 :     {
457 :     if ((! -s "$db.nsq") || (-M "$db.nsq" > -M $db))
458 :     {
459 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -p F -i $db";
460 :     }
461 :     }
462 :     }

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