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revision 1.8, Tue Jul 8 19:28:47 2008 UTC revision 1.9, Tue Jul 8 21:26:13 2008 UTC
# Line 85  Line 85 
85  my $role      = $cgi->param('role');           #  Find lit by role  my $role      = $cgi->param('role');           #  Find lit by role
86  my $show_just = $cgi->param('show_just');      #  Filter lit by status  my $show_just = $cgi->param('show_just');      #  Filter lit by status
87     $show_just = ($show_just eq "all") ? '' : $show_just;     $show_just = ($show_just eq "all") ? '' : $show_just;
88    my $who_says  = $cgi->param('who_says');       #  Show the responsible party
89    
90  #  Requested actions:  #  Requested actions:
91    
# Line 140  Line 141 
141  elsif ( $ref_id )  elsif ( $ref_id )
142  {  {
143      my $and_status = $show_just ? " AND ( dlits.status = '$show_just' )" : '';      my $and_status = $show_just ? " AND ( dlits.status = '$show_just' )" : '';
144      my $tuples = $rdbH->SQL( "SELECT DISTINCT status,md5_hash      my $tuples = $rdbH->SQL( "SELECT DISTINCT status,md5_hash,curator
145                                FROM dlits                                FROM dlits
146                                WHERE ( pubmed = '$ref_id' )"                                WHERE ( pubmed = '$ref_id' )"
147                                . $and_status                                . $and_status
# Line 148  Line 149 
149      my @to_display = ();      my @to_display = ();
150      foreach my $x ( @$tuples )      foreach my $x ( @$tuples )
151      {      {
152          my( $status, $hash ) = @$x;          my( $status, $hash, $cur ) = @$x;
153          my @pegs = $fig->pegs_with_md5( $hash );          my @pegs = $fig->pegs_with_md5( $hash );
154          if ( @pegs > 0 )          if ( @pegs > 0 )
155          {          {
156              push( @to_display, [ $status, $pegs[0], $ref_id ] );              push( @to_display, [ $status, $pegs[0], $ref_id, $cur ] );
157          }          }
158      }      }
159    
# Line 165  Line 166 
166  {  {
167      my $roleQ = quotemeta $role;      my $roleQ = quotemeta $role;
168      my $and_status = $show_just ? " AND ( dlits.status = '$show_just' )" : '';      my $and_status = $show_just ? " AND ( dlits.status = '$show_just' )" : '';
169      my $tuples = $rdbH->SQL( "SELECT DISTINCT dlits.status,dlits.md5_hash,dlits.pubmed      my $tuples = $rdbH->SQL( "SELECT DISTINCT dlits.status,dlits.md5_hash,dlits.pubmed,dlits.curator
170                                FROM hash_role,dlits                                FROM hash_role,dlits
171                                WHERE hash_role.role = '$roleQ' AND hash_role.md5_hash = dlits.md5_hash"                                WHERE hash_role.role = '$roleQ' AND hash_role.md5_hash = dlits.md5_hash"
172                                . $and_status                                . $and_status
# Line 173  Line 174 
174      my @to_display = ();      my @to_display = ();
175      foreach my $x ( @$tuples )      foreach my $x ( @$tuples )
176      {      {
177          my( $status, $hash, $pubmed ) = @$x;          my( $status, $hash, $pubmed, $cur ) = @$x;
178          my @pegs = $fig->pegs_with_md5( $hash );          my @pegs = $fig->pegs_with_md5( $hash );
179          if ( @pegs > 0 )          if ( @pegs > 0 )
180          {          {
181              push( @to_display, [ $status, $pegs[0], $pubmed ] );              push( @to_display, [ $status, $pegs[0], $pubmed, $cur ] );
182          }          }
183      }      }
184    
# Line 202  Line 203 
203                               ) };                               ) };
204      push( @$html, $cgi->start_form(-action => "get_dlits.cgi", -method => 'post'),      push( @$html, $cgi->start_form(-action => "get_dlits.cgi", -method => 'post'),
205                    $cgi->hidden(-name => 'user',      -value => $user),                    $cgi->hidden(-name => 'user',      -value => $user),
206                    $cgi->hidden(-name => 'curator',   -value => $curator)                    $cgi->hidden( -name => 'curator',  -value => $curator ),
207                      $cgi->hidden( -name => 'who_says', -value => $who_says )
208          );          );
209    
210      my $whom   = $curator ? "'$curator'" : "any one";      my $whom   = $curator ? "'$curator'" : "any one";
# Line 227  Line 229 
229  {  {
230      my $genome = $1;      my $genome = $1;
231      my $where  = $show_just ? " AND (dlits.status = '$show_just')" : '';      my $where  = $show_just ? " AND (dlits.status = '$show_just')" : '';
232      my $tuples = $rdbH->SQL( "SELECT DISTINCT dlits.status,dlits.md5_hash,dlits.pubmed      my $tuples = $rdbH->SQL( "SELECT DISTINCT dlits.status,dlits.md5_hash,dlits.pubmed,dlits.curator
233                                FROM genome_hash,dlits                                FROM genome_hash,dlits
234                                WHERE genome_hash.genome = '$genome' AND genome_hash.md5_hash = dlits.md5_hash $where"                                WHERE genome_hash.genome = '$genome' AND genome_hash.md5_hash = dlits.md5_hash $where"
235                             );                             );
236      my @to_display = ();      my @to_display = ();
237      foreach my $x ( @$tuples )      foreach my $x ( @$tuples )
238      {      {
239          my ( $status, $hash, $pubmed ) = @$x;          my ( $status, $hash, $pubmed, $cur ) = @$x;
240          foreach my $peg ( $fig->pegs_with_md5($hash) )          foreach my $peg ( $fig->pegs_with_md5($hash) )
241          {          {
242              if ( &FIG::genome_of($peg) eq $genome )              if ( &FIG::genome_of($peg) eq $genome )
243              {              {
244                  push(@to_display,[ $status, $peg, $pubmed ]);                  push(@to_display,[ $status, $peg, $pubmed, $cur ]);
245              }              }
246          }          }
247      }      }
# Line 266  Line 268 
268      push( @$html, $cgi->start_form(-action => "get_dlits.cgi", -method => 'post'),      push( @$html, $cgi->start_form(-action => "get_dlits.cgi", -method => 'post'),
269                    $cgi->hidden(-name => 'user',    -value => $user),                    $cgi->hidden(-name => 'user',    -value => $user),
270                    $cgi->hidden(-name => 'curator', -value => $curator),                    $cgi->hidden(-name => 'curator', -value => $curator),
271                      $cgi->hidden( -name => 'who_says', -value => $who_says ),
272                    $cgi->scrolling_list( -name   => 'genomeD',                    $cgi->scrolling_list( -name   => 'genomeD',
273                                          -values => [@genomes],                                          -values => [@genomes],
274                                          -size   => 30                                          -size   => 30
# Line 294  Line 297 
297    
298      push( @$html, $cgi->start_form(-action => "get_dlits.cgi", -method => 'post'),      push( @$html, $cgi->start_form(-action => "get_dlits.cgi", -method => 'post'),
299                    $cgi->hidden(-name => 'user', -value=>$user),                    $cgi->hidden(-name => 'user', -value=>$user),
300                      $cgi->hidden( -name => 'who_says', -value => $who_says ),
301                    $cgi->scrolling_list( -name   => 'curator',                    $cgi->scrolling_list( -name   => 'curator',
302                                          -values => [ @cur ],                                          -values => [ @cur ],
303                                          -size   => $curN                                          -size   => $curN
# Line 427  Line 431 
431      my $role = $cgi->param('role');      my $role = $cgi->param('role');
432      push( @$html, $cgi->hidden( -name => 'role', -value => $role, -override => 1 ) ) if $role;      push( @$html, $cgi->hidden( -name => 'role', -value => $role, -override => 1 ) ) if $role;
433    
434        #  Find lit by role
435        my $who_says = $cgi->param('who_says');
436        push( @$html, $cgi->hidden( -name => 'who_says', -value => $who_says, -override => 1 ) ) if $who_says;
437    
438      #  Requested action      #  Requested action
439      push( @$html, $cgi->hidden( -name => 'prev_req', -value => $submit, -override => 1 ) ) if $submit;      push( @$html, $cgi->hidden( -name => 'prev_req', -value => $submit, -override => 1 ) ) if $submit;
440    
# Line 453  Line 461 
461    
462      #  Build the status selection table      #  Build the status selection table
463    
464      my $col_hdrs = [' ','G','N','R','D','PEG','Function','Genus/Species','PubMed','Title'];      my $col_hdrs = $who_says ? [' ','G','N','R','D','Curator','PEG','Function','Genus/Species','PubMed','Title']
465                                 : [' ','G','N','R','D','PEG','Function','Genus/Species','PubMed','Title'];
466      my $tab = [];      my $tab = [];
467      my $i;      my $i;
468      for ( $i = 0; ($i < @tuples); $i++ )      for ( $i = 0; ($i < @tuples); $i++ )
469      {      {
470          my $tuple = $tuples[$i];          my $tuple = $tuples[$i];
471          my( $status, $peg, $pubmed ) = @$tuple;          my( $status, $peg, $pubmed, $cur ) = @$tuple;
472          next if (! $fig->is_real_feature($peg));          next if (! $fig->is_real_feature($peg));
473          my $gs = $fig->genus_species( &FIG::genome_of( $peg ) );          my $gs = $fig->genus_species( &FIG::genome_of( $peg ) );
474          $gs =~ s/^(\S+\s+\S+).*$/$1/;          $gs =~ s/^(\S+\s+\S+).*$/$1/;
# Line 478  Line 487 
487          if ( $genes_in_pub{ $pubmed } > 1 )          if ( $genes_in_pub{ $pubmed } > 1 )
488          {          {
489              #  This link intentionally omits filtering by status              #  This link intentionally omits filtering by status
490              $pub_link .= "<BR />(<A HRef='get_dlits.cgi?user=$user&ref_id=$pubmed' Target=_blank>$genes_in_pub{$pubmed} seqs</A>)";              my $href = "get_dlits.cgi?user=$user&ref_id=$pubmed";
491                $href .= '&who_says=1' if $who_says;
492                $pub_link .= "<BR />(<A HRef='$href' Target=_blank>$genes_in_pub{$pubmed} seqs</A>)";
493          }          }
494          if (($i % 15) == 14) { push(@$tab,$col_hdrs) }          if (($i % 15) == 14) { push(@$tab,$col_hdrs) }
495          push( @$tab, [ @codes, &HTML::fid_link( $cgi, $peg ), $func, $gs, $pub_link, $title ] );          push( @$tab, $who_says ? [ @codes, $cur, &HTML::fid_link( $cgi, $peg ), $func, $gs, $pub_link, $title ]
496                                   : [ @codes, &HTML::fid_link( $cgi, $peg ), $func, $gs, $pub_link, $title ]
497                );
498      }      }
499    
500      push( @$html,&HTML::make_table( $col_hdrs, $tab, $tab_title ) );      push( @$html,&HTML::make_table( $col_hdrs, $tab, $tab_title ) );

Legend:
Removed from v.1.8  
changed lines
  Added in v.1.9

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