[Bio] / FigWebServices / genome_statistics.cgi Repository:
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Annotation of /FigWebServices/genome_statistics.cgi

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Revision 1.4 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 #### start ####
2 :     use FIG;
3 :     my $fig = new FIG;
4 :    
5 :     use HTML;
6 :     use strict;
7 :     use CGI;
8 :     my $cgi = new CGI;
9 :    
10 : overbeek 1.2 if (0)
11 : overbeek 1.1 {
12 :     my $VAR1;
13 :     eval(join("",`cat /tmp/statistics_parms`));
14 :     $cgi = $VAR1;
15 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
16 :     }
17 :    
18 :     if (0)
19 :     {
20 :     print $cgi->header;
21 :     my @params = $cgi->param;
22 :     print "<pre>\n";
23 :     foreach $_ (@params)
24 :     {
25 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
26 :     }
27 :    
28 :     if (0)
29 :     {
30 :     if (open(TMP,">/tmp/statistics_parms"))
31 :     {
32 :     print TMP &Dumper($cgi);
33 :     close(TMP);
34 :     }
35 :     }
36 :     exit;
37 :     }
38 :    
39 :     my $html = [];
40 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED Statics Page</TITLE>\n";
41 :    
42 :     my $genome = $cgi->param('genome');
43 :     if ((! $genome) || (! -d "$FIG_Config::organisms/$genome"))
44 :     {
45 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED Statics Page</TITLE>\n";
46 :     push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a valid genome</h1>\n");
47 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
48 :     exit;
49 :     }
50 :    
51 : overbeek 1.3 my $request = $cgi->param('request');
52 :     if (! $request)
53 :     {
54 :     &basic_stats($fig,$cgi,$html,$genome);
55 : overbeek 1.4 push(@$html,$cgi->hr);
56 :     &assignment_stats($fig,$cgi,$html,$genome);
57 :     push(@$html,$cgi->hr);
58 :     &subsystem_stats($fig,$cgi,$html,$genome);
59 : overbeek 1.3 }
60 :     else
61 :     {
62 :     push(@$html,$cgi->h1("Invalid request: $request"));
63 :     }
64 : overbeek 1.1 &HTML::show_page($cgi,$html);
65 :     exit;
66 : overbeek 1.3
67 :     sub basic_stats {
68 :     my($fig,$cgi,$html,$genome) = @_;
69 :    
70 :     my $rdbH = $fig->db_handle;
71 :     my $relational_db_response = $rdbH->SQL("SELECT gname,szdna,pegs,rnas,taxonomy FROM genome WHERE genome = '$genome'");
72 :     my($gname,$szdna,$pegs,$rnas,$taxonomy) = @{$relational_db_response->[0]};
73 : overbeek 1.4 $szdna = &commify($szdna);
74 : overbeek 1.3 push(@$html,$cgi->h1('Basic Statistics'));
75 :     push(@$html,$cgi->br,
76 : overbeek 1.4 "<b>Name:</b> $gname",$cgi->br,
77 :     "<b>Size (bp):</b> $szdna",$cgi->br,
78 :     "<b>Number CDSs:</b> $pegs",$cgi->br,
79 :     "<b>Number rnas:</b> $rnas",$cgi->br,
80 :     "<b>Taxonomy:</b> $taxonomy",$cgi->br
81 : overbeek 1.3 );
82 :     return
83 :     }
84 : overbeek 1.4
85 :     sub commify {
86 :     my($n) = @_;
87 :     my(@n) = ();
88 :     my($i);
89 :    
90 :     for ($i = (length($n) - 3); ($i > 0); $i -= 3)
91 :     {
92 :     unshift(@n,",",substr($n,$i,3));
93 :     }
94 :     unshift(@n,substr($n,0,$i+3));
95 :     return join("",@n);
96 :     }
97 :    
98 :     sub assignment_stats {
99 :     my($fig,$cgi,$html,$genome) = @_;
100 :    
101 :     }
102 :    
103 :     sub subsystem_stats {
104 :     my($fig,$cgi,$html,$genome) = @_;
105 :    
106 :     }

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