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Annotation of /FigWebServices/genome_statistics.cgi

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Revision 1.3 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1
2 :     #### start ####
3 :     use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 :    
6 :     use HTML;
7 :     use strict;
8 :     use CGI;
9 :     my $cgi = new CGI;
10 :    
11 : overbeek 1.2 if (0)
12 : overbeek 1.1 {
13 :     my $VAR1;
14 :     eval(join("",`cat /tmp/statistics_parms`));
15 :     $cgi = $VAR1;
16 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
17 :     }
18 :    
19 :     if (0)
20 :     {
21 :     print $cgi->header;
22 :     my @params = $cgi->param;
23 :     print "<pre>\n";
24 :     foreach $_ (@params)
25 :     {
26 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
27 :     }
28 :    
29 :     if (0)
30 :     {
31 :     if (open(TMP,">/tmp/statistics_parms"))
32 :     {
33 :     print TMP &Dumper($cgi);
34 :     close(TMP);
35 :     }
36 :     }
37 :     exit;
38 :     }
39 :    
40 :     my $html = [];
41 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED Statics Page</TITLE>\n";
42 :    
43 :     my $genome = $cgi->param('genome');
44 :     if ((! $genome) || (! -d "$FIG_Config::organisms/$genome"))
45 :     {
46 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED Statics Page</TITLE>\n";
47 :     push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a valid genome</h1>\n");
48 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
49 :     exit;
50 :     }
51 :    
52 : overbeek 1.3 my $request = $cgi->param('request');
53 :     if (! $request)
54 :     {
55 :     &basic_stats($fig,$cgi,$html,$genome);
56 :     }
57 :     else
58 :     {
59 :     push(@$html,$cgi->h1("Invalid request: $request"));
60 :     }
61 :    
62 : overbeek 1.1 &HTML::show_page($cgi,$html);
63 :     exit;
64 : overbeek 1.3
65 :     sub basic_stats {
66 :     my($fig,$cgi,$html,$genome) = @_;
67 :    
68 :     my $rdbH = $fig->db_handle;
69 :     my $relational_db_response = $rdbH->SQL("SELECT gname,szdna,pegs,rnas,taxonomy FROM genome WHERE genome = '$genome'");
70 :     my($gname,$szdna,$pegs,$rnas,$taxonomy) = @{$relational_db_response->[0]};
71 :     push(@$html,$cgi->h1('Basic Statistics'));
72 :     push(@$html,$cgi->br,
73 :     "Name: $gname",$cgi->br,
74 :     "Size (bp): $szdna",$cgi->br,
75 :     "Number CDSs: $pegs",$cgi->br,
76 :     "Number rnas: $rnas",$cgi->br,
77 :     "Taxonomy: $taxonomy",$cgi->br
78 :     );
79 :     return
80 :     }

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