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Annotation of /FigWebServices/ff.cgi

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Revision 1.2 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :    
19 :    
20 :     use FIG;
21 :     my $fig = new FIG;
22 :    
23 :     use FigFam;
24 :     use FigFams;
25 :    
26 :     use Subsystem;
27 :    
28 :     use HTML;
29 :     use strict;
30 :    
31 :     use CGI;
32 :     my $cgi = new CGI;
33 :    
34 :     my $user = $cgi->param('user');
35 :     $fig->set_user($user);
36 :    
37 :     if (0)
38 :     {
39 :     my $VAR1;
40 :     eval(join("",`cat /tmp/ff_check_parms`));
41 :     $cgi = $VAR1;
42 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
43 :     }
44 :    
45 :     if (0)
46 :     {
47 :     print $cgi->header;
48 :     my @params = $cgi->param;
49 :     print "<pre>\n";
50 :     foreach $_ (@params)
51 :     {
52 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
53 :     }
54 :    
55 :     if (0)
56 :     {
57 :     if (open(TMP,">/tmp/ff_check_parms"))
58 :     {
59 :     print TMP &Dumper($cgi);
60 :     close(TMP);
61 :     }
62 :     }
63 :     exit;
64 :     }
65 :    
66 :     my $html = [];
67 :     unshift @$html, "<TITLE>ff.cgi: check FIGfams</TITLE>\n";
68 :    
69 :     my($request);
70 :     if (! $cgi->param('user'))
71 :     {
72 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to set a user'));
73 :     }
74 :     elsif (! ($request = $cgi->param('request')))
75 :     {
76 :     &initial($fig,$cgi,$html);
77 :     }
78 :     elsif ($request eq "get_fams")
79 :     {
80 :     &get_fams($fig,$cgi,$html);
81 :     }
82 :     elsif ($request eq "display_fam")
83 :     {
84 :     &display_fam($fig,$cgi,$html);
85 :     }
86 :     else
87 :     {
88 :     push(@$html,$cgi->h1("Invalid Request: $request"));
89 :     }
90 :    
91 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
92 :    
93 :     sub initial {
94 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
95 :    
96 :     my $user = $cgi->param('user');
97 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "ff.cgi",
98 :     -method => 'post'),
99 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'get_fams', -override => 1),
100 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value=>$user),
101 :     $cgi->h1('Paste in Some PEGs that Represent Families to Work on'),
102 :     $cgi->textarea(-name => 'pegtext', -rows => 40, -cols => 80, -value => ''),
103 :     $cgi->br,
104 :     $cgi->submit( 'Process' ),
105 :     $cgi->end_form
106 :     );
107 :     }
108 :    
109 :     sub get_fams {
110 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
111 :    
112 :     my $figfams = new FigFams($fig);
113 :     my $text = $cgi->param('pegtext');
114 :     my @pegs = ($text =~ /fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+/g);
115 :     my $col_hdrs = ['Family','Family Function','PEG','Function','Subsystems'];
116 :     my $tab = [];
117 :    
118 :     my(%hit_fam,$fam,$peg);
119 :     foreach $peg (@pegs)
120 :     {
121 :     foreach $fam ($figfams->families_containing_peg($peg))
122 :     {
123 :     $hit_fam{$fam}->{$peg} = 1;
124 :     }
125 :     }
126 : overbeek 1.2
127 : overbeek 1.1 foreach $fam (sort keys(%hit_fam))
128 :     {
129 :     my $famO = new FigFam($fig,$fam);
130 :     my $ffunc = $famO->family_function;
131 :     my @peg_func_tuples = map { [$_,scalar $fig->function_of($_),&subs($fig,$_)] } keys(%{$hit_fam{$fam}});
132 :     my $i;
133 :     for ($i=0; ($i < @peg_func_tuples); $i++)
134 :     {
135 :     if ($i == 0)
136 :     {
137 :     push(@$tab,[&fam_link($cgi,$fam),
138 :     $ffunc,
139 :     &HTML::fid_link($cgi,$peg_func_tuples[$i]->[0]),
140 :     $peg_func_tuples[$i]->[1],
141 :     $peg_func_tuples[$i]->[2]]
142 :     );
143 :     }
144 :     else
145 :     {
146 :     push(@$tab,['&nbsp;',
147 :     '&nbsp;',
148 :     &HTML::fid_link($cgi,$peg_func_tuples[$i]->[0]),
149 :     $peg_func_tuples[$i]->[1],
150 :     $peg_func_tuples[$i]->[2]]
151 :     );
152 :     }
153 :     }
154 :     }
155 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,'Families to Check'));
156 :     }
157 :    
158 :     sub fam_link {
159 :     my($cgi,$fam) = @_;
160 :    
161 :     my $user = $cgi->param('user');
162 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/ff.cgi?user=$user&request=display_fam&fam=$fam";
163 :     return "<a href=$url>$fam</>";
164 :     }
165 :    
166 :     sub display_fam {
167 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
168 :    
169 :     my $fam = $cgi->param('fam');
170 :     my $famO = new FigFam($fig,$fam);
171 :     my $ffunc = $famO->family_function;
172 :     my @pegs = $famO->list_members;
173 :     my $col_hdrs = ['PEG','Length','Function','Subsystems'];
174 :     my $tab = [];
175 :     foreach my $peg (@pegs)
176 :     {
177 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$peg),
178 :     $fig->translation_length($peg),
179 :     scalar $fig->function_of($peg),
180 :     &subs($fig,$peg)
181 :     ]);
182 :     }
183 :     $tab = [sort { $a->[2] cmp $b->[2] } @$tab];
184 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$fam: $ffunc"));
185 :     }
186 :    
187 :     sub subs {
188 :     my($fig,$peg) = @_;
189 :    
190 :     return join("<br>",$fig->peg_to_subsystems($peg));
191 :     }

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