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Annotation of /FigWebServices/feature.cgi

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Revision 1.1 - (view) (download)

1 : mkubal 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     use HTML;
5 :     use strict;
6 :     use GenoGraphics;
7 :     use CGI;
8 :     my $cgi = new CGI;
9 :    
10 :     if (0)
11 :     {
12 :     my $VAR1;
13 :     eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));
14 :     $cgi = $VAR1;
15 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
16 :     }
17 :    
18 :     if (0)
19 :     {
20 :     print $cgi->header;
21 :     my @params = $cgi->param;
22 :     print "<pre>\n";
23 :     foreach $_ (@params)
24 :     {
25 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
26 :     }
27 :    
28 :     if (0)
29 :     {
30 :     if (open(TMP,">/tmp/protein_parms"))
31 :     {
32 :     print TMP &Dumper($cgi);
33 :     close(TMP);
34 :     }
35 :     }
36 :     exit;
37 :     }
38 :    
39 :     my $html = [];
40 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
41 :    
42 :     my $feature = $cgi->param('feature');
43 :     if (! $feature)
44 :     {
45 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Feature Page</TITLE>\n";
46 :     push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a feature</h1>\n");
47 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
48 :     exit;
49 :     }
50 :    
51 :     if ($feature !~ /^fig\|/)
52 :     {
53 :     if ($_ = $fig->by_alias($feature))
54 :     {
55 :     $feature = $_;
56 :     }
57 :     else
58 :     {
59 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Feature Page</TITLE>\n";
60 :     push(@$html,"<h1>Sorry, $feature appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
61 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
62 :     exit;
63 :     }
64 :     }
65 :    
66 :     #
67 :     # Allow previous and next actions in calls to the script -- GJO
68 :     #
69 :    
70 :     #my $adjust = $cgi->param('previous PEG') ? -1 : $cgi->param('next PEG') ? 1 : 0;
71 :     #if ( $adjust ) {
72 :     # my ( $prefix, $protnum ) = $prot =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
73 :     # if ( $prefix && $protnum ) {
74 :     # my $prot2 = $prefix . ($protnum + $adjust);
75 :     # if ( $fig->translatable( $prot2 ) ) {
76 :     # $prot = $prot2;
77 :     # $cgi->delete('prot');
78 :     # $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
79 :     # }
80 :     # }
81 :     # ( $adjust < 0 ) && $cgi->delete('previous PEG');
82 :     # ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
83 :     #}
84 :     #
85 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
86 :    
87 :     if ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig,$cgi,$html,$feature); }
88 :     elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig,$cgi,$html,$feature); }
89 :     elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig,$cgi,$html,$feature); }
90 :     elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig,$cgi,$html,$feature); }
91 :     else { &show_initial($fig,$cgi,$html,$feature); }
92 :    
93 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
94 :     exit;
95 :    
96 :     #==============================================================================
97 :     # use_protein_tool
98 :     #==============================================================================
99 :    
100 :     sub use_protein_tool {
101 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
102 :     my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
103 :    
104 :     my $seq = $fig->get_translation($prot);
105 :     if (! $seq)
106 :     {
107 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
108 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
109 :     return;
110 :     }
111 :     my $protQ = quotemeta $prot;
112 :    
113 :     my $tool = $cgi->param('tool');
114 :     $/ = "\n//\n";
115 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
116 :     if (@tools == 1)
117 :     {
118 :     chomp $tools[0];
119 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
120 :     my $args = [];
121 :     foreach $line (@args)
122 :     {
123 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
124 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
125 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
126 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
127 :     push(@$args,[$name,$val]);
128 :     }
129 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
130 :     push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
131 :     }
132 :     }
133 :    
134 :     #==============================================================================
135 :     # make_assignment
136 :     #==============================================================================
137 :    
138 :     sub make_assignment {
139 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
140 :     my($userR);
141 :    
142 :     my $function = $cgi->param('func');
143 :     my $user = $cgi->param('user');
144 :    
145 :     if ($function && $user && $prot)
146 :     {
147 :     if ($user =~ /master:(.*)/)
148 :     {
149 :     $userR = $1;
150 :     $fig->assign_function($prot,"master",$function,"");
151 :     $fig->add_annotation($prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
152 :     }
153 :     else
154 :     {
155 :     $fig->assign_function($prot,$user,$function,"");
156 :     $fig->add_annotation($prot,$user,"Set function to\n$function\n");
157 :     }
158 :     }
159 :     $cgi->delete("request");
160 :     $cgi->delete("func");
161 :     &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot);
162 :     }
163 :    
164 :     #==============================================================================
165 :     # view_annotations
166 :     #==============================================================================
167 :    
168 :     sub view_annotations {
169 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
170 :    
171 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
172 :     my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
173 :     my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } $fig->feature_annotations($prot) ];
174 :     if (@$tab > 0)
175 :     {
176 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
177 :     }
178 :     else
179 :     {
180 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
181 :     }
182 :     }
183 :    
184 :     sub view_all_annotations {
185 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
186 :     my($ann);
187 :    
188 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
189 :     if ($fig->is_real_feature($peg))
190 :     {
191 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
192 :     my @related = $fig->related_by_func_sim($peg,$cgi->param('user'));
193 :     push(@related,$peg);
194 :    
195 :     my @annotations = $fig->merged_related_annotations(\@related);
196 :    
197 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
198 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
199 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($ann->[0])),
200 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
201 :     ] } @annotations];
202 :     if (@$tab > 0)
203 :     {
204 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
205 :     }
206 :     else
207 :     {
208 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
209 :     }
210 :     }
211 :     }
212 :    
213 :     #==============================================================================
214 :     # show_coupling_evidence
215 :     #==============================================================================
216 :    
217 :     sub show_coupling_evidence {
218 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
219 :     my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
220 :    
221 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
222 :     my $user = $cgi->param('user');
223 :     my $to = $cgi->param('to');
224 :     my @coup = grep { $_->[1] eq $to } $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,4,"keep");
225 :    
226 :     if (@coup != 1)
227 :     {
228 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
229 :     }
230 :     else
231 :     {
232 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
233 :     my $tab = [];
234 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]})
235 :     {
236 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
237 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
238 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
239 :     push( @$tab, [ $link1,
240 :     $fig->org_of($peg1),
241 :     scalar $fig->function_of($peg1,$user),
242 :     $link2,
243 :     $fig->org_of($peg2),
244 :     scalar $fig->function_of($peg2,$user)
245 :     ]
246 :     );
247 :     }
248 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
249 :     }
250 :     }
251 :    
252 :     #==============================================================================
253 :     # psi_blast_prot_sequence
254 :     #==============================================================================
255 :    
256 :     sub psi_blast_prot_sequence {
257 :     my($fig,$cgi,$prot_id) = @_;
258 :     }
259 :    
260 :     #==============================================================================
261 :     # show_initial
262 :     #==============================================================================
263 :    
264 :     sub show_initial {
265 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
266 :    
267 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
268 :     my $gs = $fig->org_of($prot);
269 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/)
270 :     {
271 :     if (! $fig->is_real_feature($prot))
272 :     {
273 :     push(@$html,"<h1>Sorry, $prot is an unknown identifier</h1>\n");
274 :     }
275 :     else
276 :     {
277 :     push(@$html,"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
278 :     my $msg;
279 :     my $url = $cgi->self_url();
280 :     if ($cgi->param('translate')) {
281 :     $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
282 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
283 :     }
284 :     else
285 :     {
286 :     $url .= ";translate=1";
287 :     $msg = "Translate Function Assignments";
288 :     }
289 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
290 :    
291 :     &display_peg($fig,$cgi,$html,$prot);
292 :     }
293 :     }
294 :     else
295 :     {
296 :     # &display_external($fig,$cgi,$html,$prot);
297 :     }
298 :     }
299 :    
300 :     #==============================================================================
301 :     # display_peg
302 :     #==============================================================================
303 :    
304 :     sub display_peg {
305 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
306 :     my $loc;
307 :    
308 :     my $half_sz = 5000;
309 :     my $fc = $cgi->param('fc');
310 :     my @fc_data;
311 :     if ($fc)
312 :     {
313 :     @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,4,"keep");
314 :     }
315 :     else
316 :     {
317 :     @fc_data = ();
318 :     }
319 :    
320 :     if ($loc = $fig->feature_location($peg))
321 :     {
322 :     my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
323 :     my $min = &FIG::max(0,&FIG::min($beg,$end) - $half_sz);
324 :     my $max = &FIG::max($beg,$end) + $half_sz;
325 :     my($feat,$min,$max) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
326 :    
327 :     &print_context($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$min,$max);
328 :     }
329 :    
330 :     &print_assignments($fig,$cgi,$html,$peg);
331 :    
332 :     push(@$html,$cgi->hr);
333 :     my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
334 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
335 :     push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a>/<a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
336 :    
337 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
338 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
339 :    
340 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
341 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
342 :    
343 :     $link = $cgi->url();
344 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
345 :     my $user = $cgi->param('user');
346 :     if (! $user)
347 :     {
348 :     $user = "";
349 :     }
350 :     else
351 :     {
352 :     $link = $link . "?fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
353 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
354 :     }
355 :    
356 :     if ((! $fc) && ($fig->feature_location($peg)))
357 :     {
358 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
359 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
360 :     }
361 :     elsif ($fc)
362 :     {
363 :     &print_fc($fig,$cgi,$html,$peg,\@fc_data);
364 :     }
365 :    
366 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
367 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
368 :    
369 :     my $has_translation = $fig->translatable($peg);
370 :     if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation)
371 :     {
372 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
373 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
374 :     }
375 :     elsif ($cgi->param('compare_region'))
376 :     {
377 :     &print_compared_regions($fig,$cgi,$html,$peg);
378 :     }
379 :    
380 :     my $sims = $cgi->param('sims');
381 :     if ((! $sims) && $has_translation)
382 :     {
383 :     my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 5;
384 :     my $maxN = $cgi->param('maxN') || 50; # Default 50, not 5 (GJO)
385 :     my $maxP = $cgi->param('maxP') || 1.0e-5;
386 :     my $ex_raw = $cgi->param('expand_raw') || 0; # Default 0, not 1 (GJO)
387 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
388 :     my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
389 :     my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
390 :    
391 :     push( @$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"));
392 :     if ($cgi->param('translate'))
393 :     {
394 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
395 :     }
396 :     push( @$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
397 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
398 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
399 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
400 :     $cgi->submit('Similarities'),
401 :     " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
402 :     " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
403 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
404 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
405 :     " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
406 :     " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
407 :     $cgi->end_form
408 :     );
409 :     }
410 :     elsif ($sims)
411 :     {
412 :     &print_similarities($fig,$cgi,$html,$peg);
413 :     }
414 :    
415 :     if ($has_translation)
416 :     {
417 :     &show_tools($fig,$cgi,$html,$peg);
418 :     }
419 :     }
420 :    
421 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
422 :    
423 :     sub show_tools {
424 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
425 :    
426 :     $cgi->param(-name => "request",
427 :     -value => "use_protein_tool");
428 :     my $url = $cgi->self_url();
429 :    
430 :     if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools"))
431 :     {
432 :     push(@$html,$cgi->hr);
433 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
434 :     my $tab = [];
435 :    
436 :     $/ = "\n//\n";
437 :     while (defined($_ = <TMP>))
438 :     {
439 :     my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
440 :     push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc]);
441 :     }
442 :     close(TMP);
443 :     $/ = "\n";
444 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
445 :     }
446 :     $cgi->delete('request');
447 :     }
448 :    
449 :     ################# Functional Coupling ############################
450 :    
451 :     sub print_fc {
452 :     my($fig,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
453 :     my($sc,$neigh);
454 :    
455 :     my $user = $cgi->param('user');
456 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
457 :     [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar $fig->function_of($neigh,$user)]
458 :     }
459 :     @$fc_data;
460 :     if (@tab > 0)
461 :     {
462 :     push(@$html,"<hr>\n");
463 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
464 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
465 :     }
466 :     }
467 :    
468 :     sub ev_link {
469 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
470 :    
471 :     my $prot = $cgi->param('prot');
472 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
473 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
474 :     }
475 :    
476 :     ################# Assignments ############################
477 :    
478 :     sub trans_function_of {
479 :     my($cgi,$fig,$peg,$user) = @_;
480 :    
481 :     if (wantarray())
482 :     {
483 :     my $x;
484 :     my @funcs = $fig->function_of($peg);
485 :     if ($cgi->param('translate'))
486 :     {
487 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = $fig->translate_function($x->[1]); $x } @funcs;
488 :     }
489 :     return @funcs;
490 :     }
491 :     else
492 :     {
493 :     my $func = $fig->function_of($peg,$user);
494 :     if ($cgi->param('translate'))
495 :     {
496 :     $func = $fig->translate_function($func);
497 :     }
498 :     return $func;
499 :     }
500 :     }
501 :    
502 :     sub print_assignments {
503 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
504 :     my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
505 :    
506 :     my $user = $cgi->param('user');
507 :     my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig,$peg);
508 :    
509 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne "master"); $i++) {}
510 :     if ($i < @funcs)
511 :     {
512 :     $master_func = $funcs[$i]->[2];
513 :     }
514 :     else
515 :     {
516 :     $master_func = "";
517 :     }
518 :    
519 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne $user); $i++) {}
520 :     if ($i < @funcs)
521 :     {
522 :     $user_func = $funcs[$i]->[2];
523 :     }
524 :     else
525 :     {
526 :     $user_func = $master_func;
527 :     }
528 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
529 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
530 :     @funcs = ();
531 :     foreach $id (@maps_to)
532 :     {
533 :     if (($id ne $peg) && (@tmp = &trans_function_of($cgi,$fig,$id)) && (@tmp > 0))
534 :     {
535 :     push(@funcs, map { $x = $_; [$id,@$_] } @tmp);
536 :     }
537 :     }
538 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
539 :     push(@$html,"<hr>\n");
540 :    
541 :     if ((@funcs == 0) && (! $user_func))
542 :     {
543 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
544 :     }
545 :    
546 :     my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_; [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),$fig->org_of($id),$who,($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : ""), &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
547 :     if (@$tab > 0)
548 :     {
549 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
550 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
551 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
552 :     }
553 :    
554 :    
555 :    
556 :     my @attr = $fig->feature_attributes($peg);
557 :     if (@attr > 0)
558 :     {
559 :     my $tab = [];
560 :     foreach $_ (@attr)
561 :     {
562 :     my($tag,$val,$url) = @$_;
563 :     push(@$tab,[$tag,"<a href=\"$url\">$val</a>"]);
564 :     }
565 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->hr,&HTML::make_table(["Key","Value"],$tab,"Attributes"),$cgi->hr);
566 :     }
567 :    
568 :     #
569 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
570 :     #
571 :    
572 :     if (my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($peg))
573 :     {
574 :     push(@$html,
575 :     $cgi->hr,
576 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
577 :    
578 :     my(@hdrs);
579 :     my(@table);
580 :    
581 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
582 :    
583 :     for my $ent (@subsystems)
584 :     {
585 :     my($sub, $role) = @$ent;
586 :     my $url = $cgi->a({href => "ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
587 :     push(@table, [$url, $role]);
588 :     }
589 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
590 :     }
591 :    
592 :     push(@$html,$cgi->hr);
593 :    
594 :     my @links = $fig->peg_links($peg);
595 :     if (@links > 0)
596 :     {
597 :     my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
598 :     my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
599 :     my $tab = [];
600 :     my ($n,$i);
601 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5)
602 :     {
603 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
604 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
605 :     }
606 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
607 :     }
608 :    
609 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
610 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
611 :    
612 :     # $_ = join("",map { $_->[1] } @funcs);
613 :     # @ecs = ($_ =~ /\d\.\d+\.\d+\.\d+/g);
614 :     # foreach $ec (@ecs)
615 :     # {
616 :     # my $kegg_link = &HTML::kegg_link($ec);
617 :     # push(@$html,"<br>$kegg_link<br>\n");
618 :     # }
619 :     }
620 :    
621 :    
622 :    
623 :     ################# Similarities ############################
624 :    
625 :    
626 :     sub print_similarities {
627 :     my( $fig, $cgi, $html, $peg ) = @_;
628 :     my( $maxN, $maxP, $expand_groups, $ex_checked );
629 :    
630 :     my $user = $cgi->param('user') || "";
631 :     my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
632 :    
633 :     $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 5;
634 :     $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
635 :     $expand_groups = $cgi->param('expand_groups');
636 :     $ex_checked = $expand_groups ? "checked" : "";
637 :    
638 :     my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 0;
639 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
640 :     my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
641 :     my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
642 :    
643 :     push( @$html, $cgi->hr,
644 :     "<a name=Similarities>",
645 :     $cgi->h1('Similarities'),
646 :     "</a>\n"
647 :     );
648 :    
649 :     #
650 :     # Instead of automatically doubling maxN, use the value of
651 :     # $cgi->param("more similarities") to drive increase in maxN and
652 :     # max_expand
653 :     #
654 :     if ( $cgi->param('more similarities') ) {
655 :     $maxN *= 2;
656 :     $max_expand *= 2;
657 :     $cgi->delete('more similarities');
658 :     }
659 :    
660 :     my ( $prev, $next ) = ( 0, 0 );
661 :     my ( $prefix, $protnum ) = $peg =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
662 :     if ( $prefix && $protnum ) {
663 :     $prev = ( $protnum > 1 ) && $fig->translatable( $prefix . ($protnum-1) );
664 :     $next = $fig->translatable( $prefix . ($protnum+1) );
665 :     }
666 :    
667 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"),
668 :     $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
669 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
670 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
671 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
672 :     " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
673 :     " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
674 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
675 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
676 :     " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
677 :     " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
678 :     $cgi->br,
679 :     $prev ? $cgi->submit('previous PEG') : (),
680 :     $cgi->submit('resubmit'),
681 :     $cgi->submit('more similarities'),
682 :     $next ? $cgi->submit('next PEG') : (),
683 :     $cgi->end_form
684 :     );
685 :    
686 :     push( @$html, $cgi->hr );
687 :    
688 :     my $select = $just_fig ? "fig" : "all";
689 :     my @sims = $fig->sims( $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand );
690 :    
691 :     if (@sims)
692 :     {
693 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
694 :     -nolabels => 1,
695 :     -override => 1,
696 :     -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
697 :    
698 :     my $target = "window$$";
699 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
700 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
701 :     -target => $target,
702 :     -action => 'fid_checked.cgi',
703 :     -name => 'fid_checked'
704 :     ),
705 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
706 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
707 :     $cgi->br,
708 :     "For Selected (checked) sequences: ",
709 :     $cgi->submit('align'),
710 :     $cgi->submit('view annotations'),
711 :     $cgi->submit('show regions')
712 :     );
713 :    
714 :     if ($user)
715 :     { my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
716 :     push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
717 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
718 :     $cgi->br, $cgi->br,
719 :     $cgi->submit('assign/annotate')
720 :     );
721 :    
722 :     if ($cgi->param('translate'))
723 :     {
724 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
725 :     $cgi->submit('check rules'),
726 :     $cgi->br
727 :     );
728 :     }
729 :     }
730 :    
731 :     push( @$html, $cgi->br,
732 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
733 :     -value => $peg,
734 :     -override => 1,
735 :     -checked => 1,
736 :     -label => ""
737 :     )
738 :     );
739 :    
740 :     my $col_hdrs;
741 :     my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\">colors explained</A>)";
742 :     if ($user && $cgi->param('translate'))
743 :     {
744 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
745 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
746 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
747 :     );
748 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
749 :     $expand_groups ? "family" : (),
750 :     $expand_groups ? "size" : (),
751 :     "Similar sequence",
752 :     "E-val<br>% iden",
753 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
754 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
755 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
756 :     "Function",
757 :     "Organism",
758 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
759 :     ];
760 :     }
761 :     elsif ($user)
762 :     {
763 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
764 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
765 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
766 :     );
767 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
768 :     $expand_groups ? "family" : (),
769 :     $expand_groups ? "size" : (),
770 :     "Similar sequence",
771 :     "E-val<br>% iden",
772 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
773 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
774 :     "ASSIGN from",
775 :     "Function",
776 :     "Organism",
777 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
778 :     ];
779 :     }
780 :     else
781 :     {
782 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
783 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
784 :     $expand_groups ? "family" : (),
785 :     $expand_groups ? "size" : (),
786 :     "Similar sequence",
787 :     "E-val<br>% iden",
788 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
789 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
790 :     "Function",
791 :     "Organism",
792 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
793 :     ];
794 :     }
795 :    
796 :     # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
797 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("fid_checked", "checked"), $cgi->br);
798 :    
799 :    
800 :     #
801 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
802 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
803 :     #
804 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
805 :    
806 :     my $ncol = @$col_hdrs;
807 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
808 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
809 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
810 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
811 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
812 :     );
813 :    
814 :     # Add the table data, row-by-row
815 :    
816 :     my $alia = ! $hide_alias;
817 :     my $sim;
818 :     foreach $sim ( @sims )
819 :     {
820 :     my $id2 = $sim->id2;
821 :     if ((! $show_env) && ($id2 =~ /^fig\|99999/))
822 :     {
823 :     shift @from;
824 :     next;
825 :     }
826 :     my $cbox = $fig->translatable($id2) ?
827 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
828 :    
829 :     my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
830 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = $fig->in_family($id2)))
831 :     {
832 :     $sz = $fig->sz_family($family);
833 :     $funcF = html_enc( $fig->family_function($family) );
834 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
835 :     }
836 :     else
837 :     {
838 :     $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
839 :     }
840 :    
841 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
842 :     chomp $id2_link;
843 :     my $psc = $sim->psc;
844 :     my $iden = $sim->iden;
845 :     my $ln1 = $sim->ln1;
846 :     my $ln2 = $sim->ln2;
847 :     my $b1 = $sim->b1;
848 :     my $e1 = $sim->e1;
849 :     my $b2 = $sim->b2;
850 :     my $e2 = $sim->e2;
851 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
852 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
853 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
854 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
855 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
856 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
857 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
858 :     my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig, $id2, $user ) );
859 :     ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
860 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
861 :     my $color3="#FFFFFF";
862 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
863 :    
864 :     if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
865 :    
866 :     #
867 :     # Colorize organisms:
868 :     #
869 :     # my $org = html_enc( $fig->org_of( $id2 ) );
870 :     my ($org,$oc) = $fig->org_and_color_of( $id2 );
871 :     $org = html_enc( $org );
872 :    
873 :     my $aliases = $alia ? html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id2) ) )
874 :     : undef;
875 :    
876 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
877 :    
878 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
879 :     #
880 :     # Colorize check box by Domain
881 :     #
882 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
883 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
884 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
885 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
886 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
887 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
888 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
889 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
890 :     "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
891 :     #
892 :     # Colorize organism by Domain
893 :     #
894 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
895 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
896 :     $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
897 :     "\t</TR>\n"
898 :     );
899 :     }
900 :    
901 :     push( @$html, "</TABLE>\n" );
902 :     push( @$html, $cgi->end_form );
903 :     }
904 :     }
905 :    
906 :     #
907 :     # Support functions for writing the similarities
908 :     #
909 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
910 :     #
911 :    
912 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
913 :    
914 :     #
915 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
916 :     # matching region.
917 :     #
918 :     # Left side is red; right side is blue.
919 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
920 :     #
921 :    
922 :     sub match_color {
923 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
924 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
925 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
926 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
927 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
928 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
929 :     # my $br = 0.8 + 0.2 * $cov;
930 :     my $br = 1;
931 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
932 :     }
933 :    
934 :     #
935 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
936 :     #
937 :    
938 :     sub hsb2rgb {
939 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
940 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
941 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
942 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
943 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
944 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
945 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
946 :     )
947 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
948 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
949 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
950 :     );
951 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
952 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
953 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
954 :     )
955 :     }
956 :    
957 :     #
958 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
959 :     #
960 :    
961 :     sub rgb2html {
962 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
963 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
964 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
965 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
966 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
967 :     }
968 :    
969 :     #
970 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
971 :     #
972 :    
973 :     sub floor {
974 :     my $x = $_[0];
975 :     defined( $x ) || return undef;
976 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
977 :     }
978 :    
979 :    
980 :     ################# Context on the Chromosome ############################
981 :    
982 :     sub print_context {
983 :     my($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
984 :     my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
985 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
986 :    
987 :    
988 :     my $user = $cgi->param('user');
989 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => &FIG::cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"),
990 :     $cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg),
991 :     $cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
992 :    
993 :     $why_related = "";
994 :     my %in_cluster = map { $_ => 1 } $fig->in_cluster_with($peg);;
995 :    
996 :     my $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
997 :     my($tab) = [];
998 :     my $genes = [];
999 :    
1000 :     my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
1001 :    
1002 :     my($role,$role1,%related_roles);
1003 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($peg_function))
1004 :     {
1005 :     foreach $role1 ($fig->neighborhood_of_role($role))
1006 :     {
1007 :     $related_roles{$role1} = 1;
1008 :     }
1009 :     }
1010 :    
1011 :     foreach $fid1 (@$feat)
1012 :     {
1013 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
1014 :     $aliases = join( ', ', $fig->feature_aliases($fid1) );
1015 :     ($contig1,$beg1,$end1) = $fig->boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid1));;
1016 :     $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
1017 :    
1018 :     if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
1019 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
1020 :     else { $color = "red" }
1021 :    
1022 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/)
1023 :     {
1024 :     $n = $1;
1025 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user";
1026 :     }
1027 :     elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/)
1028 :     {
1029 :     $n = uc $1;
1030 :     $link = "";
1031 :     }
1032 :     else
1033 :     {
1034 :     $n ="";
1035 :     $link = "";
1036 :     }
1037 :    
1038 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),&FIG::max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link]);
1039 :     if ($max_so_far)
1040 :     {
1041 :     $gap = (&FIG::min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
1042 :     }
1043 :     else
1044 :     {
1045 :     $gap = "";
1046 :     }
1047 :     $max_so_far = &FIG::max($beg1,$end1);
1048 :    
1049 :    
1050 :     $in_neighborhood = "";
1051 :     if (&FIG::ftype($fid1) eq "peg")
1052 :     {
1053 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig,$fid1,$user);
1054 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($comment))
1055 :     {
1056 :     if ($related_roles{$role})
1057 :     {
1058 :     $in_neighborhood = "*";
1059 :     }
1060 :     }
1061 :     }
1062 :     else
1063 :     {
1064 :     $comment = "";
1065 :     }
1066 :     $comment = &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($fid1),$comment);
1067 :     if ($fid1 eq $peg)
1068 :     {
1069 :     $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
1070 :     }
1071 :     $sz = abs($end1-$beg1)+1;
1072 :    
1073 :     my $must_have = (($fid1 eq $peg) || (! $fc)) ? "" : $cgi->checkbox(-name => 'must_have',
1074 :     -value => $fid1,
1075 :     -checked => 0,
1076 :     -override => 1,
1077 :     -label => "");
1078 :    
1079 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1080 :     $must_have,
1081 :     $fc,$in_neighborhood,
1082 :     $comment,&HTML::set_prot_links($cgi,$aliases),$why_related]);
1083 :     }
1084 :     $map = ["",$beg,$end,$genes];
1085 :     $gg = [$map];
1086 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1"));
1087 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->submit('pin with checked genes'),$cgi->end_form,$cgi->br);
1088 :     push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
1089 :     return;
1090 :     }
1091 :    
1092 :     sub assign_link {
1093 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
1094 :     my($assign_url,$assign_link);
1095 :    
1096 :     if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func)))
1097 :     {
1098 :     $cgi->delete('request');
1099 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
1100 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
1101 :     }
1102 :     else
1103 :     {
1104 :     $assign_link = "";
1105 :     }
1106 :     return $assign_link;
1107 :     }
1108 :    
1109 :     sub pin_link {
1110 :     my($cgi,$peg) = @_;
1111 :     my $user = $cgi->param('user');
1112 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1113 :    
1114 :     my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user";
1115 :     my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
1116 :     return $cluster_link;
1117 :     }
1118 :    
1119 :     sub set_map_links {
1120 :     my($fig,$org,$func) = @_;
1121 :    
1122 :     if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/)
1123 :     {
1124 :     my $before = $1;
1125 :     my $ec = $2;
1126 :     my $after = $3;
1127 :     return &set_map_links($fig,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig,$org,$ec) . &set_map_links($fig,$org,$after);
1128 :     }
1129 :     return $func;
1130 :     }
1131 :    
1132 :     sub set_ec_to_maps {
1133 :     my($fig,$org,$ec) = @_;
1134 :    
1135 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1136 :     if (@maps > 0)
1137 :     {
1138 :     $cgi->delete('request');
1139 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1140 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1141 :     return $link;
1142 :     }
1143 :     return $ec;
1144 :     }
1145 :    
1146 :     sub show_ec_to_maps {
1147 :     my($fig,$cgi,$html,$ec) = @_;
1148 :    
1149 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1150 :     if (! $ec)
1151 :     {
1152 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1153 :     return;
1154 :     }
1155 :    
1156 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1157 :     if (@maps > 0)
1158 :     {
1159 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1160 :     my $map;
1161 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),$fig->map_name($map)] } @maps];
1162 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . $fig->ec_name($ec)));
1163 :     }
1164 :     }
1165 :    
1166 :     sub map_link {
1167 :     my($cgi,$map) = @_;
1168 :    
1169 :     $cgi->delete('request');
1170 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1171 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1172 :     return $link;
1173 :     }
1174 :    
1175 :     sub link_to_map {
1176 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
1177 :    
1178 :     my $map = $cgi->param('map');
1179 :     if (! $map)
1180 :     {
1181 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1182 :     return;
1183 :     }
1184 :    
1185 :     my $org = $cgi->param('org');
1186 :     if (! $org)
1187 :     {
1188 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1189 :     return;
1190 :     }
1191 :     my$user = $cgi->param('user');
1192 :     $user = $user ? $user : "";
1193 :    
1194 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1195 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1196 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1197 :     &HTML::trim_output(\@out);
1198 :     push(@$html,@out);
1199 :     }
1200 :    
1201 :     sub aa_sequence {
1202 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1203 :     my($seq,$func,$i);
1204 :    
1205 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1206 :     if ($seq = $fig->get_translation($prot))
1207 :     {
1208 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1209 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1210 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1211 :     {
1212 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1213 :     {
1214 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1215 :     }
1216 :     else
1217 :     {
1218 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1219 :     }
1220 :     }
1221 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1222 :     }
1223 :     else
1224 :     {
1225 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1226 :     }
1227 :     }
1228 :    
1229 :     sub dna_sequence {
1230 :     my($fig,$cgi,$html,$fid) = @_;
1231 :     my($seq,$func,$i);
1232 :    
1233 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1234 :     if ($seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($fid),scalar $fig->feature_location($fid)))
1235 :     {
1236 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1237 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1238 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1239 :     {
1240 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1241 :     {
1242 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1243 :     }
1244 :     else
1245 :     {
1246 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1247 :     }
1248 :     }
1249 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1250 :     }
1251 :     else
1252 :     {
1253 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1254 :     }
1255 :     }
1256 :    
1257 :     sub show_fusions {
1258 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1259 :    
1260 :     my $user = $cgi->param('user');
1261 :     $user = $user ? $user : "";
1262 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1263 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user";
1264 :     my @out = `./fusions.cgi`;
1265 :     print join("",@out);
1266 :     exit;
1267 :     }
1268 :    
1269 :     sub print_compared_regions {
1270 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
1271 :    
1272 :     my @closest_pegs = &closest_pegs($fig,$peg,5);
1273 :    
1274 :     if (@closest_pegs > 0)
1275 :     {
1276 :     if ($fig->possibly_truncated($peg))
1277 :     {
1278 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
1279 :     }
1280 :     @closest_pegs = $fig->sort_fids_by_taxonomy(@closest_pegs);
1281 :     unshift(@closest_pegs,$peg);
1282 :     my @all_pegs = ();
1283 :     my $gg = &build_maps($fig,\@closest_pegs,\@all_pegs);
1284 :     my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);
1285 :     &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
1286 :     ################################### add commentary capability
1287 :    
1288 :     my @commentary_form = ();
1289 :     my $ctarget = "window$$";
1290 :     my $user = $cgi->param('user');
1291 :     push(@commentary_form,$cgi->start_form(-target => $ctarget,
1292 :     -action => &FIG::cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"
1293 :     ));
1294 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "request", -value => "show_commentary"));
1295 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg));
1296 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1297 :    
1298 :     my($gene,$n,%how_many,$val,@vals,$x);
1299 :     my($i,$map);
1300 :     @vals = ();
1301 :     for ($i=(@$gg - 1); ($i >= 0); $i--)
1302 :     {
1303 :     my @vals1 = ();
1304 :     $map = $gg->[$i];
1305 :     my $found = 0;
1306 :     my $got_red = 0;
1307 :     undef %how_many;
1308 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1309 :     {
1310 :     if (($x = $gene->[3]) ne "grey")
1311 :     {
1312 :     $n = $gene->[4];
1313 :     if ($n == 1) { $got_red = 1 }
1314 :     $how_many{$n}++;
1315 :     $gene->[5] =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/;
1316 :     $val = join("@",($n,$i,$1,$map->[0],$how_many{$n}));
1317 :     push(@vals1,$val);
1318 :     $found++;
1319 :     }
1320 :     }
1321 :    
1322 :     if (! $got_red)
1323 :     {
1324 :     splice(@$gg,$i,1);
1325 :     }
1326 :     else
1327 :     {
1328 :     push(@vals,@vals1);
1329 :     }
1330 :     }
1331 :    
1332 :     if (@$gg == 0)
1333 :     {
1334 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no pins worked out"));
1335 :     }
1336 :     else
1337 :     {
1338 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "show", -value => [@vals]));
1339 :     push(@commentary_form,$cgi->submit('commentary'));
1340 :     push(@commentary_form,$cgi->end_form());
1341 :     push(@$html,@commentary_form);
1342 :     }
1343 :     ################################################################end commentary
1344 :     push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
1345 :     }
1346 :     }
1347 :    
1348 :     sub closest_pegs {
1349 :     my($fig,$peg,$n) = @_;
1350 :     my($id2,$d,$peg2,$i);
1351 :    
1352 :     my @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } $fig->sims($peg,5,1.0e-20,"all");
1353 :    
1354 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
1355 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
1356 :     my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} $fig->in_pch_pin_with($peg);
1357 :     my $g1 = &FIG::genome_of($peg);
1358 :     @pinned_to =
1359 :     map {$_->[1] }
1360 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
1361 :     map { $peg2 = $_; $d = $fig->crude_estimate_of_distance($g1,&FIG::genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
1362 :     @pinned_to;
1363 :    
1364 :     for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++)
1365 :     {
1366 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
1367 :     }
1368 :     return return keys(%closest);
1369 :     }
1370 :    
1371 :     sub build_maps {
1372 :     my($fig,$pinned_pegs,$all_pegs) = @_;
1373 :     my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
1374 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
1375 :    
1376 :     $gg = [];
1377 :     foreach $peg (@$pinned_pegs)
1378 :     {
1379 :     $loc = $fig->feature_location($peg);
1380 :     ($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
1381 :     if ($contig && $beg && $end)
1382 :     {
1383 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
1384 :     $min = $mid - 8000;
1385 :     $max = $mid + 8000;
1386 :     $genes = [];
1387 :     ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
1388 :     foreach $fid (@$feat)
1389 :     {
1390 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &FIG::boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid));
1391 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
1392 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
1393 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),
1394 :     &FIG::max($beg1,$end1),
1395 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
1396 :     "grey",
1397 :     "",
1398 :     $fid]);
1399 :    
1400 :     if ($fid =~ /peg/)
1401 :     {
1402 :     push(@$all_pegs,$fid);
1403 :     }
1404 :     }
1405 :     $map = [&FIG::abbrev($fig->org_of($peg)),0,$max+1-$min,
1406 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
1407 :     push(@$gg,$map);
1408 :     }
1409 :     }
1410 :    
1411 :     my(%seen,$abbr);
1412 :     foreach $map (@$gg)
1413 :     {
1414 :     $abbr = $map->[0];
1415 :     if (defined($seen{$abbr}))
1416 :     {
1417 :     $seen{$abbr}++;
1418 :     $map->[0] = substr($map->[0],0,10) . "\*$seen{$abbr}";
1419 :     }
1420 :     else
1421 :     {
1422 :     $seen{$abbr} = 0;
1423 :     }
1424 :     }
1425 :     return $gg;
1426 :     }
1427 :    
1428 :     sub in {
1429 :     my($x,$xL) = @_;
1430 :     my($i);
1431 :    
1432 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
1433 :     return ($i < @$xL);
1434 :     }
1435 :    
1436 :     sub in_bounds {
1437 :     my($min,$max,$x) = @_;
1438 :    
1439 :     if ($x < $min) { return $min }
1440 :     elsif ($x > $max) { return $max }
1441 :     else { return $x }
1442 :     }
1443 :    
1444 :     sub decr_coords {
1445 :     my($genes,$min) = @_;
1446 :     my($gene);
1447 :    
1448 :     foreach $gene (@$genes)
1449 :     {
1450 :     $gene->[0] -= $min;
1451 :     $gene->[1] -= $min;
1452 :     }
1453 :     return $genes;
1454 :     }
1455 :    
1456 :     sub flip_map {
1457 :     my($genes,$min,$max) = @_;
1458 :     my($gene);
1459 :    
1460 :     foreach $gene (@$genes)
1461 :     {
1462 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
1463 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
1464 :     }
1465 :     return $genes;
1466 :     }
1467 :    
1468 :     sub cluster_genes {
1469 :     my($all_pegs,$peg) = @_;
1470 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1471 :    
1472 :     my @color_sets = ();
1473 :    
1474 :     $conn = &get_connections_by_similarity($all_pegs);
1475 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1476 :     {
1477 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1478 :     if (! $seen{$i})
1479 :     {
1480 :     $cluster = [$i];
1481 :     $seen{$i} = 1;
1482 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++)
1483 :     {
1484 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1485 :     foreach $k (@$x)
1486 :     {
1487 :     if (! $seen{$k})
1488 :     {
1489 :     push(@$cluster,$k);
1490 :     $seen{$k} = 1;
1491 :     }
1492 :     }
1493 :     }
1494 :    
1495 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI))
1496 :     {
1497 :     push(@color_sets,$cluster);
1498 :     }
1499 :     }
1500 :     }
1501 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1502 :     $red_set = $color_sets[$i];
1503 :     splice(@color_sets,$i,1);
1504 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1505 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1506 :    
1507 :     my $color_sets = {};
1508 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++)
1509 :     {
1510 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]})
1511 :     {
1512 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1513 :     }
1514 :     }
1515 :     return $color_sets;
1516 :     }
1517 :    
1518 :     sub get_connections_by_similarity {
1519 :     my($all_pegs) = @_;
1520 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
1521 :     my($sim,%conn,$x,$y);
1522 :    
1523 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1524 :     {
1525 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
1526 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
1527 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i])
1528 :     {
1529 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
1530 :     }
1531 :     }
1532 :    
1533 :     foreach $y (keys(%pos_of))
1534 :     {
1535 :     $x = $pos_of{$y};
1536 :     for ($i=0; ($i < @$x); $i++)
1537 :     {
1538 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++)
1539 :     {
1540 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
1541 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
1542 :     }
1543 :     }
1544 :     }
1545 :    
1546 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1547 :     {
1548 :     foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw"))
1549 :     {
1550 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2}))
1551 :     {
1552 :     foreach $y (@$x)
1553 :     {
1554 :     push(@{$conn{$i}},$y);
1555 :     }
1556 :     }
1557 :     }
1558 :     }
1559 :     return \%conn;
1560 :     }
1561 :    
1562 :     sub set_colors_text_and_links {
1563 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
1564 :     my($map,$gene,$peg,$color);
1565 :    
1566 :     foreach $map (@$gg)
1567 :     {
1568 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1569 :     {
1570 :     $peg = $gene->[5];
1571 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg}))
1572 :     {
1573 :     $gene->[3] = ($color == 0) ? "red" : "color$color";
1574 :     $gene->[4] = $color + 1;
1575 :     }
1576 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
1577 :     }
1578 :     }
1579 :     }
1580 :    
1581 :     sub peg_url {
1582 :     my($cgi,$peg) = @_;
1583 :    
1584 :     my $prot = $cgi->param('prot');
1585 :     $cgi->delete('prot');
1586 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
1587 :     $cgi->delete('prot');
1588 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
1589 :    
1590 :     return $url;
1591 :     }
1592 :    
1593 :     sub possible_extensions {
1594 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
1595 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
1596 :    
1597 :     $g = &FIG::genome_of($peg);
1598 :    
1599 :     foreach $peg1 (@$closest_pegs)
1600 :     {
1601 :     if ($g ne &FIG::genome_of($peg1))
1602 :     {
1603 :     foreach $sim ($fig->sims($peg1,500,1.0e-5,"all"))
1604 :     {
1605 :     $id2 = $sim->id2;
1606 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && $fig->possibly_truncated($id2))
1607 :     {
1608 :     $poss{$id2} = 1;
1609 :     }
1610 :     }
1611 :     }
1612 :     }
1613 :     return keys(%poss);
1614 :     }

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