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Annotation of /FigWebServices/diagram.cgi

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Revision 1.1 - (view) (download)

1 : paarmann 1.1 #
2 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
3 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
4 :     #
5 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
6 :     #
7 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
8 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
9 :     # Public License.
10 :     #
11 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
12 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
13 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
14 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
15 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
16 :     #
17 :    
18 :     use strict;
19 :     use warnings;
20 :    
21 :     use FIG_CGI;
22 :     use FIG_Config;
23 :     use CGI;
24 :    
25 :     use Diagram;
26 :    
27 :     eval {
28 :     &main;
29 :     };
30 :    
31 :     if ($@)
32 :     {
33 :     my $cgi = new CGI();
34 :    
35 :     print $cgi->header();
36 :     print $cgi->start_html();
37 :     print "<pre>$@</pre>";
38 :     print $cgi->end_html();
39 :    
40 :     }
41 :    
42 :     sub main {
43 :    
44 :     my ($fig, $cgi, $user) = FIG_CGI::init(debug_save => 0, debug_load => 0, print_params => 0);
45 :    
46 :     my $css = qq~body {
47 :     font-family: Verdana, Arial, sans-serif;
48 :     font-size: 12px;
49 :     font-weight: normal;
50 :     color: #000;
51 :     background-color: #FFFFFF;
52 :     }~;
53 :    
54 :     # print out the page
55 :     print $cgi->header();
56 :     print $cgi->start_html(-title => 'The SEED - Subsystem Diagram',
57 :     -style => { -code => $css }
58 :     );
59 :    
60 :     print &get_Diagram($fig, $cgi);
61 :    
62 :     }
63 :    
64 :    
65 :     sub get_Diagram {
66 :     # get parameters
67 :     my ($fig, $cgi) = @_;
68 :    
69 :     unless ($cgi->param('subsystem_name') and
70 :     $cgi->param('diagram')) {
71 :     return '<p>CGI Parameter missing.</p>';
72 :     }
73 :    
74 :     my $subsystem_name = $cgi->param('subsystem_name');
75 :     my $diagram_id = $cgi->param('diagram');
76 :    
77 :     my $subsystem_pretty = $subsystem_name;
78 :     $subsystem_pretty =~ s/_/ /g;
79 :    
80 :     my $subsystem = $fig->get_subsystem($subsystem_name);
81 :     my @genomes = $subsystem->get_genomes();
82 :     my $genome = $cgi->param('genome_id');
83 :     my %genome_labels = map { $_ => $fig->genus_species($_)." ( $_ )" } @genomes;
84 :    
85 :     # generate the content
86 :     my $content = '<p>No subsystem name given.</p>';
87 :     if ($subsystem) {
88 :    
89 :     $content = "<h1>Subsystem: $subsystem_pretty</h1>";
90 :     $content .= '<hr/>';
91 :    
92 :     unless ($subsystem->is_new_diagram($diagram_id)) {
93 :     $content .= "<p><em>Diagram '$diagram_id' is not a new diagram.</em><p>";
94 :     return $content;
95 :     }
96 :    
97 :     $content .= $cgi->start_form();
98 :     $content .= $cgi->hidden( -name => 'subsystem_name',
99 :     -value => $subsystem_name );
100 :     $content .= $cgi->hidden( -name => 'diagram',
101 :     -value => $diagram_id );
102 :     $content .= $cgi->popup_menu( -name => 'genome_id',
103 :     -values => \@genomes,
104 :     -default => $genome,
105 :     -labels => \%genome_labels,
106 :     );
107 :     $content .= $cgi->submit( -name => 'Color diagram' );
108 :     $content .= $cgi->end_form();
109 :    
110 :     # initialise a status string (log)
111 :     my $status = '';
112 :    
113 :     # fetch the diagram
114 :     my $diagram_dir = $subsystem->{dir}."/diagrams/$diagram_id/";
115 :     my $d = Diagram->new($subsystem_name, $diagram_dir);
116 :    
117 :    
118 :     # DEBUG: test all items of the diagram against the subsystem
119 :     # (for debug purposes during introduction of new diagrams)
120 :     # (remove when no longer needed)
121 :     my $types = [ 'role', 'role_and', 'role_or' ];
122 :     foreach my $t (@$types) {
123 :     foreach my $id (@{$d->item_ids_of_type($t)}) {
124 :     unless ($subsystem->get_role_from_abbr($id) or
125 :     scalar($subsystem->get_subsetC_roles($id))) {
126 :     $status .= "Diagram item '$t' = '$id' not found in the subsystem.\n";
127 :     }
128 :     }
129 :     }
130 :     # END
131 :    
132 :    
133 :     if ($genome) {
134 :    
135 :     my @roles = $subsystem->get_roles_for_genome($genome);
136 :    
137 :     # build a lookup hash, make one entry for each role_and and role_or item
138 :     # the index references to the inner hash of the role_and/role_or hash
139 :     # to set a value there use $lookup->{role_abbr}->{role_abbr} = 1;
140 :     my $lookup = {};
141 :    
142 :     # find out about role_and
143 :     my $role_and = {};
144 :     if (scalar(@{$d->item_ids_of_type('role_and')})) {
145 :     foreach my $subset (@{$d->item_ids_of_type('role_and')}) {
146 :    
147 :     $role_and->{$subset} = {};
148 :    
149 :     foreach my $r ($subsystem->get_subsetC_roles($subset)) {
150 :     my $r_abbr = $subsystem->get_abbr_for_role($r);
151 :     unless ($r_abbr) {
152 :     die "Unable to get the abbreviation for role '$r'.";
153 :     }
154 :    
155 :     $lookup->{$r_abbr} = $role_and->{$subset};
156 :     $role_and->{$subset}->{$r_abbr} = 0;
157 :     }
158 :     }
159 :     }
160 :    
161 :     # find out about role_or
162 :     my $role_or = {};
163 :     if (scalar(@{$d->item_ids_of_type('role_or')})) {
164 :     foreach my $subset (@{$d->item_ids_of_type('role_or')}) {
165 :    
166 :     $role_or->{$subset} = {};
167 :    
168 :     foreach my $r ($subsystem->get_subsetC_roles($subset)) {
169 :     my $r_abbr = $subsystem->get_abbr_for_role($r);
170 :     unless ($r_abbr) {
171 :     die "Unable to get the abbreviation for role '$r'.";
172 :     }
173 :    
174 :     $lookup->{$r_abbr} = $role_and->{$subset};
175 :     $role_or->{$subset}->{$r_abbr} = 0;
176 :     }
177 :     }
178 :     }
179 :    
180 :    
181 :     # check if genome is present in subsystem
182 :     # genomes not present, unfortunately return @roles = ( undef )
183 :     if (scalar(@roles) == 0 or
184 :     (scalar(@roles) and !defined($roles[0]))) {
185 :     $content .= "<p><em>Genome '$genome' is not present in this subsystem.</em><p>";
186 :     shift(@roles);
187 :     }
188 :     else {
189 :     $content .= "<p><em>Showing colours for genome: $genome.</em><p>";
190 :     }
191 :    
192 :    
193 :     # iterate over all roles present in a subsystem:
194 :     # -> map roles to abbr in the foreach loop
195 :     # -> color simple roles present
196 :     # -> tag roles being part of a logical operator in $lookup
197 :     foreach (map { $subsystem->get_abbr_for_role($_) } @roles) {
198 :    
199 :     # color normal roles
200 :     if ($d->has_item('role', $_)) {
201 :     $d->color_item('role',$_,'green');
202 :     next;
203 :     }
204 :    
205 :     # try to find role_and / role_or
206 :     if (exists($lookup->{$_})) {
207 :     $lookup->{$_}->{$_} = 1;
208 :     next;
209 :     }
210 :    
211 :     $status .= "Role '$_' not found in the diagram.\n";
212 :     }
213 :    
214 :     # use Data::Dumper;
215 :     # $content .= "<pre>".Data::Dumper->Dump([ $lookup ])."</pre>";
216 :    
217 :     # check if to color any role_and
218 :     foreach my $id_role_and (keys(%$role_and)) {
219 :     my $result = 1;
220 :     foreach (keys(%{$role_and->{$id_role_and}})) {
221 :     $result = 0 unless ($role_and->{$id_role_and}->{$_});
222 :     }
223 :     $d->color_item('role_and', $id_role_and, 'green') if ($result);
224 :     }
225 :     }
226 :     else {
227 :     $content .= '<p><em>You have not provided a genome id to color the diagram with.</em><p>';
228 :     }
229 :    
230 :     $content .= $d->html;
231 :     $content .= '<hr/><p><em>Below follows a status message to help test the new diagrams:</em><p>'.
232 :     "<pre>$status</pre>" if ($status);
233 :    
234 :     }
235 :    
236 :     return $content;
237 :     }
238 :    
239 :    

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