[Bio] / FigWebServices / comp_MR.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/comp_MR.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Sun Mar 11 20:37:54 2007 UTC revision 1.2, Mon Mar 12 01:13:24 2007 UTC
# Line 60  Line 60 
60  use FIG;  use FIG;
61  use FIGV;  use FIGV;
62    
63  my($fig);  my($fig,$use_figV);
64  if ($genome1 =~ /^\d+\.\d+/)  if ($genome1 =~ /^\d+\.\d+/)
65  {  {
66      $fig = new FIG;      $fig = new FIG;
67        $use_figV = 0;
68  }  }
69  elsif (($genome1 =~ /\d+\.\d+$/) && (-d $genome1))  elsif (($genome1 =~ /\d+\.\d+$/) && (-d $genome1))
70  {  {
71      my $tmp = new FIG;      my $tmp = new FIG;
72      $fig    = new FIGV($genome1,$tmp);      $fig    = new FIGV($genome1,$tmp);
73        $use_figV = 1;
74  }  }
75    
76  my($common,$in1_not2,$in2_not1) = &CompareMR::compare_genomes_MR($genome1,$genome2);  my($common,$in1_not2,$in2_not1) = &CompareMR::compare_genomes_MR($genome1,$genome2);
# Line 77  Line 79 
79    
80  if ($request eq "common")  if ($request eq "common")
81  {  {
82      &process_common($fig,$cgi,$html,$common);      &process_data($fig,$cgi,$html,$common,$use_figV);
83    }
84    elsif ($request eq "in1_not2")
85    {
86        &process_data($fig,$cgi,$html,$in1_not2,$use_figV);
87    }
88    elsif ($request eq "in2_not1")
89    {
90        &process_data($fig,$cgi,$html,$in2_not1,0);
91  }  }
   
92    
93  unshift @$html, "<TITLE>Compare Metabolic Reconstructions</TITLE>\n";  unshift @$html, "<TITLE>Compare Metabolic Reconstructions</TITLE>\n";
94    
95  &HTML::show_page($cgi,$html);  &HTML::show_page($cgi,$html);
96    
97  sub process_common {  sub process_data {
98      my($fig,$cgi,$html,$common) = @_;      my($fig,$cgi,$html,$data,$use_figV) = @_;
99      my($tuple,$sub,$role,$pegs1,$pegs2,$classification,$class1,$class2);      my($tuple,$sub,$role,$pegs1,$pegs2,$classification,$class1,$class2);
100      my($key,%subH,$subH1,$subH2,$subH3,@roles,$subL,$pegL,$peg);      my($key,%subH,$subH1,$subH2,$subH3,@roles,$subL,$pegL,$peg);
101    
102      foreach $tuple (@$common)      foreach $tuple (@$data)
103      {      {
104          ($sub,$role,$pegs1,$pegs2) = @$tuple;          ($sub,$role,$pegs1) = @$tuple;
105          $classification = $fig->subsystem_classification($sub);          $classification = $fig->subsystem_classification($sub);
106          $class1 = $classification->[0] || "Unclassified";          $class1 = $classification->[0] || "Unclassified";
107          $class2 = $classification->[1] || "Unclassified";          $class2 = $classification->[1] || "Unclassified";
# Line 109  Line 118 
118              push(@$html,"<h2>$class2</h2>\n");              push(@$html,"<h2>$class2</h2>\n");
119              foreach $sub (sort keys(%$subH2))              foreach $sub (sort keys(%$subH2))
120              {              {
121                    if ($use_figV)
122                    {
123                        $subL = &sub_P1K_link($cgi,$sub);
124                    }
125                    else
126                    {
127                  $subL  = &HTML::sub_link($cgi,$sub);                  $subL  = &HTML::sub_link($cgi,$sub);
128                    }
129                  $subH3 = $subH2->{$sub};                  $subH3 = $subH2->{$sub};
130                  push(@$html,"<h3>$subL</h3>\n");                  push(@$html,"<h3>$subL</h3>\n");
131                  push(@$html,"<ul>\n");                  push(@$html,"<ul>\n");
# Line 121  Line 137 
137    
138                      foreach $peg (sort { &FIG::by_fig_id($a,$b) } @$pegs1)                      foreach $peg (sort { &FIG::by_fig_id($a,$b) } @$pegs1)
139                      {                      {
140                            if ($use_figV)
141                            {
142                                $pegL = &peg_P1K_link($cgi,$fig,$peg);
143                            }
144                            else
145                            {
146                          $pegL = &HTML::fid_link($cgi,$peg);                          $pegL = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
147                            }
148                          push(@$html,"<li>$pegL\n");                          push(@$html,"<li>$pegL\n");
149                      }                      }
150                      push(@$html,"</ul>\n");                      push(@$html,"</ul>\n");
# Line 132  Line 155 
155      }      }
156  }  }
157    
158    sub peg_P1K_link {
159        my($cgi,$fig,$peg) = @_;
160    
161        return $peg;
162    }
163    
164    sub sub_P1K_link {
165        my($cgi,$sub) = @_;
166    
167        return $sub;
168    }

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3