[Bio] / FigWebServices / clust_ss.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/clust_ss.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Sat Feb 16 17:52:36 2008 UTC revision 1.2, Mon Feb 18 22:08:23 2008 UTC
# Line 62  Line 62 
62    
63  if (! $user)  if (! $user)
64  {  {
65      &get_user($fig,$cgi,$html);      &get_user_and_type($fig,$cgi,$html);
66  }  }
67  else  else
68  {  {
69      my $peg = &get_interesting($fig,1);      my $peg = &get_interesting($fig,$cgi,1);
70      if ($peg)      if ($peg)
71      {      {
72          my $url = "http://anno-3.nmpdr.org/anno/FIG/seedviewer.cgi?user=$user&pattern=" . $peg . "&page=SearchResult&action=check_search";          my $url = "http://anno-3.nmpdr.org/anno/FIG/seedviewer.cgi?user=$user&pattern=" . $peg . "&page=SearchResult&action=check_search";
# Line 82  Line 82 
82  &HTML::show_page($cgi,$html);  &HTML::show_page($cgi,$html);
83    
84  sub get_interesting {  sub get_interesting {
85      my($fig,$retry) = @_;      my($fig,$cgi,$retry) = @_;
86    
87        my $just_hypo = $cgi->param('just_hypo');
88      if (open(INTERESTING,"<$FIG_Config::global/interesting.pegs"))      if (open(INTERESTING,"<$FIG_Config::global/interesting.pegs"))
89      {      {
90          my @pegs = <INTERESTING>;          my @pegs = <INTERESTING>;
91          chomp @pegs;          chomp @pegs;
92          close(INTERESTING);          close(INTERESTING);
93    
94          my $tries = 5;          my $tries = 30;
95          my $peg;          my $peg;
96          while ((! $peg) && $tries)          while ((! $peg) && $tries)
97          {          {
# Line 103  Line 104 
104                  {                  {
105                      $peg = undef;                      $peg = undef;
106                  }                  }
107                    if ($just_hypo && &coupled_to_nonhypo($fig,$peg))
108                    {
109                        $peg = undef;
110                    }
111              }              }
112              $tries--;              $tries--;
113          }          }
# Line 120  Line 125 
125      return undef;      return undef;
126  }  }
127    
128    sub coupled_to_nonhypo {
129        my($fig,$peg) = @_;
130        my $i;
131    
132        my @coupled = $fig->coupled_to($peg);
133        for ($i=0; ($i < @coupled) && &is_hypo($fig,$coupled[$i]->[0]); $i++) {}
134        return ($i < @coupled);
135    }
136    
137    sub is_hypo {
138        my($fig,$peg) = @_;
139    
140        my $func = $fig->function_of($peg);
141        return &FIG::hypo($func);
142    }
143    
144  sub clean_interesting {  sub clean_interesting {
145      my($fig) = @_;      my($fig) = @_;
146    
# Line 138  Line 159 
159      }      }
160  }  }
161    
162  sub get_user {  sub get_user_and_type {
163      my($fig,$cgi,$html) = @_;      my($fig,$cgi,$html) = @_;
164    
165      push(@$html, $cgi->start_form(-action => "clust_ss.cgi",      push(@$html, $cgi->start_form(-action => "clust_ss.cgi",
166                                    -method => 'post'),                                    -method => 'post'),
167                   'User: ',                   'User: ',
168                   $cgi->textfield(-name => "user", -size => 10, -value => ''),                   $cgi->textfield(-name => "user", -size => 10, -value => ''),
169                   $cgi->br,                   $cgi->br,$cgi->br,
170                     $cgi->checkbox(-name => 'just_hypo', -value => "", -checked => 0, -label => 'just hypothetical'),
171                     $cgi->br,$cgi->br,
172                   $cgi->submit( 'Get PEG to Look at' ),                   $cgi->submit( 'Get PEG to Look at' ),
173                   $cgi->end_form                   $cgi->end_form
174           );           );

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3