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Annotation of /FigWebServices/clust_ss.cgi

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Revision 1.1 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :    
19 :    
20 :     use FIG;
21 :     my $fig = new FIG;
22 :    
23 :     use HTML;
24 :     use strict;
25 :    
26 :     use CGI;
27 :     my $cgi = new CGI;
28 :    
29 :     if (0)
30 :     {
31 :     my $VAR1;
32 :     eval(join("",`cat /tmp/clust_ss_parms`));
33 :     $cgi = $VAR1;
34 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
35 :     }
36 :    
37 :     if (0)
38 :     {
39 :     print $cgi->header;
40 :     my @params = $cgi->param;
41 :     print "<pre>\n";
42 :     foreach $_ (@params)
43 :     {
44 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
45 :     }
46 :    
47 :     if (0)
48 :     {
49 :     if (open(TMP,">/tmp/clust_ss_parms"))
50 :     {
51 :     print TMP &Dumper($cgi);
52 :     close(TMP);
53 :     }
54 :     }
55 :     exit;
56 :     }
57 :    
58 :     my $html = [];
59 :     unshift @$html, "<TITLE>Generate Cluster-Based Subsystems</TITLE>\n";
60 :    
61 :     my $user = $cgi->param('user');
62 :    
63 :     if (! $user)
64 :     {
65 :     &get_user($fig,$cgi,$html);
66 :     }
67 :     else
68 :     {
69 :     my $peg = &get_interesting($fig,1);
70 :     if ($peg)
71 :     {
72 :     my $url = "http://anno-3.nmpdr.org/anno/FIG/seedviewer.cgi?user=$user&pattern=" . $peg . "&page=SearchResult&action=check_search";
73 :     print $cgi->redirect($url);
74 :     exit;
75 :     }
76 :     else
77 :     {
78 :     push(@$html,$cgi->h1('Could not get a PEG to work on'));
79 :     }
80 :     }
81 :    
82 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
83 :    
84 :     sub get_interesting {
85 :     my($fig,$retry) = @_;
86 :    
87 :     if (open(INTERESTING,"<$FIG_Config::global/interesting.pegs"))
88 :     {
89 :     my @pegs = <INTERESTING>;
90 :     chomp @pegs;
91 :     close(INTERESTING);
92 :    
93 :     my $tries = 5;
94 :     my $peg;
95 :     while ((! $peg) && $tries)
96 :     {
97 :     my $i = int(rand() * @pegs);
98 :     if (($i < @pegs) && $fig->is_real_feature($pegs[$i]))
99 :     {
100 :     $peg = $pegs[$i];
101 :     my @subs = grep { $fig->usable_subsystem($_) } $fig->peg_to_subsystems($peg);
102 :     if (@subs > 0)
103 :     {
104 :     $peg = undef;
105 :     }
106 :     }
107 :     $tries--;
108 :     }
109 :    
110 :     if ((! $peg) && $retry)
111 :     {
112 :     &clean_interesting($fig);
113 :     return &get_interesting($fig,0);
114 :     }
115 :     else
116 :     {
117 :     return $peg;
118 :     }
119 :     }
120 :     return undef;
121 :     }
122 :    
123 :     sub clean_interesting {
124 :     my($fig) = @_;
125 :    
126 :     if ((-s "$FIG_Config::global/interesting.pegs") &&
127 :     open(INTERESTING,"<$FIG_Config::global/interesting.pegs"))
128 :     {
129 :     my @pegs = <INTERESTING>;
130 :     chomp @pegs;
131 :     close(INTERESTING);
132 :    
133 :     @pegs = grep { &not_in_sub($_) } @pegs;
134 :     open(INTERESTING,">$FIG_Config::global/interesting.pegs")
135 :     || die "could not open $FIG_Config::global/interesting.pegs";
136 :     print INTERESTING join("\n",@pegs),"\n";
137 :     close(INTERESTING);
138 :     }
139 :     }
140 :    
141 :     sub get_user {
142 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
143 :    
144 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action => "clust_ss.cgi",
145 :     -method => 'post'),
146 :     'User: ',
147 :     $cgi->textfield(-name => "user", -size => 10, -value => ''),
148 :     $cgi->br,
149 :     $cgi->submit( 'Get PEG to Look at' ),
150 :     $cgi->end_form
151 :     );
152 :    
153 :     }

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