[Bio] / FigWebServices / check_variants.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/check_variants.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.8, Tue Oct 23 14:57:48 2007 UTC revision 1.11, Thu Mar 20 12:32:41 2008 UTC
# Line 139  Line 139 
139                  my $role_to_pegs = {};                  my $role_to_pegs = {};
140                  foreach my $role (@roles)                  foreach my $role (@roles)
141                  {                  {
142                      $role_to_pegs->{$role} = [ sort { &FIG::by_fig_id($a,$b) }                      $role_to_pegs->{$role} = [
143                                                 $fig->role_to_pegs($role)                                                 sort { &FIG::by_fig_id($a,$b) }
144                                                   $fig->prots_for_role($role)
145                                                 ];                                                 ];
146                  }                  }
147    
# Line 213  Line 214 
214      my @roles = ();      my @roles = ();
215      foreach $_ (@$rolesI)      foreach $_ (@$rolesI)
216      {      {
217          if ($_ =~ /^(\S+)\s+(\S.*\S)/)          if ($_ =~ /^(\S+)\s+(means )?(\S.*\S)/)
218          {          {
219              my($abbrev,$role) = ($1,$2);              my($abbrev,$role) = ($1,$3);
220              my $loc = &add_to_encoding($encoding,['role',$role]);              my $loc = &add_to_encoding($encoding,['role',$role]);
221              $abbrev_to_loc->{$abbrev} = $loc;              $abbrev_to_loc->{$abbrev} = $loc;
222              push(@roles,$role);              push(@roles,$role);
# Line 243  Line 244 
244      my $rc = 1;      my $rc = 1;
245      foreach my $def (@$defI)      foreach my $def (@$defI)
246      {      {
247          if ($def =~ /^(\S+)\s+(\S.*\S)/)          if ($def =~ /^(\S+)\s+(means )?(\S.*\S)/)
248          {          {
249              my($abbrev,$bool) = ($1,$2);              my($abbrev,$bool) = ($1,$3);
250              my $loc = &parse_bool($bool,$encoding,$abbrev_to_loc);              my $loc = &parse_bool($bool,$encoding,$abbrev_to_loc);
251              $abbrev_to_loc->{$abbrev} = $loc;              $abbrev_to_loc->{$abbrev} = $loc;
252          }          }
# Line 265  Line 266 
266      foreach $_ (@$rulesI)      foreach $_ (@$rulesI)
267      {      {
268          my($boolexp,$variant_code,$loc);          my($boolexp,$variant_code,$loc);
269          if (($_ =~ /^\s*(\S+)\s+(\S.*\S)\s*$/) &&          if (($_ =~ /^\s*(\S+)\s+(means )?(\S.*\S)\s*$/) &&
270              (($variant_code,$boolexp) = ($1,$2)) &&              (($variant_code,$boolexp) = ($1,$3)) &&
271              defined($loc = &parse_bool($boolexp,$encoding,$abbrev_to_loc)))              defined($loc = &parse_bool($boolexp,$encoding,$abbrev_to_loc)))
272          {          {
273              push(@rules,[$variant_code,[$encoding->[0],$loc]]);              push(@rules,[$variant_code,[$encoding->[0],$loc]]);
# Line 288  Line 289 
289      {      {
290          my $loc = $abbrev_to_loc->{$abbrev};          my $loc = $abbrev_to_loc->{$abbrev};
291          my $abbrevQ = quotemeta $abbrev;          my $abbrevQ = quotemeta $abbrev;
292          while ($s =~ s/(^|[\s\{,])($abbrevQ)($|[\s\},])/$1<$loc>$3/) {}          while ($s =~ s/(^|[\s\{,(])($abbrevQ)($|[\s\},)])/$1<$loc>$3/) {}
293      }      }
294      my $got = 0;      my $got = 0;
295      while ($s !~ /^\s*<\d+>\s*$/)      while ($s !~ /^\s*<\d+>\s*$/)

Legend:
Removed from v.1.8  
changed lines
  Added in v.1.11

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3