[Bio] / FigWebServices / check_peg_functions.cgi Repository:
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Annotation of /FigWebServices/check_peg_functions.cgi

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Revision 1.2 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :    
19 :    
20 :     use FIG;
21 :     my $fig = new FIG;
22 :    
23 :     use Subsystem;
24 :    
25 :     use HTML;
26 :     use strict;
27 :    
28 :     use CGI;
29 :     my $cgi = new CGI;
30 :    
31 :     my $user = $cgi->param('user');
32 :    
33 :     $fig->set_user($user);
34 :    
35 :     if (0)
36 :     {
37 :     my $VAR1;
38 :     eval(join("",`cat /tmp/check_anno_parms`));
39 :     $cgi = $VAR1;
40 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
41 :     }
42 :    
43 :     if (0)
44 :     {
45 :     print $cgi->header;
46 :     my @params = $cgi->param;
47 :     print "<pre>\n";
48 :     foreach $_ (@params)
49 :     {
50 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
51 :     }
52 :    
53 :     if (0)
54 :     {
55 :     if (open(TMP,">/tmp/check_anno_parms"))
56 :     {
57 :     print TMP &Dumper($cgi);
58 :     close(TMP);
59 :     }
60 :     }
61 :     exit;
62 :     }
63 :    
64 :    
65 :     my $html = [];
66 :     unshift @$html, "<TITLE>Check PEG Functions</TITLE>\n";
67 :    
68 :     my($file);
69 :     if (($user = $cgi->param('user')) && ($file = $cgi->param('file')))
70 :     {
71 :     &process_file($fig,$cgi,$html,$file,$user);
72 :     }
73 :     else
74 :     {
75 :     push(@$html,$cgi->h1('invalid parameters'));
76 :     }
77 :    
78 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
79 :    
80 :     sub process_file {
81 :     my($fig,$cgi,$html,$file,$user) = @_;
82 :    
83 :     if (open(IN,"<$file"))
84 :     {
85 : overbeek 1.2 my $col_hdrs = ["",'Genome','PEG','Function','Other ID','Their Function'];
86 : overbeek 1.1 my $tab = [];
87 : overbeek 1.2 my $N = 1;
88 : overbeek 1.1 while (defined($_ = <IN>))
89 :     {
90 :     chomp;
91 :     my($genome,$peg,$func1,$id,$func2) = split(/\t/,$_);
92 : overbeek 1.2 push(@$tab,[$N,
93 :     $fig->genus_species($genome),
94 : overbeek 1.1 &HTML::fid_link($cgi,$peg),
95 :     $func1,
96 :     &HTML::set_prot_links($cgi,$id),
97 :     $func2]);
98 : overbeek 1.2 $N++;
99 : overbeek 1.1 }
100 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,'Annotations to Check'));
101 :     }
102 :     else
103 :     {
104 :     push(@$html,$cgi->h1("could not open $file"));
105 :     }
106 :     }
107 :    
108 :    
109 :    

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