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Annotation of /FigWebServices/att2sub.cgi

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Revision 1.1 - (view) (download)

1 : mkubal 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :     use HTML;
4 :     use CGI;
5 :    
6 :     my $cgi = new CGI;
7 :     my $html = [];
8 :    
9 :     if($cgi->param('genome') && $cgi->param('attribute') && $cgi->param('value'))
10 :     {
11 :    
12 :     push (@$html, "<TITLE>Connect Pegs with Attributes to Subsystems</TITLE>");
13 :    
14 :     my $genome = $cgi->param('genome');
15 :     my $att_param = $cgi->param('attribute');
16 :     my $value_param = $cgi->param('value');
17 :    
18 :     my @pegs = $fig->pegs_of($genome);
19 :     my %list_of_ss;
20 :     foreach my $peg (@pegs) {
21 :     next unless (my @attr=$fig->get_attributes($peg));
22 :     foreach my $attr (@attr) {
23 :     next unless (defined $attr);
24 :     my ($gotpeg, $tag, $val, $link)=@$attr;
25 :     $tag = uc($tag);
26 :     next unless ($tag eq $att_param);
27 :     $val = uc($val);
28 :     $value_param = uc($value_param);
29 :     next unless($val eq $value_param);
30 :     my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($peg);
31 :     foreach my $ss (@subsystems)
32 :     {
33 :     my $ss_name = $ss->[0];
34 :     $list_of_ss{$ss_name} = "1";
35 :     }
36 :     }
37 :     }
38 :     my @list = keys(%list_of_ss);
39 :    
40 :     my $prefix = "$FIG_Config::cgi_url"."subsys.cgi?user=&ssa_name=";
41 :     my $suffix = "&request=show_ssa";
42 :     push(@$html,"<TABLE>");
43 :     foreach my $s (@list)
44 :     {
45 :     my $url = "<a href='$prefix.$s.$suffix'>$s</a>";
46 :     push(@$html,"<TR><TD>$url</TD></TR>");
47 :    
48 :     }
49 :     push(@$html,"</TABLE>");
50 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
51 :     }
52 :    
53 :     else{
54 :    
55 :     $html = [];
56 :     push @$html, "<TITLE>Connect Pegs with Attributes to Subsystems</TITLE>";
57 :    
58 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "att2sub.cgi",
59 :     -method => 'post')
60 :     );
61 :    
62 :    
63 :     my @gs_list;
64 :     my @genomes = $fig->genomes('complete');
65 :     foreach $g (@genomes){
66 :     my $gs = $fig->genus_species($g);
67 :     push(@gs_list, $gs);
68 :     }
69 :    
70 :     @gs_list2 =sort {uc($a) cmp uc($b)} @gs_list;
71 :     push(@$html,
72 :     $cgi->h3("select genome"),
73 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'genome',
74 :     -values => [@gs_list2],
75 :     -size => 10,
76 :     -multiple => 1
77 :     ),
78 :     $cgi->hr
79 :     );
80 :    
81 :     my $opt=$fig->get_keys("peg"); # all the peg tags
82 :     my @options=sort {uc($a) cmp uc($b)} keys %$opt;
83 :     unshift(@options, undef);
84 :     push(@$html,$cgi->h3("select experiment"), $cgi->popup_menu(-name => 'attribute', -values=>\@options), $cgi->br, $cgi->hr);
85 :    
86 :     #my $opt2=$fig->get_values("peg"); # all the peg tags
87 :     #my @options2=sort {uc($a) cmp uc($b)} keys %$opt2;
88 :     #unshift(@options2, undef);
89 :     @options2 = ("up regulated","down regulated");
90 :     push(@$html,$cgi->h3("select value"), $cgi->popup_menu(-name => 'value', -values=>\@options2), $cgi->br,$cgi->hr);
91 :    
92 :     push(@$html,$cgi->submit('find subsystems'), $cgi->end_form);
93 :    
94 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
95 :    
96 :     }

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