[Bio] / FigWebServices / align_DNA.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/align_DNA.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Sun Oct 2 23:15:37 2005 UTC revision 1.4, Fri Oct 7 18:36:57 2005 UTC
# Line 80  Line 80 
80      }      }
81    
82      my $trans;      my $trans;
83      if ((length($coding) > 2) && $cgi->param('Show With Coding'))      if ((length($coding) > 2) && $cgi->param('Show With Translation'))
84      {      {
85          $trans = $fig->get_translation($peg);          $trans = $fig->get_translation($peg);
86      }      }
# Line 106  Line 106 
106      push(@$html,$cgi->start_form(-action => "align_DNA.cgi",      push(@$html,$cgi->start_form(-action => "align_DNA.cgi",
107                                   -method => 'post'),                                   -method => 'post'),
108                  $cgi->hidden(-name => 'peg', -value => [@pegs], -override => 1),                  $cgi->hidden(-name => 'peg', -value => [@pegs], -override => 1),
109                  $cgi->param('Show With Coding') ? $cgi->submit('Show Without Coding')                  $cgi->param('Show With Translation') ? $cgi->submit('Show Without Translation')
110                                                  : $cgi->submit('Show With Coding'),                                                  : $cgi->submit('Show With Translation'),
111                  $cgi->br,$cgi->br,$cgi->br,                  $cgi->br,$cgi->br,$cgi->br,
112                  " "," ","Size upstream: ",                  " "," ","Size upstream: ",
113                  $cgi->textfield(-name => 'upstream', -size => 4, -value => $upstream),                  $cgi->textfield(-name => 'upstream', -size => 4, -value => $upstream),
# Line 169  Line 169 
169    
170          my $position = ($strand eq "+") ? $beg+$offset-$upstream_left : $beg+$upstream_left-$offset;          my $position = ($strand eq "+") ? $beg+$offset-$upstream_left : $beg+$upstream_left-$offset;
171          push(@$html,"<tr><td>$peg/$position</td>\n");          push(@$html,"<tr><td>$peg/$position</td>\n");
172          if ($cgi->param('Show With Coding'))          if ($cgi->param('Show With Translation'))
173          {          {
174              @coding = ("<tr><td>coding</td>");              @coding = ("<tr><td>coding</td>");
175          }          }
# Line 186  Line 186 
186              elsif  ($c =~ /c/i)        { $color = 'green' }              elsif  ($c =~ /c/i)        { $color = 'green' }
187              elsif  ($c =~ /g/i)        { $color = 'blue' }              elsif  ($c =~ /g/i)        { $color = 'blue' }
188              elsif  ($c =~ /[tu]/i)     { $color = 'yellow' }              elsif  ($c =~ /[tu]/i)     { $color = 'yellow' }
189              if ($c !~ /-/)  
190                if ($c =~ /-/)
191                {
192                    if ($cgi->param('Show With Translation'))
193                    {
194                        push(@coding,"<td> </td>\n");
195                    }
196                }
197                else
198              {              {
199                  if ($upstream_left)                  if ($upstream_left)
200                  {                  {
201                      $upstream_left--;                      $upstream_left--;
202                      $data->[3] = $upstream_left;                      $data->[3] = $upstream_left;
203                      if ($cgi->param('Show With Coding'))                      if ($cgi->param('Show With Translation'))
204                      {                      {
205                          push(@coding,"<td> </td>\n");                          push(@coding,"<td> </td>\n");
206                      }                      }
207                  }                  }
208                  else                  else
209                  {                  {
210                      if ($cgi->param('Show With Coding'))                      if ($cgi->param('Show With Translation'))
211                      {                      {
212                          my($p);                          my($p);
213                          if (($offset % 3) == 0)                          if (($offset % 3) == 0)
# Line 219  Line 227 
227              push(@$html,"<td bgcolor=$color>$c</td>\n");              push(@$html,"<td bgcolor=$color>$c</td>\n");
228          }          }
229          push(@$html,"</tr>\n");          push(@$html,"</tr>\n");
230          if ($cgi->param('Show With Coding'))          if ($cgi->param('Show With Translation'))
231          {          {
232              push(@coding,"</tr>\n");              push(@coding,"</tr>\n");
233              push(@$html,@coding);              push(@$html,@coding);

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.4

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3