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Annotation of /FigWebServices/HOPSS.cgi

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Revision 1.3 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :    
3 :     use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 :    
6 :     use URI::Escape; # uri_escape()
7 :     use HTML;
8 :     use CGI;
9 :    
10 :     my $cgi = new CGI;
11 :     if (0)
12 :     {
13 :     my $VAR1;
14 :     eval(join("",`cat /tmp/hopss_parms`));
15 :     $cgi = $VAR1;
16 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
17 :     }
18 :    
19 :     if (0)
20 :     {
21 :     print $cgi->header;
22 :     my @params = $cgi->param;
23 :     print "<pre>\n";
24 :     foreach $_ (@params)
25 :     {
26 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
27 :     }
28 :    
29 :     if (0)
30 :     {
31 :     if (open(TMP,">/tmp/hopss_parms"))
32 :     {
33 :     print TMP &Dumper($cgi);
34 :     close(TMP);
35 :     }
36 :     }
37 :     exit;
38 :     }
39 :    
40 :     my $html = [];
41 :     push @$html, "<TITLE>HOPSS</TITLE>\n";
42 :    
43 :     my $request = $cgi->param('request');
44 :    
45 :     if (! $request)
46 :     {
47 :     push(@$html,$cgi->br,
48 :     $cgi->h2("A Public Depository of Open Problems and Conjectures Identified by SubSystem analysis"),
49 : overbeek 1.3 $cgi->h2("About <a href=Html/about_HOPSS.html target=help>HOPSS</a> database"),$cgi->br,
50 : overbeek 1.2 "<br><br>"
51 : overbeek 1.1 );
52 :    
53 :     push(@$html,&summary($fig,$cgi));
54 :     push(@$html, $cgi->hr,
55 : overbeek 1.2 "<a href=HOPSS.cgi?request=new_problem>New Problem</a>\n<br><br><br><hr>",
56 :     "This site was inspired by the events surrounding the <a href=http://www-groups.dcs.st-and.ac.uk/~history/HistTopics/Scottish_Book.html>Scottish book</a> and the impact that it made upon mathematics. If you wish
57 :     to know more about that topic, ask Rick or Ross over beers.\n"
58 : overbeek 1.1 );
59 :     }
60 :     else
61 :     {
62 :     if ($request eq "new_problem")
63 :     {
64 :     &add_problem_form($fig,$cgi,$html),
65 :     }
66 :     elsif ($request eq "add_problem")
67 :     {
68 :     &add_problem($fig,$cgi,$html);
69 :     push(@$html,$cgi->h1('added'));
70 :     push(@$html,&summary($fig,$cgi));
71 :     push(@$html, $cgi->hr,
72 :     "<a href=HOPSS.cgi?request=new_problem>New Problem</a>\n"
73 :     );
74 :     }
75 :     elsif (($request eq "show_problem") && ($problem = $cgi->param('problem')))
76 :     {
77 :     &show_problem($fig,$cgi,$html,$problem);
78 :     }
79 :     elsif (($request eq "update_problem") && ($problem = $cgi->param('problem')))
80 :     {
81 :     &update_problem($fig,$cgi,$html,$problem);
82 :     }
83 :     }
84 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
85 :    
86 :     sub show_problem {
87 :     my($fig,$cgi,$html,$problem) = @_;
88 :    
89 :     &load_form($fig,$cgi,$problem);
90 :     &update_form($fig,$cgi,$html,$problem);
91 :     }
92 :    
93 :     sub load_form {
94 :     my($fig,$cgi,$problem) = @_;
95 :    
96 :     my $kv = &read_problem($problem);
97 :     foreach $name (keys(%$kv))
98 :     {
99 :     my $val = $kv->{$name};
100 :     $cgi->param(-name => $name, -value => $val);
101 :     }
102 :     }
103 :    
104 :     sub update_problem {
105 :     my($fig,$cgi,$html,$problem) = @_;
106 :    
107 :     &write_problem($cgi,$problem);
108 :     &update_form($fig,$cgi,$html,$problem);
109 : overbeek 1.3 push(@$html,"<br><br><a href=HOPSS.cgi>Back to Summary</a>\n<br><br><br><hr>");
110 : overbeek 1.1 }
111 :    
112 :     sub update_form {
113 :     my($fig,$cgi,$html,$problem) = @_;
114 :    
115 :    
116 :     my(@types) = ('Missing gene for a role',
117 :     'Gene in subsystem without clear role',
118 :     'Role out of context',
119 :     'Missing input/output',
120 :     'Functionally coupled hypothetical',
121 :     'Orphan chromosomal cluster',
122 :     'Unresolved paralogs',
123 :     'other');
124 :    
125 :     my $type = &parameter($cgi,"type");
126 :     my $title = &parameter($cgi,'title');
127 :     my $subsystem = &parameter($cgi,'subsystem');
128 :     my $who = &parameter($cgi,'who');
129 :     my $description = &parameter($cgi,'description');
130 :    
131 :     my @conjectures = grep { $_ } &parameter($cgi,'conjecture');
132 :     my @comments = grep { $_ } &parameter($cgi,'comment');
133 :    
134 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "HOPSS.cgi", -method => 'post'),
135 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'update_problem', -override => 1),
136 :     $cgi->hidden(-name => 'subsystem', -value => $subsystem, -override => 1),
137 :     $cgi->hidden(-name => 'problem', -value => $problem, -override => 1),
138 :     $cgi->br,
139 :     $cgi->br,
140 :     $cgi->br,
141 :     "<a href=Html/HOPSS_type.html target=help><b>Help on How to Pick Types</b></a>\n",
142 :     $cgi->br,
143 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'type', -values => \@types, -default => $type, -size => 5),
144 :     $cgi->br,
145 :     $cgi->br,
146 :     $cgi->br,
147 :     'Title: ',$cgi->textfield(-name => 'title', -default => $title, -size=>60),
148 :     $cgi->br,
149 :     $cgi->br,
150 :     "Subsystem: $subsystem <br><br>\n",
151 :     $cgi->br,
152 :     $cgi->br,
153 :     'Your Name: ',$cgi->textfield(-name => 'who', -default => $who, -size=>60),
154 :     $cgi->br,
155 :     $cgi->br,
156 :     # 'Approximate number of genomes: ',$cgi->textfield(-name => 'num_genomes', -default => '', -size=>60),
157 :     # $cgi->br,
158 :     # $cgi->br,
159 :     'Description of the Problem',
160 :     $cgi->br,
161 :     $cgi->br,
162 :     $cgi->textarea(-name => 'description', -rows => 20, -cols => 100, -value => $description),
163 :     $cgi->br,
164 :     $cgi->br
165 :     );
166 :     foreach $_ (@conjectures,'')
167 :     {
168 :     push(@$html,"Conjecture: ",$cgi->br,
169 :     $cgi->textarea(-name => 'conjecture', -rows => 20, -cols => 100, -value => $_, -override => 1),
170 :     $cgi->br,
171 :     $cgi->br
172 :     );
173 :     }
174 :    
175 :     foreach $_ (@comments,'')
176 :     {
177 :     push(@$html,"Comment: ",$cgi->br,
178 :     $cgi->textarea(-name => 'comment', -rows => 20, -cols => 100, -value => $_, -override => 1),
179 :     $cgi->br,
180 :     $cgi->br
181 :     );
182 :     }
183 :    
184 :     push(@$html,
185 :     $cgi->submit('Update the Problem'),
186 :     $cgi->end_form
187 :     );
188 :     }
189 :    
190 :    
191 :    
192 :     sub summary {
193 :     my($fig,$cgi) = @_;
194 :    
195 :     my @existing = &problems;
196 :     if (@existing > 0)
197 :     {
198 :     my $col_hdrs = ['title','subsystem','type','timestamp','who','conjectures','comments'];
199 :     my $tab = [];
200 :    
201 :     my $problem;
202 :     foreach $problem (@existing)
203 :     {
204 :     $kv = &read_problem($problem );
205 :    
206 : overbeek 1.3 my $subsys_link = &subsys_link($cgi,&subsystem($kv));
207 : overbeek 1.1 push(@$tab,[
208 :     &problem_link($cgi,&title($kv),$problem),
209 : overbeek 1.3 $subsys_link,
210 : overbeek 1.1 &type($kv),
211 :     &time_of_creation($kv),
212 :     &who($kv),
213 :     &num_conjectures($kv),
214 :     &num_comments($kv)
215 :     ]);
216 :     }
217 : overbeek 1.3
218 : overbeek 1.1 return &HTML::make_table($col_hdrs,[sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) } @$tab],"Summary of Existing Problems and Conjectures");
219 :     }
220 :     else
221 :     {
222 :     return $cgi->br;
223 :     }
224 :     }
225 :    
226 :     sub problem_link {
227 :     my($cgi,$title,$problem) = @_;
228 :    
229 :     return "<a href=HOPSS.cgi?request=show_problem&problem=$problem>$title</a>\n";
230 :     }
231 :    
232 :     sub type {
233 :     my($kv) = @_;
234 :    
235 :     return $kv->{'type'}->[0];
236 :     }
237 :    
238 :     sub time_of_creation {
239 :     my($kv) = @_;
240 :    
241 :     return $fig->epoch_to_readable($kv->{'time_of_creation'}->[0]);
242 :     }
243 :    
244 :     sub title {
245 :     my($kv) = @_;
246 :    
247 :     return $kv->{'title'}->[0];
248 :     }
249 :    
250 :     sub subsystem {
251 :     my($kv) = @_;
252 :    
253 :     return $kv->{'subsystem'}->[0];
254 :     }
255 :    
256 :     sub who {
257 :     my($kv) = @_;
258 :    
259 :     return $kv->{'who'}->[0];
260 :     }
261 :    
262 :     sub num_conjectures {
263 :     my($kv) = @_;
264 :    
265 : overbeek 1.3 my $x = $kv->{'conjecture'};
266 : overbeek 1.1 return $x ? scalar @$x : 0;
267 :     }
268 :    
269 :     sub num_comments {
270 :     my($kv) = @_;
271 :    
272 : overbeek 1.3 my $x = $kv->{'comment'};
273 : overbeek 1.1 return $x ? scalar @$x : 0;
274 :     }
275 :    
276 :     sub read_problem {
277 :     my($problem) = @_;
278 :    
279 :     my $kv = undef;
280 :     if (open(PROB,"<$FIG_Config::data/HOPSS/$problem/problem"))
281 :     {
282 :     $/ = "\n//\n";
283 :     while ($_ = <PROB>)
284 :     {
285 :     chomp;
286 :     if ($_ =~ /^(\S+)\n(.*)/s)
287 :     {
288 :     push(@{$kv->{$1}},$2);
289 :     }
290 :     }
291 :     $/ = "\n";
292 :     close(PROB);
293 :     }
294 :     return $kv;
295 :     }
296 :    
297 :     sub add_problem {
298 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
299 :    
300 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/HOPSS");
301 :    
302 :     my @existing = &problems;
303 :     my $new_prob = &next_id(\@existing);
304 :     &write_problem($cgi,$new_prob);
305 :     }
306 :    
307 :     sub write_problem {
308 :     my($cgi,$new_prob) = @_;
309 :    
310 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob");
311 :     if (-s "$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/problem")
312 :     {
313 :     my $timestamp = time;
314 :     rename("$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/problem",
315 :     "$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/Backup/problem.$timestamp");
316 :     }
317 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/Backup");
318 :     open(NEW,">$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/problem")
319 :     || die "could not open $FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/problem";
320 :    
321 :     my $type = &parameter($cgi,'type');
322 :     my $title = &parameter($cgi,'title');
323 :     my $subsystem = &parameter($cgi,'subsystem');
324 :     my $who = &parameter($cgi,'who');
325 :     # my $num_genomes = &parameter($cgi,'num_genomes');
326 :     my $description = &parameter($cgi,'description');
327 :     my @conjectures = grep { $_ } &parameter($cgi,'conjecture');
328 :     my @comments = grep { $_ } &parameter($cgi,'comment');
329 :    
330 :     print NEW "ID\n$new_prob\n//\n";
331 :    
332 :     print NEW "time_of_creation\n",time,"\n//\n";
333 :     print NEW "type\n$type\n//\n";
334 :     print NEW "title\n$title\n//\n";
335 :     print NEW "subsystem\n$subsystem\n//\n";
336 :     print NEW "who\n$who\n//\n";
337 :     # print NEW "num_genomes\n$num_genomes\n//\n";
338 :     print NEW "description\n$description\n//\n";
339 :     foreach $_ (@conjectures)
340 :     {
341 :     print NEW "conjecture\n$_\n//\n";
342 :     }
343 :    
344 :     foreach $_ (@comments)
345 :     {
346 :     print NEW "comment\n$_\n//\n";
347 :     }
348 :     close(NEW);
349 :     }
350 :    
351 :     sub problems {
352 :    
353 :     my @existing = ();
354 :     if (opendir(HOPSS,"$FIG_Config::data/HOPSS"))
355 :     {
356 :     @existing = grep { $_ !~ /^\./ } readdir(HOPSS);
357 :     closedir(HOPSSS);
358 :     }
359 :     return @existing;
360 :     }
361 :    
362 :     sub next_id {
363 :     my($existing) = @_;
364 :    
365 :     my $max = 0;
366 :     foreach $_ (@$existing)
367 :     {
368 :     $max = &FIG::max($max,$_);
369 :     }
370 :     return $max+1;
371 :     }
372 :    
373 :     sub parameter {
374 :     my($cgi,$name) = @_;
375 :    
376 :     if (wantarray)
377 :     {
378 :     my @val = $cgi->param($name);
379 :     if (@val > 0)
380 :     {
381 :     foreach $_ (@val)
382 :     {
383 : overbeek 1.3 # $_ =~ s/ //g;
384 : overbeek 1.1 }
385 :     }
386 :     else
387 :     {
388 :     @val = ();
389 :     }
390 :     return @val;
391 :     }
392 :     else
393 :     {
394 :     my $val = $cgi->param($name);
395 :     $val = $val ? $val : "";
396 : overbeek 1.3 # $val =~ s/ /\n/g;
397 : overbeek 1.1 return $val;
398 :     }
399 :     }
400 :    
401 :     sub add_problem_form {
402 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
403 :    
404 :     my(@types) = ('Missing gene for a role',
405 :     'Gene in subsystem without clear role',
406 :     'Role out of context',
407 :     'Missing input/output',
408 :     'Functionally coupled hypothetical',
409 :     'Orphan chromosomal cluster',
410 :     'Unresolved paralogs',
411 :     'other');
412 :    
413 :     my @subsystems = sort { uc $a cmp uc $b } $fig->all_subsystems;
414 :    
415 :     push(@$html,$cgi->h1("Please fill in the relevant fileds"),
416 :     $cgi->start_form(-action => "HOPSS.cgi", -method => 'post'),
417 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'add_problem', -override => 1),
418 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'type', -values => \@types, -size => 5),
419 :     $cgi->br,
420 :     $cgi->br,
421 :     $cgi->br,
422 :     'Title: ',$cgi->textfield(-name => 'title', -default => '', -size=>60),
423 :     $cgi->br,
424 :     $cgi->br,
425 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'subsystem', -values => \@subsystems, -size => 5),
426 :     $cgi->br,
427 :     $cgi->br,
428 :     'Your Name: ',$cgi->textfield(-name => 'who', -default => '', -size=>60),
429 :     $cgi->br,
430 :     $cgi->br,
431 :     # 'Approximate number of genomes: ',$cgi->textfield(-name => 'num_genomes', -default => '', -size=>60),
432 :     # $cgi->br,
433 :     # $cgi->br,
434 :     'Description of the Problem',
435 :     $cgi->br,
436 :     $cgi->br,
437 :     $cgi->textarea(-name => 'description', -rows => 20, -cols => 100, -value => ''),
438 :     $cgi->br,
439 :     $cgi->br,
440 :     $cgi->submit('Add the Problem'),
441 :     $cgi->end_form
442 :     );
443 :     }
444 :    
445 : overbeek 1.3 sub subsys_link {
446 :     my($cgi,$subsys) = @_;
447 :    
448 :     my $esc_sub = uri_escape($subsys); # in URI::Escape
449 :     my %opts = (ssa_name => $esc_sub,
450 :     request => 'show_ssa',
451 :     show_clusters => 1,
452 :     sort => 'by_phylo'
453 :     );
454 :    
455 :     my $opts = join("&", map { "$_=$opts{$_}" } keys(%opts));
456 :     my $url = $cgi->a({href => "display_subsys.cgi?$opts"}, $subsys);
457 :     return $url;
458 :     }

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