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Annotation of /FigWebServices/HOPSS.cgi

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Revision 1.2 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :    
3 :     use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 :    
6 :     use URI::Escape; # uri_escape()
7 :     use HTML;
8 :     use CGI;
9 :    
10 :     my $cgi = new CGI;
11 :     if (0)
12 :     {
13 :     my $VAR1;
14 :     eval(join("",`cat /tmp/hopss_parms`));
15 :     $cgi = $VAR1;
16 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
17 :     }
18 :    
19 :     if (0)
20 :     {
21 :     print $cgi->header;
22 :     my @params = $cgi->param;
23 :     print "<pre>\n";
24 :     foreach $_ (@params)
25 :     {
26 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
27 :     }
28 :    
29 :     if (0)
30 :     {
31 :     if (open(TMP,">/tmp/hopss_parms"))
32 :     {
33 :     print TMP &Dumper($cgi);
34 :     close(TMP);
35 :     }
36 :     }
37 :     exit;
38 :     }
39 :    
40 :     my $html = [];
41 :     push @$html, "<TITLE>HOPSS</TITLE>\n";
42 :    
43 :     my $request = $cgi->param('request');
44 :    
45 :     if (! $request)
46 :     {
47 :     push(@$html,$cgi->br,
48 :     $cgi->h1("Welcome to <a href=Html/about_HOPSS.html target=help>HOPSS</a> database"),$cgi->br,
49 :     $cgi->h2("A Public Depository of Open Problems and Conjectures Identified by SubSystem analysis"),
50 : overbeek 1.2 "<br><br>"
51 : overbeek 1.1 );
52 :    
53 :     push(@$html,&summary($fig,$cgi));
54 :     push(@$html, $cgi->hr,
55 : overbeek 1.2 "<a href=HOPSS.cgi?request=new_problem>New Problem</a>\n<br><br><br><hr>",
56 :     "This site was inspired by the events surrounding the <a href=http://www-groups.dcs.st-and.ac.uk/~history/HistTopics/Scottish_Book.html>Scottish book</a> and the impact that it made upon mathematics. If you wish
57 :     to know more about that topic, ask Rick or Ross over beers.\n"
58 : overbeek 1.1 );
59 :     }
60 :     else
61 :     {
62 :     if ($request eq "new_problem")
63 :     {
64 :     &add_problem_form($fig,$cgi,$html),
65 :     }
66 :     elsif ($request eq "add_problem")
67 :     {
68 :     &add_problem($fig,$cgi,$html);
69 :     push(@$html,$cgi->h1('added'));
70 :     push(@$html,&summary($fig,$cgi));
71 :     push(@$html, $cgi->hr,
72 :     "<a href=HOPSS.cgi?request=new_problem>New Problem</a>\n"
73 :     );
74 :     }
75 :     elsif (($request eq "show_problem") && ($problem = $cgi->param('problem')))
76 :     {
77 :     &show_problem($fig,$cgi,$html,$problem);
78 :     }
79 :     elsif (($request eq "update_problem") && ($problem = $cgi->param('problem')))
80 :     {
81 :     &update_problem($fig,$cgi,$html,$problem);
82 :     }
83 :     }
84 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
85 :    
86 :     sub show_problem {
87 :     my($fig,$cgi,$html,$problem) = @_;
88 :    
89 :     &load_form($fig,$cgi,$problem);
90 :     &update_form($fig,$cgi,$html,$problem);
91 :     }
92 :    
93 :     sub load_form {
94 :     my($fig,$cgi,$problem) = @_;
95 :    
96 :     my $kv = &read_problem($problem);
97 :     foreach $name (keys(%$kv))
98 :     {
99 :     my $val = $kv->{$name};
100 :     $cgi->param(-name => $name, -value => $val);
101 :     }
102 :     }
103 :    
104 :     sub update_problem {
105 :     my($fig,$cgi,$html,$problem) = @_;
106 :    
107 :     &write_problem($cgi,$problem);
108 :     &update_form($fig,$cgi,$html,$problem);
109 :     }
110 :    
111 :     sub update_form {
112 :     my($fig,$cgi,$html,$problem) = @_;
113 :    
114 :    
115 :     my(@types) = ('Missing gene for a role',
116 :     'Gene in subsystem without clear role',
117 :     'Role out of context',
118 :     'Missing input/output',
119 :     'Functionally coupled hypothetical',
120 :     'Orphan chromosomal cluster',
121 :     'Unresolved paralogs',
122 :     'other');
123 :    
124 :     my $type = &parameter($cgi,"type");
125 :     my $title = &parameter($cgi,'title');
126 :     my $subsystem = &parameter($cgi,'subsystem');
127 :     my $who = &parameter($cgi,'who');
128 :     my $description = &parameter($cgi,'description');
129 :    
130 :     my @conjectures = grep { $_ } &parameter($cgi,'conjecture');
131 :     my @comments = grep { $_ } &parameter($cgi,'comment');
132 :    
133 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "HOPSS.cgi", -method => 'post'),
134 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'update_problem', -override => 1),
135 :     $cgi->hidden(-name => 'subsystem', -value => $subsystem, -override => 1),
136 :     $cgi->hidden(-name => 'problem', -value => $problem, -override => 1),
137 :     $cgi->br,
138 :     $cgi->br,
139 :     $cgi->br,
140 :     "<a href=Html/HOPSS_type.html target=help><b>Help on How to Pick Types</b></a>\n",
141 :     $cgi->br,
142 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'type', -values => \@types, -default => $type, -size => 5),
143 :     $cgi->br,
144 :     $cgi->br,
145 :     $cgi->br,
146 :     'Title: ',$cgi->textfield(-name => 'title', -default => $title, -size=>60),
147 :     $cgi->br,
148 :     $cgi->br,
149 :     "Subsystem: $subsystem <br><br>\n",
150 :     $cgi->br,
151 :     $cgi->br,
152 :     'Your Name: ',$cgi->textfield(-name => 'who', -default => $who, -size=>60),
153 :     $cgi->br,
154 :     $cgi->br,
155 :     # 'Approximate number of genomes: ',$cgi->textfield(-name => 'num_genomes', -default => '', -size=>60),
156 :     # $cgi->br,
157 :     # $cgi->br,
158 :     'Description of the Problem',
159 :     $cgi->br,
160 :     $cgi->br,
161 :     $cgi->textarea(-name => 'description', -rows => 20, -cols => 100, -value => $description),
162 :     $cgi->br,
163 :     $cgi->br
164 :     );
165 :     foreach $_ (@conjectures,'')
166 :     {
167 :     push(@$html,"Conjecture: ",$cgi->br,
168 :     $cgi->textarea(-name => 'conjecture', -rows => 20, -cols => 100, -value => $_, -override => 1),
169 :     $cgi->br,
170 :     $cgi->br
171 :     );
172 :     }
173 :    
174 :     foreach $_ (@comments,'')
175 :     {
176 :     push(@$html,"Comment: ",$cgi->br,
177 :     $cgi->textarea(-name => 'comment', -rows => 20, -cols => 100, -value => $_, -override => 1),
178 :     $cgi->br,
179 :     $cgi->br
180 :     );
181 :     }
182 :    
183 :     push(@$html,
184 :     $cgi->submit('Update the Problem'),
185 :     $cgi->end_form
186 :     );
187 :     }
188 :    
189 :    
190 :    
191 :     sub summary {
192 :     my($fig,$cgi) = @_;
193 :    
194 :     my @existing = &problems;
195 :     if (@existing > 0)
196 :     {
197 :     my $col_hdrs = ['title','subsystem','type','timestamp','who','conjectures','comments'];
198 :     my $tab = [];
199 :    
200 :     my $problem;
201 :     foreach $problem (@existing)
202 :     {
203 :     $kv = &read_problem($problem );
204 :    
205 :     push(@$tab,[
206 :     &problem_link($cgi,&title($kv),$problem),
207 :     &subsystem($kv),
208 :     &type($kv),
209 :     &time_of_creation($kv),
210 :     &who($kv),
211 :     &num_conjectures($kv),
212 :     &num_comments($kv)
213 :     ]);
214 :     }
215 :     return &HTML::make_table($col_hdrs,[sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) } @$tab],"Summary of Existing Problems and Conjectures");
216 :     }
217 :     else
218 :     {
219 :     return $cgi->br;
220 :     }
221 :     }
222 :    
223 :     sub problem_link {
224 :     my($cgi,$title,$problem) = @_;
225 :    
226 :     return "<a href=HOPSS.cgi?request=show_problem&problem=$problem>$title</a>\n";
227 :     }
228 :    
229 :     sub type {
230 :     my($kv) = @_;
231 :    
232 :     return $kv->{'type'}->[0];
233 :     }
234 :    
235 :     sub time_of_creation {
236 :     my($kv) = @_;
237 :    
238 :     return $fig->epoch_to_readable($kv->{'time_of_creation'}->[0]);
239 :     }
240 :    
241 :     sub title {
242 :     my($kv) = @_;
243 :    
244 :     return $kv->{'title'}->[0];
245 :     }
246 :    
247 :     sub subsystem {
248 :     my($kv) = @_;
249 :    
250 :     return $kv->{'subsystem'}->[0];
251 :     }
252 :    
253 :     sub who {
254 :     my($kv) = @_;
255 :    
256 :     return $kv->{'who'}->[0];
257 :     }
258 :    
259 :     sub num_conjectures {
260 :     my($kv) = @_;
261 :    
262 :     my $x = @{$kv->{'conjecture'}};
263 :     return $x ? scalar @$x : 0;
264 :     }
265 :    
266 :     sub num_comments {
267 :     my($kv) = @_;
268 :    
269 :     my $x = @{$kv->{'comment'}};
270 :     return $x ? scalar @$x : 0;
271 :     }
272 :    
273 :     sub read_problem {
274 :     my($problem) = @_;
275 :    
276 :     my $kv = undef;
277 :     if (open(PROB,"<$FIG_Config::data/HOPSS/$problem/problem"))
278 :     {
279 :     $/ = "\n//\n";
280 :     while ($_ = <PROB>)
281 :     {
282 :     chomp;
283 :     if ($_ =~ /^(\S+)\n(.*)/s)
284 :     {
285 :     push(@{$kv->{$1}},$2);
286 :     }
287 :     }
288 :     $/ = "\n";
289 :     close(PROB);
290 :     }
291 :     return $kv;
292 :     }
293 :    
294 :     sub add_problem {
295 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
296 :    
297 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/HOPSS");
298 :    
299 :     my @existing = &problems;
300 :     my $new_prob = &next_id(\@existing);
301 :     &write_problem($cgi,$new_prob);
302 :     }
303 :    
304 :     sub write_problem {
305 :     my($cgi,$new_prob) = @_;
306 :    
307 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob");
308 :     if (-s "$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/problem")
309 :     {
310 :     my $timestamp = time;
311 :     rename("$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/problem",
312 :     "$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/Backup/problem.$timestamp");
313 :     }
314 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/Backup");
315 :     open(NEW,">$FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/problem")
316 :     || die "could not open $FIG_Config::data/HOPSS/$new_prob/problem";
317 :    
318 :     my $type = &parameter($cgi,'type');
319 :     my $title = &parameter($cgi,'title');
320 :     my $subsystem = &parameter($cgi,'subsystem');
321 :     my $who = &parameter($cgi,'who');
322 :     # my $num_genomes = &parameter($cgi,'num_genomes');
323 :     my $description = &parameter($cgi,'description');
324 :     my @conjectures = grep { $_ } &parameter($cgi,'conjecture');
325 :     my @comments = grep { $_ } &parameter($cgi,'comment');
326 :    
327 :     print NEW "ID\n$new_prob\n//\n";
328 :    
329 :     print NEW "time_of_creation\n",time,"\n//\n";
330 :     print NEW "type\n$type\n//\n";
331 :     print NEW "title\n$title\n//\n";
332 :     print NEW "subsystem\n$subsystem\n//\n";
333 :     print NEW "who\n$who\n//\n";
334 :     # print NEW "num_genomes\n$num_genomes\n//\n";
335 :     print NEW "description\n$description\n//\n";
336 :     foreach $_ (@conjectures)
337 :     {
338 :     print NEW "conjecture\n$_\n//\n";
339 :     }
340 :    
341 :     foreach $_ (@comments)
342 :     {
343 :     print NEW "comment\n$_\n//\n";
344 :     }
345 :     close(NEW);
346 :     }
347 :    
348 :     sub problems {
349 :    
350 :     my @existing = ();
351 :     if (opendir(HOPSS,"$FIG_Config::data/HOPSS"))
352 :     {
353 :     @existing = grep { $_ !~ /^\./ } readdir(HOPSS);
354 :     closedir(HOPSSS);
355 :     }
356 :     return @existing;
357 :     }
358 :    
359 :     sub next_id {
360 :     my($existing) = @_;
361 :    
362 :     my $max = 0;
363 :     foreach $_ (@$existing)
364 :     {
365 :     $max = &FIG::max($max,$_);
366 :     }
367 :     return $max+1;
368 :     }
369 :    
370 :     sub parameter {
371 :     my($cgi,$name) = @_;
372 :    
373 :     if (wantarray)
374 :     {
375 :     my @val = $cgi->param($name);
376 :     if (@val > 0)
377 :     {
378 :     foreach $_ (@val)
379 :     {
380 :     $_ =~ s/ /\n/g;
381 :     }
382 :     }
383 :     else
384 :     {
385 :     @val = ();
386 :     }
387 :     return @val;
388 :     }
389 :     else
390 :     {
391 :     my $val = $cgi->param($name);
392 :     $val = $val ? $val : "";
393 :     $val =~ s/ /\n/g;
394 :     return $val;
395 :     }
396 :     }
397 :    
398 :     sub add_problem_form {
399 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
400 :    
401 :     my(@types) = ('Missing gene for a role',
402 :     'Gene in subsystem without clear role',
403 :     'Role out of context',
404 :     'Missing input/output',
405 :     'Functionally coupled hypothetical',
406 :     'Orphan chromosomal cluster',
407 :     'Unresolved paralogs',
408 :     'other');
409 :    
410 :     my @subsystems = sort { uc $a cmp uc $b } $fig->all_subsystems;
411 :    
412 :     push(@$html,$cgi->h1("Please fill in the relevant fileds"),
413 :     $cgi->start_form(-action => "HOPSS.cgi", -method => 'post'),
414 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'add_problem', -override => 1),
415 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'type', -values => \@types, -size => 5),
416 :     $cgi->br,
417 :     $cgi->br,
418 :     $cgi->br,
419 :     'Title: ',$cgi->textfield(-name => 'title', -default => '', -size=>60),
420 :     $cgi->br,
421 :     $cgi->br,
422 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'subsystem', -values => \@subsystems, -size => 5),
423 :     $cgi->br,
424 :     $cgi->br,
425 :     'Your Name: ',$cgi->textfield(-name => 'who', -default => '', -size=>60),
426 :     $cgi->br,
427 :     $cgi->br,
428 :     # 'Approximate number of genomes: ',$cgi->textfield(-name => 'num_genomes', -default => '', -size=>60),
429 :     # $cgi->br,
430 :     # $cgi->br,
431 :     'Description of the Problem',
432 :     $cgi->br,
433 :     $cgi->br,
434 :     $cgi->textarea(-name => 'description', -rows => 20, -cols => 100, -value => ''),
435 :     $cgi->br,
436 :     $cgi->br,
437 :     $cgi->submit('Add the Problem'),
438 :     $cgi->end_form
439 :     );
440 :     }
441 :    

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