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364 :     <td bgcolor="lightblue">
365 :     <b><font size="+3" >The SEED: an Annotation/Analysis Tool Provided by <a href="FIG.html">FIG</a></font></b>
366 :    
367 :     <br>
368 :     [ <a href="http://subsys.info">Subsystem Forum</a> |
369 :     <a href="../eggs.cgi">Essentiality Data</a> |
370 :     <a href="tutorials.html">FIG Tutorials</a> |
371 :     <a href="../p2p/new_seed_update_page.cgi?user=">Peer-to-peer Updates</a> |
372 :     <a href="../p2p/ch.cgi?user=">(New) Clearinghouse</a> |
373 :    
374 :     <a href="../seed_ctl.cgi?user=">SEED Control Panel</a> |
375 :     <a href="http://www.nmpdr.org/">NMPDR</a> |
376 :     <a href="http://www-unix.mcs.anl.gov/SEEDWiki/">SEED Wiki</a>]
377 :     <br>
378 :     [<a href="http://www.genomesonline.org/">GOLD</a> |
379 :     <a href="CompleteSeedGenomes.html">"Complete" Genomes in SEED </a> |
380 :     <a href="http://au.expasy.org/">ExPASy</a> |
381 :    
382 :     <a href="http://img.jgi.doe.gov/">IMG</a> |
383 :     <a href="http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html">KEGG</a> |
384 :     <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/">NCBI</a> |
385 :     <a href="http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/CMRGenomes.spl">TIGR cmr</a> |
386 :     <a href="http://www.pir.uniprot.org/">UniProt</a> |
387 :     <a href="http://borrelia.ci.uchicago.edu/fogbugz">Report "Bugz"</a>]
388 :     <br>
389 :     <br>
390 :     <a href="../Html/tyrASubsystem.html">TyrA Subsystem Homepage</a>
391 :     <br>
392 :     <td>
393 :     <img src=seed-logo-green.png alt=seedlogo>
394 :     </td>
395 :     </tr>
396 :     </table>
397 :     </center>
398 :    
399 :    
400 :     <table border=0 cellpadding=0 cellspacing=0 width=1045 style='border-collapse:
401 :     collapse;table-layout:fixed'>
402 :     <col width=83>
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409 :     <tr height=21>
410 :     <td height=21 class=xl24 colspan=4 width=596>Table 1. Sources &amp;
411 :     properties of representative sequences for TyrA cohesion groups <font
412 :     class=font5> </font></td>
413 :     <td width=100></td>
414 :     <td width=349></td>
415 :     </tr>
416 :     <tr height=16>
417 :     <td height=16 class=xl24></td>
418 :     <td></td>
419 :     <td></td>
420 :     <td></td>
421 :     <td></td>
422 :     <td></td>
423 :     </tr>
424 :     <tr height=36>
425 :     <td height=36 class=xl30 width=83>Cohesion group</td>
426 :     <td class=xl30 width=261>Source of TyrA sequence</td>
427 :     <td class=xl30 width=85>Acronym<font class=font7><sup>a</sup></font></td>
428 :     <td class=xl31 width=167>SEED: fig &amp; peg number</td>
429 :     <td class=xl31 width=100>gi number<font class=font7><sup>b</sup></font></td>
430 :     <td class=xl30 width=349>Taxon placement of non-LGT members<font class=font7><sup>c</sup></font></td>
431 :     </tr>
432 :     <tr height=21>
433 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-1 <font class=font15>&#946;</font></td>
434 :     <td class=xl35 width=261><a
435 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Erwinia%20carotovora"><span
436 :     style='font-style:italic'>Erwinia carotovora</span></a></td>
437 :     <td class=xl27 width=85>Ecar<a name=Ecar></a></td>
438 :     <td class=xl26 width=167><a
439 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C218491.3.peg.2590">fig|218491.3.peg.2590</a></td>
440 :     <td class=xl26 width=100><a
441 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=50122273">50122273*</a></td>
442 :     <td class=xl27 width=349>lower-Gammaproteobacteria (4 Orders)</td>
443 :     </tr>
444 :     <tr height=21>
445 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-2 <font class=font14>&#945;</font></td>
446 :     <td class=xl35 width=261><a
447 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Pseudomonas%20putida"><span
448 :     style='font-style:italic'>Pseudomonas putida</span></a></td>
449 :     <td class=xl27 width=85>Pput<a name=Pput></a></td>
450 :     <td class=xl26 width=167><a
451 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C160488.1.peg.1756">fig|160488.1.peg.1756</a></td>
452 :     <td class=xl26 width=100><a
453 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=26988501">26988501<font
454 :     class=font10>*</font></a></td>
455 :     <td class=xl27 width=349>upper-Gamma_1proteobacteria (Pseudomonadaceae
456 :     Family)</td>
457 :     </tr>
458 :     <tr height=21>
459 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-3 <font class=font14>&#945;</font></td>
460 :     <td class=xl37><a
461 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Psychrobacter%20"><span
462 :     style='font-style:italic'>Psychrobacter <font class=font9>sp.</font></span></a></td>
463 :     <td class=xl27 width=85>PSYC<a name=PSYC></a></td>
464 :     <td class=xl26 width=167><a
465 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C259536.4.peg.787">fig|259536.4.peg.787</a></td>
466 :     <td class=xl26 width=100><a
467 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=71038727">71038727<font
468 :     class=font10>*</font></a></td>
469 :     <td class=xl27 width=349>upper-Gamma_2proteobacteria (Moraxellaceae Family)</td>
470 :     </tr>
471 :     <tr height=21>
472 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-4 <font class=font15>&#946;</font></td>
473 :     <td class=xl35 width=261><a
474 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Xanthomonas%20campestris"><span
475 :     style='font-style:italic'>Xanthomonas campestris</span></a></td>
476 :     <td class=xl27 width=85>Xcam<a name=Xcam></a></td>
477 :     <td class=xl26 width=167><a
478 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C190485.1.peg.1454">fig|190485.1.peg.1454</a></td>
479 :     <td class=xl26 width=100><a
480 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=21230932">21230932<font
481 :     class=font10>*</font></a></td>
482 :     <td class=xl27 width=349>upper-Gamma_3proteobacteria (Xanthomonadaceae
483 :     Family)</td>
484 :     </tr>
485 :     <tr height=21>
486 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-5 <font class=font14>&#945;</font></td>
487 :     <td class=xl35 width=261><a
488 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Alkalilimnicola%20ehrlichei"><span
489 :     style='font-style:italic'>Alkalilimnicola ehrlichei</span></a></td>
490 :     <td class=xl27 width=85>Aehr<a name=Aehr></a></td>
491 :     <td class=xl34><a
492 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%187272.6.peg.896">fig|187272.6.peg.896</a></td>
493 :     <td class=xl39><a
494 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=114320089">114320089</a></td>
495 :     <td class=xl27 width=349>upper-Gamma_4proteobacteria (Chromatiales Order)</td>
496 :     </tr>
497 :     <tr height=21>
498 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-6 <font class=font14>&#945;</font></td>
499 :     <td class=xl35 width=261><a
500 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Marinobacter%20aquaeolei"><span
501 :     style='font-style:italic'>Marinobacter aquaeolei</span></a></td>
502 :     <td class=xl27 width=85>Maqu<a name=Maqu></a></td>
503 :     <td class=xl42 width=167>NA</td>
504 :     <td class=xl38 width=100><a
505 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=77952716">77952716</a></td>
506 :     <td class=xl27 width=349>upper-Gamma_5proteobacteria (2 Orders)</td>
507 :     </tr>
508 :     <tr height=21>
509 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-7 <font class=font14>&#945;</font></td>
510 :     <td class=xl35 width=261><a
511 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Burkholderia%20xenovorans"><span
512 :     style='font-style:italic'>Burkholderia xenovorans</span></a></td>
513 :     <td class=xl27 width=85>Bxen<a name=Bxen></a></td>
514 :     <td class=xl26 width=167><a
515 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C36873.1.peg.4890">fig|36873.1.peg.4890</a></td>
516 :     <td class=xl26 width=100><a
517 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=91784814">91784814<font
518 :     class=font10>*</font></a></td>
519 :     <td class=xl27 width=349>Beta_1proteobacteria (Burkholderiaceae Family)</td>
520 :     </tr>
521 :     <tr height=21>
522 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-8 <font class=font14>&#945;</font></td>
523 :     <td class=xl35 width=261><a
524 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Bordetella%20pertussis"><span
525 :     style='font-style:italic'>Bordetella pertussis</span></a></td>
526 :     <td class=xl27 width=85>Bper_1<a name=Bper_1></a></td>
527 :     <td class=xl26 width=167><a
528 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C257313.1.peg.827">fig|257313.1.peg.827</a></td>
529 :     <td class=xl26 width=100><a
530 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=33592104">33592104<font
531 :     class=font10>*</font></a></td>
532 :     <td class=xl27 width=349>Beta_2proteobacteria (Alcaligenaceae Family)</td>
533 :     </tr>
534 :     <tr height=21>
535 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-9 <font class=font14>&#945;</font></td>
536 :     <td class=xl35 width=261><a
537 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Neisseria%20gonorrhoeae"><span
538 :     style='font-style:italic'>Neisseria gonorrhoeae</span></a></td>
539 :     <td class=xl27 width=85>Ngon<a name=Ngon></a></td>
540 :     <td class=xl26 width=167><a
541 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C242231.4.peg.1532">fig|242231.4.peg.1532</a></td>
542 :     <td class=xl26 width=100><a
543 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=59801853">59801853<font
544 :     class=font10>*</font></a></td>
545 :     <td class=xl27 width=349>Beta_3proteobacteria (Neisseriaceae Family)</td>
546 :     </tr>
547 :     <tr height=21>
548 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-10 <font class=font14>&#945;</font></td>
549 :     <td class=xl35 width=261><a
550 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Polaromonas%20"><span
551 :     style='font-style:italic'>Polaromonas <font class=font9>sp.</font></span></a></td>
552 :     <td class=xl27 width=85>POLA<a name=POLA></a></td>
553 :     <td class=xl26 width=167><a
554 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C296591.1.peg.2815">fig|296591.1.peg.2815</a></td>
555 :     <td class=xl26 width=100><a
556 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=91787673">91787673<font
557 :     class=font10>*</font></a></td>
558 :     <td class=xl27 width=349>Beta_4proteobacteria (Comamonadaceae Family)</td>
559 :     </tr>
560 :     <tr height=21>
561 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-11 <font class=font14>&#945;</font></td>
562 :     <td class=xl35 width=261><a
563 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Nitrosomonas%20europaea"><span
564 :     style='font-style:italic'>Nitrosomonas europaea</span></a></td>
565 :     <td class=xl27 width=85>Neur<a name=Neur></a></td>
566 :     <td class=xl26 width=167><a
567 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C228410.1.peg.323">fig|228410.1.peg.323</a></td>
568 :     <td class=xl26 width=100><a
569 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=30248354">30248354<font
570 :     class=font10>*</font></a></td>
571 :     <td class=xl27 width=349>Beta_5proteobacteria (Nitrosomonadaceae Family)</td>
572 :     </tr>
573 :     <tr height=21>
574 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-12 <font class=font14>&#945;</font></td>
575 :     <td class=xl35 width=261><a
576 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Bartonella%20henselae"><span
577 :     style='font-style:italic'>Bartonella henselae</span></a></td>
578 :     <td class=xl27 width=85>Bhen<a name=Bhen></a></td>
579 :     <td class=xl26 width=167><a
580 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C283166.1.peg.1442">fig|283166.1.peg.1442</a></td>
581 :     <td class=xl26 width=100><a
582 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=49476273">49476273<font
583 :     class=font10>*</font></a></td>
584 :     <td class=xl27 width=349>Alpha_1proteobacteria (Most Orders)</td>
585 :     </tr>
586 :     <tr height=21>
587 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-13 <font class=font14>&#945;</font></td>
588 :     <td class=xl35 width=261><a
589 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Wolinella%20succinogenes"><span
590 :     style='font-style:italic'>Wolinella succinogenes</span></a></td>
591 :     <td class=xl27 width=85>Wsuc<a name=Wsuc></a></td>
592 :     <td class=xl26 width=167><a
593 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C273121.1.peg.325">fig|273121.1.peg.325</a></td>
594 :     <td class=xl26 width=100><a
595 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=34482497">34482497<font
596 :     class=font10>*</font></a></td>
597 :     <td class=xl27 width=349>Flavobacteria Class</td>
598 :     </tr>
599 :     <tr height=21>
600 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-14 <font class=font14>&#945;</font></td>
601 :     <td class=xl35 width=261><a
602 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Geobacter%20%20sulfurreducens"><span
603 :     style='font-style:italic'>Geobacter sulfurreducens</span></a></td>
604 :     <td class=xl27 width=85>Gsul<a name=Gsul></a></td>
605 :     <td class=xl26 width=167><a
606 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C243231.1.peg.2590">fig|243231.1.peg.2590</a></td>
607 :     <td class=xl26 width=100><a
608 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=39997701">39997701<font
609 :     class=font10>*</font></a></td>
610 :     <td class=xl27 width=349>Delta_1proteobacteria (Desulfuromonadales Order)</td>
611 :     </tr>
612 :     <tr height=21>
613 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-15 <font class=font15>&#946;</font></td>
614 :     <td class=xl37><a
615 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Desulfovibrio%20%20desulfuricans"><span
616 :     style='font-style:italic'>Desulfovibrio desulfuricans</span></a></td>
617 :     <td class=xl27 width=85>Ddes<a name=Ddes></a></td>
618 :     <td class=xl26 width=167><a
619 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C207559.3.peg.3693">fig|207559.3.peg.3693</a></td>
620 :     <td class=xl26 width=100><a
621 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=78358524">78358524<font
622 :     class=font10>*</font></a></td>
623 :     <td class=xl27 width=349>Delta_2proteobacteria (Desulfovibrionales Order)</td>
624 :     </tr>
625 :     <tr height=21>
626 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-16 <font class=font14>&#945;</font></td>
627 :     <td class=xl35 width=261><a
628 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Synechosystis"
629 :     target="_blank"><span style='font-style:italic'>Synechocystis <font
630 :     class=font9>sp.</font><font class=font13> </font></span></a></td>
631 :     <td class=xl27 width=85>SYNE_3<a name=SYNE_3></a></td>
632 :     <td class=xl26 width=167><a
633 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C1148.1.peg.1391">fig|1148.1.peg.1391</a></td>
634 :     <td class=xl26 width=100><a
635 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=16330562">16330562<font
636 :     class=font10>*</font></a></td>
637 :     <td class=xl27 width=349>Cyanobacteria Phylum</td>
638 :     </tr>
639 :     <tr height=21>
640 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-17 <font class=font14>&#945;</font></td>
641 :     <td class=xl35 width=261><a
642 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Thermobifida%20%20fusca"><span
643 :     style='font-style:italic'>Thermobifida fusca</span></a></td>
644 :     <td class=xl27 width=85>Tfus<a name=Tfus></a></td>
645 :     <td class=xl26 width=167><a
646 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C269800.4.peg.764">fig|269800.4.peg.764</a></td>
647 :     <td class=xl26 width=100><a
648 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=72161612">72161612<font
649 :     class=font10>*</font></a></td>
650 :     <td class=xl27 width=349>Actinobacteridae Subclass</td>
651 :     </tr>
652 :     <tr height=21>
653 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-18 <font class=font14>&#945;</font></td>
654 :     <td class=xl35 width=261><a
655 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Lactobacillus%20plantarum"
656 :     target="_blank"><span style='font-style:italic'>Lactobacillus plantarum</span></a></td>
657 :     <td class=xl27 width=85>Lpla<a name=Lpla></a></td>
658 :     <td class=xl26 width=167><a
659 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C220668.1.peg.1693">fig|220668.1.peg.1693</a></td>
660 :     <td class=xl26 width=100><a
661 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=28271503">28271503<font
662 :     class=font10>*</font></a></td>
663 :     <td class=xl27 width=349>Bacilli Class</td>
664 :     </tr>
665 :     <tr height=21>
666 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-19 <font class=font14>&#945;</font></td>
667 :     <td class=xl35 width=261><a
668 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Clostridium%20%20difficile"><span
669 :     style='font-style:italic'>Clostridium difficile</span></a></td>
670 :     <td class=xl27 width=85>Cdif<a name=Cdif></a></td>
671 :     <td class=xl26 width=167><a
672 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C1496.1.peg.2965">fig|1496.1.peg.2965</a></td>
673 :     <td class=xl26 width=100><a
674 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=115250885">115250885<font
675 :     class=font10>*</font></a></td>
676 :     <td class=xl27 width=349>Clostridia_1 (Clostridiales Order)</td>
677 :     </tr>
678 :     <tr height=21>
679 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-20 <font class=font14>&#945;</font></td>
680 :     <td class=xl35 width=261><a
681 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Clostridium%20%20thermocellum"><span
682 :     style='font-style:italic'>Clostridium thermocellum</span></a></td>
683 :     <td class=xl27 width=85>Cthe_5<a name=Cthe_5></a></td>
684 :     <td class=xl26 width=167><a
685 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C203119.1.peg.2939">fig|203119.1.peg.2939</a></td>
686 :     <td class=xl26 width=100><a
687 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=67874921">67874921<font
688 :     class=font10>*</font></a></td>
689 :     <td class=xl27 width=349>Clostridia_2 (2 Orders)</td>
690 :     </tr>
691 :     <tr height=21>
692 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-21 <font class=font14>&#945;</font></td>
693 :     <td class=xl35 width=261><a
694 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Moorella%20%20thermoacetica"><span
695 :     style='font-style:italic'>Moorella thermoacetica</span></a></td>
696 :     <td class=xl27 width=85>Mthe_3<a name=Mthe_3></a></td>
697 :     <td class=xl26 width=167><a
698 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C264732.1.peg.2464">fig|264732.1.peg.2464</a></td>
699 :     <td class=xl26 width=100><a
700 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&amp;db=Protein&amp;list_uids=83590180&amp;dopt=GenPept"
701 :     target="_blank">83590180<font class=font10>*</font></a></td>
702 :     <td class=xl27 width=349>Clostridia_3 (2 Orders)</td>
703 :     </tr>
704 :     <tr height=21>
705 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-22 <font class=font14>&#945;</font></td>
706 :     <td class=xl35 width=261><a
707 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Deinococcus%20%20radiodurans"><span
708 :     style='font-style:italic'>Deinococcus radiodurans</span></a></td>
709 :     <td class=xl27 width=85>Drad<a name=Drad></a></td>
710 :     <td class=xl26 width=167><a
711 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C243230.1.peg.1305">fig|243230.1.peg.1305</a></td>
712 :     <td class=xl26 width=100><a
713 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=6458858">6458858<font
714 :     class=font10>*</font></a></td>
715 :     <td class=xl27 width=349>Deinococci Class</td>
716 :     </tr>
717 :     <tr height=21>
718 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-23 <font class=font15>&#946;</font></td>
719 :     <td class=xl35 width=261><a
720 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Bacteroides%20%20thetaiotaomicron"><span
721 :     style='font-style:italic'>Bacteroides thetaiotaomicron</span></a></td>
722 :     <td class=xl27 width=85>Bthe_9<a name=Bthe_9></a></td>
723 :     <td class=xl26 width=167><a
724 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C226186.1.peg.3931">fig|226186.1.peg.3931</a></td>
725 :     <td class=xl26 width=100><a
726 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=29341249">29341249<font
727 :     class=font10>*</font></a></td>
728 :     <td class=xl27 width=349>Bacteroidetes Class</td>
729 :     </tr>
730 :     <tr height=21>
731 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-24 <font class=font14>&#945;</font></td>
732 :     <td class=xl35 width=261><a
733 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Chlorobium%20%20tepidum"><span
734 :     style='font-style:italic'>Chlorobium tepidum</span></a></td>
735 :     <td class=xl27 width=85>Ctep<a name=Ctep></a></td>
736 :     <td class=xl26 width=167><a
737 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C194439.1.peg.84">fig|194439.1.peg.84</a></td>
738 :     <td class=xl26 width=100><a
739 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=21672925">21672925<font
740 :     class=font10>*</font></a></td>
741 :     <td class=xl27 width=349>Chlorobia Class</td>
742 :     </tr>
743 :     <tr height=21>
744 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-25 <font class=font14>&#945;</font></td>
745 :     <td class=xl35 width=261><a
746 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Petrotoga%20%20miotherma"><span
747 :     style='font-style:italic'>Petrotoga miotherma</span></a></td>
748 :     <td class=xl27 width=85>Pmio<a name=Pmio></a></td>
749 :     <td class=xl41 width=167>NA</td>
750 :     <td class=xl27 width=100>NA</td>
751 :     <td class=xl45>Unresolved phylogenetic mixture</td>
752 :     </tr>
753 :     <tr height=21>
754 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-26 <font class=font15>&#946;</font></td>
755 :     <td class=xl35 width=261><a
756 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Coxiella%20%20burnetii"><span
757 :     style='font-style:italic'>Coxiella burnetii</span></a></td>
758 :     <td class=xl27 width=85>Cbur<a name=Cbur></a></td>
759 :     <td class=xl26 width=167><a
760 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C227377.1.peg.935">fig|227377.1.peg.935</a></td>
761 :     <td class=xl26 width=100><a
762 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=29654299">29654299<font
763 :     class=font10>*</font></a></td>
764 :     <td class=xl40>Unresolved phylogenetic mixture</td>
765 :     </tr>
766 :     <tr height=21>
767 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-27 <font class=font14>&#945;</font></td>
768 :     <td class=xl35 width=261><a
769 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Rhodopirellula%20%20baltica"><span
770 :     style='font-style:italic'>Rhodopirellula baltica <font class=font9>(</font><font
771 :     class=font13>Pirellula </font><font class=font9>sp.)</font></span></a></td>
772 :     <td class=xl27 width=85>Rbal<a name=Rbal></a></td>
773 :     <td class=xl26 width=167><a
774 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C243090.1.peg.3009">fig|243090.1.peg.3009</a></td>
775 :     <td class=xl26 width=100><a
776 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=32473675">32473675<font
777 :     class=font10>*</font></a></td>
778 :     <td class=xl46>Unresolved phylogenetic mixture</td>
779 :     </tr>
780 :     <tr height=21>
781 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-28 <font class=font14>&#945;</font></td>
782 :     <td class=xl35 width=261><a
783 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Leptospira%20%20interrogans"><span
784 :     style='font-style:italic'>Leptospira interrogans</span></a></td>
785 :     <td class=xl27 width=85>Lint_1<a name=Lint_1></a></td>
786 :     <td class=xl26 width=167><a
787 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C267671.1.peg.2379">fig|267671.1.peg.2379</a></td>
788 :     <td class=xl26 width=100><a
789 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=45658293">45658293<font
790 :     class=font10>*</font></a></td>
791 :     <td class=xl40>Unresolved phylogenetic mixture</td>
792 :     </tr>
793 :     <tr height=21>
794 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-29 <font class=font16> </font><font
795 :     class=font15>&#946;</font></td>
796 :     <td class=xl35 width=261><a
797 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Dehalococcoides%20%20ethenogenes"><span
798 :     style='font-style:italic'>Dehalococcoides ethenogenes </span></a></td>
799 :     <td class=xl27 width=85>Deth<a name=Deth></a></td>
800 :     <td class=xl26 width=167><a
801 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C243164.3.peg.722">fig|243164.3.peg.722</a></td>
802 :     <td class=xl26 width=100><a
803 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=57234714">57234714<font
804 :     class=font10>*</font></a></td>
805 :     <td class=xl27 width=349>Chloroflexi Phylum </td>
806 :     </tr>
807 :     <tr height=21>
808 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-30 <font class=font15>&#946;</font></td>
809 :     <td class=xl35 width=261><a
810 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Rhodospirillum%20rubrum"
811 :     target="_blank"><span style='font-style:italic'>Rhodospirillum rubrum</span></a></td>
812 :     <td class=xl27 width=85>2Rrub_1<a name=2Rrub_1></a></td>
813 :     <td class=xl26 width=167><a
814 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C1085.1.peg.3401">fig|1085.1.peg.3401</a></td>
815 :     <td class=xl26 width=100><a
816 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=83592308">83592308<font
817 :     class=font10>*</font></a></td>
818 :     <td class=xl27 width=349>Alpha_2proteobacteria (2 Orders)</td>
819 :     </tr>
820 :     <tr height=21>
821 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-31 <font class=font14>&#945;</font></td>
822 :     <td class=xl35 width=261><a
823 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Gemmata%20%20obscuriglobus"><span
824 :     style='font-style:italic'>Gemmata obscuriglobus</span></a></td>
825 :     <td class=xl27 width=85>Gobs<a name=Gobs></a></td>
826 :     <td class=xl41 width=167>NA</td>
827 :     <td class=xl27 width=100>NA</td>
828 :     <td class=xl27 width=349>Planctomyceteceae Family</td>
829 :     </tr>
830 :     <tr height=21>
831 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
832 :     <td class=xl35 width=261><a
833 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Acidithiobacillus%20%20ferrooxidans"><span
834 :     style='font-style:italic'>Acidithiobacillus ferrooxidans</span></a></td>
835 :     <td class=xl27 width=85>Afer_4<a name=Afer_4></a></td>
836 :     <td class=xl41 width=167>NA</td>
837 :     <td class=xl27 width=100>NA</td>
838 :     <td class=xl27 width=349>upper-Gammaproteobacteria orphan</td>
839 :     </tr>
840 :     <tr height=21>
841 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
842 :     <td class=xl35 width=261><a
843 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Aquifex%20%20aeolicus"><span
844 :     style='font-style:italic'>Aquifex aeolicus</span></a></td>
845 :     <td class=xl27 width=85>Aaeo<a name=Aaeo></a></td>
846 :     <td class=xl36><a
847 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C224324.1.peg.1217">fig|224324.1.peg.1217</a></td>
848 :     <td class=xl26 width=100><a
849 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=15606822">15606822<font
850 :     class=font10>*</font></a></td>
851 :     <td class=xl27 width=349>Aquificae orphan</td>
852 :     </tr>
853 :     <tr height=21>
854 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
855 :     <td class=xl35 width=261><a
856 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Azoarcus%20%20"><span
857 :     style='font-style:italic'>Azoarcus <font class=font9>sp.</font></span></a></td>
858 :     <td class=xl27 width=85>AZOA<a name=AZOA></a></td>
859 :     <td class=xl36><a
860 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C76114.4.peg.1423">fig|76114.4.peg.1423</a></td>
861 :     <td class=xl26 width=100><a
862 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=56475924">56475924<font
863 :     class=font10>*</font></a></td>
864 :     <td class=xl27 width=349>Betaproteobacteria orphan</td>
865 :     </tr>
866 :     <tr height=21>
867 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
868 :     <td class=xl35 width=261><a
869 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Chromobacterium%20%20violaceum"><span
870 :     style='font-style:italic'>Chromobacterium violaceum</span></a></td>
871 :     <td class=xl27 width=85>Cvio<a name=Cvio></a></td>
872 :     <td class=xl26 width=167><a
873 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C243365.1.peg.3407">fig|243365.1.peg.3407</a></td>
874 :     <td class=xl26 width=100><a
875 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=34498862">34498862<font
876 :     class=font10>*</font></a></td>
877 :     <td class=xl27 width=349>Betaproteobacteria orphan</td>
878 :     </tr>
879 :     <tr height=21>
880 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
881 :     <td class=xl35 width=261><a
882 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Dechloromonas%20%20aromatica"><span
883 :     style='font-style:italic'>Dechloromonas aromatica</span></a></td>
884 :     <td class=xl27 width=85>Daro<a name=Daro></a></td>
885 :     <td class=xl26 width=167><a
886 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C159087.4.peg.933">fig|159087.4.peg.933</a></td>
887 :     <td class=xl26 width=100><a
888 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=71906873">71906873<font
889 :     class=font10>*</font></a></td>
890 :     <td class=xl27 width=349>Betaproteobacteria orphan</td>
891 :     </tr>
892 :     <tr height=21>
893 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
894 :     <td class=xl35 width=261><a
895 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Desulfitobacterium%20%20hafniense"><span
896 :     style='font-style:italic'>Desulfitobacterium hafniense</span></a></td>
897 :     <td class=xl27 width=85>Dhaf<a name=Dhaf></a></td>
898 :     <td class=xl26 width=167><a
899 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C49338.1.peg.2227">fig|49338.1.peg.2227</a></td>
900 :     <td class=xl26 width=100><a
901 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=89334457">89334457<font
902 :     class=font10>*</font></a></td>
903 :     <td class=xl27 width=349>Clostridia<font class=font6> </font><font
904 :     class=font5>orphan</font></td>
905 :     </tr>
906 :     <tr height=21>
907 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
908 :     <td class=xl35 width=261><a
909 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Magnetococcus%20%20"><span
910 :     style='font-style:italic'>Magnetococcus <font class=font9>sp.</font></span></a></td>
911 :     <td class=xl27 width=85>MAGN_1<a name=MAGN_1></a></td>
912 :     <td class=xl26 width=167><a
913 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C156889.1.peg.1669">fig|156889.1.peg.1669</a></td>
914 :     <td class=xl40>NA</td>
915 :     <td class=xl27 width=349>Unclassified Proteobacteria orphan</td>
916 :     </tr>
917 :     <tr height=21>
918 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
919 :     <td class=xl35 width=261><a
920 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Methylobacillus%20%20flagellatus"><span
921 :     style='font-style:italic'>Methylobacillus flagellatus</span></a></td>
922 :     <td class=xl27 width=85>Mfla_5<a name=Mfla_5></a></td>
923 :     <td class=xl26 width=167><a
924 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C265072.1.peg.206">fig|265072.1.peg.206</a></td>
925 :     <td class=xl26 width=100><a
926 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=91775427">91775427<font
927 :     class=font10>*</font></a></td>
928 :     <td class=xl27 width=349>Betaproteobacteria orphan</td>
929 :     </tr>
930 :     <tr height=21>
931 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
932 :     <td class=xl35 width=261><a
933 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Methylococcus%20%20capsulatus"><span
934 :     style='font-style:italic'>Methylococcus capsulatus</span></a></td>
935 :     <td class=xl27 width=85>Mcap_1<a name=Mcap_1></a></td>
936 :     <td class=xl26 width=167><a
937 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C243233.4.peg.782">fig|243233.4.peg.782</a></td>
938 :     <td class=xl26 width=100><a
939 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=53804254">53804254<font
940 :     class=font10>*</font></a></td>
941 :     <td class=xl27 width=349>upper-Gamma Proteobacteria orphan</td>
942 :     </tr>
943 :     <tr height=21>
944 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
945 :     <td class=xl35 width=261><a
946 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Microbulbifer%20%20degradans"><span
947 :     style='font-style:italic'>Microbulbifer degradans</span></a></td>
948 :     <td class=xl27 width=85>Mdeg<a name=Mdeg></a></td>
949 :     <td class=xl26 width=167><a
950 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C203122.1.peg.1111">fig|203122.1.peg.1111</a></td>
951 :     <td class=xl26 width=100><a
952 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=90021791">90021791<font
953 :     class=font10>*</font></a></td>
954 :     <td class=xl27 width=349>upper-Gamma Proteobacteria orphan</td>
955 :     </tr>
956 :     <tr height=21>
957 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
958 :     <td class=xl35 width=261><a
959 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Nitrosococcus%20%20oceani"><span
960 :     style='font-style:italic'>Nitrosococcus oceani</span></a></td>
961 :     <td class=xl27 width=85>Noce<a name=Noce></a></td>
962 :     <td class=xl36><a
963 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C323261.3.peg.7">fig|323261.3.peg.7</a></td>
964 :     <td class=xl26 width=100><a
965 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=77163714">77163714<font
966 :     class=font10>*</font></a></td>
967 :     <td class=xl27 width=349>upper-Gamma Proteobacteria orphan</td>
968 :     </tr>
969 :     <tr height=21>
970 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
971 :     <td class=xl35 width=261><a
972 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Pelagibacter%20%20ubique"><span
973 :     style='font-style:italic'>Pelagibacter ubique<font class=font11><sup>d</sup></font></span></a></td>
974 :     <td class=xl27 width=85>Pubi<a name=Pubi></a></td>
975 :     <td class=xl26 width=167><a
976 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C335992.3.peg.1115">fig|335992.3.peg.1115</a></td>
977 :     <td class=xl26 width=100><a
978 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=71082920">71082920<font
979 :     class=font10>*</font></a></td>
980 :     <td class=xl27 width=349>Alphaproteobacteria orphan</td>
981 :     </tr>
982 :     <tr height=21>
983 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
984 :     <td class=xl37><a
985 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Symbiobacterium%20%20thermophilum"><span
986 :     style='font-style:italic'>Symbiobacterium thermophilum</span></a></td>
987 :     <td class=xl27 width=85>Sthe<a name=Sthe></a></td>
988 :     <td class=xl26 width=167><a
989 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C292459.1.peg.1361">fig|292459.1.peg.1361</a></td>
990 :     <td class=xl26 width=100><a
991 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=51856245">51856245<font
992 :     class=font10>*</font></a></td>
993 :     <td class=xl27 width=349>Firmicutes orphan</td>
994 :     </tr>
995 :     <tr height=21>
996 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font15>&#946;</font></td>
997 :     <td class=xl35 width=261><a
998 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Syntrophobacter%20%20fumaroxidans"><span
999 :     style='font-style:italic'>Syntrophobacter fumaroxidans</span></a></td>
1000 :     <td class=xl27 width=85>Sfum_1<a name=Sfum_1></a></td>
1001 :     <td class=xl36><a
1002 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%335543.6.peg.3883">fig|335543.6.peg.3883</a></td>
1003 :     <td class=xl26 width=100><a
1004 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=71548230">71548230<font
1005 :     class=font10>*</font></a></td>
1006 :     <td class=xl27 width=349>Syntrophobacterales<font class=font6> </font><font
1007 :     class=font5>orphan</font></td>
1008 :     </tr>
1009 :     <tr height=21>
1010 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
1011 :     <td class=xl35 width=261><a
1012 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Syntrophomonas%20%20wolfei"><span
1013 :     style='font-style:italic'>Syntrophomonas wolfei</span></a></td>
1014 :     <td class=xl27 width=85>Swol_1<a name=Swol_1></a></td>
1015 :     <td class=xl42 width=167>NA</td>
1016 :     <td class=xl26 width=100><a
1017 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=114566874">114566874<font
1018 :     class=font10>*</font></a></td>
1019 :     <td class=xl27 width=349>Clostridia orphan</td>
1020 :     </tr>
1021 :     <tr height=21>
1022 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font15>&#946;</font></td>
1023 :     <td class=xl35 width=261><a
1024 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Thermodesulfobacterium%20%20commune"><span
1025 :     style='font-style:italic'>Thermodesulfobacterium commune</span></a></td>
1026 :     <td class=xl27 width=85>Tcom<a name=Tcom></a></td>
1027 :     <td class=xl41 width=167>NA</td>
1028 :     <td class=xl27 width=100>NA</td>
1029 :     <td class=xl27 width=349>Thermodesulfobacteria orphan</td>
1030 :     </tr>
1031 :     <tr height=21>
1032 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
1033 :     <td class=xl35 width=261><a
1034 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Thermotoga%20%20maritima"><span
1035 :     style='font-style:italic'>Thermotoga maritima</span></a></td>
1036 :     <td class=xl27 width=85>Tmar<a name=Tmar></a></td>
1037 :     <td class=xl26 width=167><a
1038 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C243274.1.peg.339">fig|243274.1.peg.339</a></td>
1039 :     <td class=xl26 width=100><a
1040 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=15643112">15643112<font
1041 :     class=font10>*</font></a></td>
1042 :     <td class=xl27 width=349>Thermotogae orphan</td>
1043 :     </tr>
1044 :     <tr height=21>
1045 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-O <font class=font14>&#945;</font></td>
1046 :     <td class=xl35 width=261><a
1047 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Thiobacillus%20%20denitrificans"><span
1048 :     style='font-style:italic'>Thiobacillus denitrificans</span></a></td>
1049 :     <td class=xl27 width=85>Tden<a name=Tden></a></td>
1050 :     <td class=xl26 width=167><a
1051 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C292415.3.peg.543">fig|292415.3.peg.543</a></td>
1052 :     <td class=xl26 width=100><a
1053 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=74316971">74316971<font
1054 :     class=font10>*</font></a></td>
1055 :     <td class=xl27 width=349>Betaproteobacteria orphan</td>
1056 :     </tr>
1057 :     <tr height=21>
1058 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-80 <font class=font15>&#946;</font></td>
1059 :     <td class=xl35 width=261><a
1060 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Methanococcoides%20%20burtonii"><span
1061 :     style='font-style:italic'>Methanococcoides burtonii</span></a></td>
1062 :     <td class=xl27 width=85>Mbur<a name=Mbur></a></td>
1063 :     <td class=xl26 width=167><a
1064 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C259564.1.peg.2246">fig|259564.1.peg.2246</a></td>
1065 :     <td class=xl26 width=100><a
1066 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=91773934">91773934<font
1067 :     class=font10>*</font></a></td>
1068 :     <td class=xl27 width=349>Euryarchaea Phylum</td>
1069 :     </tr>
1070 :     <tr height=21>
1071 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-81 <font class=font15>&#946;</font></td>
1072 :     <td class=xl35 width=261><a
1073 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Haloarcula%20%20marismortui"><span
1074 :     style='font-style:italic'>Haloarcula marismortui</span></a></td>
1075 :     <td class=xl27 width=85>Hmar_2<a name=Hmar_2></a></td>
1076 :     <td class=xl26 width=167><a
1077 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C272569.1.peg.498">fig|272569.1.peg.498</a></td>
1078 :     <td class=xl26 width=100><a
1079 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=55377389">55377389<font
1080 :     class=font10>*</font></a></td>
1081 :     <td class=xl27 width=349>Halobacteria Class </td>
1082 :     </tr>
1083 :     <tr height=21>
1084 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-82 <font class=font15>&#946;</font></td>
1085 :     <td class=xl35 width=261><a
1086 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Ferroplasma%20%20acidarmanus"><span
1087 :     style='font-style:italic'>Ferroplasma acidarmanus</span></a></td>
1088 :     <td class=xl27 width=85>Faci_1<a name=Faci_1></a></td>
1089 :     <td class=xl26 width=167><a
1090 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C97393.1.peg.324">fig|97393.1.peg.324</a></td>
1091 :     <td class=xl26 width=100><a
1092 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=68141176">68141176<font
1093 :     class=font10>*</font></a></td>
1094 :     <td class=xl27 width=349>Thermoplasmata Class</td>
1095 :     </tr>
1096 :     <tr height=21>
1097 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-83 <font class=font15>&#946;</font></td>
1098 :     <td class=xl35 width=261><a
1099 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Methanospirillum%20%20hungatei"><span
1100 :     style='font-style:italic'>Methanospirillum hungatei</span></a></td>
1101 :     <td class=xl27 width=85>Mhun<a name=Mhun></a></td>
1102 :     <td class=xl36><a
1103 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%323259.5.peg.1087">fig|323259.5.peg.1087</a></td>
1104 :     <td class=xl26 width=100><a
1105 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=88602324">88602324<font
1106 :     class=font10>*</font></a></td>
1107 :     <td class=xl27 width=349>Methanomicrobia Class</td>
1108 :     </tr>
1109 :     <tr height=21>
1110 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-84 <font class=font15>&#946;</font></td>
1111 :     <td class=xl35 width=261><a
1112 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Sulfolobus%20%20solfataricus"><span
1113 :     style='font-style:italic'>Sulfolobus solfataricus</span></a></td>
1114 :     <td class=xl27 width=85>Ssol<a name=Ssol></a></td>
1115 :     <td class=xl43 width=167><a
1116 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C273057.1.peg.273">fig|273057.1.peg.273</a></td>
1117 :     <td class=xl26 width=100><a
1118 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=15897245">15897245<font
1119 :     class=font10>*</font></a></td>
1120 :     <td class=xl27 width=349>Sulfolobales Order</td>
1121 :     </tr>
1122 :     <tr height=21>
1123 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-85 <font class=font15>&#946;</font></td>
1124 :     <td class=xl35 width=261><a
1125 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Pyrobaculum%20%20aerophilum"><span
1126 :     style='font-style:italic'>Pyrobaculum aerophilum</span></a></td>
1127 :     <td class=xl27 width=85>Paer_2<a name=Paer_2></a></td>
1128 :     <td class=xl26 width=167><a
1129 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C178306.1.peg.1339">fig|178306.1.peg.1339</a></td>
1130 :     <td class=xl26 width=100><a
1131 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=18312982">18312982<font
1132 :     class=font10>*</font></a></td>
1133 :     <td class=xl45>Unresolved phylogenetic mixture</td>
1134 :     </tr>
1135 :     <tr height=21>
1136 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-86 <font class=font15>&#946;</font></td>
1137 :     <td class=xl35 width=261><a
1138 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Archaeoglobus%20%20fulgidus"><span
1139 :     style='font-style:italic'>Archaeoglobus fulgidus</span></a></td>
1140 :     <td class=xl27 width=85>Aful_1<a name=Aful_1></a></td>
1141 :     <td class=xl26 width=167><a
1142 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C224325.1.peg.224">fig|224325.1.peg.224</a></td>
1143 :     <td class=xl26 width=100><a
1144 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=11497843">11497843<font
1145 :     class=font10>*</font></a></td>
1146 :     <td class=xl40>Unresolved phylogenetic mixture</td>
1147 :     </tr>
1148 :     <tr height=21>
1149 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-95 <font class=font15>&#946;</font></td>
1150 :     <td class=xl35 width=261><a
1151 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Arabidopsis%20%20thaliana"><span
1152 :     style='font-style:italic'>Arabidopsis thaliana</span></a></td>
1153 :     <td class=xl27 width=85>1Atha<a name=1Atha></a></td>
1154 :     <td class=xl26 width=167><a
1155 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C3702.1.peg.1877">fig|3702.1.peg.1877</a></td>
1156 :     <td class=xl26 width=100><a
1157 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=15218283">15218283<font
1158 :     class=font10>*</font></a></td>
1159 :     <td class=xl27 width=349>Viridiplantae Kingdom</td>
1160 :     </tr>
1161 :     <tr height=21>
1162 :     <td height=21 class=xl25 width=83>TyrCG-98 <font class=font15>&#946;</font></td>
1163 :     <td class=xl35 width=261><a
1164 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Saccharomyces%20%20cerevisiae"><span
1165 :     style='font-style:italic'>Saccharomyces cerevisiae</span></a></td>
1166 :     <td class=xl27 width=85>Scer<a name=Scer></a></td>
1167 :     <td class=xl26 width=167><a
1168 :     href="http://theseed.uchicago.edu/FIG/protein.cgi?prot=fig%7C4932.3.peg.431">fig|4932.3.peg.431</a></td>
1169 :     <td class=xl26 width=100><a
1170 :     href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&amp;val=6319643">6319643<font
1171 :     class=font10>*</font></a></td>
1172 :     <td class=xl27 width=349>Fungi Kingdom</td>
1173 :     </tr>
1174 :     <tr height=21>
1175 :     <td colspan=5 height=21 class=xl55>&#945;<font class=font5> for cohesion
1176 :     groups that belong to the TyrA&#945; sub-homology group as shown in the TyrA CG tree.</font></td>
1177 :     <td class=xl47 width=120><a
1178 :     href="../Html/tyrACGTree.html"><span
1179 :     style='text-decoration:underline;text-underline-style:single'>TyrA tree</span></a></td>
1180 :     <td class=xl44 width=349></td>
1181 :     </tr>
1182 :     <tr height=21>
1183 :     <td colspan=5 height=21> <font class=font15>&#946;</font><font class=font9> </font><font
1184 :     class=font5>for cohesion groups that belong to the TyrA&#946; sub-homology
1185 :     group as shown in the </font><font class=font9> </font><font class=font5>TyrA CG tree.</font></td>
1186 :     <td class=xl48><a
1187 :     href="../Html/tyrACGTree.html"><span
1188 :     style='text-decoration:underline;text-underline-style:single'>TyrA tree</span></a></td>
1189 :     <td></td>
1190 :     </tr>
1191 :     <tr height=21>
1192 :     <td colspan=4 height=21 class=xl55></td>
1193 :     <td></td>
1194 :     <td></td>
1195 :     </tr>
1196 :     <tr class=xl32 height=21>
1197 :     <td colspan=6 height=21 class=xl51><sup>a</sup><font class=font5>Organism
1198 :     acronyms consist of four letters: the first letter of the genus name
1199 :     followed by the first three letters of the species name. Any
1200 :     underscore-number designations that follow the acronym
1201 :    
1202 :     proper are used to distinguish
1203 :     potential ambiguities, multiple TyrA species in a single organism are
1204 :     distinguished by numbers preceding the acronym (as implemented at
1205 :     <a href="http://www.aropath.lanl.gov/Organisms/Acronyms_sorted_by_species.html">
1206 :     AroPath</a>).
1207 :     </font></td> </tr>
1208 :     <tr height=21>
1209 :     <td height=21 class=xl29></td>
1210 :     <td class=xl34></td>
1211 :     <td class=xl34></td>
1212 :     <td class=xl34></td>
1213 :     <td></td>
1214 :     <td></td>
1215 :     </tr>
1216 :     <tr height=21>
1217 :     <td colspan=5 height=21 class=xl50><sup>b</sup><font class=font5>Gene
1218 :     identification number. A red asterisk indicates that sequencing of the genome
1219 :     is essentially complete.</font></td>
1220 :     <td></td>
1221 :     </tr>
1222 :     <tr height=21>
1223 :     <td height=21 class=xl28><sup></sup></td>
1224 :     <td></td>
1225 :     <td></td>
1226 :     <td></td>
1227 :     <td></td>
1228 :     <td></td>
1229 :     </tr>
1230 :     <tr height=21>
1231 :     <td colspan=6 height=21 class=xl51><sup>c</sup><font class=font5>An attempt
1232 :     is made to describe each cohesion group at the hierarchical level at which
1233 :     all organisms having the sequence occupy the same taxon. NCBI’s
1234 :     taxonomy page is used as a
1235 :    
1236 :     resource for this. Typically,
1237 :     cohesion groups gather at about the level of Family or Class, but wide
1238 :     deviations occur in either direction (see text). In our treatment,
1239 :     Gammaptoteobacteria
1240 :     are clearly divided into two groups,
1241 :     with lower-Gammaproteobacteria and upper-Gammaproteobacteria
1242 :     being the equivalent of "Superorder" taxon designation. Thus, for example, the
1243 :     Betaproteobacteria (a formal class)
1244 :     partition into five cohesion groups which do not correspond to formal taxon
1245 :     subdivisions. The organism names and gi numbers are hyper-linked to the
1246 :     Taxonomy Browser at NCBI, the fig/peg
1247 :     numbers are hyperlinked to Protein Pages at the SEED.
1248 :     </font></td> </tr>
1249 :     <tr height=21>
1250 :     <td height=21 class=xl33></td>
1251 :     <td></td>
1252 :     <td></td>
1253 :     <td></td>
1254 :     <td></td>
1255 :     <td></td>
1256 :     </tr>
1257 :     <tr height=21>
1258 :     <td colspan=6 height=21 class=xl50><sup>d</sup><font class=font8>Pelagibacter
1259 :     ubique</font><font class=font5> is labeled as Candidatus </font><font
1260 :     class=font8>Pelagibacter ubique</font><font class=font5> in many databases.
1261 :     (“Candidatus” refers to an organism that cannot be maintained in a culture
1262 :     collection.) </font></td>
1263 :     </tr>
1264 :     </table>
1265 :    
1266 :     </body>
1267 :    
1268 :     </html>
1269 :    

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