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Revision 1.3 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.2
2 :     use FIG;
3 :     my $fig = new FIG;
4 :    
5 : olson 1.3 # seq_utils 31312.1 NC_000927_9431_9048 > stdout 2> stderr
6 :    
7 : olson 1.2 $usage = "usage: seq_utils Genome Location";
8 :    
9 :     (
10 :     ($genome = shift @ARGV) &&
11 :     ($loc = shift @ARGV)
12 :     )
13 :     || die $usage;
14 :    
15 :     if ($seq = $fig->dna_seq($genome,$loc))
16 :     {
17 :     $seqR = &FIG::reverse_comp($seq);
18 :    
19 :     $tran = &FIG::translate($seq);
20 :     $tranR = &FIG::translate($seqR);
21 :    
22 :     &FIG::display_id_and_seq("plus_strand",\$seq);
23 :     &FIG::display_id_and_seq("plus_strand_translated",\$tran,\*STDERR);
24 :    
25 :     &FIG::display_id_and_seq("minus_strand",\$seqR);
26 :     &FIG::display_id_and_seq("minus_strand_translated",\$tranR,\*STDERR);
27 :     }
28 :    

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