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Revision 1.1.1.1 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #!/usr/bin/perl -w
2 :    
3 :     # a quick gbk2fasta script that will put locus/definition on the ID line and DNA sequence
4 :    
5 :     use strict;
6 :    
7 :     my ($print, $locus, $def);
8 :    
9 :     while (<>)
10 :     {
11 :     if (/^LOCUS\s+(\S+)/) {$locus=$1; next}
12 :     if (/^DEFINITION\s+(.*)/) {$def=$1; chomp($def)}
13 :     if (/ORIGIN/)
14 :     {
15 :     if ($locus && $def)
16 :     {
17 :     print ">$locus $def\n";
18 :     $print=1;
19 :     next;
20 :     }
21 :     else
22 :     {
23 :     print STDERR "No locus or definition we have |$locus| and |$def|\n";
24 :     $print=2;
25 :     }
26 :     next;
27 :     }
28 :     if (m#^//#) {($locus, $def, $print)=(undef, undef, undef)}
29 :     if ($print && $print ==2)
30 :     {
31 :     print STDERR "Next line is:\n$_";
32 :     undef $print;
33 :     next;
34 :     }
35 :     if ($print)
36 :     {
37 :     chomp;
38 :     s/\d//g;
39 :     s/\s//g;
40 :     print "$_\n";
41 :     }
42 :     }
43 :    

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