[Bio] / FigMetagenomeTools / getfasta.pl Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigMetagenomeTools/getfasta.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #!/usr/bin/perl -w
2 :    
3 :     # get some fasta sequences from a file
4 :    
5 :     use strict;
6 :     use Rob;
7 :    
8 :     my $us=<<EOF;
9 :     $0
10 :    
11 :     -f fasta file
12 :     -n needed sequences, one per line
13 :    
14 :     EOF
15 :    
16 :     my ($faf, $nf);
17 :    
18 :     while (@ARGV) {
19 :     my $t=shift;
20 :     if ($t eq "-f") {$faf=shift}
21 :     elsif ($t eq "-n") {$nf=shift}
22 :     }
23 :    
24 :     die $us unless ($faf && $nf);
25 :    
26 :     my $fasta = Rob->read_fasta($faf);
27 :     open(IN, $nf) || die "Can't opne $nf";
28 :     while (<IN>) {
29 :     chomp;
30 :     if ($fasta->{$_}) {
31 :     $fasta->{$_} =~ s/\s+//g;
32 :     print ">$_\n", $fasta->{$_}, "\n";
33 :     } else {
34 :     print STDERR "No sequence for $_\n";
35 :     }
36 :     }
37 :    
38 :    
39 :    

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3