[Bio] / FigMetagenomeTools / getfasta.pl Repository:
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Annotation of /FigMetagenomeTools/getfasta.pl

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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #!/usr/bin/perl -w
2 :    
3 :     # get some fasta sequences from a file
4 :    
5 :     use strict;
6 :     use lib '/clusterfs/home/rob/perl';
7 :     use Rob;
8 :    
9 :     my $us=<<EOF;
10 :     $0
11 :    
12 :     -f fasta file
13 :     -n needed sequences, one per line
14 :    
15 :     EOF
16 :    
17 :     my ($faf, $nf);
18 :    
19 :     while (@ARGV) {
20 :     my $t=shift;
21 :     if ($t eq "-f") {$faf=shift}
22 :     elsif ($t eq "-n") {$nf=shift}
23 :     }
24 :    
25 :     die $us unless ($faf && $nf);
26 :    
27 :     my $fasta = Rob->read_fasta($faf);
28 :     open(IN, $nf) || die "Can't opne $nf";
29 :     while (<IN>) {
30 :     chomp;
31 :     if ($fasta->{$_}) {
32 :     $fasta->{$_} =~ s/\s+//g;
33 :     print ">$_\n", $fasta->{$_}, "\n";
34 :     } else {
35 :     print STDERR "No sequence for $_\n";
36 :     }
37 :     }
38 :    
39 :    
40 :    

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