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1 : wilke 1.1 use FIG;
2 :     use strict;
3 :     use warnings;
4 :    
5 :     use vars qw( $opt_d $opt_n $opt_h );
6 :     use Getopt::Std;
7 :    
8 :    
9 :     getopts('n:d:');
10 :    
11 :    
12 :    
13 :     my $fig = new FIG;
14 :    
15 :     my $counter = 0;
16 :    
17 :     foreach my $genome ($fig->genomes) {
18 :    
19 :     my ( $tax_id ) = $genome =~ /(\d+)\.\d+/ ;
20 :     unless ( $tax_id ){
21 :     print STDERR "No taxonomy id for $genome\n";
22 :     }
23 :    
24 :     my ( $overview ) = $fig->get_organism_info_from_ncbi($tax_id);
25 :    
26 :     print $overview->{lineage} , "\n";
27 :     $counter ++;
28 :     exit if ($counter > 10);
29 :     sleep 10 ;
30 :     }
31 :    
32 :     sub update_organism_dir{
33 :     my ( $fig , $dir , $org , $overview) = @_;
34 :    
35 :     return 0 unless (-d "$dir/$org");
36 :    
37 :     #update TAXONOMY file
38 :     open(TMP,">$dir/$org/TAXONOMY") || die "could not open $dir/$org/TAXONOMY";
39 :     #print TMP $overview->{lineage}."\n";
40 :     close(TMP);
41 :    
42 :     open(TMP,">$dir/$org/TAXONOMY_ID") || die "could not open $dir/$org/TAXONOMY";
43 :     print TMP $overview->{taxonomy_id}."\n";
44 :     close(TMP);
45 :    
46 :     chmod(0777,"$dir/$org/TAXONOMY_ID");
47 :    
48 :     #update database entry
49 :    
50 :     my $old_lineage = $fig->taxonomy_of($org);
51 :    
52 :     return 1;
53 :     }

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