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1 : overbeek 1.1 ### #!/usr/bin/perl
2 :    
3 :     use FF;
4 :     use FFs;
5 :    
6 :     $usage = "usage: test_placement Data Dir Process < PEGs";
7 :    
8 :     (
9 :     ($data = shift @ARGV) &&
10 :     ($dir = shift @ARGV) &&
11 :     ($proc = shift @ARGV)
12 :     )
13 :     || die $usage;
14 :    
15 :     my $figfams = new FFs($data);
16 :    
17 :     opendir(DIR,"$dir") || die "could not open $dir";
18 :     @files = grep { $_ =~ /^\d/ } readdir(DIR);
19 :     closedir(DIR);
20 :    
21 :     foreach $file (@files)
22 :     {
23 :     open(FILE,"<$dir/$file") || die "could not open $dir/$file";
24 :     while (defined($_ = <FILE>))
25 :     {
26 :     if ($_ =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/)
27 :     {
28 :     # $seen{$1} = 1;
29 :     }
30 :     }
31 :     close(FILE);
32 :     }
33 :    
34 :     open(OUT,">>$dir/$proc") || die "could not open $dir/$proc";
35 :     $| = 1;
36 :     while (defined($_ = <STDIN>))
37 :     {
38 :     if (($_ =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/) && (! $seen{$1}))
39 :     {
40 :     $peg = $1;
41 :     my $pseq = $figfams->seq_of($peg);
42 :     if ($pseq)
43 :     {
44 :     my($got,undef) = $figfams->place_in_family($pseq,undef,undef,$peg);
45 :     my $fam_id = $got ? $got->family_id : "";
46 :     print OUT join("\t",($peg,$fam_id)),"\n";
47 :     }
48 :     }
49 :     }

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