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Annotation of /FigKernelScripts/test_figfam_peg.pl

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1 : overbeek 1.1
2 :     use FIG;
3 :     my $fig = new FIG;
4 :    
5 :     $usage = "usage: test_figfam_peg PEG [FigFamsData]";
6 :    
7 :     (
8 :     ($peg = shift @ARGV)
9 :     )
10 :     || die $usage;
11 :    
12 :     $ff_data = (@ARGV > 0) ? $ARGV[0] : "$FIG_Config::data/FigfamsData";
13 :     use FigFams;
14 :     $figfams = new FigFams($fig,$ff_data);
15 :     $seq = $fig->get_translation($peg);
16 :    
17 :     $ENV{'DEBUG'} = 1;
18 :    
19 :     ($got,$sims) = $figfams->place_in_family($seq);
20 :     if (defined($got))
21 :     {
22 :     print &Dumper($sims,$got->family_id,$got->family_function);
23 :     }
24 :     else
25 :     {
26 :     print STDERR "Sorry, no call\n";
27 :     }
28 :    
29 :    

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