[Bio] / FigKernelScripts / svr_similar_to.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/svr_similar_to.pl

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Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : disz 1.1 #!/usr/bin/perl
2 :    
3 :     use SeedEnv;
4 :    
5 :     #
6 :     # This is a SAS Component
7 :     #
8 :    
9 :    
10 :     =head1 svr_similar_to [CutOff] < PEG > PEG1-Sc-PEG
11 :    
12 :     Get similarities for a PEG
13 :    
14 :     Input is PEG id's on STDIN
15 :    
16 :     Output is tab separated list of PEG, Score, PEG on STDOUT
17 :    
18 :     ------
19 :     Example: svr_similar_to < peg_file
20 :     ------
21 :    
22 :     =head2 Command-Line Options
23 :    
24 : parrello 1.2 =over 4
25 :    
26 : disz 1.1 =item CutOff
27 :    
28 :     An optional cutoff score.
29 :    
30 : parrello 1.2 =back
31 :    
32 : disz 1.1 =head2 Output Format
33 :    
34 :     The standard output is a file where each line contains a peg\tscore\tpeg
35 :    
36 :     =cut
37 :    
38 :     my $usage = "usage: svr_similar_to [CutOff] < PEG > PEG1-Sc-PEG";
39 :    
40 :     my($cutoff,$pair,$peg);
41 :     $cutoff = shift @ARGV;
42 :     $cutoff = defined($cutoff) ? $cutoff : 1.0e-10;
43 :    
44 :     my $id;
45 :     @pegs = map { chop; $_ =~ /(\S+)$/;
46 :     $id = $1;
47 :     ($id =~ /^fig\|/) ? $id : ()
48 :     } <STDIN>;
49 :    
50 :     foreach my $sim (&SeedUtils::sims(\@pegs,300,$cutoff ? $cutoff : 1.0e-5,'fig',10000))
51 :     {
52 :     print join("\t",($sim->id1,$sim->psc,$sim->id2)),"\n";
53 :     }

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