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revision 1.5, Mon Jun 7 20:55:01 2010 UTC revision 1.6, Mon Jun 7 21:25:47 2010 UTC
# Line 27  Line 27 
27      $gs =~ s/>/>/g;      $gs =~ s/>/>/g;
28    
29      my $all_data = $fig->all_features_detailed_fast($genome);      my $all_data = $fig->all_features_detailed_fast($genome);
30      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk([ map { $_->[0] } @$all_data ]);  
31        my $ext_aliases_l = $fig->db_handle->SQL(qq(SELECT id, alias
32                                                    FROM ext_alias
33                                                    WHERE id like 'fig|${genome}.%'));
34        my %ext_aliases;
35        map { $ext_aliases{$_->[0]}->{$_->[1]}++ } @$ext_aliases_l;
36    
37      for my $feature (@$all_data)      for my $feature (@$all_data)
38      {      {
39          my($fid, $loc, $aliases, $type, $b, $e, $func, $who) = @$feature;          my($fid, $loc, $aliases, $type, $b, $e, $func, $who) = @$feature;
40    
         $aliases = $all_aliases->{$fid};  
   
41          my @ss = $fig->peg_to_subsystems($fid, 1, 1);          my @ss = $fig->peg_to_subsystems($fid, 1, 1);
42          @ss = map { defined($_) ? encode_utf8($_) : () } @ss;          @ss = map { defined($_) ? encode_utf8($_) : () } @ss;
43          my $ss = join("\n", map { s/_/ /g; $_ } @ss);          my $ss = join("\n", map { s/_/ /g; $_ } @ss);
# Line 45  Line 49 
49          $func =~ s/&/&/g;          $func =~ s/&/&/g;
50          $func =~ s/</&lt;/g;          $func =~ s/</&lt;/g;
51          $func =~ s/>/&gt;/g;          $func =~ s/>/&gt;/g;
52          if ($aliases)  
53            my %aliases = map { $_ => 1 } split(",", $aliases);
54            map { $aliases{$_} = 1 } keys %{$ext_aliases{$fid}};
55            my @aliases = keys %aliases;
56            my $alias_txt = "";
57            if (@aliases)
58          {          {
59              $aliases = join("\n", @$aliases);              $alias_txt = join("\n",
60              $aliases =~ s/&/&amp;/g;                                map { s/&/&amp;/g;
61              $aliases =~ s/</&lt;/g;                                      s/</&lt;/g;
62              $aliases =~ s/>/&gt;/g;                                      s/>/&gt;/g;
63                                        $_ } @aliases);
64          }          }
65          if ($fid =~ /^fig\|(\d+)\.(\d+)\.([^.]+)\.(\d+)$/)          if ($fid =~ /^fig\|(\d+)\.(\d+)\.([^.]+)\.(\d+)$/)
66          {          {
# Line 62  Line 72 
72  <fid>$fid</fid>  <fid>$fid</fid>
73  <annotation>$func</annotation>  <annotation>$func</annotation>
74  <genome>$genome $gs</genome>  <genome>$genome $gs</genome>
75  <alias>$aliases</alias>  <alias>$alias_txt</alias>
76  <subsystem>$ss</subsystem>  <subsystem>$ss</subsystem>
77  </sphinx:document>  </sphinx:document>
78  END  END

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.6

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