[Bio] / FigKernelScripts / sort_by_annotator.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/sort_by_annotator.pl

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Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : disz 1.1 use File::stat;
2 :     use Data::Dumper;
3 :     use FileHandle;
4 :     use strict;
5 :     use FIG;
6 :     #use Time::localtime;
7 :     use Time::Local;
8 :    
9 :     #
10 :     # be sure to source the config for the SEED you want to check these annotations against.
11 :     #
12 :    
13 :     if (scalar @ARGV != 1) {
14 :     die "Usage: sort_by_anotator seed\n";
15 :     }
16 :    
17 :     my %annos;
18 :     my $seed = shift;
19 :     my $fig = new FIG;
20 :    
21 :     local $/ = "//\n";
22 :    
23 :     my ($fid, $anno_time, $who, $anno_text, $anno_who, $fn);
24 :    
25 :     while (my $ann = <>)
26 :     {
27 :     chomp $ann;
28 :     if ((($fid, $anno_time, $who, $anno_text, undef, $anno_who, $fn) =
29 :     ($ann =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\n(\d+)\n(\S+)\n(Set(\s+(FIG|master))?\s+function\s+to[ \t]*\n(.*))/s)) )
30 :     {
31 :     chop($fn);
32 :     my $genome = $fig->genome_of($fid);
33 :     $genome = $fig->genus_species($genome). ": " . make_genome_link($genome, $seed);
34 :     if (length($fn) > 30) {
35 :     $fn = substr($fn, 0, 27) . "...";
36 :     }
37 :     push (@{$annos{$who}{$genome}}, make_link($fid, $seed).": ". $fn."<br>\n");
38 :     #push (@{$annos{$who}{$genome}}, "<dt>".make_link($fid).": ". $fn."</dt>\n");
39 :     }
40 :     }
41 :    
42 :     if (keys (%annos)) {
43 :     print "<dl>\n";
44 :     for my $key (sort keys(%annos)) {
45 :     print "<dt><h2>BY: $key</h2></dt>\n";
46 :     for my $g (sort keys(%{$annos{$key}})) {
47 :     #print "<dt><h3>$g</h3><dt>\n";
48 :     print "<dt>$g<dt>\n";
49 :     print join("\n", @{$annos{$key}{$g}});
50 :     print "<br>\n";
51 :     }
52 :     }
53 :     print "</dl>\n";
54 :     } else {
55 :     print "None\n";
56 :     }
57 :    
58 :    
59 :     sub make_link {
60 :     my ($id, $seed) = @_;
61 :    
62 :     return "<a href='http://$seed.theseed.org/linkin.cgi?id=$id' target='_blank'>$id</a>";
63 :     }
64 :    
65 :     sub make_genome_link {
66 :     my ($id, $seed) = @_;
67 :    
68 :     return "<a href='http://$seed.theseed.org/linkin.cgi?genome=$id' target='_blank'>$id</a>";
69 :     }

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