[Bio] / FigKernelScripts / sort_by_annotator.pl Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelScripts/sort_by_annotator.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : disz 1.1 use File::stat;
2 :     use Data::Dumper;
3 :     use FileHandle;
4 :     use strict;
5 :     use FIG;
6 :     #use Time::localtime;
7 :     use Time::Local;
8 :    
9 :     #
10 :     # be sure to source the config for the SEED you want to check these annotations against.
11 :     #
12 :    
13 :     if (scalar @ARGV != 1) {
14 :     die "Usage: sort_by_anotator seed\n";
15 :     }
16 :    
17 :     my %annos;
18 :     my $annotations = shift;
19 :     my $seed = shift;
20 :     my $fig = new FIG;
21 :    
22 :     local $/ = "//\n";
23 :    
24 :     my ($fid, $anno_time, $who, $anno_text, $anno_who, $fn);
25 :    
26 :     while (my $ann = <>)
27 :     {
28 :     chomp $ann;
29 :     if ((($fid, $anno_time, $who, $anno_text, undef, $anno_who, $fn) =
30 :     ($ann =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\n(\d+)\n(\S+)\n(Set(\s+(FIG|master))?\s+function\s+to[ \t]*\n(.*))/s)) )
31 :     {
32 :     chop($fn);
33 :     my $genome = $fig->genome_of($fid);
34 :     $genome = $fig->genus_species($genome). ": " . make_genome_link($genome, $seed);
35 :     if (length($fn) > 30) {
36 :     $fn = substr($fn, 0, 27) . "...";
37 :     }
38 :     push (@{$annos{$who}{$genome}}, make_link($fid, $seed).": ". $fn."<br>\n");
39 :     #push (@{$annos{$who}{$genome}}, "<dt>".make_link($fid).": ". $fn."</dt>\n");
40 :     }
41 :     }
42 :    
43 :     if (keys (%annos)) {
44 :     print "<dl>\n";
45 :     for my $key (sort keys(%annos)) {
46 :     print "<dt><h2>BY: $key</h2></dt>\n";
47 :     for my $g (sort keys(%{$annos{$key}})) {
48 :     #print "<dt><h3>$g</h3><dt>\n";
49 :     print "<dt>$g<dt>\n";
50 :     print join("\n", @{$annos{$key}{$g}});
51 :     print "<br>\n";
52 :     }
53 :     }
54 :     print "</dl>\n";
55 :     } else {
56 :     print "None\n";
57 :     }
58 :    
59 :    
60 :     sub make_link {
61 :     my ($id, $seed) = @_;
62 :    
63 :     return "<a href='http://$seed.theseed.org/linkin.cgi?id=$id' target='_blank'>$id</a>";
64 :     }
65 :    
66 :     sub make_genome_link {
67 :     my ($id, $seed) = @_;
68 :    
69 :     return "<a href='http://$seed.theseed.org/linkin.cgi?genome=$id' target='_blank'>$id</a>";
70 :     }

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3