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1 : overbeek 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     use Sim;
5 :    
6 : overbeek 1.2 my $usage = "usage: similar_to [CutOff] < PEG > PEG1-Sc-PEG";
7 : overbeek 1.1
8 :     my($cutoff,$pair,$peg);
9 :     $cutoff = shift @ARGV;
10 :     $cutoff = defined($cutoff) ? $cutoff : 1.0e-10;
11 :    
12 :     my $id;
13 :     @pegs = map { chop; $_ =~ /(\S+)$/;
14 :     $id = $1;
15 :     if ($id =~ /^fig\|/)
16 :     {
17 :     $id;
18 :     }
19 :     else
20 :     {
21 :     if ($peg = $fig->by_alias($id))
22 :     {
23 :     $peg;
24 :     }
25 :     else
26 :     {
27 :     ();
28 :     }
29 :     }
30 :     } <STDIN>;
31 :    
32 : overbeek 1.2 foreach $peg (@pegs)
33 : overbeek 1.1 {
34 : overbeek 1.2 if (! $seen{$peg})
35 : overbeek 1.1 {
36 : overbeek 1.2 $seen{$peg} = 1;
37 :     foreach $sim ($fig->sims($peg,1000,$cutoff,"fig"))
38 :     {
39 :     push(@hits,[$peg,$sim->psc,$sim->id2]);
40 :     }
41 : overbeek 1.1 }
42 :     }
43 :    
44 :     foreach $x (sort { $a->[1] <=> $b->[1] } @hits)
45 :     {
46 :     print join("\t",@$x),"\n";
47 :     }

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