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1 : overbeek 1.1 #!/usr/bin/env /Volumes/raid/FIGdisk.v4/env/mac/bin/perl
2 :    
3 :     BEGIN {
4 :     @INC = qw(
5 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/dist/releases/dev/mac/lib
6 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/dist/releases/dev/mac/lib/FigKernelPackages
7 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/dist/dev/mac/lib
8 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/dist/dev/mac/lib/FigKernelPackages
9 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/env/mac/lib/perl5/5.8.7/darwin-2level
10 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/env/mac/lib/perl5/5.8.7
11 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/env/mac/lib/perl5/site_perl/5.8.7/darwin-2level
12 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/env/mac/lib/perl5/site_perl/5.8.7
13 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/env/mac/lib/perl5/site_perl
14 :     .
15 :     /Volumes/raid/FIGdisk.v4/config
16 :    
17 :     );
18 :     }
19 :     use Data::Dumper;
20 :     use Carp;
21 :     use FIG_Config;
22 :     $ENV{'BLASTMAT'} = "/Volumes/raid/FIGdisk.v4/BLASTMAT";
23 :     $ENV{'FIG_HOME'} = "/Volumes/raid/FIGdisk.v4";
24 :     # end of tool_hdr
25 :     ########################################################################
26 :    
27 :     use FIG;
28 :     my $fig = new FIG;
29 :    
30 :     my @fc_bins = (
31 :     [0.554,100],
32 :     [0.626,50],
33 :     [0.532,25],
34 :     [0.369,13],
35 :     [0.219,7],
36 :     [0.140,0]
37 :     );
38 :    
39 :     while (defined($_ = <STDIN>))
40 :     {
41 :     chop;
42 :     ($peg1,$peg2,$fc) = split(/\t/,$_);
43 :     $sc = &score_fc($fc,\@fc_bins);
44 :     print join("\t",($peg1,$peg2,$sc,"","","",$fc,"")),"\n";
45 :     }
46 :     sub score_fc {
47 :     my($fcsc,$bins) = @_;
48 :    
49 :     for ($i=0; ($i < @$bins) && ($fcsc < $bins->[$i]->[1]); $i++) {}
50 :     return $bins->[$i]->[0];
51 :     }

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