[Bio] / FigKernelScripts / salvage_subsystem_rows.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/salvage_subsystem_rows.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.5, Sat Jan 7 20:00:14 2006 UTC revision 1.6, Sat Jan 7 23:11:10 2006 UTC
# Line 62  Line 62 
62    
63  foreach $sub (@subs)  foreach $sub (@subs)
64  {  {
65      next if (! -d "$from/$sub/spreadsheet");      next if (! -s "$from/$sub/spreadsheet");
66      print STDERR "updating $sub\n";      print STDERR "updating $sub\n";
67      undef %salvaged;      undef %salvaged;
68      open(IN,"<$from/$sub/spreadsheet") || die "$from/$sub/spreadsheet";      open(IN,"<$from/$sub/spreadsheet") || die "$from/$sub/spreadsheet";
# Line 70  Line 70 
70      {      {
71          if (($_ =~ /^(\d+\.\d+)\t(\S+)\t(.*)$/) && ($new = $old{$1}))          if (($_ =~ /^(\d+\.\d+)\t(\S+)\t(.*)$/) && ($new = $old{$1}))
72          {          {
73                my $genomeOld = $1;
74              $var = $2;              $var = $2;
75              @old_pegs = split(/\t/,$3);              @old_pegs = split(/\t/,$3);
76              @new_pegs = ();              @new_pegs = ();
77              foreach $peg (@old_pegs)              foreach my $set (@old_pegs)
78                {
79                    my @new_set = ();
80                    foreach $peg (map { "fig|$genomeOld.peg." . $_ } split(/,/,$set))
81              {              {
82                  if ($peg && ($pegN = $map{$peg}))                  if ($peg && ($pegN = $map{$peg}))
83                  {                  {
84                      push(@new_pegs,"fig|$new\.peg\.$pegN");                          push(@new_set,$pegN);
85                        }
86                    }
87    
88                    if (@new_set > 0)
89                    {
90                        push(@new_pegs,join(",",@new_set));
91                  }                  }
92                  else                  else
93                  {                  {
94                      push(@new_pegs,"");                      push(@new_pegs,"");
95                  }                  }
96              }              }
97              salvaged{$new} = join("\t",($new,$var,@new_pegs));              $salvaged{$new} = join("\t",($new,$var,@new_pegs));
98          }          }
99      }      }
100      close(IN);      close(IN);
# Line 114  Line 124 
124                      push(@lines,$salvaged{$new});                      push(@lines,$salvaged{$new});
125                  }                  }
126              }              }
127              print OUT join("\n",@lines),$/;              print OUT join("\n",@lines),"\n";
128          }          }
129      }      }
130      close(OUT);      close(OUT);

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.6

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3