[Bio] / FigKernelScripts / run_scenarios.pl Repository:
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1 : olson 1.1 use strict;
2 :     use model;
3 : olson 1.2 use FIGV;
4 :    
5 :     my $orgdir;
6 :     while ((@ARGV > 0) && ($ARGV[0] =~ /^-/))
7 :     {
8 :     my $arg = shift @ARGV;
9 :     if ($arg =~ /^-orgdir/)
10 :     {
11 :     $orgdir = shift @ARGV;
12 :     }
13 :     else
14 :     {
15 :     die "Unknown option $arg\n";
16 :     }
17 :     }
18 : olson 1.1
19 :     my ($genome_id) = @ARGV;
20 :    
21 :     if (scalar @ARGV > 1)
22 :     {
23 : formsma 1.3 print "usage: run_scenarios [genome-id]";
24 : olson 1.1 exit -1;
25 :     }
26 :    
27 :     if ($genome_id eq "")
28 :     {
29 :     $genome_id = "All";
30 :     }
31 :    
32 : olson 1.2 if ($orgdir)
33 :     {
34 :     my $fig = new FIGV($orgdir);
35 :     model::set_fig($fig);
36 :     }
37 :    
38 : dejongh 1.5 model::run_supersets($genome_id,0);

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