[Bio] / FigKernelScripts / rast_delete_rejected_pegs.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/rast_delete_rejected_pegs.pl

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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : gdpusch 1.1 #!/usr/bin/env perl
2 :    
3 :     use strict;
4 :     use warnings;
5 :     use Data::Dumper;
6 :    
7 :     use SeedUtils;
8 :    
9 :     my $jobs_dir = '/vol/rast-prod/jobs';
10 :    
11 :     my @jobs = @ARGV;
12 :     if ($jobs[0] eq q(-)) {
13 :     @jobs = map { m/^(\d+)/ ? ($1) : () } <STDIN>;
14 :     chomp @jobs;
15 :     }
16 :    
17 :     foreach my $job (@jobs) {
18 :     print STDERR "Job: $job\n";
19 :     my $verify_rpt = "$jobs_dir/$job/rp.errors/verify_genome_directory.report";
20 :     if (-s $verify_rpt) {
21 :     my $bad_pegs_fh;
22 :     my $bad_pegs_file = qq(/scratch/tmp_bad_pegs.$$);
23 :     print STDERR "File: $bad_pegs_file\n";
24 :     open($bad_pegs_fh, q(>), $bad_pegs_file)
25 :     or die "Could not write-open '$bad_pegs_file'";
26 :     print $bad_pegs_fh map { m/^ERROR: PEG (fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+) appears to be DNA, not protein/
27 :     ? ($1, qq(\n))
28 :     : ()
29 :     } &SeedUtils::file_read( $verify_rpt );
30 :     close($bad_pegs_fh);
31 :     print STDERR ("File: $bad_pegs_file -- size=", (-s $bad_pegs_file), "\n");
32 :    
33 :     if (-s $bad_pegs_file) {
34 :    
35 :     my $genomeID = &SeedUtils::file_head( "$jobs_dir/$job/GENOME_ID", 1);
36 :     chomp $genomeID;
37 :    
38 :     &run_safe('/homes/gdpusch/FIGdisk/FIG/bin/delete_fids_from_orgdir',
39 :     "$jobs_dir/$job/rp/$genomeID",
40 :     $bad_pegs_file,
41 :     );
42 :    
43 :     &run_safe('reset_stage', $job, 'export');
44 :     &run_safe('rast_sync', '-job', $job);
45 :    
46 :     print STDERR "Job '$job' reset\n";
47 :     }
48 :     else {
49 :     print STDERR "No bad PEGs in '$job'\n";
50 :     }
51 :     }
52 :    
53 :     print STDERR "\n\n";
54 :     }
55 :    
56 :     sub run_safe {
57 :     my @cmd = @_;
58 :     print STDERR ("Executing: ", join(', ', @cmd), "\n");
59 :    
60 :     system(@cmd);
61 :     if ($? == -1) {
62 :     print "failed to execute: $!\n";
63 :     }
64 :     elsif ($? & 127) {
65 :     printf "child died with signal %d, %s coredump\n",
66 :     ($? & 127), ($? & 128) ? 'with' : 'without';
67 :     }
68 :     else {
69 :     # printf "child exited with value %d\n", $? >> 8;
70 :     return 0;
71 :     }
72 :     die "aborting";
73 :     }
74 :    

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