[Bio] / FigKernelScripts / questionable_calls.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/questionable_calls.pl

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1 : overbeek 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     my $usage = "usage: questionable_calls < PEGs > Func-ExtFunc-PEGs (with questionable calls)";
5 :    
6 :     @pegs = map { chop; $_ =~ /(\S+)$/;
7 :     $id = $1;
8 :     if ($id =~ /^fig\|/)
9 :     {
10 :     $id;
11 :     }
12 :     else
13 :     {
14 :     if ($peg = $fig->by_alias($id))
15 :     {
16 :     $peg;
17 :     }
18 :     else
19 :     {
20 :     ();
21 :     }
22 :     }
23 :     } <STDIN>;
24 :    
25 :     %pegs = map { $_ => 1 } @pegs;
26 :     @pegs = sort { &FIG::by_fig_id($a,$b) } keys(%pegs);
27 :    
28 :     foreach $pair ($fig->external_calls(\@pegs))
29 :     {
30 :     ($peg,$ext_func) = @$pair;
31 :     $ext_call{$peg} = $ext_func;
32 :     }
33 :    
34 :     foreach $peg (@pegs)
35 :     {
36 :     $func = $fig->function_of($peg);
37 :     if (! &FIG::hypo($func))
38 :     {
39 :     if (($ext = $ext_call{$peg}) && (! &FIG::hypo($ext)) && (! $fig->same_func($func,$ext)))
40 :     {
41 :     print "$func\t$ext\t$peg\n";
42 :     }
43 :     }
44 :     }
45 :    
46 :    
47 :    

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