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1 : olson 1.1 use Data::Dumper;
2 :     use strict;
3 :     use ExpressionDir;
4 :     use FIG;
5 :    
6 :     @ARGV == 5 or die "Usage: $0 genome-id probes CDF experiments expr-dir\n";
7 :    
8 :     my $genome_id = shift;
9 :     my $probes = shift;
10 :     my $cdf = shift;
11 :     my $experiments = shift;
12 :     my $expr_dir = shift;
13 :    
14 :     my $fig = new FIG;
15 :    
16 : olson 1.4 if (! -d "$FIG_Config::organisms/$genome_id")
17 : olson 1.1 {
18 :     my $pdir = "/vol/pseed/FIGdisk/FIG/Data/Organisms/$genome_id";
19 :    
20 :     if (-d $pdir)
21 :     {
22 :     $fig = FIGV->new($pdir);
23 :     }
24 :     }
25 :    
26 :     my $e = ExpressionDir->create($expr_dir, $genome_id, $fig);
27 :    
28 : olson 1.2 if ($probes =~ /\.sif$/)
29 :     {
30 :     $e->compute_rma_normalized_from_sif($cdf, $probes, $experiments);
31 :     }
32 :     elsif ($probes =~ /\.tags$/)
33 :     {
34 :     $e->compute_rma_normalized_from_locus_tags($cdf, $probes, $experiments);
35 :     }
36 : olson 1.3 elsif ($probes =~ /\.corr$/)
37 :     {
38 :     $e->compute_rma_normalized_from_pegidcorr($cdf, $probes, $experiments);
39 :     }
40 : olson 1.2 else
41 :     {
42 :     $e->compute_probe_to_peg($probes);
43 :    
44 :     $e->compute_rma_normalized($cdf, $experiments);
45 :     }
46 : olson 1.1
47 :     $e->compute_atomic_regulons();

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