[Bio] / FigKernelScripts / pg_roles_in_some_but_not_X.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/pg_roles_in_some_but_not_X.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Wed Feb 27 17:43:35 2013 UTC revision 1.4, Wed Feb 27 22:41:19 2013 UTC
# Line 142  Line 142 
142          $/ = "\n>";          $/ = "\n>";
143          foreach $_ (`cat /vol/rast-prod/jobs/$job/rp/*/Features/peg/fasta`)          foreach $_ (`cat /vol/rast-prod/jobs/$job/rp/*/Features/peg/fasta`)
144          {          {
145                chomp;
146              if ($_ =~ /^>?(\S+)[^\n]*\n(.*)/s)              if ($_ =~ /^>?(\S+)[^\n]*\n(.*)/s)
147              {              {
148                    chomp;
149                  my $peg = $1;                  my $peg = $1;
150                  my $seq = $2;                  my $seq = $2;
151                  $seq =~ s/\s//gs;                  $seq =~ s/\s//gs;
# Line 162  Line 164 
164          {          {
165              if ($_ =~ /^>?(\S+)[^\n]*\n(.*)/s)              if ($_ =~ /^>?(\S+)[^\n]*\n(.*)/s)
166              {              {
167                    chomp;
168                  my $peg = $1;                  my $peg = $1;
169                  my $seq = $2;                  my $seq = $2;
170                  $seq =~ s/\s//gs;                  $seq =~ s/\s//gs;

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.4

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3