[Bio] / FigKernelScripts / partition_prots.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/partition_prots.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Tue Dec 16 01:05:41 2008 UTC revision 1.4, Mon Mar 9 14:50:34 2009 UTC
# Line 20  Line 20 
20  my $n = @all;  my $n = @all;
21  print STDERR "$n proteins to process\n";  print STDERR "$n proteins to process\n";
22    
23    my $got_sims = 0;
24    my $no_sims = 0;
25  my $i;  my $i;
26  for ($i=0; ($i < @all); $i++)  for ($i=0; ($i < @all); $i++)
27  {  {
28      if (! $seen_hash{$all[$i]})      if (! $seen_hash{$all[$i]})
29      {      {
30          print STDERR "processing $all[$i], $i of $#all\n";          print STDERR "processing $all[$i], $i of $#all\n";
31          &process($fig,$all[$i],\%seen_hash,\%prot_hash,$max_sz,\$n);          &process($fig,$all[$i],\%seen_hash,\%prot_hash,$max_sz,\$n,\$got_sims,\$no_sims);
32      }      }
33      else      else
34      {      {
# Line 35  Line 37 
37  }  }
38    
39  sub process {  sub process {
40      my($fig,$prot,$seen,$prot_hash,$max_sz,$nP) = @_;      my($fig,$prot,$seen,$prot_hash,$max_sz,$nP,$gotP,$nosimsP) = @_;
41    
42      my %in;      my %in;
43      $in{$prot} = 1;      $in{$prot} = 1;
# Line 49  Line 51 
51          $$nP--;          $$nP--;
52          delete $closest{$peg};          delete $closest{$peg};
53          my @sims = $fig->sims($peg,10000,1,'raw');          my @sims = $fig->sims($peg,10000,1,'raw');
54            if (@sims > 0)
55            {
56                $$got_sims++;
57            }
58            else
59            {
60                $$no_sims++;
61                if ($$no_sims > (10 * $$got_sims))
62                {
63                    die "sims do not seem to be working properly";
64                }
65            }
66    
67          foreach my $sim (@sims)          foreach my $sim (@sims)
68          {          {
69              my $id2 = $sim->id2;              my $id2 = $sim->id2;

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.4

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3