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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 open(RESULTS,">parsed_interpro_download.txt");
2 :    
3 :     @files = ("uniparc_match_1.dump","uniparc_match_2.dump","uniparc_match_3.dump","uniparc_match_4.dump","uniparc_match_5.dump","uniparc_match_6.dump","uniparc_match_7.dump");
4 :    
5 :     %id_crc;
6 :    
7 :     open(IN,"crc64_for_all_pegs.txt");
8 :     while($_ = <IN>){
9 :     chomp($_);
10 :     my ($id,$crc) = split("\t",$_);
11 :     $id_crc{$crc} = $id;
12 :     }
13 :     close(IN);
14 :    
15 :     my $counter = 1;
16 :     foreach $file (@files){
17 :     open(IN,$file);
18 :     my $crc;
19 :     my $db;
20 :     my $db_id;
21 :    
22 :     my $id;
23 :     my $bitscore;
24 :     my $evalue;
25 :     my $length;
26 :     my $start;
27 :     my $end;
28 :     my $record = 0;
29 :    
30 :     my $interpro_id;
31 :    
32 :     while ($_ = <IN>){
33 :     if($record){
34 :     if($_ =~ /match id=\"(\w+\d+)\".*dbname=\"(\w+)\"/){
35 :     $db_id = $1;
36 :     $db = $2;
37 :     }
38 :    
39 :     if($_ =~ /ipr id=\"(\w+\d+)\"/){
40 :     $interpro_id = $1;
41 :     }
42 :    
43 :     if($_ =~ /lcn start=\"(\d+)\"\s+end=\"(\d+)\"\s+score=\"(.*)\"/){
44 :     $start = $1;
45 :     $end = $2;
46 :     $bitscore = $3;
47 :     my $db_size = 679928271;
48 :    
49 :     if($db){
50 :     print RESULTS "$id\t$db"."::$db_id"."_interpro_download\t$bitscore;$start-$end\n";
51 :     print RESULTS "$id\tIPR::$interpro_id"."_interpro_download\t$bitscore;$start-$end\n";
52 :     $record = 0;
53 :     }
54 :     }
55 :     }
56 :    
57 :     if($_ =~/length=\"(\d+)\"\s+crc64=\"(.*)\"/){
58 :     $length = $1;
59 :     $crc = $2;
60 :     $record = 0;
61 :     }
62 :     if($id_crc{$crc}){
63 :     $id = $id_crc{$crc};
64 :     $record = 1;
65 :     }
66 :     }
67 :     close(IN);
68 :     }

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