[Bio] / FigKernelScripts / parse_genbank.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/parse_genbank.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.16, Tue Sep 11 04:27:40 2007 UTC revision 1.17, Wed May 14 15:56:47 2008 UTC
# Line 142  Line 142 
142              if (($cds !~ m/\/pseudo/o) &&              if (($cds !~ m/\/pseudo/o) &&
143                  (($cds !~ m/\/exception/o) || ($cds =~ m/\/translation/o))                  (($cds !~ m/\/exception/o) || ($cds =~ m/\/translation/o))
144                  ) {                  ) {
145                  &process_cds($id,\$cds,$prefixP,\$idNp,$contigs,\*TBLPEG,\*FASTAPEG,\*ASSIGNMENTS);                  &process_cds($id,\$cds,$prefixP,\$idNp,$contigs,\*TBLPEG,\*FASTAPEG,\*ASSIGNENTS);
146              }              }
147          }          }
148    
# Line 335  Line 335 
335    
336      my @aliases = ();      my @aliases = ();
337      while ($$cdsP =~ m/\/(protein_id|gene|locus_tag)=\"([^\"]+)\"/ogs) {      while ($$cdsP =~ m/\/(protein_id|gene|locus_tag)=\"([^\"]+)\"/ogs) {
338          push(@aliases,$2);        my $id;
339    
340          # define prefixes for different types of ids
341    
342          if ($1 eq "locus_tag"){
343            $id = "locus|$2";
344          }
345          elsif ( $1 eq "protein_id" ) {
346            $id = "protein_id|$2";
347          }
348          elsif  ( $1 eq "gene" ){
349            $id = "gene_name|$2";
350          }
351          else{
352            $id = $2;
353          }
354    
355    
356          push(@aliases,$id);
357      }      }
358    
359      while ($$cdsP =~ m/\/db_xref=\"([^\"]+)\"/ogs) {      while ($$cdsP =~ m/\/db_xref=\"([^\"]+)\"/ogs) {
360          $db_ref = $1;          $db_ref = $1;
361          $db_ref =~ s/^GI:/gi\|/o;          $db_ref =~ s/^GI:/gi\|/o;
362            $db_ref =~ s/^GeneID:/geneID\|/o;
363          $db_ref =~ s/SWISS-PROT:/sp\|/o;          $db_ref =~ s/SWISS-PROT:/sp\|/o;
364          push(@aliases,$db_ref);          push(@aliases,$db_ref);
365      }      }

Legend:
Removed from v.1.16  
changed lines
  Added in v.1.17

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3